科举制度的弊端在过去几十年已被充分揭示，只是由于这个制度牵涉众多人的利益，改革起来实在太困难，因此多少年来议论归议论，执行归执行。人人都说科举制度摧残人才，不利于人才选拔，可是人人也都在这条艰难崎岖的道路上跋涉。像张謇，从青年考到壮年，待到一登天子堂，不是一切都有了，不是又成了青年人追慕的楷模？至于康有为、梁启超，还不是一样乞求在科举道路上获得成功，获取功名，还不是用了那么多年的时间耗费在这所学非所用的知识垃圾上？几乎那个时代的所有精英，除了章炳麟这样极个别的另类因某种特殊原因而错过科举考试外，哪一个不是在这个唯一正途上下求索，苦苦追求？
至于严复，他之所以那样对科举制度非常痛恨，据说是因为这个制度太不给他面子。谁都知道严复是近代中国“西学圣人”，对于西学无所不通，哲学、政治学、经济学、法学、逻辑学，样样拿手，而且能够用典雅的古文写出非常优美的文章。至于书法，也更是自成一家，别具一格，可是科举考试就是不给严复面子，害得中年严复用了差不多十年时间也没有通过科举考试，获取功名。这不能不使严复对这个制度非常失望和恼怒。
以八股为主要内容的科举考试制度存在着严重问题，但是要在一夜之间将这项制度废除也存在着非常可怕的严重问题，至少是严重侵害了正在复读或正在准备科举考试的读书人的利益。所以，这项制度需要改革，但究竟应该怎样改革，是否能够一下子废除？这对任何谨慎的领导人来说，都是一个费思量问题，是一个很难决断的问题。
为了缓解科举考试制度的压力，贵州学政严修于1897年秋提出一项改良方案，建议政府在维持科举考试制度相对稳定性的前提下，仿照康熙、乾隆年间招考博学鸿词的经验，创设经济特科，以这种非常规、不定时的特科形式弥补八股考试的不足，最大限度地选拔通经济世的人才，将那些具有真才实学而又不屑科举考试，或在科举考试中屡屡名落孙山的人作为特殊人才选拔出来。考试形式可以多种多样，除了考试外，严修建议参照察举制度的优点，允许大员保荐，允许放宽资格，不必限于科举体制循序渐进，逐级爬升，允许不次之擢，方能选拔非常之才。
严修的特科建议在政治高层引起强烈反响。1898年1月27日，朝廷批准了这项建议，决定开设经济特科，一为岁举，一为特科，先行特科，次行岁科。以后或10年一举，或20年一举，不为常例，不为定制，不限布衣，不限是否在职，意在访求遗贤，弥补科举考试以及现在学堂书院体制所无法容纳的偏才怪才，要必以选拔有用之才为依归。
对于严修的特科建议，朝廷给予高度评价，以为既维持了制度的连续性，维护了千万学子的利益，有助于社会稳定，又解决了制度缺陷，为国家选拔了有用之才。更重要的是，这项并不伤筋动骨的改革，是中国人当时所能够建立的一个基本共识，表明中国在西潮的冲击下终于迈出了从体制上进行变革的第一步，人才的选拔不再以八股、楷书为唯一标准，这无疑是中国科举制度史上的一次重大突破，既为1898年政治变革的原点，又开此后废科举的先声。
当然，也有人对严修的建议不以为然甚至坚决反对。体仁阁大学士徐桐是严修的恩师，但他并不以有这个弟子而感到高兴，反而对严修的开特科建议深恶痛绝，坚决反对，公开声明与严修脱离师生关系，宣布将严修从弟子门生中除名，甚至向家仆宣布，如遇严修来见，一律不得通报。可见其对严修开特科的建议痛恨之深。
徐桐对严修开特科建议深恶痛绝，主要是基于政治的原因。尽管徐桐也承认中国应该发展应该改革，但是他无论如何不能同意在人才选拔上放弃政治立场，更不能以那些一技之长、偏才怪才去躲避政治或思想的训练。特别是严修的方案虽然获得批准进入试验程序，但几个月过去了，并不见有哪个大臣保荐人才。朝廷的指示遇到了执行力的挑战，这不能不使新旧思想界依然要围绕着科举制度存废展开一场角逐，也为此后的党争预留了许多变数。
1898年4月6日，浙江巡抚廖寿丰向清廷上了一个奏折，就严修的建议及总理衙门所拟就的方案提出一些修正意见。廖寿丰认为，政府既要重视特科这类的非常之举，也要在常规教育下功夫。特别是随着西方近代科学在中国的传播和应用越来越广，中国新一代读书人需要掌握的东西远远超过过去。过去的读书人仅仅凭借几本书就可以获取知识，现在知识传播的途径不同了，有许多知识必须要有试验手段、试验工具，所以，为培养人才计，中国教育的未来出路，可能并不是依赖那些偏才怪才与奇才，而必须在常规教育上下功夫。
经济特科的设立与康熙、乾隆年间的博学鸿词具有同等性质，其价值都在因时审变，选拔人才，以为国用，并不是为了获得工匠之才。是特科，不是常科。这是经济特科的关键。廖寿丰认为，特科之设不应影响常科的进程，而是由特科之设反省常科中的问题，改善常科中的问题，通过制度创新不断完善常科，最终依然以常科的公平考试作为选拔人才的依据。
廖寿丰的建议获得了清廷的重视，皇上将之批转相关部门与严修的方案并案处理。7月13日，总理衙门向清廷上了一折一片，报告相关部门会商的结果，并随折上了特科章程六条，以为定制。总理衙门认为，专门之学以致用为程，取士之方以行己为重。所以开特科可以适度放松政治上的考量，着重从致用、实用方面考察，但同时也应该注意其品行、嗜好以及学问的基础，无论如何不能使这项新制度成为滥行汲引，致开幸进之门的机会。
至于报考资格、推荐程序、考试方式，总理衙门与相关部门都拟就了细则，期望通过特科考试为国家选拔一批有用人才，甚至不惜降低某些常科中无论如何不会降低的标准。从这个意义上说，总理衙门大臣就其整体而言，并不是科举体制改革的反对者，更不是经济特科的反对者，所以当后来康有为一味指责总理衙门大臣蓄意阻挠科举制度改革时，这些大臣如礼部尚书许应骙自然感到很恼火，他们一再辩解的也只是从未反对过科举体制改革尤其是经济科特的创设。
关于经济特科报考人员的保举问题，自严修上奏后所有关于特科的建议几乎都涉及这一点，争论也比较激烈。内阁中书王景沂专门上书建议清政府放宽保举条件，以为经济特科名实至重，至开考特科的上谕公布后，各地督抚所举已近百数，然而草野之贤，非大臣所及知，举立之所知，不如其人之所知。所以王景沂建议清政府更下布告于海内，无论已仕未仕，只要于经济特科确有专门，自信已深能见实用者，准其自赴总署报名，恭候御试。其已保之人，亦饬其自量能否，先行呈报，不愿参与考试者，即准予撤销保荐。
王景沂确实看到了问题的一个方面，如果仅仅依靠京内外大员保荐，当然难免遗漏草野之贤。于是皇上阅读了这份奏折后，遂于9月5日面谕军机大臣，命总理衙门王大臣就王景沂的建议妥议具奏。
9月19日（八月初四日），总理衙门遵照光绪皇帝的指示提交了报告，强调特科之举，迭奉诏旨，识拔真才，振兴士气，不得瞻徇情面，徒采虚誉。朝廷慎重特科，既宽选举之例，复严滥保之防，权衡事当，责任专任。至于规定由京内外大员出面具保，也只是参照康熙、乾隆年间两次博学鸿词特科的成例，如采取王景沂的建议，改由自行报名，恭候御试，恐怕潜伏在民间有真才实学者未必甘为毛遂，而那些未必有真才实学者或许会浑水摸鱼，纷至沓来。总理衙门建议制定细则，既要防止滥用特科，招徕一些不三不四的人，又要防止不信任特科，无人报名，致使这一制度形同虚设。
应该承认，特科制度在很大程度上弥补了常科的缺陷，以特科与常科相互补充，人才选拔制度就能够使以八股考试为中心的科举考试制度的弊端降至最低。只是由于当时特殊的政治环境，这个制度只是停留在讨论层面，并没有进入实践，所以1898年的重要争论依然在废八股还是废科举中展开。
1898年6月11日，皇上宣布变法宗旨。一是宣布创立京师大学堂，作为新知识教育的基地，作为未来读书人晋身之阶和培养基地，将中国历史上、大清王朝历史上的科举考试逐步转向新教育，以新教育的成长去取代旧教育，替换旧教育。二是皇上在诏书中大体指出以八股考试选拔人才的弊病，表明政府会对这个考试制度进行研究，提出改善、改良或重建方案，但对于废八股还是废科举之类的争执，皇上在诏书中并没有涉及，一切都留待于将来再处理。
皇上的宣示为教育制度改革与完善预留了相当大的空间，进能攻退能守，进退自如。然而，皇上的宣示也为康有为预留了建言的空间，使康有为有机会没话找话，寻找到一个说话的由头。6月16日，皇上召见康有为。康有为利用这次机会大谈中国民智不开的原因在于科举制度，中国在甲午战争中的失败在于科举制度，科举制度是万恶之源，必须废除。
康有为的激进主张并没有获得皇上积极回应，不过皇上也承认，在科举制度下，中国人所学非所用、所用非所学，确实是个问题。
按照康有为的想法，他期望以皇上的一纸上谕废除沿袭数百年的八股考试制度，以雷厉风行的改革重建中国近代教育体系，彻底解决中国在人才培养上的问题，为中国振兴和重新崛起提供源源不断的人力资源。为此，康有为在面见皇上之后的几天里，连续写了几份要求清政府坚决废除八股考试制度的奏折，以便为清政府宣布废除八股科举考试提供舆论支持。
面见皇上的第二天，康有为请梁启超以御史宋伯鲁的名义呈递一份奏折，要求清政府改八股考试为策论，强调科举考试是大清王朝不断衰落的根本原因，现在采取的八股取士方式，一律不许用后世书、后世事。梁启超在这份奏折中竭力发挥6月11日上谕中所蕴涵的精神，强调应该令年轻一代知识分子以圣贤义理之学为根本，又博采西学之切于时务者实力讲求，以救八股考试的空疏迂谬之弊，以成通经济变之真才。梁启超在奏折中提醒清政府注意，科举为利禄之途，于今千年，深入人心，得之则荣，失之则辱，为空疏迂谬之人长时期以来的安身立命之所，对它进行任何改革所可能遇到的阻力和难度都很大。正因如此，朝廷如不能痛下决心改变旧有的科举考试制度，那么政府尽管设置诸如经济特科等变通的人才选拔方式，然天下士人谁肯舍素习之考卷、墨卷而别求所谓经济常科？为此，梁启超在康有为的授意下，请求清政府特下明诏，宣布自庚子年（1900年）开始永远停止八股考试，自乡会试以及生童科岁一切考试均改试策论，除去一切禁忌，考察义理以观察其知识背景和知识深度，考察时务以观其经世济世的能力。
同一天（6月17日），康有为又以自己的名义呈递了一份奏折，以自己追求科举功名的痛苦经历痛斥八股科举考试制度的荒谬，强调中国在甲午战争中之所以失败，其后之所以被割去大片土地，之所以承担大量的战争赔款，并不是朝廷无能，而根本的原因之在于八股科举考试窒息了士人的性灵。他强烈要求清政府立下明诏，废除八股科举考试制度，从此中国知识分子内讲中国文学，以研经义、国闻、掌故、名物，则为有用之才；外求各国科学，以研工艺、物理、政教、法律，则为通方之学。他建议第一步废除八股考试内容，同时加快新教育建设的步伐，宏开学校，教以科学。等到学校尽开，第三步就是逐步废除科举考试制度。这样，以中国之大、人才之多，庶几士大夫专研有用之学，其于立国育才，所关至大，中华民族摆脱屈辱、重振雄风也只在反掌之间耳。
18日，康有为再上《请停止弓刀石武科考试制度改设兵校折》，就军事人才的培养提出建议，实际上也是对旧的教育制度进行批评，建议政府配合新教育体制的建立，改用新式军事学堂训练将校。
19日，康有为又上《请商定教案法律，厘正科举文体，听天下乡邑增设文庙，谨写孔子改制考进呈御览，以尊圣师而保大教折》。在这篇讨论设立孔教会的奏折中，康有为也不忘攻击八股取士制度。他指出，弱国之故，民愚俗坏，亦由圣教坠于选举，《四书》亡于八股为之。故国亡于无教，教亡于八股。故八股之文，实为亡国、亡教之大者。因此康有为请求清政府尽快厘正科举文体，立变科举八股之制。
此时，梁启超也联络各省举人联署上书，请求清政府特下明诏，停止八股取士，推行经济六科，以育人才而御外侮，攻击八股取士制度非徒无用而已，又更愚之；非徒愚士大夫无用而已，又并其农、工、商、兵、妇而皆愚而弃之。呼吁请求政府特下明诏，宣布天下，停废八股取士，改用经制六科，培养新式人才。以参加科举考试者的身份呼应康有为等人废八股的建议。
康有为、梁启超等人为呼吁清政府废除八股取士制度可谓费尽心机，制造了足够的舆论，然而自6月16日到现在快一个星期过去了，皇上并没有像他当康有为面答应的那样自下明诏，毋交部议。在他们看来，废除八股取士制度在朝廷中没有获得积极响应，皇上似乎也忘记了这项新政之最要事情。
