在清代，清政府对宗教采取了宽容政策，并有意进行扶持，达到宗教为自己的统治服务的目的，尤其对佛教更是如此。因此，新疆伊犁锡伯族的喇嘛教虽几经沧桑，仍未彻底废止。而且清朝覆亡后，在锡伯营旧制未彻底废除的情况下，其宗教活动一直延续到1949年前后。据史籍载，靖远寺的每次重大活动都曾受到上至皇帝、理藩院，下至伊犁将军、领队大臣以及总管、佐领等的关心，如“靖远寺”三字即为嘉庆皇帝亲笔所书。每次寺院住持的更选及其任命，基本上均由理藩院饬令。靖远寺新寺建成前后，不仅本营领队大臣、总管等亲临主持仪式，而且伊犁将军长庚也曾两次来寺，一次住一宿，献香资10两；一次亲来拜佛，献香资8两。光绪二十九年（1903年）马亮将军偕色普希贤到靖远寺拜佛，献香资20两，等等。
由于清各级政府对喇嘛教的宽容和扶持，使靖远寺的喇嘛教活动首先为清各级政府及其官吏服务，也就是说，把喇嘛教的部分活动纳入了清政府的政治生活中，使喇嘛教与清政府之间产生了密切的关系。首先，每逢皇帝驾崩，伊犁将军便饬令各寺院喇嘛在寺院内定期进行念经超度，少则3天，多则5天。皇帝继位，还要在寺院内定期诵念万寿经。其次，将军及其妻室或领队大臣逝去，要召喇嘛去将军府念经超度，举行各种仪式。将军和领队大臣继位或做寿，也让喇嘛念经，以资祝贺。
靖远寺喇嘛教活动的另一部分是为民间祈福消灾，其中较为隆重的仪式有“抢千烛”和“抛筐”仪式。举行此仪式，均由政府部门参与。
“抢千烛”，锡伯族称“明安朱拉”，每年阴历十月二十三日举行。先是神职人员宣布抢烛的日期，接着每家每户都用面和清油做烛，里盛清油等食油，等抢烛当天下午送到庙里，数目不限。喇嘛先把烛排好，中间是一盏由庙里提供的特大烛，象征月亮，周围是各家送的小烛，象征众星，最多时达上千个。二十三日晚间，人们都聚集到庙里，喇嘛身披袈裟，诵念祈福，先行点烛祭祀，然后宣布抢烛。一声令下，大家争先恐后，不管烛火烫手，前去抢烛，尤其是无子嗣的人们，为了求儿求女，非得拥去抢来几个不可。人们把抢得的面烛拿回去烤饼吃，其意为，吃上抢得的面烛饼，可得到众神护佑，祈福消灾，无子嗣者，可喜得子嗣。
“抛筐”是锡伯族喇嘛教仪式中最隆重的一项。但它并非定期举行，而是选天灾人祸最盛之年举行，而且择年终或年初时分。举行这一仪式的目的是镇邪压魔，祈求太平安宁。据传，自靖远寺创建以来，曾举行过三四次“抛筐”仪式，其中最后一次是1948年1月16日在镶白旗（五牛录）举行的。在仪式开始前20天，靖远寺的众喇嘛便开始日夜焚香诵经，满21天后的次日便宣布举行仪式。当天，全县8个牛录的官吏百姓、男女老幼万余人齐集五牛录，以饱眼福。首先，由8个牛录佐领分背甘珠尔经引路前行，后跟一名喇嘛双手抱“鬼筐”依行。“鬼筐”用木板制作，里盛黄土、五谷、果实和面制魔鬼塑身。靖远寺主持扬达喇嘛端坐在4人抬的轿上，左手握有黑丝大巾，右手提佛铃。扛轿走几步，他就摇响一次佛铃，又摇摆一次黑巾，口诵经文不绝。众喇嘛仪仗队，也合诵经文，吹号打鼓，敲锣击钹，震天动地，浩浩荡荡。“抛筐”队伍出寺门，又绕转大街一圈，然后北出城门，向东北郊外火坑走去。那时正值正月融雪时节，一路上都是泥水漫溢。来自8个牛录的年轻媳妇们，个个打扮得花枝招展，穿红戴绿，脚穿绣花鞋列队观看，当“抛筐”队伍临近时，便爬在泥地上磕头。有的女人跑过去爬在轿前，让轿从自己身上跨过。有的女人见“抛筐”队伍来到跟前就不顾一切地连连磕头，以致头破血流，头发散乱，满脸满身泥垢，一个个变成了活脱脱的“莽古孜玛玛”（锡伯语，鬼婆）。有些男人也纷纷跑过去，把那些爬卧在泥地、神志错乱的女人抱起来，急奔轿前放下，让轿跨过她们身上。据说这些见了“抛筐”队伍就神志错乱的女人，她们身上有“义巴罕”（邪气）。让“抛筐”轿跨过她们身上，就可以祛除附在她们身上的邪气，也可以使不生育的女人生孩子。扬达喇嘛“抛筐”完毕，乌合尔达（总管）二善等几个骑马人鸣枪助威，众青年跳入火坑，在熊熊烈火中抢夺“鬼筐”，你争我夺，一会儿将“鬼筐”弄成碎块。据说只要从火坑里抢回去一小块“鬼筐”碎片，悬挂在自家房梁上，就可祛除邪气，保佑全家平安。锡伯族喇嘛每年还有几次定期的宗教活动：每年农历正月初九至十四，喇嘛念经以求新年五谷丰登、六畜兴旺；农历七月初一至初四，念经庆丰收；农历十月十八至二十四日，念经祈祷，以求亡灵转世轮回。此外，每逢丧亡，还请喇嘛前去念经超度，引死魂灵转入阴间。在民间，许多人得病还让喇嘛诊治，因为，锡伯族喇嘛掌握不少医学之道，如推拿接骨、配剂中草药、扎针、刺脉放血等。
锡伯族及其先祖在与其他民族的长期交往中，在文化取向上，逐步形成了善于取人之长、补己空白以及兼收并蓄的特点。在民间信仰方面也表现出了这种民族文化取向精神，吸收不少汉等民族的信仰事象及其神只，扩大和丰富了本民族的信仰范畴和神只系统。同时，在长期的信仰实践中，锡伯族先后将借供的外来神灵以自己的文化形态加以民族化，成为本民族信仰文化的重要组成部分。这些神只有孔子、关帝、刘猛将军、四大天王、八仙、娘娘神、门神、灶神、索罗火神等。
锡伯族在清政府鼓励全国各地，尤其是在少数民族地区建立孔庙、祭孔成为各地每年的固定活动的情况下，把儒家文化的代表人物——孔子当做神灵供奉了起来。如在新疆察布查尔8个牛录的关帝庙里供有孔子塑像，或者每个学校都设立祭孔室（当时也叫孔子庙），有些文人家里还设有孔子神位，即立龛板设灵，贴孔子画像。逢年过节或举行文化活动，要在孔子塑像和神位前烧香磕头、顶礼膜拜，或者新生入学，先在学校祭孔室祭孔子。在锡伯族民间，对孔子也形成了一些禁忌。
关帝，名羽，字云长，三国时期蜀汉大将，辅佐刘备成就大业，谥“壮缪侯”。关羽为人忠直仁义，广受民间崇拜和祭祀，历史上尊称为“关公”“关夫子”，受到历朝的加封。清朝满族统治阶级继承历朝文化传统，继续尊崇关羽，乾隆皇帝诏改关羽谥为“忠义”，称为“关帝”“关圣”“关圣帝君”“武圣”，并令各民族都尊奉之。锡伯族作为清朝八旗的组成部分，遵奉皇帝旨意，关羽成为锡伯族人崇拜的偶像。每年的农历五月十三日，是锡伯族人杀猪祭祀关公的一天，这个祭祀活动在民间俗称“磨刀节”，意为替关公磨刀。这一天还要组织32人的摔跤比赛，将煮熟的猪肉切成块让大家分享。据说，五六十年前举办关公的祭祀活动非常隆重。应该说，锡伯族人是通过“念说”《三国演义》而进一步认识了关公，并把关公当做“忠义”的化身加以崇拜的。清代初期，满族人达海用满文翻译的《三国演义》，被清朝统治者视作军事教科书，在八旗官兵中推广。从此，《三国演义》便走进锡伯族的“念说”活动中。民间艺人还根据《三国志》《三国演义》中的关公单刀赴会、过五关斩六将等主要情节改编创作了《三国之歌》《关公过五关曲》等多部民间叙事长诗，使关公形象更加深入人心。锡伯族人之所以崇拜关公，主要原因也是关公的形象本身同锡伯族人的民族性格非常吻合。锡伯族被编入八旗之后，他们听从清廷的调遣屯垦驻防，担负起保卫祖国的重任。在完成上述重任的过程中，锡伯族人更把关公当做一种力量的化身，忠义的楷模。锡伯族崇拜关公不仅是因为其形象“勇敢”和“忠义”，更重要的原因在于认为关公显灵，时刻保佑着锡伯族官兵守卡安全、参战取胜。多年来，在新疆锡伯族民间有“关公显灵”的传说。锡伯族人不仅把关公的“勇敢”“忠义”作为自己完成屯垦戍边大业的精神武器，而且把关公奉为自己的保护神。每当官兵换防台站、驻守卡伦和奔赴战场，都要到关帝庙进行祭拜，祈求其保佑，家里亲眷也烧香磕头，祈祷关帝保佑他们取得胜利、安全回家。
刘猛将军，是传说中的汉族武将，其中以刘锜为传播最广，曾得到宋代皇帝敕封。周有壬所辑《锡金考乘》载：“景定四年（1263年），皇帝敕曰：国以民为本，民实比于干城；民以食为天，食尤重于金玉。是以后稷教之稼穑，周人画之井田，民命之所由生也。……迩年以来，飞蝗犯境，渐食嘉禾，宵旰怀忧，无以为也。黎民恣怨，未如之何，民不能祛，吏不能捕，赖尔神力，扫荡无余。上感其恩，下怀其惠，尔故提举江州太平兴国宫，淮南江东西浙四制置使刘锜，敕封为扬威天曹猛将之神……”刘锜是南宋抗金名将，后来受秦桧排挤，做了地方官，为百姓做了不少好事，特别是驱蝗有功。古人以为，刘锜“生则敌忾效忠，死而扞灾御患，其世祀也固宜”。在新疆伊犁锡伯营，锡伯族自1765年定居察布查尔地区以来，其所种粮食作物便经常遭蝗灾。因此，他们便引进“刘猛将军”这一驱蝗之神，在各个牛录创建其神庙，称“八蜡庙”“虫王庙”或“刘猛将军庙”等，庙里立有刘猛将军塑像。每年开春耕种前，人们纷纷前往八蜡庙上供化钱、顶礼膜拜，祈求刘猛将军保佑农作物免遭虫灾。秋天收成之后，人们也不忘为其上供烧香、跪拜磕头，以表达人们对他的保佑之恩。
四大天王，是汉族传说中的南方增长天王、东方持国天王、西方广目天王和北方多闻天王，它们分别职“风”“调”“雨”“顺”。据印度教传说：须弥山腰有犍陀罗山，山有四峰，各有一天王居之，护一方天下。中国内地寺院多塑其像，东方持国天王，身白色，持琵琶；南方增长天王，身青色，持宝剑；西方广目天王，身红色，手绕一龙（或说蛇、蜃）；北方多闻天王，身绿色，右手持伞，左手持银鼠。中国民间俗称四大金刚，又谓四天王分掌风、调、雨、顺。锡伯族把四大天王也作为本民族的信仰之神，纳入到自己的信仰系统中，将其巨身塑像供立于关帝庙内，并视为武神崇拜，祈求民族社会的平安。每届祭祀关公，都要为他们上供化钱，以表达人们对其保家卫乡的殷切期望。
八仙，是汉族传说中的八位神仙，即铁拐李（李铁拐）、汉钟离（钟离权）、张果老、何仙姑、蓝采和、吕洞宾、韩湘子、曹国舅八人，民间有许多他们的神话传说。锡伯族将他们引入自己的信仰系统，主要是视他们为无所不能的神灵，祈求他们成就事业。在锡伯族家里，多数都有一个长条桌子，人们均称为“八仙桌”或“布尔堪萨尔哈”（供神桌之意），内置家谱匣子等，平时上面放祖先画像、古瓷瓶、镜子等。每逢年节、忌日或喜庆，上供祭品、置香炉进行祭祖祭神，人们在长辈的引领下，在桌前跪拜磕头。
娘娘神，是尔琪供奉的神灵，它司孩童麻疹病。过去，在新疆伊犁锡伯营每个牛录的关帝庙之后，都建有占地面积数百平方米不等的娘娘庙，里面供立有引进之汉族娘娘神——云霄、琼霄和碧霄的塑像或立有其灵位，庙内壁上绘有《青龙吐水》《两鹿吃灵芝》《鸳鸯戏水》等山水画以及《封神演义》情节故事图。每当麻疹流行，全村要用山羊一只，由尔琪主持下，在娘娘庙举行祭祀仪式，祈求娘娘神保佑孩童“出花”安全。
索罗火之神，是古代高丽崇拜的神灵。据史料记载，历史上，高丽势力曾有过强盛的时期，在吉林、辽宁等地区占据了很大的地盘，该地区的许多少数民族都处在其统治之下。高丽不仅不满足既得地盘，并且还不断向外扩张，这使得中原统治阶级闻风而担惊受怕。在唐代，为了遏止高丽的再扩张，唐政府派薛仁贵领兵进击。战争中，因兵力不足，薛仁贵派人到锡伯族先祖（当时称室韦）居住区（绰尔河、嫩江流域）征兵，结果由伊亲王（杨姓）、双亲王（关姓）、国亲王（苏姓）、多巡亲王（富姓）和一个白老将军（佟姓）率领上述五大姓之兵，前来扶余、前郭一带助战。现在其五大姓锡伯族人仍居住在吉林省扶余县达户屯地区。这说明，唐朝以后，锡伯族开始和高丽有了频繁的来往，并接受了高丽神。它是在萨满师徒举行挨家挨户跳神仪式时呼唤的神灵。如萨满徒弟经过上刀梯仪式之后，萨满师傅领之挨家挨户跳神唱神歌。举行这一仪式之意是让“尚未告知”的人们认识这位新萨满，告诉大家他已遵循众神灵的意志，成为一个名副其实的萨满。其仪式是萨满师徒二人都着神衣神帽，手持神鼓，在每一家大门口都跳一会儿神舞，主人听到鼓声都要出来观看。按惯例，每家为了表示对神灵的虔诚心意，馈其一些麦子、玉米、钱等，锡伯族称此为“收布佐”。萨满师傅在主人面前边跳神边祈告：
已在鲜血中验明了呀，
早在白汤里淬砺了，
已骑在沙尔旦驼之背了呀，
早乘在白牛背上了。
已领承萨哈连乌拉之祭呀，
又负起了索罗火之神只。
到众人的门前呀，
挨门逐户去乞求。
为了何故去乞求呀，
是为一小小的孙儿呀。
能为众人做好事呀，
能在阳间传誉。
身附众神只呀，
治愈众病疾，
没有些许差池。
至于该神灵的职能如何，缺乏文字记载。
门神和灶神，都是自汉族信仰文化中引进的神灵，其形象和祭祀形式基本与汉族相同。门神为武士形象，而灶神为老妇人形象。门神司家宅平安，灶神司炊食、监督人间节俭不浪费事宜。锡伯族每年举行送灶神仪式。
