所藏文件档案的整理工作是由担任档案员的西班牙多米尼克修道会人员进行的，在被日本占领时期，由维卡斯神父和阿乃兹神父负责，之后由阿拉瑙神父，盖遥神父，维拉婼勒神父进行分类整理。维拉婼勒神父继承下来之后一直持续到近些年，1957年开始进行分类整理的维拉婼勒神父，着手整理了19世纪后半叶圣托马斯大学的在籍学生的相关记录，包括那个时期与菲律宾革命有关的历史人物和当时的成绩册。
被分类整理出来的文件资料中，重要的有：罗马教皇的大诏书，西班牙王室条令，菲律宾总督与主教、教区之间互相交换的文件，会计账簿，教会的条约，布道内容，还有一些关于教义的问答书，请愿书，起誓书，以及收藏的定期刊物。收藏这些文件档案的地方，在被称为圣托玛斯大学文书档案馆的同时，也同时是修道会的文书档案馆。在圣托玛斯大学的定期刊物之中，有被美国统治时的反教会政治运动的报纸Libertas（1899—1918），有菲律宾天主教会的官方告示Boletin，还有大学的教师和学生办的正式的机关报Unitas和The Varsitarian等。并已确认，1972年之前发行的所有报纸都得到了收藏。
但整理工作方面还不十分完善，大量的文件未经整理就原封不动的放在了那里。经常在文书档案馆查阅资料的文化美术史研究家Esperanza B.Gatbonton在查阅完全没有分类整理的书架上的文件时，将这些文件都贴上带标题的标签，然后，再还回去。实际上，该学者做了相当于档案馆员的工作，至今为人所乐道。现在担任档案馆员的菲德尔·比亚罗埃洛神父因去年11月前往罗马就职，目前的整理工作不得不中断下来。赴任时间预计为1—2年，但接下来并无新档案馆员接任，只得暂由帕布罗·比亚罗埃洛临时代为接管。虽然在查阅文件档案方面没什么不便，但已74岁高龄的帕布罗·比亚罗埃洛神甫并无进一步整理文件资料的意向，因此，再次启动对文件档案的分类、整理工作还没有着落。
