从比较小人的心思揣度，汪康年大约不甘心只作一个能办事的事务主义者，既然服务于报业，当然希望成为梁启超那样的政论家，有自己的言论贡献。然而，当他这些偏激而并不一定深刻的看法发表后，却立即召来一系列批评与非议。与张之洞关系特殊的叶瀚、梁鼎芬等致函汪康年，转达湖北政界要人意见，规劝汪康年少发表那些容易引起争议的“伟论”，不要轻易动笔著述，言论真的不是那么好玩的，只要做好报馆经理就行了，不要在政治上犯错误。这样，于公于私都有好处。
湖南的邹代钧读了汪康年的那些言论后，致函劝说汪康年不必立意与梁启超在言论文字上争高低，理由是梁启超的文字已达一种化境，自成一格，自圆其说，甚明通又不为时人所诋，其水准绝非一般人所能达到。你汪康年与梁启超在同一份刊物上打擂台，那不是自取其辱，自己找死吗？寸有所长，尺有所短。各用精神于所长，各尽其能，各自尽心，这才是事业成功的关键，不要往同一条路上挤。
各方面的不满与忠告，自然引起绝顶聪明的汪康年注意，为了《时务报》的生存与发展，汪康年当然知道适度遏制自己的欲望，开始注意调整刊物上的言论，注意自律，对过去一些偏激言论稍有矫正，注意政治上的正确。另一方面，汪康年接受各方面的告诫，将更多的精力投入到报馆人事、经济等实际权力的掌控。
当汪康年对《时务报》进行局部调整时，梁启超请假40余日回广东省亲。在省亲期间，梁启超继续履行《时务报》主笔职责，不间断地为《时务报》提供稿件，并利用各方面的关系，调动各方面的资源，设法扩大《时务报》的影响。
在家乡休整期间，梁启超的同门师兄弟当然少不了看望聊天，正在澳门发展的康广仁和何穗田有意仿照《时务报》体例创办一个刊物。为了扩大影响，为了提升发行量，他们准备聘请梁启超为新刊物主笔或名誉主笔，甚至准备将新刊物定名为《广时务报》。据他们自己说，这个刊名寓有两意，一是推广之意，一是以为广东的《时务报》。至于怎样“广”，康广仁、何穗田表示：一是多译西方自然科学技术方面的著作文章，以续《格致汇编》；二是多载京师各省近事，利用澳门特殊的地理区位多发表《时务报》所不敢言的言论；三是报末附译当年各国财政收支及政治大要，以广见闻。
对于康广仁、何穗田的想法与建议，梁启超欣然答应，以为对《时务报》而言，有利无弊，只是利多利少的问题而已。所以，梁启超于1896年11月17日致函汪康年通报此事，征求汪康年的意见，当然主要是希望其同意。25日，梁启超再函汪康年，对《广时务报》的事情再作解释，并表示他个人乐观其成，不过他个人并不准备离开上海的《时务报》，澳门的《广时务报》即便真诚邀请他，他也只能在上海遥领兼职。他还劝说汪康年同意康广仁、何穗田的建议，促成此事，以为将来或许有仰仗他们的地方，亦未可知。
梁启超的通报，康广仁、何穗田的规划，以及《广时务报》与《时务报》的关联，汪康年在获悉这些消息之初并未反对。《时务报》第十五册刊登的《广时务报公启》，基本上是梁启超对汪康年报告的那些内容，注明《广时务报》将由梁启超“遥领”，并称《广时务报》对于国内政治在内地不方便说的地方，或许也会利用澳门的地理区位优势，多发表合理意见，以补充《时务报》不敢言、不便说的内容。
《广时务报公启》的发表立即引起了各方面的注意，与《时务报》关系密切的吴德、邹代钧、吴樵等群起反对。吴德的态度相对温和，他认为，《广时务报》的主笔，梁启超可以兼领，但必须坐镇上海。以梁启超的才华，兼领几家刊物主笔，当然不是难事。然《时务报》为中国报馆之祖，汪康年、梁启超为祖馆之主，万不可降格而他适。“祖馆”两字无取于让，那么为祖者当然也不宜屈尊他就。
吴樵认为，《广时务报》的办法极好，能言《时务报》所不能言，这样南北两刊相互呼应，应该是一个不坏的主意。只是这个建议之间有一个问题可能不太妥当，那就是《广时务报》最好不要与《时务报》有牵连。我们此时发展与《广时务报》的联营，大约是为了狡兔三窟，增强力量，然而一旦《广时务报》言论出格，震动朝廷，到那时，原本是帮手的《广时务报》可能适得其反，成为《时务报》的累赘，甚至成为其替罪羊。显然，这是出于对《时务报》未来安全的考虑。
对于梁启超兼任《广时务报》主笔的动议，吴樵也不赞成。他甚至对于“广时务报”之名，也持反对立场，以为如此必然会给《时务报》带来麻烦，与其将来出事两败俱伤，不如一开始就采取审慎立场，只是兄弟刊物，气味相投，无论如何不要有实际关联。
吴樵的审慎态度，谭嗣同、邹代钧等都表示理解和支持，劝告汪康年、梁启超无论如何必须审慎处理，不要一失足成千古恨，《广时务报》与《时务报》相牵连，恐一家出事，两家俱废。这是问题的关键，虽甚微也甚大。至于梁启超兼领主笔的事情，他们也认为不应该，甚至怀疑这其中或许有什么大阴谋。劝他们高度注意，谨慎处理。
反对《广时务报》与《时务报》发生联系，本是出于对《时务报》的爱护，他们的共同担心是处于殖民统治下的《广时务报》放言高论，虽然能够起到与《时务报》遥相呼应的效果，但总有一天会将《时务报》拖下水，这对正在进行的维新变法宣传活动显然是有害的。他们的真实想法，是各地维新报刊各自另立门面，暗通消息，以成鼎足之势，而不必在表面上联为一体，以免一损俱损，对维新势力造成太大伤害。应该说，这一主张是有理有利的，是一种谨慎的态度。
然而或许是由于沟通不够，或许是汪康年的解释对梁启超来说太缺乏说服力，《广时务报》虽然在后来接受汪康年等人的建议改名为《知新报》于1897年2月创刊，梁启超也只兼任一般撰稿人，但梁启超对汪康年的误解却由此而加深，两人关系走向破裂只是时间问题。
1897年3月，梁启超从广东回到上海，在《时务报》工作的同门梁启勋、韩云台向他汇报了这段时间里的情况，并抱怨汪康年在这段时间对他们多有不公，甚至报馆中的佣人也对他们另眼相看。言下之意，当然是汪康年与梁启超之间的问题，而他们只是受牵连。
对于梁启勋、韩云台等人的抱怨，梁启超当然不会高兴，他在随后写给黄遵宪的信中，就抱怨汪康年对许多问题处理欠妥。
黄遵宪本来就对汪康年稍有看法，他在《时务报》创办之初就不希望汪康年一人揽权，而是希望采纳集体领导的体制，只是他个人实在没有时间，而一时又找不到合适的人，才使汪康年在报馆中逐渐坐大。于是黄遵宪在收到梁启超的信后，遂于1897年3月12日致函汪康年，再次提出调整报馆管理体制问题，建议仿照西方近代国家立宪政体，将立法、行政分开，设立报馆董事会，建议汪康年辞去报馆总理职务，改任总董，仍驻沪照支薪水。其工作职责主要是联络报馆之外的朋友，监管报馆内部事务；建议由吴樵或康有为门人龙泽厚任报馆总理。黄遵宪强调，《时务报》既然由公众集资创办，为公众创设，所以就必须有一定章，否则不足以垂久远昭耳目。因此，报馆章程最为重要，这就是报馆的法律，是报馆一切行事标准和依据。章程不善，可以酌改，断不可视章程为若有若无之物。《时务报》馆只有建立了一套法律制度，才能不因人而兴、因人而败，才能摆脱政随人亡的兴亡律。
按照黄遵宪的设想，改组后的时务报馆，汪康年大约相当于董事长，负责章程制订，监督章程执行，馆中具体事务不必亲历亲为，而是交给别人去打理。
梁启超致信黄遵宪或许仅仅是为了获得同情，或者仅仅是为了发泄胸中的不满，不料黄遵宪如此致信汪康年，立即使问题复杂化。梁启超认为，他虽然不太满意汪康年的一些举措，但事情尚未闹到需要汪康年辞职的境地，而且从当时情况看，报馆经理非汪康年莫属，因为还没有发现谁比他更会经营。黄遵宪的信使问题复杂化，实在是鲁莽而不通人情世故，或许原本是希望帮助梁启超，结果却使梁启超更难做人，处境更尴尬。
汪康年在收到黄遵宪的信后当然很不高兴，他觉得黄遵宪与梁启超联手是有意排挤自己，他毫不客气复函黄遵宪，据理反驳，并在上海的朋友圈子中散布一些自己的怨气，甚至致函外省同志，致使《时务报》内部矛盾几近公开化。
其实，黄遵宪提议中不便明说的理由主要是汪康年应酬太繁，报馆中许多事务据说有所耽搁，所以从报馆整体利益考虑，黄遵宪不希望汪康年继续兼着报馆经理，而是希望汪康年利用所长负责外部联络应酬。
汪康年确实留下了这些把柄。据说汪康年从来认为在大上海要想办成事情，就是要靠吃吃喝喝，甚至就是要靠吃花酒，才能广通声气，联络感情，所以每天常有一半以上时间在应酬中，一面吃酒，一面办事。汪康年的这种办事风格显然与黄遵宪不同，其价值观念也很难让黄遵宪认同，黄遵宪毕竟具有相当的外国生活经验。
黄遵宪、梁启超与汪康年几近公开的矛盾对于刚有起色的《时务报》极为不利，他们的一些共同朋友如谭嗣同、张元济、夏曾佑、吴德、邹代钧等得知此事后焦虑万分，纷纷劝说他们以大局为重，不要因意见分歧而影响报馆事务。
在各方友人劝说下，也正是出于对大局的考虑，梁启超主动与汪康年和解。他表示，此次矛盾之产生，主要是因为双方性格差异所致，相互之间又缺乏及时沟通。至于黄遵宪的建议，梁启超认为也不应只从消极及权力一层去分析，黄遵宪的那些建议就其本质而言，也是为了《时务报》的未来发展所考虑，有其合理成分在。
经过诚心诚意的交谈，梁启超与汪康年之间的心结暂时化解，他们相约，既然各自看法都已讲明，从此以后，当誓灭意见，为报馆未来贡献各自心智。
梁启超与汪康年之间的矛盾化解了，《时务报》重新回到常态发展轨道。然而，这种局面并没有持续多久，他们之间再起冲突。
再次冲突的起因是，当梁启超回到上海重主笔政后，可能是因为刚在广东拜见康有为的缘故，或许是其他原因，总之，在此后所发表的一些文章中，梁启超一反先前承诺，非常热衷于宣传康有为的“三世说”、“大同说”以及创立孔教等主张。影响所及，报馆中的梁启超同门甚至以康有为为“教皇”、“南海圣人”，自信不要十年，当有符命。
康有为门人狂妄的说法激怒了章炳麟。章炳麟此时受邀在时务报馆主笔政，其古文经学立场使他无论如何不能接受康有为的今文经学的非常异义可怪之论。于是，章炳麟借酒壮胆，大骂康有为为“教匪”，并于1897年4月14日与康门弟子发生极不雅观的肢体冲突。事毕，章炳麟愤而辞职，离开了时务报馆。
从籍贯上说，章炳麟是汪康年的浙江同乡，康门弟子与章炳麟大打出手，以及章炳麟因此愤而辞职等花边新闻，无疑给《时务报》造成恶劣影响，外间纷传《时务报》将尽逐浙人而用粤人。原本只是观念或方法上的分歧上升到地域冲突，报馆内部无形中划分出浙粤两大派系。这些传言及事实上存在的冲突，无疑又增加了两大派系首领之间的矛盾，梁启超与汪康年决裂或者有一方主动出走，其情势越来越清晰。
此时，他们的共同朋友吴德出任钱塘县令，上任伊始，就在杭州西湖风景优美处租借一处房屋，并花费数千金购置了许多图书，聘请英、法教员各一人，遂邀请梁启超前往。
吴德的邀请对数月以来陷入空前人事困境的梁启超有莫大吸引力。梁启超决意乘此机会离开时务报馆这块是非之地，隐居西湖，静心读书。
梁启超主动退出的想法获得一些朋友的支持，这批朋友认为大家既然都是好朋友，就要有所忍让，有所坚持，在不伤和气的前提下退一步海阔天空，不必弄到不可开交，两败俱伤，亲者痛仇者快。1897年8月4日，谭嗣同将这层意思函告汪康年，劝汪康年也要反省自己，不要过于苛求梁启超。对于梁启超西湖读书计划，谭嗣同表示赞成，以为这样退出有助于缓解与汪康年的矛盾，有助于《时务报》发展，有功于维新大业。
然而，梁启超西湖读书计划并未成为现实。1897年8月，黄遵宪奉调湖南按察使。路过上海时，他获悉这一系列问题，遂有意从根本上解决，不料却将矛盾激化，弄到不可开交。
在上海，黄遵宪与梁启超、汪康年等人有不少交流，他再次郑重建议设立《时务报》董事会，以为这才是化解矛盾的根本举措，从制度层面保障报馆的健康发展，不致受到人事等因素的不断干扰。
梁启超对黄遵宪的意见表示认同和支持，并劝说汪康年也接受这个方案，以求得报馆发展的制度保障。然而由于心结太重，梁启超的劝说可能适得其反，不是让汪康年接受，反而加重了汪康年的疑虑。汪康年自认有张之洞作靠山，于是对黄遵宪的建议根本不愿考虑，寸步不让。他甚至当面告诉梁启超：黄遵宪不要以为其官稍大，捐款稍多，就可以在报馆拥有更多发言权，就可以干涉我正常行使职权。很显然，汪康年不仅与梁启超的心结没有解开，反而增加了与黄遵宪的误会。
