2.适应实用的原则
事物的发展总是对立统一的，任何事物都有自身的特殊性。每所高校的学科状况各有千秋，学科建设的任务不尽相同。这种实际情况要求学科建设运行机制的设立必须考虑各个学校的实际情况和学科发展的基础，本着“立足本校，满足需求”的方针，找准结合点和切入点。运行机制适应性的培育需要讲究一定的方法，其表现是既能保持和发扬好传统学科的优势和特点，还要能够不断开辟新的领域和新的研究方向，在发展中促进学校创造和形成新的学科优势和特色。同时，健全运行机制的完善调节功能，对于那些脱离实际、观念陈旧、价值不大甚至对运行机制发挥有效作用的环节应根据需要进行调整，使其对学科建设发挥更为持久的作用。
3.创新发展的原则
发展是永恒的主题，发展性是适应性的逻辑要求。从学校的发展来看，所有高校一般都要经过由单科性院校发展到多科性院校然后成为综合性大学的过程。在这一过程中，学科的发展不仅包括提高学科质量和水平，也包括增加和构建新的学科，还包括改造、调整甚至取消一些无社会需要或无生命力的学科，最终使整个学校的学科形成一个优化的生态系统。这就决定了高校学科建设运行机制是一个动态过程，不能一劳永逸，必须根据变化的实际，主动适应社会变化和发展的需求，不断追求进步和发展，进而做出内在的调整。只有这样，学科建设的运行机制才能够较好地发挥作用，更加突出学科布局结构优化和学科群配套建设，明确建设重点和发展目标，确保学科建设始终体现出超前性和创新性，才能适应学科以及社会发展的需要。
4.可行有效的原则
高校学科建设的运行机制更应该具有可行性。如果失去了可行性，运行机制的建立就失去了意义。高校要充分考虑自身的发展现状和具体条件，特别是人才、条件、资金等方面的制约，设立运行机制遵循“有所为，有所不为”的建设思路，认真总结发展进程中的有效经验，通过互动、共生、融合，扬长避短，持之以恒，分层次按步骤滚动推进，能够体现出可操作性，推动学科之间的交叉、渗透、链接，不断催生新的学科生长点，实现学科在高度分化到高度综合基础上的可持续发展。
三、普通高校构建学科建设良性运行机制的主要任务
通过基本要素和基本原则的分析，我们知道，学科建设是一项复杂的系统工作，内涵丰富、外延宽广，搞好学科建设工作量很大，事关学校发展的全局。这种情况表明，学科建设必须尊重科学规律，构建一套完整、科学、良性的运行机制，促进学科建设步入制度化建设的轨道。从系统论上看，依照运行机制的科学内涵和基本特征，有必要对学科建设运行机制的基本任务做个梳理。
笔者认为，一套完备、科学、有活力的学科建设运行机制应该由管理决策机制、条件保障机制、调控约束机制、监督反馈机制、评价激励机制等部分整合而成。这几个分机制具有内在的联系，通过优化各机制的结构、效能及各机制之间的契合关系，共同在学科建设中发挥作用，推动学科建设各基本要素的良性发展，进而达到预期目标，带动学校教育事业的全面推进。因此，构建学科建设良性运行机制应该从以下方面狠下工夫：
（一）管理决策机制
传统的学科管理模式是以学院为基本单位，以博（硕）士点为依托，条块分割较为严重，学科建设的目标不明确，力量分散，限制了学科建设的深层次推进。为此，各普通高校应该顺应现代大学的发展趋势，把学科建设放在更加突出的位置上，建立起学科间的融合渗透通道，发挥集体优势，加强学科建设工作。为此，应该成立学科建设领导小组和学科建设专家咨询委员会，特别是专门的学科建设管理机构，理顺管理体制，明确责任权限，制定学科建设和发展规划及重点学科申报建设方案，通过建立学科建设管理决策机制，进一步加强学科建设管理，推进学科创新整合校内资源，全力推进学校的学科建设，不断优化学科布局、结构，切实提高学科整体实力和水平。
（二）条件保障机制
构成学科的基本要素是多方面的，要搞好学科建设，各个要素缺一不可。构建学科建设的条件保障机制，必须高度重视学科队伍建设，为学科建设提供有力的人才支撑。通过建立学科拔尖人才培养与选拔制度，实行学科带头人负责制，充分发挥他们在学术团队中的组织协调作用，营造优良的学术环境，打造高品质的学科团队；建设较高水平的学科基地，为学科团队发挥才能创造条件、提供空间，促进其加快成长；学科成长离不开科学研究，要营造鼓励创新的科研环境，完善科研资源共享制度，不断提高学科团队的科研水平和学术影响力；要做好后勤保障与服务工作，为学术团队提供必要的办公条件，加强图书文献建设，购置各学科门类所必需的文献资料……为学校的学科建设提供有力的后勤保障。
（三）调控约束机制
在学科建设的实施过程中，各高校应该围绕学科建设的总体目标，建立、完善调控约束机制。学校要结合不同实施主体的特点，制定与之相适应的、科学合理的调控约束制度和规范，明确组织的发展目标、运行程序和行为规范，合理设定各学科团队及其内部成员的责权利关系。通过签订学科建设目标责任书等有效形式，把总体目标任务层层分解、落实，并及时准确地向各层级进行目标引导和行为指导，确保各个学科团队及其成员能够围绕学校学科建设的目标和相关制度开展工作，确保学校学科建设能够得到有效的调控约束，为实现学校学科建设总体目标提供重要的制度保证。
（四）监督反馈机制
机制正常运行的各种信息需要得到及时准确的监督反馈。没有监督反馈，就无法准确了解工作中的实际状况与目标之间的不一致或不协调，也就不能修正和调整工作中不科学、不合理的行为和现象。高校学科建设运行机制也要有相应的监督反馈机制，及时分析学科建设的设定目标、具体措施在运行过程中的科学性和实用性，妥善解决学科建设中遇到的困难，找出问题形成的原因，为学校进一步修订学科建设发展规划、创新管理体制机制提供及时准确的信息和依据，从而明确完善措施，修正实施方案，以保障学科建设按照预期目标发展。
（五）评价激励机制
制度的发挥作用需要一种有效动力的支撑。制度的建立必须以人为本，最大限度地激发人们的积极性，这就需要建立一个公平竞争的评价激励机制，让内部成员准确理解学校在学科建设中提倡什么、鼓励什么、支持什么、反对什么，为不同类型的人员创造不同方向的学术发展模式，实行不同的绩效评价方式。这样既有利于学术活动的开展，又有利于团队、个人充分发挥积极性和主动性。通过积极发挥各种评价手段和激励制度的内在力量，鼓励有效竞争，实行优胜劣汰，调动学校各种力量在学科建设中的积极性和创造性，使学校有限资源得到最优化配置，从而提高学校的学术成果和质量，促进学科发展。
综上所述，学科建设内涵丰富、外延宽广，在普通高校教育事业发展中具有核心地位，对学校的长远发展有决定性的影响。而学科的发展有着基本规律，就其可持续发展而言，必须在把握基本原则的基础上，建设一套完整、科学、合乎实际的运行机制，进而促进学校学科建设不断优化结构、提升水平，提高人才培养质量，进而增强学校的综合实力和竞争力。
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