与现代的民主政体相比，古代的君王制有着更多的不稳定性。君主是世袭的，排他性很强，选择面又小，所以皇位的继承常常发生问题，给国家政治的安定，民族的发展，都带来许多不良影响。
英宗被幽禁在南宫，做着太上皇，并没有失去在皇位出缺的情况下重新秉政的合法性，而他的儿子也依旧做着皇太子。然而，明朝早已不是禅让的上古之世，景帝也只是个凡夫俗子。他不是没有儿子，老子既然为皇帝，小子理当为太子，他登基之初就有这种想法，但苦无借口。不过投机者却已看好这个机会。1451年，指挥佥事黄竑杀害他的庶弟广西思明府致仕知府黄王罔一家四口，被明政府追捕得很紧。他急中生智，派人到北京叩阙奏上《永固国本疏》，首先提出更换太子的建议。景帝看到这一奏疏，惊叹“万里之外乃有此忠臣”，不但赦免了黄竑的死罪，还给他加官进爵，让他全家移居北京。接着，1452年5月20日，景帝册立皇妃杭氏为皇后、长子见济为皇太子，同时废皇后汪氏，改封原皇太子为沂王。无奈朱见济不争气，被立为皇太子一年零七个月后就夭逝了，景帝伤心地赐谥“怀献”。由此，皇权中就潜藏着不安定因素，那些敏感的官员，像礼部郎中章纶、御史钟同等人，都上奏提议复立沂王。景帝当时不过27岁，妃子又众多，当然不甘心拱手将皇位继承权归还老兄的子嗣，对章纶诸人的奏议也就肝火大动，把上奏人统统投进监狱。不过，景帝不是宋高宗，不能让皇兄客死异乡，又顾念手足情，不能对英宗父子狠下毒手。因此，景泰朝的皇位继承人始终是个问题。
于谦更不是秦桧，而是一个典型的以国家、人民与道义为生命的儒者。在皇位继承人的问题上，他没有迎合景帝的要求。他先是以辞兼官双俸的婉转方式表示了对易太子的不赞成。怀献太子死后，更是主张复立沂王。从此，景帝对他也不像以往那样信任。1452年易太子后，景帝就将他的亲信旧臣曾任成阝王府长史的南京礼部尚书仪铭调为兵部尚书，协理部事，给于谦派了一个监督者。
于谦为人正直，做事只为国计，不避嫌怨，因此得罪了不少人。在他得罪的人中，有两个人后来就靠踩着他的尸骨爬上了权力的巅峰。一个是石亨，一个是徐有贞。
石亨本是于谦荐拔的将领。北京保卫战胜利后，石亨得封世袭武清侯，而功勋在他之上的于谦仅得加衔少保。石亨心中有愧，又觉得于谦这样做不利于他冒功安排亲朋好友，便上疏请授给于谦之子于冕一个官职。但于谦非但不感谢，而且还给他一顿责备，石亨从此怀恨在心。于谦治军严，石亨任何谋私的行为都躲不过他的眼睛，石亨对于谦更是觉得如芒刺在背。
徐有贞原名珵，本是一个投机家。1449年倡议南迁跌了一大交，因此多年没升官。他于是开始攀附达官贵人。他送给大学士陈循一条玉带，陈循就到于谦面前替他求官国子监祭酒。于谦见徐有贞有些才华，倒也没有计较他倡议南迁的事，便在景帝面前推荐他。当时徐有贞仍名珵。景帝对于谦说：“徐珵倡议南迁，尽管有些才气，但心术不正，让他做祭酒，恐怕要把后生秀才都教坏了。”于谦叩头称谢。徐有贞见事不成，以为是于谦从中作梗，便对他怀恨在心。事后，陈循劝他改名为有贞，以抹掉个人历史上的不光彩一页。
于谦不树党，不阿君，又不避嫌怨，得罪了不少人，连他的亲信部下都惟恐与他有干系而遭嫉妒。兵部右侍郎王伟在两年内由七品小官直升为从二品的大臣，是于谦一手提拔的，但为了与于谦脱离干系，上疏密奏告于谦的过失。
对于潜在的危险，于谦并非没有认识，但他敢于承担这些风险所可能造成的损害。他并不畏惧死。只要能够“上以黼黻皇猷，下以润泽生民”，“生有益于时，死有闻于后”，是生还是死，又有什么关系呢？
无奈景帝在生育上不如皇兄成功。他只知着急，整天忙于女色中，结果儿子没弄出来，龙体倒是搞坏了。1457年（景泰八年）正月间的大祀天地典礼，景帝已无力去主持，便委托给武清侯石亨。石亨受命时，估计景帝将是一病不起，心中暗喜。典礼完成后，便立即与徐有贞等人商议发动政变，拥立英宗复位。
于谦也极时得知了景帝的病情，但没想去投机。他只是与大臣们一起请求景帝答应复立沂王。因为这既可以避免过分伤当今皇帝的心，又可以顾及政治的安定。但是，景帝像所有的帝王一样，对权力仍是那么眷恋，至死舍不得松手。对于石亨等人的阴谋，于谦也是知道的，以他的地位与权力，只要稍加部署，就可以粉碎这场阴谋，但是，他没有这样做。因为这样做，则二主必有一死，不符合忠君之义，而且，若是英宗死，而景帝也因病而死，皇位继承人仍是问题。景帝没有后嗣，按立嫡立长的法则，必定由英宗的儿子继位，这样，于谦与嗣君在政治上必然势不两立。所以，于谦对石亨等人的阴谋，采取了听之任之的态度。
1457年2月11日，石亨、徐有贞等人发动政变，拥立英宗复辟，于朝班中逮捕于谦、王文等人。13日，廷审，诬陷于谦、王文图谋迎立襄王。王文据理辩驳说：“召亲王必须有金牌信符，遣人必须有脚力马牌，事关内府、兵都车驾司，可以查验！”
于谦笑道：“辩也死，不辩也死。朝廷赦得我，石亨诸人同意么？辩有何益！”
王文的辩词上奏后，锦衣卫逮捕车驾司主事沈敬审讯，沈敬招认，实缺襄王府金印。印绶、尚宝两监太监闻讯也立即检阅各王符金符，惟独缺少襄王府的。于是，于谦、王文被议罪为“谋逆”，凌迟处死，家产籍没。
议上，英宗犹豫说：“于谦实有功。”徐有贞说：“不杀于谦，此举为无名。”议遂决。1457年2月16日，于谦遇害，终年60岁。
英宗派人抄没于谦的家财，只见家徒四壁，惟有正室门锁牢固。打开一看，只是些景帝所赐的袍服、剑器与玺书。
于谦被杀后，孙太后在宫中找到了已被尘埃埋没寸余的襄王府金符、金印。原来，1449年英宗被俘后，孙太后想召英宗的亲叔襄王朱瞻墡为帝，因为襄王是仁宗的第五子，宣宗的胞弟，在当时的宗室亲王中，年龄最长，又贤德素著。后来考虑到英宗既有儿子在，又有成年的皇弟成阝王，襄王又上书辞让，事情就作了罢，而金印、金符也留在宫中没有返回。英宗见了金印、金符，又到宫中翻检档案，查到了襄王的上书，心中很是后悔，但不能打自己的耳光，于谦的平反，只能留给儿子了。
1466年（成化二年），明宪宗给于谦彻底平反昭雪，恢复了他的官号，并遣行人马璇至杭州谕祭。祭文说：卿以俊伟之器，经济之才，历事先朝，茂著劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞；惟公道之独持，为权奸所并嫉。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。故复卿前官，遣人谕祭。
于谦的儿子于冕也从戍所赦归，改官兵部员外郎，后升至应天府尹。1489年（弘治二年），明孝宗为于谦赐谥“肃愍”，敕建祠于其墓前，称“旌功”，由杭州府岁时致祭。1590年（万历十八年），明神宗为于谦改谥“忠肃”。
