1402年（建文四年）7月17日，燕王朱棣拜谒孝陵（朱元璋的陵墓）后，在群臣的山呼万岁声中，登上了皇帝的宝座，宣布革除建文年号，将当年剩下的时间改称洪武三十五年，以表明他的皇位并不是从建文帝手中篡夺的，而是直接继承了他父亲的遗产；改明年为永乐元年，恢复洪武时期的旧制度。
20日，永乐帝埋葬了建文帝，既不给他议谥号，也没有为他修造陵墓，更没有让他的牌位在太庙中供奉。后来永乐帝的子孙修《实录》，也不记载建文一朝的史实。建文帝的历史地位被完全抹杀。直到1644年7月，南明君主福王朱由崧才定建文帝的庙号为“惠宗”，谥号为“让皇帝”。后来不久，南明被清朝所灭，福王给建文帝追封的庙号谥号也就不为清朝所承认。1736年，清朝的乾隆皇帝追谥建文帝为“恭闵惠皇帝”，并在敕修的《明史》中列（恭闵帝纪）一卷，肯定了建文帝的历史地位。
朱棣用最残酷的手段来对付忠于建文帝的官员。他本想取得知识分子的支持。在他最后一次南征的出发前，道衍和尚告诉他，要保留方孝孺那颗“读书种子”，争取儒士的支持。方孝孺是建文时期儒臣的精神领袖。他是浙江宁海人，少年时从学著名学者宋濂，文章德行备受名家的推崇，曾被蜀王聘请为世子的老师。建文帝即位后，召他做翰林侍讲，后升文学博士，参与大政方针的制定。朝廷讨伐燕王叛乱的诏令檄文大都出自他的手笔。燕王占领南京，建文帝自焚，他也在同一天被捕。朱棣要他拟写登位诏书，他放声悲哭，震动了宫殿。朱棣说：“先生不要怪罪自己，我只不过是想效法周公辅佐成王罢了。”孝孺说：“成王在哪里呢？”朱棣说：“他放火把自己烧死了。”孝孺说：“为什么不立成王的弟弟？”朱棣说：“这是我们老朱家的家事。”示意左右递上笔，说：“这诏书，非先生草拟不可！”孝孺接过笔往地上一撇，一边哭一边骂：“死就死，诏书不能拟。”朱棣大怒，命令将他分尸。孝孺赋诗一章，慷慨就死。
朱棣把方孝孺分了尸还不解恨，又将他的家人和所有的亲戚朋友、学生抓起来，统统杀死，一连杀了好几百人。朱棣进入南京后，列了一个50多人的“奸臣”名单进行大搜捕，然后就是大清洗、大屠杀。列入“奸臣”的人都受到了和方孝孺一样的待遇。不但己身遭屠戕，而且与他有牵连的家人、亲戚、朋友也都遭牵连，被屠杀、关押、流放。这种残酷镇压的方式就像顺藤摸瓜一样，被称为“瓜蔓抄”，又称为“株连十族”。由于杀人并不以当事人为界限，他的家族、亲戚、朋友都要受株连，甚至收藏方孝孺诗文的人也要被处死，所以，尽管列入“奸臣”名单的人并不多，而实际上遭杀戮的人则成千上万。
建文帝为什么用全国的力量不能战胜一个僻处一方的藩王呢？关键在于他的核心领导集团缺乏军事方面的实际经验，不能够将全国的力量协调一致，形成足够有效的武力，给燕王势力以及时地毁灭性打击。而燕王的成功，就在于他极大地发挥了自己的军事指挥才能，利用朝廷不能协调一致、用人不当的缺点，采取灵活机动的战术，抓住要害，终于以小胜大，以弱胜强，四载而成就帝王大业。
永乐帝登基以后，虽然打出了恢复祖制的旗帜，但是他不能允许别人效法他的行为，再由一个握有军事实力的藩王，运用武力夺取帝位，他不得不继承建文帝的削藩政策，制造各种罪名，囚废有实力的诸王，削夺他们的护卫。到他的孙子以后，朝廷对诸王的限制越来越严密。二王不得见面，出城扫墓都得经过朝廷的允许。除了个别的亲王在皇帝缺乏子嗣时有机会登上皇帝的宝座（嘉靖帝、崇祯帝出身藩王），个别的有能力造反（安化王朱寘镭在1510年、宁王朱宸濠在1519年发动叛乱）外，绝大多数既不能当官，也不能经商、务农、做工，只能坐待人民的供养，当一群寄生虫。而且每朝的新皇帝都要分封新的藩王，而藩王的子孙又要层层分封，各王室的人口按照几何级数往上翻，到1550年，总数达到10万人，给明朝政府造成严重的财政负担。1562年统计，全国每年供应京师的粮食是400万石，而王府禄米一共853万石，比供应京师的多出一倍还多。以洪武后期明朝岁收粮米最多时的数字作基数，王府禄米竟占全国田赋收入的四分之一以上。朝廷无法应付，只能减发禄米，那些疏远的皇族就不免啼饥号寒了。地位高的亲王郡王，凭借与皇室较亲近的关系，不但凌虐平民，也侵暴官吏；疏远卑下的皇族穷极无聊，对老百姓敲诈勒索，无恶不作，扰乱破坏社会秩序。到明末，政府感到让皇族只当寄生虫不是办法，就把科举向他们开放，让他们有机会做官。但是，不久明朝就被农民起义军推翻了。
