正使潜逃，不仅大伤国体，且使封典难以进行。明神宗得悉以后大怒，急令逮李宗城下狱。到了此时，兵部尚书石星才感到犯了大错。为此，他向明神宗上疏谢罪说：“明不足以知人，智不足以料敌。稽迟祗牾遂致于此”。对于这件事，给事中徐成楚总结得好：“沈维敬堕关白（丰臣秀吉）术中，枢臣（石星）又堕沈维敬术中。以致溃败决裂不可收拾。”
李宗城虽然深夜潜逃，但是由于不是日本方面的原因，所以丰臣秀吉令行长仍然保持冷静，不要采取任何军事行动。据此，辽东巡抚李化龙和副使杨方享分别报称：说李正使虽然出逃，但倭情仍然“帖然无哗”并无变动。并说：“关白闻封甚喜，盖造馆舍已完，”只待册使前行。大学士赵志皋，兵部尚书石星听了此报以后，思想又活跃起来，认为封事仍然有希望，陈请将杨方享升为正使，再渡海册封。但是明神宗却从李宗城的出逃事情中，对前方的情况产生了疑问。为了解开疑团，想改派风力科臣为正使前去册封。一则想借此将前方情况彻底勘明。二则想以“忠义之道”速完东事。但是因为赵志皋和石星担心这样做以后，他们与李宗城，杨方享密谋草完东事的底细被揭露出来，所以便以路途遥远，费时费力，且容易引起丰臣秀吉的猜疑为借口，坚请改杨方享为正使，“以完目前之局”。神宗无奈，只得允许照行。
日本加紧备战。磨刀霍霍，前方封事又如此混乱被动，满朝文武大臣都认为“战争即起，封事无望”，纷纷上疏陈请罢封准备再战。而明神宗对前方的情况却若明若暗，想另派科臣前去勘查又得不到支持。所以思想烦乱，情绪极坏。怒气之下，便失去常态，又将奏请罢封的御使曹学程，工部郎中岳元声，吏科给事中叶继美等人一律革职为民。这样做还不足以发泄怒气，又夺礼、兵二部堂上官俸各四个月。
万历二十四年（1596年）六月十五日，杨方享在赵志皋、石星的催促下，竟不顾数千日军仍然驻在釜山、数万日军准备再犯的情况，便匆忙渡海前去册封。丰臣秀吉虽然不满足于一个没有任何实际内容的虚号，同时马上就要发兵再犯朝鲜。但他认为，却可以利用这个虚号提高、巩固自己的统治地位。因此，当杨方享到达日本以后，丰臣秀吉表现得十分“恭顺”、“有礼”。万历二十四年（1596年）九月初二日，丰臣秀吉在大坂正式受封。受封时，行五拜三叩头礼，山呼万岁。将事情做得十分真切。
朝鲜国王李昖，原想遣王子光海君携带重礼前去日本祝贺封典。但因听了倭臣（日本奸细）李德馨的意见以后，便降级改遣州判朴弘长为使臣，只携带白土釉等一般礼物前赴日本。由于这种做法是丰臣秀吉指使李德馨所为。所以被丰臣秀吉找到了再犯朝鲜的借口。为此，丰臣秀吉向沈维敬说：“今以卑官微物来贺，（是）辱小邦耶？辱天朝耶！”要求明朝降罪于朝鲜。同时以监督明朝降罪朝鲜的实施情况为借口，特留石曼子驻在朝鲜。杨方享和沈维敬对于丰臣秀吉的这种挑衅性的毁约行为，本应严辞拒绝，立即废除封号，返回朝廷。但因沈维敬早已里通外国，成了日本的奸细。而杨方享又为了“苟且了结封事”尽早归朝，所以对这个蛮横的做法，竟未置与否。于万历二十四年（1596年）九月初九日动身回国。沈维敬为了欺骗明神宗，表明丰臣秀吉对明朝的“恭顺”，竟自己出钱从日本购买所谓“天鹅绒”、“猩猩毯”。回国以后，特以丰臣秀吉的名义奉献给明神宗。后经杨方享揭发，方知“天鹅绒”本来是中国广东出产的剪羊绒。猩猩毯就是中国最普通的羊毛毯。所有这些欺骗行径，正象石星当初自己说过的：“明不足以知人”。因此，整个封事完全败坏在主和派的妥协和奸人谋私、通敌的手里。
丰臣秀吉被明朝封为日本国王以后，使他在国内的统治地位进一步得到了加强。经过利用和谈时间做好了充分准备以后，决定再次发动侵朝战争。
万历二十五年（1597年）一月二十五日，朝鲜国王李昖奏报：“倭情紧急”，急请明朝再次出兵援救。但兵部尚书石星，却对丰臣秀吉的“恭顺”，仍然坚信不疑。说丰臣秀吉感激天朝赐与封典，迎候使臣始终无愆礼。日本发兵这是去年（万历二十四年（1596年））的事情。目的只是为了探听皇上处分朝鲜的情况，别无他意。又说，这件事情，已令沈维敬在釜山进行调解。最后又极为乐观地说：“东事已完，保无他虞。”大学士赵志皋也认为丰臣秀吉态度“诚恳”，没有必要再兴师动众以开祸端。但事实确给了他们一记响亮的耳光。到了万历二十五年（1597年）二月初，朝鲜陪臣郑期远，亲自奔赴北京前来哭诉求救。此时，恰好辽东副总兵马栋也报称：倭将清正，领兵船二百艘约两万余人（后增至十四万人），已于万历二十五年（1597年）一月十四日进驻机张营。进而又侵犯大宁，其势甚张。到了此时，明神宗这才恍然大悟。发觉被石星、沈维敬等人所愚弄。而杨方享为了推卸责任，自料不能遮掩，便将石星当初命令自己向日方妥协、草完封事的十五封密信和沈维敬的通敌罪状一并上奏给明神宗。明神宗览奏以后大怒，谕令逮石星下狱。
到了万历二十五年（1597年）二月。日军再向朝鲜开进兵船560余艘。先头部队已经深入到晋州附近，“朝鲜存亡已不可知”。明神宗为了尽到“天朝”之责，惠施“恤小邦之仁”，决定二次发兵援救朝鲜。万历二十五年（1597年）三月，特命兵部尚书邢玠总督蓟辽，改麻贵为备倭大将军经略朝鲜。佥都御史杨镐，驻天津备援（后来到朝鲜任经略）。又命丁应泰，杨汝南为军前赞划。
当时明朝在朝鲜的驻守兵力仅剩下19，000人。经过征调西南土兵，和蓟辽、宣大、山西、陕西马步兵及江南水兵以后，到了万历二十六年（1598年）四月，先后入朝的陆军为71，000人，水军为24，000人。比第一次入朝人数多两万余人。二次入朝的作战方略，经过邢玠与参军李应试谋划以后，确定为“阳战阴和，阳剿阴抚”。战争进程大体上分为三个阶段：万历二十五年（1597年）六月至十一月底，为日军进攻明军出兵迎战阶段；万历二十五年十二月至万历二十六年（1598年）十一月中旬，为明军进攻，日军迎战阶段；万历二十六年十一月十七日至万历二十七年（1599年）二月，为日军退却，明军反攻阶段。
万历二十五年（1597年）六月，日军十四万人，兵分东、西两路，分别从釜山、加德、安骨、安窟等地登陆。到了七月，依次夺得梁山、三浪、庆州、闲山和朝鲜西海口的恭山岛。八月布防既定，日将清正开始围攻南原。明朝守将杨元弃城而逃。此时，驻守在全州（距南原以北百余里）的守将陈愚忠，得悉南原失守以后，便也放弃全州向北逃至公州。这样南原，全州两城不战而失。朝鲜南部的几个州郡几乎全被日军占领。因而总兵官麻贵对战争的前途顿失信心。建议邢玠放弃王京，将明军撤至鸭绿江边困守。但这个逃跑主义的建议遭到海防使肖应官的反对以后，邢玠才未敢实行。困惑之中只得令麻贵暂时固守稷山。此时，恰好朝鲜将领李云翼，由王京以东的鸟岭出师清州道进行侧应。邢玢便乘此时机到王京进行战地布防。这样，慌乱的军心才稍稍稳定。
当万历二十五年（1597年）六月，日军登陆向朝鲜大举进犯的时候，沈维敬利用调解日、朝两国关系的合法身份，暗中又向日军传送情报并做响导。后来邢玢用计将沈维敬擒获以后，这才使日军失去耳目。万历二十五年（1597年）九月，日军已进至汉江。邢玠便假借沈维敬的名义，给行长写信。信中说，明朝怪罪日本违约动兵。扬言明朝准备出动七十万大军围剿日军。行长接到沈维敬的“手书”以后，信以为真，心里慌张。不久，便退至王京以南六百里的井邑驻守。而清正也退至王京以南四百里的庆尚。至此以后，日军不敢再主动进攻，战局出现了相持态势，日军的南退。实际上是邢玠假借沈维敬的特殊身份，实施恐啭计谋的结果。而麻贵却想就此时机向朝廷慌报在青山，稷山获得“大捷”。但海防使肖应官却反对说：“倭以维敬手书而退，青山、稷山并未接哉，何得言功？”因为此言为邢玠、杨镐、麻贵所不满，不久，便污指肖应宫怯敌不战，不亲自解送沈维敬回朝为名，逮肖应宫下狱。
