中世纪，教权和皇权在斗争中合作，又在合作中斗争。起初，教权在皇权的羽翼下成长，对皇权卑躬屈膝，极尽阿谀奉承之能事，但教权一旦壮大起来便同世俗皇权展开了你死我活的激烈斗争。各国君主针锋相对，锲而不舍，经过几个世纪艰苦卓绝的努力，皇权终于把他们的心腹大患彻底击垮，西欧人民得以谱写历史的新篇章。
亲密无间
公元5世纪时，西罗马帝国内部有人民起义，外部有蛮族入侵，处于一种日薄西山、气息奄奄的悲惨境地，最终在476年，帝国皇帝被日耳曼人废黜，宣告了帝国的灭亡。
作为帝国国教的基督教看到罗马帝国大势已去，转而拉拢讨好日耳曼人，建立墨洛温王朝（481～751）的克洛维成为他们的首选目标。在基督教强大的宗教攻势下，克洛维于496年皈依基督教，并命令全部士兵受洗入教，基督教在墨洛温王朝的庇护下度过了这段艰难岁月。当时的一位传教士承认，“若没有法兰克王国的支持，我就无法统治教徒，也无力保护教士。”
公元7世纪中叶，王权衰落，宫相当权，国王则成了“懒王”，矮子丕平（741～768在位）继任宫相后，在教会的支持下，于751年把墨洛温王朝最后一位国王送进了修道院，建立了加洛林王朝（752～887）。753年，伦巴第人入侵罗马地区，教皇斯蒂芬二世（752～757在位）亲自前往巴黎向丕平求援，为丕平加冕并封他为“罗马人的行政官”。丕平应教皇请求，于754年和756年先后两次出兵意大利，迫使伦巴第王把所侵占的拉韦纳总督管辖区和罗马地区交出，丕平则把这两块地区赠送给教皇，史称“丕平献土”，教皇国（757～1870）得以在意大利中部建立。从此，罗马教皇不仅成为了西方的精神领袖，而且成为意大利的世俗君主，除此之外，教皇还自认为有权废立皇帝，这为日后教权与皇权之争埋下了祸根。
丕平的儿子查理大帝（768～814在位）统治时期是法兰克王国的全盛时期。他在位的46年间共进行了55次征服战争，其中对萨克森人的讨伐长达33年。他在所征服之地不仅建立军事统治，而且强制推行基督教，修建大量教堂、修道院，结果弗里西亚、巴伐利亚以及奥地利大部分地区都皈依了基督教。教会在所占领的地区得到了大量封地，各地主教在封地内也有相应的权力，如按立神甫权、本教区内的惩戒权、征收什一税（居民将收入的十分之一交给教会）的权力。不过，此时的教皇的权力还是十分弱小的，查理大帝牢牢地控制着教会，主教均由皇帝任命，新教皇继位必须经皇帝批准，教会此时是为皇权服务的。一位主教在写给查理的信中说：“我积极致力于许多工作，以便培养很多人，为教会神圣的上帝服务，并装饰你的帝国政权。”796年，查理在致利奥三世的一封信中说的更明确，他说：“我的天职是用武力保护教会，使它不受异教徒的攻击蹂躏，在教会内部确保教会的纯正信仰，而圣父，你的职责则是用祈祷支持我的武力。”
799年，利奥三世在一次内部斗争中被打败，只身逃出罗马城向查理求救。800年，查理帮助利奥三世复位，在这一年的圣诞节，查理跪在圣彼得祭坛前祈祷时，利奥三世为感激他对自己的帮助，突然将一顶罗马皇帝的皇冠戴在他头上，周围的人喊道：“上帝加冕的虔诚的奥古斯都、伟大的爱好和平的恺撒万岁。”
814年查理逝世后，帝国衰落，最后分裂，教皇因失去了法兰克王国的支持而被罗马贵族控制。10世纪中叶，萨克森国王奥托一世（936～973在位）同教会结成同盟，帮助教皇摆脱了罗马贵族的控制，教皇为奥托加冕，封他为“神圣罗马帝国皇帝”。
在中世纪的最初几个世纪里，教会因为自身力量的弱小，不得不依附于皇权，二者相互支持，随着教会势力的巩固和发展，教权同世俗皇权的冲突不可避免，这就构成了中世纪后期二者关系的主要内容。
水火难容
随着势力的扩大，教会对皇权的控制日益不满，加强教皇权威、改革教皇选举制度，使教皇的选举摆脱皇帝的控制成为教会的首要目标。
1059年，教皇尼古拉二世（1058～1061在位）在拉特兰宫召开宗教会议，规定以后教皇只应由枢机主教团选立，神圣罗马帝国皇帝只有追认的权力。1061年，尼古拉二世去世，枢机主教在没有皇帝的干预下选出了新教皇亚历山大二世（1061～1073在位），为了应对皇帝的反对，教会同意大利南部的诺曼统治者妥协，承认他们在南意大利和西西里的统治地位；诺曼统治者则答应保卫罗马教会，保护教皇选举自由。
亚历山大二世开始插手世俗事务，他干涉德皇亨利四世（1056～1106在位）的婚姻，不准他休妻，反对亨利四世任命米兰大主教，并将亨利四世的几位亲信开除教籍。
格里高利七世（1073～1085在位）继任教皇后，同亨利四世展开了激烈的斗争，从此开始了教皇与德皇200年的斗争史。
格里高利七世反对神职买卖和神甫结婚，遭到德、法数千名主教和神甫的反对。德意志神职人员开会，宣称：“教皇最好把天使请来主持弥撒吧！”他们称格里高利七世为“神圣的魔鬼”，追随教皇的一名主教几乎被其他神职人员打死。格里高利七世愤怒地把一些德国主教免职，但这些主教依靠皇帝撑腰，根本不买教皇的账。为了对付反对派，教皇于1075年颁布《教皇敕令》27条，宣称教皇权力至上，一切君王应亲吻教皇的脚，唯有教皇一人有任命主教的权力，主张教士独身，亨利四世特别反对教皇剥夺皇帝的主教续任权，因为主教、修道院拥有巨大实力，主教续任权被剥夺将极大地削弱皇权的基础。当时亨利四世刚刚把萨克森人的反叛镇压下去，得意洋洋，根本不把教皇放在眼里。教皇威胁要废黜亨利四世，亨利四世毫不示弱，并于1076年1月在沃尔姆斯召开德意志主教会议，致信教皇，开头就说：“致希尔德布兰，不是教皇而是假僧侣”，信中指控教皇靠狡猾手段和金钱拉拢爬上教皇宝座，滥用权力，荒淫放荡等，并宣布废除教皇。
格里高利七世于同年2月在罗马召开宗教会议，宣布绝罚（天主教用语，逐出教会的意思）亨利四世，废黜其帝位，解除臣民对他的效忠誓约，这被称为“中世纪最著名的教皇敕令”，支持亨利四世的主教，或被停职，或受到开除出教的威胁。教皇敕令使德意志内部矛盾激化，反对派召开会议，宣布亨利四世如果在一年内不能恢复教籍，即取消其帝位。亨利四世陷于孤立，为了摆脱困境，不得不向教皇屈服。1077年1月，他亲自到意大利卡诺萨教皇所在城堡外，赤足披毡，一连三天请求教皇接受他的忏悔，最后教皇宽恕了他并撤销了绝罚令。这就是历史上著名的“卡诺莎事件”。亨利四世回国后，一批原来支持他的贵族、主教又集合在他周围，反对派则另选鲁尔道夫为皇帝。1080年，鲁尔道夫获胜，教皇立刻把他封为德意志皇帝，并再度废黜亨利四世，开除其教籍，但此项决定已失去了意义，因为亨利四世很快扭转局势，打败了鲁尔道夫，并且乘胜逼近罗马，围困了罗马两年，教皇向诺曼人求援，在诺曼人到来之前，罗马就被亨利四世攻克了，诺曼人逼近罗马后，亨利四世退出，诺曼人抢劫三天，烧毁了罗马城的三分之一，诺曼人撤走时，格里高利七世也随诺曼人南去，不久病逝。
1084年，亨利四世攻入罗马后，支持克雷芒三世（1087～1100在位）为教皇，忠于格里高利七世的枢机主教，先后选维克多三世（1086～1087在位）、乌尔班二世（1088～1099年在位）为教皇，两个教皇处于敌对状态，最后乌尔班二世利用十字军东征的时机，于1096年驱逐了克雷芒三世。
1106年，亨利四世死后，亨利五世继位，但亨利五世与下一任教皇又展开激烈斗争。
最后，亨利五世与卡利克斯特二世（1119～1124在位）签署了妥协的《沃尔姆斯宗教协定》，规定主教、修道院院长和各级神职人员由教会内部选举产生，产生分歧时皇帝有权干预，当选的主教由皇帝授予世俗权力，教会授予宗教权力。
但《沃尔姆斯宗教协定》并未使矛盾缓和，霍亨斯陶芬王朝的红胡子腓特烈一世（1152～1190在位）6次侵入意大利，自己扶持一个教皇对抗罗马教皇。1176年，腓特烈一世被支持教皇的伦巴第同盟打败，被迫乞和，并放弃了他所扶持的教皇。亚历山大三世（1159～1181在位）为杜绝以后皇帝对教皇选举的干预，于1179年制定了新的《教皇选举法》，规定教皇须经枢机主教三分之二以上的人赞同才能当选，此法现在还基本沿用。
上帝全能1198年，英诺森三世（1198～1216在位）继任教皇，他致力于实现“世界之主”这一目标，并且为此努力不止。1197年，亨利六世死时，其子西西里国王腓特烈年仅3岁，对立的贵族集团选出两个皇帝，英诺森三世利用皇位继承权的斗争，寻求扩大教皇权力的机会。他曾先后两次为奥托四世加冕，但当奥托四世企图染指教皇势力下的西西里王国后，他又把年幼的西西里国王腓特烈推选为德意志皇帝，称腓特烈二世（1212～1250在位）。
英诺森三世在与英王约翰的较量中更是获益匪浅。1205年，英国坎特伯雷大主教去世，教会和英王在人选问题上有矛盾，最后诉诸罗马教廷。英诺森三世趁机把自己的亲信兰顿任命为坎特伯雷大主教，约翰拒不接受，禁止其入境。1212年，英诺森三世宣布废黜约翰，并组织军队对其讨伐。1213年，约翰迫于形式，向教皇屈服，接受兰顿为坎特伯雷大主教，恢复教会财产，赔偿教会损失，以教皇的侍臣自居，每年向教会交纳1000镑贡金。
英诺森三世在位期间，是教皇权势的鼎盛时代，使英国、波兰、匈牙利、丹麦、葡萄牙都臣服于教皇，教皇势力在当时的整个欧洲都有着举足轻重的作用。
1216年，英诺森三世去世，洪诺留三世（1216～1227在位）继任教皇，腓特烈二世与教皇矛盾加剧，他把势力伸入意大利北部，教皇与意大利北部城市反抗，腓特烈二世被开除教籍。1243年，教皇英诺森四世（1243～1254在位）讨伐腓特烈二世，结果失败，教皇逃往法国。1248年，腓特烈二世被意大利城市联盟打败，两年后郁郁死去。从此，霍亨斯陶芬王朝没落，但教会也渐渐衰落下去，很快就落入了法王的控制之下。
皇权至上
13世纪末，法王腓力四世（1285～1314在位）成为法国第一个专制君主，由于国内统一战争和对英战争的需要，他决定向教会神职人员征税，此举严重影响了教皇的收入。教皇卜尼法斯八世（1294～1303在位）于1296年宣称世俗君主无权向神职人员征税。腓力四世针锋相对，下令禁止法国金银货币出境，教皇的政敌也趁机对他发起猛烈的攻击。卜尼法斯八世被迫让步，承认国王征税的权力。1301年，腓力四世以叛国罪逮捕了一名法国大主教，教皇命令法王释放主教，腓力四世置之不理，而且，法国三级会议也支持国王的决定。1303年，正当教皇准备绝罚腓力四世时，腓力四世派人前往罗马，勾结教皇的政敌，攻入教皇的住所，把卜尼法斯八世凌辱殴打一顿，卜尼法斯八世几周后便死去了。从此，教皇的权势由盛转衰。
1305年，在腓力四世的压力下，教会选举法国人克雷芒五世（1305～1314在位）为教皇，他因害怕意大利人民的反抗，不敢去罗马就职，于1309年把教皇宫邸迁到法国控制下的阿维农，受制于法王。直到1377年，教皇格里高利十一世（1370～1378在位）迁回罗马，史称“阿维农之囚”。为了维持教廷的奢侈生活，教会加重对什一税的征收，还增加各种苛捐杂税，买卖神职，引起了各阶层人民的不满，教皇的权威一落千丈。
1378年，乌尔班六世继任为教皇（1378～1389在位），4个月后，枢机主教们宣称他们是在受胁迫的情况下选出教皇的，此次选举无效，另选法国人克雷芒七世（1378～1394在位）为教皇，把教廷又迁回阿维农，但乌尔班六世拒不退位，在罗马组织教廷，两个教皇极力争取各国君主的支持，各国利用有利时机加强了王权。1409年，枢机团在比萨召开会议，另选新教皇亚历山大五世（1409～1410在位），但两个前任教皇也坚决不退位，结果形成了三个教皇并立的局面，这就是天主教大分裂时期。1417年，为了共同镇压农民起义，各国君主达成协议，同时废黜三个教皇，另选马丁五世（1417～1431在位）为新教皇，马丁五世对各国君主做出权力上的让步，天主教又重新实现了统一。
经过几个世纪激烈的明争暗斗，教会的势力渐渐衰弱，而世俗君主却日益强大起来，教会因自身的衰弱不堪再也无力干涉各国事务，强大的世俗王权终于战胜了曾经不可一世的封建神权。王权的胜利，为西欧民族国家的茁壮成长开辟了广阔的道路，资本主义也渐渐发展起来，西欧历史从此翻开了崭新的一页。
