万历二十五年（1597年）十一月，明军大集。邢玠决定集中重兵向日军反攻围剿。他将明军分为左、中、右三路。分别由李如梅、李芳春和高策统领。令大帅麻贵、经略杨镐，分督左、右路。由朝鲜东部的忠州、鸟岭向安东趋庆州，专攻清正。为了防止行长东援，一方面，令中路大军在宜城附近设防阻援。另一方面，在三路当中，又选精兵l，500人与朝鲜兵合营，由朝鲜西部的天安出发，向全州，南原大张旗鼓佯攻顺天，牵制行长。人马布署已定，于万历二十五年（1597年）十二月二十日，东方两路大军围攻庆州。庆州位于朝鲜东南部。其南为尉山。尉山依山为险有水路、陆路与釜山相通。而庆州又依尉山为险。因此，只要拿下尉山，庆州便垂手可得。大帅麻贵集中重兵首攻尉山。他先令高策扼守梁山，阻止釜山日军前来增援。然后遣董正谊在西部诈攻南原。目的在于牵制行长，使他无暇东顾。接着，再遣卢继忠统兵两千，把守西江口阻止日军从水路增援。布署既定，于十二月二十三日发起攻击。首先由游击将军摆寨，用轻骑诱敌深入。结果，斩首日军400余级。日军见势不妙，急忙退至尉山以南的岛山固守。第二天，游击将军茅国器，帅浙江兵再次攻击。又斩获日军661级。此后，不管明军如何挑战，目军终走坚壁不出。无奈，明军只得改为强攻。偏将陈寅亲率众兵砍断两重寨栅，猛打猛冲，颇为得力。日将清正见势不妙，严令坚守，不许出战。待陈寅砍断第二重寨栅以后，即要接近岛山城堡的时候，本应一鼓作气立即登城歼敌。但经略杨镐却命令士兵割取日军首级以便向朝廷报功。士兵得令以后，为了争功领赏，便纷纷放弃前敌，争抢首级。甚至为了一个首级竟互相争斗起来。结果，使明军阵势大乱。趁此时机，日军加固城堡，重新布署，获得了喘息机会。待李如梅再率兵进攻时，不但久攻不破，反而被日军的冷枪冷炮击伤甚多。无奈，只得以久困断粮之法，迫其投降。围困十日以后，虽然困得日军用纸充饥，军心涣散。但清正仍是死不投降。他一方面用假投降乏计怠缓明军，争取时间。另一方面，又暗中派人请行长前来增援。行长接信以后，担心明军袭击釜山大本营。因此，不敢全军出动。只派三千精兵，大造声势，分散明军注意力，动摇攻城的决心。同时，又派朝鲜奸臣李德馨向明军诈报说：“倭船扬帆而来。”杨镐听了以后大惊，单身策马西奔。将帅带头逃跑，全军即刻溃退下来。趁明军慌乱时机，清正出城反攻。一举杀死明军一万余人。就连卢续忠的三千精兵也无一幸存。事败以后，杨镐、麻贵只得率残兵败将逃至星州。星州坚守不住，又退回王京固守。至此，东路进攻宣告失败。
此役明军虽然惨败，但邢玠，杨镐和麻贵为了掩罪，不仅谎报尉山大捷，且将死伤的一万余人改称百余人，这种欺蔽朝廷的做法，为军前赞划丁应泰所不满。但因邢玠等人与内阁大学士张位，沈一贯暗中勾通。为了说服、争取丁应泰、邢玢、杨镐等人，特将内阁起草有关尉山“大捷”的票拟，出示给丁应泰看。意思是内阁都帮助遮盖，此事决不会败露。但丁应泰却忠直不从。不仅如此，还将尉山失守，邢玠、杨镐和麻贵的临阵脱逃，以及他们的欺蔽伎俩都如实地奏报给了明神宗。明神宗览奏以后大怒。令将张位削籍为民，杨镐罢职听勘（以天津巡抚万世德代替杨镐），邢玠暂时不问。
邢玠为了推卸责任，他把这次战役的失败，归于水军力量不足。经他奏请明神宗以后，又从江南招募大量水兵参战。万历二十六年（1598年）二月，邢玠重整旗鼓，再将明军分为四路，对日军进行第二次围剿。中路为李如梅。东路为麻贵，西路为刘挺。水路为陈磷。严令各守信地相机围剿。自从万历二十年（1592年）五月以来，日军已在朝鲜盘踞长达七年之久。从东南至西南沿海一千余里，都被日军占领，其中最重要的营垒有三处。即以釜山为中心，包括尉山、西生浦、机张营的东部营垒；以粟林、曳桥、顺天为中心的西部营垒。还有以泗州为中心的中部营垒。这三处分别由清正、行长和石曼子统领。这三个营垒均以大海为依托，由数千只战船在海上接应。阵势威严，实力极强。
万历二十六年（1598年）九月，明朝四路大军再次发起围剿。结果，西路刘挺攻取顺天，只是稍有斩获。东路麻贵攻取尉山。因为轻敌大意陷入伏击包围之中，致使全军覆没。中路副将董一元攻晋州，虽然初战一举克复，但在攻取泗州日军老营时，却久攻不下损失惨重。最后只得再退回晋州固守。总之，二次围剿战果极微，中日双方损失相当。战局仍然处在对峙阶段。
到了万历二十六年，（1598年）十月，明军突然接到福建都御史金学曾的奏报：丰臣秀吉已于万历二十六年七月初九日病死。并说侵朝日将都想回国夺位，已经无心再战。果然，到了十一月十七日深夜，盘踞在釜山的清正发船先走。行长，石曼子见清正已走，担心抢位不得，也挥军疾退。邢玠得悉以后，急忙命令全军乘机反攻。于是，麻贵攻岛山，西生浦；刘挺攻曳桥。共斩首日军160余级。日军中路将领石曼子见行长势危，急统水军前来增援，结果，被陈磷所统领的水军阻于海上。这次海战，异常激烈。明朝老将邓子龙表现尤为勇猛。他与朝鲜统制李舜臣共督水兵一千余人，驾三条巨舰为先锋。后来他又选二百名水兵跃入朝鲜旗舰，“直前奋击”使“贼死无算。”但不幸的是，邓子龙的旗舰竟被自家炮火误伤，致使旗舰起火。日军乘机发起攻击，邓子龙奋战而死。李舜臣见邓子龙受伤，急来援救。行进当中不幸被日军炮火炸死。海战当中，日军损失也十分惨重。日将石曼子被明军火力送了命。到了万历二十七年（1599年）二月底，日军全部撤离朝鲜。至此，朝鲜失地全被光复。
丁应泰和科臣徐观澜等人，虽然数次弹劾邢玠等人“欺君卖国”。但因二次东征毕竟侥幸取胜。在“一好遮百丑”的形势下，明神宗：“念将士劳苦”全置不问。而丁应泰却被邢玠污指而落职。
万历二十七年（1599年）四月二十五日，正式宣告东征大捷。明神宗御午门受俘。枭磔平秀政，平政成等六十一人，对邢玠以下的东征将士，全部给予恩荫。前兵部尚书石星长期囹圄瘐死狱中，杨元、沈维敬被斩于市。
抗倭援朝，战、和长达七年之久。抗倭战争之所以“剿既不足以树威，而抚又不能著信”，主要原因是朝政腐败，将官怀私。假如不是丰臣秀吉意外病亡，那么抗倭援朝的胜负还很难断定。正如谷应泰所说的：“向非关白恶贯病亡，诸倭扬帆解散，善后之策，茫无津涯。”
自从万历十年（1582年）六月张居正病故以后，明神宗独自主政共三十八年。在这三十八年当中，虽然他专权怠惰、郊庙不亲，章奏不阅，被酒、色、财、气“四病”所缠绕。但在抗倭援朝的事件上，却表现得态度坚决，慷慨大方。是他一生当中政绩最好的点。
万历二十年（1592年）五月初十日，朝鲜国王李昖以“倭船数百直犯釜山，焚烧房屋，甚猖獗”为理由，急请朝廷出兵援救。明神宗览奏以后，立即谕令辽东先发精兵二支过江应援。但到了六月二十一日，这两支援军仍然还停留在鸭绿江边徘徊不敢进的时候，明神宗十分不悦。立即谕旨斥责说：“援兵久遣，岂容迟误？今后各边镇事情，毋拘奏请，致误军机。”同年七月，内阁就出兵援救朝鲜一事，召开府、部九卿及科道官会议。会上有不少大臣坚持只在鸭绿江边设防坚守，反对出兵援救朝鲜。但明神宗以“朝鲜被陷，无贻他日边患，”为理由，坚决谕令出兵朝鲜。由于明神宗的果断决策，对于挽救朝鲜，打击日本侵略者的嚣张气焰，保护明朝的领土完整，都起到了十分关键性的作用。
万历二十一年（1593年）一月，平壤大捷，共擒斩日军1，600余级，焚死溺死无以数计。明神宗览奏后大悦，谕令“乘胜鼓勇，务于荡平。”万历二十五年（1597年）二月，日本撕毁受封和约二次进犯朝鲜。朝鲜陪臣郑期远到北京哭诉求援。此时明军虽然已经十分疲惫，但明神宗仍然毫不犹豫，立即谕令邢玠为总督，麻贵为备倭大将军，先后调集水路大军共95，000人，二次渡江援助朝鲜。自从万历二十年（1592年）五月抗倭援朝开始以来，朝廷耗费白银已达400余万两，粮饷近二百万石，死伤军士万人以上。在已经做了如此重大牺。牲的情况下，仍然毫不犹豫地再次做出二次援朝的决定，没有“天朝”保护“小邦”的高度责任感，没有长远的战略眼光，没有打击侵略者的胆略，是决不可能做到的。这种思想，正象明神宗自己所说的：“朝廷不以损伤为拘，但期荡贼以安藩服。”
明神宗本是个好货嗜利十分自私、吝啬的皇帝。从万历六年（1578年）开始，他不顾张居正等人的谏止，将每年用于内宫的100万两金花银增至120万两。万历二十四年（1596年）以后，他又派遣太监到各省额外征收矿税银供自己享用。真可谓是以金钱珠玉为命脉。但在抗倭援朝问题上，虽然在江南各省，为了东征又额外增加了赋税，但从总体来看，明神宗却表现得相当慷慨。万历二十年（1592年）五月，当令辽东发精兵二支的时候，明神宗即时发银二万两用于前线犒赏全军。不久，又发银二十万两供辽东备用。万历二十一年（1593年）二月，经略宋应昌奏报说，东征兵力单弱，粮饷不足。明神宗览奏以后马上谕旨户、兵二部。说你部职司兵食，义当齐力一心，共济国事。筹集钱粮“务使东征四、五万人可够半年支用。”做到“饷可资兵，兵不靡饷。”万历二十五年（1597年）五月至八月，正是二次援朝战事最紧张的阶段。明神宗为了鼓励全军将士奋勇作战，仅在这四个月内，就发去白银4lO，680两。抗倭援朝先后共进行了七年之久。共耗去白银780万两，粮饷数百万石，但明神宗却对此毫不吝惜。
明神宗对于朝鲜始终宽宏大量、怀有体悯之心。万历二十年（1592年）七月，辽东巡抚郝杰报称，说日军已渡过大同江，朝鲜君臣全部北逃。郝杰担心李昖兵败逃入辽东。郝杰认为如是那样，“拒之不仁，纳之难处。”但明神宗却以“国王逃避可悯，”令在东北给朝鲜国王，“择善地居之，”同时，还谕令一切供膳从厚给予。万历二十五年（1597年）九月，经略朝鲜御史杨镐，弹劾朝鲜“隐匿粮物”不肯支援官军。但明神宗览奏以后却认为，“朝鲜连年疲敝不能自振，以致欺隐粮物。（李昖）全无举察，情有可怜，非尽险诈。朕亦推诚不疑。”但也立即敕谕李昖说：“但如此愚计，岂整顿乱邦之道？我以大恤小之仁，当效同舟共济之义。集合兵饷，协力平倭，毋怀疑贰，自取败亡。”
明神宗对于朝鲜奋力抗倭所取得的胜利，总是给予鼓励。而对李昖的荒淫误国，也进行了严厉斥责。万历二十年（1592年）十月，李昖奏报说，朝鲜官军共斩获倭级1250余级，烧毁日船120支，夺获战马97匹。明神宗览奏以后谕令发银三千两，赏赐有功将士及优恤死伤将士，并赐李昖大红蟒衣二袭、彩缎四表里。同时，敕谕李昖说：“严督运将，集兵恢复。无负中国援救之意。”万历二十一年（1593年）九月，兵部职方司主事曾伟芳，弹劾李昖荒淫堕政。陈请明神宗“责其失土之罪。”明神宗览奏以后，马上敕谕李昖：“偷玩细娱，不修军实，启侮诲盗。”
万历二十七年（1599年）四月东征告捷以后，李昖为了整军自卫，于万历二十九年（1601年）十一月，遣陪臣柳根等二十二人到北京购置火器（焰硝二千斤，弓面二百对，牛角八十对）。明神宗不仅准卖，且谕令兵部备车送行。万历二十七年（1599年）四月，东征大捷以后，明神宗谕旨，特留把总肖靖国帮助朝鲜训练军队。万历三十年（1602年）二月，肖靖国事毕回国。明神宗特别谕旨朝鲜：“时加操守，分布周防。毋得恃安弛备，复蹈前辙。”
朝鲜民众对于明朝的慷慨援救，始终感激万分。万历二十一年（1593年）一月，宋应昌因复平壤，克开城，取得了二战二捷的伟大胜利。后来，朝鲜人民为了纪念宋应昌，特给他建庙立碑，世世祭祀。以后，在釜山又特为邢玠建庙并铸铜像以示纪念。
明神宗对于与日本和谈，始终坚持原则，不妥协不让步。只是因为受到主和派的蒙蔽和策动，所以才在撤军与和谈问题上出现了重大失误。但就明神宗在整个援朝抗倭过程中，所表现的维护中国神圣领土完整，保护朝鲜不受侵犯，坚决反对侵略的思想和行动，是永远值得后人肯定和颂扬的。万历二十八年（1600年）五月，明神宗曾经对兵部下过一道最著名的谕旨，就是这种思想的有力证明。他说：“朝鲜被倭侵凌，几致沦亡。朕念东国藩篱世效忠顺，特命文武将吏督兵进剿。不惜数百万之粮饷，七年之焦劳，荡平海氛，全复属国，布告天下。继而留兵善后，始终保全又已二年。”接着，又针对一些阁部大臣，反对在战后继续援助朝鲜的错误议论，斥责说：“督抚邢玠等，以撤兵留饷谨始虑终来奏，朕屡旨九卿会议。今廷议纷纷，何时可定？朕以撤兵留饷庶可休息。但朝鲜颓靡不振，倘若狡倭乘虚复来，岂惟属国之被深害，亦天朝之弃前功也。”最后，又对战后朝鲜的防务事宜戒谕说：“尔部（兵部）行与经略万世德等，博采远虑，评议兵马撤留（及）粮饷事宜。务要安全，毋图自便，首鼠两端，致遗后患！如有谋国不终，在彼无效者，宪典具在。不论在任去任，追究重治！”这道谕旨，不仅是对七年援朝抗倭的精辟总结，也是嗣后帮助朝鲜起废振堕、自强自保，对朝鲜负责到底的政治宣言。
