皇太孙朱允的一生似乎比他的父亲朱标要幸运，他的大哥朱雄英年早逝，朱元璋在再三考虑之后，终于将他立为储君，而他在过了六年胆战心惊的生活之后，终于告别了储君之路，登上了皇位，然而这一切只是又一个悲剧的开始。
太祖立储
朱元璋戎马生涯十几年，深知创业艰难，守业更加艰难，因此他对接班人的培养尤为重视。朱元璋登上皇位的第一件事，就是册立嫡长子朱标为皇太子，并请当世名儒宋濂当太子的老师。不幸的是，太子朱标还没有来得及登上帝位，就在洪武二十五年（1392）去世了。
这样一来，朱元璋制定的立嫡长子为储君的制度受到了考验，朱元璋只能重新选择继承人。根据立嫡长子为储君的制度，朱元璋应该将皇位传给朱标的长子朱雄英，可是，朱雄英也是过早地离开了人世。这样一来，朱标的二儿子朱允就成为了皇位的第一候选人。
可是在朱元璋的心里，这个比朱标还亲近儒学的孙子，似乎不可能担负起治理国家的重任。朱元璋也曾考虑过其他几个儿子，二子秦王朱有雄心，但是荒唐成性。倒是四子燕王朱棣文武双全，又为国家立过军功，和自己有几分相似之处，是个很好的人选。朱元璋一时犹豫不决，在一次与几个心腹大臣的对话中，有意流露出要立燕王为储君的想法，想听听其他人的意见。
翰林学士刘三吾首先认为不可，觉得这样不合礼制。早在建国初期，朱元璋就一口气给二十几个儿子都分了土地，立了王，其中第二、三、四子分别封为秦、晋、燕三王，三人的封地皆为边疆重镇，且手握重兵，一旦因为立储发生内讧，后果不堪设想。朱元璋觉得刘三吾说得有道理，最终将朱允立为储君。
洪武三十一年（1398）闰五月，明太祖朱元璋驾崩，享年七十一岁，皇太孙朱允即位，年号建文，史称建文帝。
建文新政
朱允登基后便着手改革，修改了朱元璋立下的一些弊政，史称“建文新政”。他重用一批儒士文人实施新政，进行改革，给百姓和官吏们一个宽松的环境。建文帝主张实行惠民政策，他下令减免租赋、赈济灾民，老弱病残皆由国家所养，重农业、办学校，任用贤能，并派侍郎暴昭、夏原吉等二十四人任采访史，专门巡视天下，体察民情。
建文帝还有意改变洪武时期尚武的风气，加强文官在政事上的地位，于是大开科举考试，广招饱学之士并授以官职，很快在他的身边聚集了很多人才，这些人成了建文帝一朝的重臣。在这种情况下，文人们的胆量也比先朝大了许多，他们敢于表达自己的想法，对建文帝更是忠心耿耿，这也是为什么后来会有大批文臣愿为建文帝殉难的原因。
建国之初，朱元璋以严刑酷法治国。朱允登基后，以《大明律》对照历朝法律，修改了其中一些比较重的律法，即位仅一个多月，便对全国性的冤狱进行平反，一批无辜的人被释放出来，监狱中的罪犯比洪武时期竟然减少了三分之二。
建文元年（1399）正月，建文帝颁布诏令，减轻江浙地区的田税。因为朱元璋攻打张士诚的时候，江浙地区的乡绅富甲们支持张士诚，使得朱元璋耗费了很大的力量。建国后，朱元璋下令对江浙地区加以重税。建文帝认为重税只可惩一时，不应形成定制，于是减了江浙地区的田税。不过建文帝受儒家思想熏陶过于严重，其改革未免有些理想主义色彩，这也是他最后成为一个失国君主的主要原因。
改革削藩
建文帝早就看出这些割据一方的藩王拥兵自重，对自己的皇权产生了极大的威胁，其中尤以他的四叔朱棣对他形成的威胁最大。在这些年与蒙古的作战中，他的军队不断壮大，对建文帝的皇权形成了巨大的冲击。
建文帝登基后急于削藩，他削藩的第一个目标就是周王朱（朱元璋的第五个儿子）。他密令李文忠的儿子李景隆打着北上备边的名义，兵临开封，趁周王不备，突然将他抓捕回京。接着，建文帝将周王遣到了云南，后来不放心，又召回京城禁锢起来。建文帝之所以将周王列为第一目标，主要是因为他是燕王朱棣的胞弟，与朱棣的关系最近，先打击他就有先去燕王手足的意思。随后，建文帝又以各种罪名，先后废掉了湘王、齐王、代王、岷王，然后把目标指向了燕王朱棣。
早在削藩朝议的时候，朝臣们就提出了四种方案。第一种是效仿汉代“推恩”法，将藩王属地分封给诸子孙，而不是仅嫡长子一人，从而达到分权的目的。第二种是将诸藩王的领头人燕王调离藩地，再行大举削藩。第三种是先从弱小的藩王削起，剪除燕王羽翼，待机再削燕王。第四种是擒贼先擒王，直接铲除燕王，其他诸王便无力反抗了。
其实建文帝清楚地知道此次削藩的主要目标只有燕王一人，因此这四种方案数第三种最差，可是建文帝偏偏采纳了第三种方案，这实际上是在打草惊蛇。他没有先削燕王，而是先拿燕王的同胞兄弟周王开刀，这种做法必然引起燕王的警惕，一场战争不可避免。
靖难之役
为了消灭燕王，建文帝朱允先是令张为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以观察燕王朱棣在北平的一举一动。接着，他又令都督宋忠、徐凯、耿屯兵开平、临清、山海关三地，主要目的是封锁朱棣的军事要道，断绝其外援。然而建文帝的这一系列举动并没有达到预期的效果。
建文帝下落之谜
关于建文帝的下落，历来众说纷纭。一是自焚说。据永乐年间修成的《实录》和清初《明史稿》等书的记载，建文帝在燕王攻下南京城后，下令焚烧宫殿，他和皇后马氏跳入火中自焚，妃嫔、侍从等大都随他蹈火而死。燕王朱棣入宫后，搜查建文帝下落，从火堆里扒出一具看不出是谁的尸体，朱棣下令把尸体用天子礼节埋葬了。二是削发为僧说。据说建文帝看到大势已去，想要自杀，一个内臣告诉他，朱元璋临终前曾给他留下一个箱子，并让他在大难时使用。建文帝开箱看到里边有三张度牒，上面写着建文帝等三个人的名字，还有僧衣等物。建文帝和两个随从削发出京，流落到民间为僧。
建文元年（1399）六月，齐泰将燕使邓庸收审，获得朱棣谋反的罪状，于是发兵逮捕燕王府的官属，并密令张信抓捕朱棣，哪知张信是朱棣的旧部，不仅没有将朱棣抓捕，反倒降了朱棣，给了朱棣一定的准备时间。七月，朱棣计杀张、谢贵，并令燕王府护卫指挥张玉、朱能率兵夺取北平九门，获得了整个北平的控制权。朱棣采纳谋臣道衍的建议，根据祖训，打出诛灭“奸臣”齐泰、黄子澄的清君侧大旗，以“靖难”为名，公然造反。
八月，朱允请出朱元璋留下的唯一的旧将耿炳文任大将军，率军三十万讨伐燕王。耿炳文先锋抵达雄县（今河北雄县），被燕军大败，战死九千多人。接着又在真定（今河北正定）交锋，再次大败。朱允派前朝名将李文忠之子李景隆接替耿炳文大将军之职，调兵五十万，围攻北平。十月，朱棣亲率精骑袭大宁，挟持宁王朱权和他的妃子、世子们，得到当时大明王朝最强的骑兵朵颜三卫，与李景隆战于郑灞，李景隆军大败。
建文三年（1401）二月，燕军大举南下，三月间连败盛庸于滹沱河，败吴杰于藁城。当时朱棣虽然胜多败少，可损失甚为严重，而朝廷兵多且多有外援，燕军在河北、山东攻下的城池，很快又被朝廷占据，此时的战局，朱棣的形势要比朱允困难得多。
建文四年（1402）正月，朱棣避开敌军主力，挥军南下，连破何福、平安师、泗州、扬州等城，孤注一掷，拼死挥师直指南京。建文帝让庆成郡主向朱棣乞求割地求和，朱棣不肯。六月，江防都督陈瑄率舟师降燕，朱棣乘势打下镇江，孤军打到南京城下。南京城本是坚固无比，就算空虚，如若坚守待援，待些时日，援兵一到，燕王朱棣就会处于腹背受敌的困境之中，但南京城中的谷王朱与李景隆反叛建文帝，竟然打开金川门迎降朱棣。仅在皇位上坐了不到四年的建文帝朱允，绝望之下火烧中宫，从此不知去向。
