在冬季十月十九日，刘秀下旨废黜王后郭圣通，立贵人阴丽华为王后，诏曰：王后怀执怨怼,数违教令,不能抚循它子,训长异室,宫闱之内,若见鹰鹯。既无关雎之德,而有吕、霍之风,岂可托以幼孤,恭承明祀。今遣大司徒涉、宗正吉持节,其上王后玺绶。阴贵人乡里良家,归自微贱。‘自我不见,于今三年。’宜奉宗庙,为天下母。主者详案旧典,时上尊号。异常之事,非国休福,不得上寿称庆。
殿中侍讲郅恽为此进言道:“臣闻夫妇之好,为父尚不能予以干涉，况属臣下?故而臣不敢有异，但愿陛下念其可否之计,勿令社稷有变。”
刘秀说:“爱卿能善用己心揣度朕，知朕必不有左右事而轻天下。”遂进次子辅为中山王,其母称中山太后,余下王子,皆由公爵进封为王爵。
郭圣通被废黜不久，张湛就推说病重不能上朝，授太中大夫，住在中东门馆舍，所以当时的人称他为中东门君。刘秀多次慰问赏赐他。
十月二十二日,刘秀幸章陵,修葺先人墓园祭庙，祭祀旧宅，巡视田地农舍，置酒作乐,大会宗室,不论男女,也不分老幼,并得列席,皆有赏赐。当时刘氏宗室的伯母、姑母、婶娘们因喝酒喝得酣畅高兴，在一起说：“刘秀小时候谨慎守信，和人交往不殷勤应酬，仅知柔和而已，素无争忤,谁想今日竟然如此尊荣！”
刘秀听说以后，大笑说：“吾理天下,亦欲以柔道行之。”宗室听了,相率欢腾。直至月光如银,罢宴散席。
宗室众人,连夜动手,把刘秀当夜的话书写装裱起来,供奉在先人宗庙里,顶礼膜拜,不敢忘记。
刘秀谕令有司,为舂陵宗室起祠堂,然后起驾还宫。十二月，从章陵回到洛阳。
这一年，莎车王贤又派使者进贡，请求设置都护。刘秀赐给贤西域都护印信绶带，以及车辆、旗帜、黄金、绵绣。敦煌太守裴遵上书说：“夷狄不可假以大权；又令诸国失望。”刘秀于是下诏书收回都护印信、绶带，把大将军印信、绶带改赐给贤。莎车使者不肯交换，裴遵强行夺回。贤从此开始怨恨，而仍诈称是西域都护，向西域各国发送文书，各国全都服从、归附。
同时，匈奴、鲜卑、赤山乌桓多次联合军队攻入边塞，屠杀官吏百姓，大肆掠夺。刘秀下诏任命襄贲令祭肜当辽东太守。祭肜勇猛有力，每当蛮族侵犯边境，他总是身先士卒，多次打败击退来犯者。祭肜乃祭遵的堂弟
而征侧等连年为寇作乱，朝廷命长沙、合浦、交趾等郡准备车辆船只，修筑道路、桥梁，打通山间溪谷的道路，储备粮食。任命马援当伏波将军、扶乐侯刘隆当副统帅，南征交趾。马援缘着大海推进，沿山开道一千余里，抵达浪泊。同征侧等交战，大败征侧，征侧部众四散奔逃，此乃后话。
建武十八年（公元42年）二月，蜀郡守将史歆反叛，攻打太守张穆，张穆越城逃跑。宕渠人杨伟等起兵响应史歆。刘秀派遣吴汉等率领一万余人进行讨伐。吴汉征调广汉、巴、蜀三郡的部队，包围成都一百余天。秋季，七月，攻陷成都，斩杀史歆等。吴汉于是乘筏顺江而下，抵达巴郡。扬伟等惊恐瓦解。吴汉诛杀了叛军首领，把他们的党羽数百家迁到南郡、长沙，凯旋而归。
这一年，刘秀在经常在宫里的时间不多，离宫很是频繁。二月，刘秀前往长安。三月，到达蒲坂，祭祀后土神，直至夏季，四月十五日，刘秀方返回洛阳。不日，前往河内郡。二十九日，返回洛阳皇宫
五月，发生旱灾。同月，卢芳从昌平返回后，内心疑虑恐惧，于是再度反叛，同闵堪互相攻击，连战数月。匈奴派数百名骑兵接卢芳到塞外。卢芳留在匈奴，十余年后，病死。
冬季，十月二十四日，刘秀前往宜城。返回时，在章陵祭祀父祖。十二月，回到洛阳。
建武十九年（公元43年）春季，正月十五日，刘秀追尊宣帝刘询为中宗。开始在太庙祭祀昭帝、元帝。在长安祭祠成帝、哀帝、平帝，在章陵祭祀刘秀高祖父舂陵节侯刘买及以下的先人。长安、章陵两地的祭庙，全由当地太守、县令、县长负责侍奉祭祀。
随后不久，贼寇单臣、傅镇等聚众进入原武城，自称将军，反了朝廷。
刘秀下诏，命太中大夫臧宫率兵包围原武城，却屡次攻城不克，士兵有不少伤亡。于是刘秀召集公卿、诸王询问方略，众人都说：“应该提高悬赏价格。”唯独皇子东海王刘阳说：“这群人被妖师、巫师所胁迫，势必不能长久。其中一定有后悔想逃跑的，只是外面围攻太急，不能逃走罢了。应该稍稍放松，让他们能够逃亡。逃亡溃散，有一个亭长就可以对付了。”
刘秀对此深以为然，命臧宫撤围，放走贼兵。果不其然，贼军四散。夏季，四月，攻陷原武城，斩杀单臣、傅镇等。因为此事，刘秀当着众臣又一次称赞了刘阳。而刘强越加不安了。
郭皇后被废，皇太子刘强心不自安，自生母被废之日，刘强便知自己的太子之位终有一日也要拱手让人，为了他日被动让人，这两年，他曾多次提出退位。这一次，郅恽劝告太子说：“长久地处在不稳定的位置上，上违背孝道，下靠近危险。不如辞去太子之位，以奉养母亲。”
刘强自是听从劝告，再次托刘秀左右亲信和诸王表达他的诚意，希望退居藩国。
终于在本年六月二十六日，刘秀下诏：“《春秋》之义，立子以贵。东海王阳，皇后之子，宜承大统。皇太子强，崇执谦退，愿备藩国，父子之情，重久违之。其以强为东海王，立阳为皇太子，改名庄。”
是夜，已贵为太子的刘庄来到长秋宫。他对阴丽华说：“母后，往后由儿臣来守护你，决不让旁人伤你分毫。”
阴丽华听后，心里真是百般滋味，她不知道自己从前那样做是不是对的，若不是叫刘庄看清残酷的事实，刘庄也不会对那位子生出那样的心，那个位子看似尊荣无限，其实要背负的东西很多很多，作为一个母亲，她并不愿自己的儿子去坐，可是她的儿子很像她，但凡决定的事，便会义无反顾的往前，况且她的儿子自有他的雄心壮志，对于儿子的能力她自是相信的。看着眼前英姿挺拔的翩翩少年郎，阴丽华不得不感叹时间过得真快，她如儿时那般抚摸了一下刘庄的脑袋，温柔的道：“只要你们安好，旁人便伤不了母后。”
刘庄点了点头，迟疑了一下，说：“母后，父皇他这两年过得并不好，虽然不知你们之间发生了什么事情，但父皇对母后是有情的，之前父皇所为兴许是伤了母后的心，但儿臣以为父皇兴许是有什么不得已的苦衷。”之前，刘秀对郭圣通多有纵容，他心里亦是有恨的，可这两年相处多了，近了，刘阳发现真相其实并不尽如自己所看，所知的那样。
阴丽华对此不以为然，打趣道：“怎么，你父皇给了你太子之位，你就立即倒戈相向了，真是让母后伤心。”
刘庄观阴丽华神色，便知是戏言，笑了笑，不复言。这种事，作为儿子，他不适合多言。
