前面说过，明朝开国皇帝朱元璋，为了让江山在自己的血胤中永世流传，废除丞相、杀戮功臣，还分封自己的儿子为藩王，作为朝廷的屏翰。分封制是已经被历史淘汰了的制度，朱元璋却又捡了回来，遭到关心国家长远利益的儒臣的批评。有个名叫叶伯巨的教官上书指出：分封容易造成尾大不掉，最终威胁朝廷，汉代的七国之叛，晋代的八王之乱，都是教训。朱元璋认为，这是离间他们父子的骨肉亲情，居心不良，就把叶伯巨抓了起来，关进监狱中囚禁死了。
可是，明朝后来政治形势的发展，却不幸让这位叶教官说中了。
到洪武后期，朱元璋大杀功臣，北方边防重兵的统帅权就转到了塞王的手中。塞王中的晋王朱、燕王朱棣，是兄弟，又足智多谋，英勇善战。他们曾经多次带领诸王和统率各将领出塞作战，积累了丰富的作战经验，建立了崇高的威望。其中燕王尤其突出。
燕王是老四，他和在开封的周王朱木肃，是同母兄弟。都是碽妃所生。石贡妃是蒙古族人。正因为燕王有蒙族血统，所以长得隆须长髯，与朱元璋的小胡子有些区别，也更威武一些。燕王不仅军事才能杰出，兵强马壮，而且雄踞北平。北平是元朝的故都，元朝就是以它为中心，完成一统全国伟业的，所以它在地缘政治上有着明显的优势。
塞王军事权力的增长，引起了与皇太子有利害关系的大臣的不安。骁将蓝玉是开平王常遇春的小舅子，而皇太子的正妃常氏则是常遇春的女儿，也就是说，蓝玉是皇太子正妃的舅舅，所以蓝玉对皇太子地位是否稳固就很关心。他经常在北方前线作战，对燕王的所作所为很清楚。有一天，他对皇太子说：“臣看燕王不是一个甘居下位的人。外间传出谣言，说燕都有天子气。殿下要认真对待这件事。”
蓝玉跟皇太子的谈话，奇迹般地传到了燕王的耳朵里，燕王听了又恨又怕。1392年5月，皇太子病故，燕王揣摩老皇帝的心理，决定伺机报复。这年8月，他从北平到南京朝觐，元璋问他：“民间近来对朝廷有什么议论？“燕王说：“只是诸公侯专横不法，令人忧虑。不杀几个尤甚者，不足以平民愤，也怕有尾大不掉的危险。”此番话语，正中元璋心病，几个月后便发生了蓝玉党案。
皇太子死后，16岁的儿子朱允炆被立为皇太孙，作为皇位的继承人。诸王都是皇太孙的叔叔，不把他放在眼里。蓝玉党狱以后，功臣收拾得差不多尽了，北方重兵的统帅权转到塞王的手里，朱元璋以为天下江山可安全保持在孙子手中。他对皇太孙说：“朕将抵御胡虏的任务交给诸王，可令边尘不动，将平安留给你。”皇太孙说：“胡虏不靖，诸王去抵御，诸王不靖，又谁去抵御呢？”元璋一时说不出话。稍停，他问皇太孙：“你看该怎么办呢？”皇太孙说：“以德怀之，以礼制之；不可，则削其地；又不可，则废置其人；又甚，则举兵伐之。”元璋说：“也只有这么办了。”
朱元璋是一位英主，诸王权势的增长可能会对未来的皇帝构成威胁，他是预想到了的。
他曾经编了个《永鉴录》的历史读物教育诸王遵纪守法，忠于朝廷。晚年又修订《祖训》，对诸王的权力作了些微缩减。但分封诸王作为朝廷的屏翰是他既定的政策，他相信诸王与皇帝的矛盾是家里的矛盾，皇位落到诸王手里还是不出他自己子孙的掌握，总比落到异姓手里强。因此，他只是苦口婆心告诫诸王与皇太孙，要知亲亲之义，不要挑起内斗，以免让他人钻了空子。
洪武末期形势的发展，对燕王越加有利。1395年（洪武二十八年），秦王朱樉病死。1398年3月，晋王朱又在他老父的前边离开了人世，燕王便成了元璋存世诸子中的老大。这时古稀老翁朱元璋已是日薄西山，皇太孙也要考虑将来如何对付诸王威胁。他在东角门（宫内便门）召见翰林院修撰黄子澄，问道：“诸王都是我的长辈，手握重兵，不守法纪，怎么办？”子澄说：“诸王护卫兵数量不多，仅够自卫，倘若发生变故，朝廷以六师相临，谁敢相抗。朝廷讨伐叛藩是以大击小，以强击弱，以顺击逆。西汉吴楚七国力量并非不强，最终不都是自取灭亡了吗？殿下不要过虑。”
黄子澄这番话说得好不轻松乐观。他是江西分宜人，1385年（洪武十八年）的会元。当过翰林编修，还做过太子伴读，所以和皇太孙的关系很密切。
1398年6月24日（洪武三十一年闰五月乙酉），朱元璋病死。临终前，他嘱咐驸马梅殷替他讨伐违背天命的人。这种临终受命的人就是“顾命大臣”。梅殷是宁国公主的丈夫，天性恭谨，精通经史，有谋略，擅长骑马射箭。
同受顾命的大臣还有黄子澄和齐泰。齐泰是江苏溧水人，是黄子澄的同年进士，做官没有出过差错，曾被朱元璋挑选做大祭天地的陪祀官。他对边将的姓名、军事图籍都了如指掌。1395年（洪武二十八年），朱元璋破格将他从兵部郎中提升为兵部左侍郎。皇太孙对他很尊重。
然而，饱读经史的朱允炆和他的几位顾命大臣，对朱元璋死后他们所面临的政治任务，没有清醒的认识，特别是对削藩的艰巨性认识不足，没有及早制定周密的削藩计划。朱允炆本人也没有确定削除强藩的坚定决心。因此，一开始，他们对诸王采取的措施就显得软弱。
老皇帝去世，往往是当权者铲除政敌的一个好机会，这种事例，在历史上不胜枚举。但是，没有迹象表明朱允炆君臣曾在这类史实中受到启发。朱元璋死后，朱允炆马上公布了遗诏，遗诏中规定：“诸王各于本国哭临，不必赴京”，“王国所在文武衙门军士，今后一听朝廷节制。”遗诏名义上是老皇帝的遗言，实际上反映的是新皇帝的意志。元璋死后第七天，朱允炆就将老皇帝匆匆安葬，同时举行登基大典，改年号为“建文”，历史上就称他为建文帝。
燕王早在南京安排了坐探，不等接到朝廷的诏书，就得知了父皇的死讯，立即带兵南下奔丧。快到淮安，遇上朝廷的使者令他遵遗诏返回封地。燕王大怒，仍要前进，见交通要道已有官军把守，才无奈退了回去。建文帝要是有心除掉燕王，完全可以在南京布下一张罗网，让燕王自投其中，束手就擒。但他白白放弃了这个机会。另外，这样做也不符合天子梓宫停放七个月，待宗亲会齐再下葬的传统礼仪。禁止藩王奔丧的诏书发了下去，结果诸王认为齐泰矫改遗诏，离间他们的血肉亲情，一下就把朝廷与诸王的关系搞坏了。
建文帝即位后就提拔齐泰为兵部尚书，黄子澄为太常寺卿兼翰林学士，同参军国事。建文帝对子澄说：“先生还记得在东角门说的话吗？”子澄说：“不敢忘！”回去就与齐泰商量削藩的具体方案。齐泰认为应该先从燕王下手。子澄反对，他说：“周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时就有许多不法行为，削之有名。今天要问罪诸王，应该先从周王开始。周王是燕王的同母弟弟，削除他就是剪断了燕王的手足。”方案就这样定了下来。
建文帝即位后的第三个月，逮捕了周王朱木肃，将他流放到云南的蒙化。
燕王在淮安受阻，感到朝廷已猜疑自己，便让三个儿子都到南京奔丧，自己在北平装起病来，以解除朝廷的怀疑。这时，手足兄弟被废，他感到大难就要临头。举兵造反，儿子们又全押在南京，令他顾虑犹豫。他的高参道衍和尚要他坚定信念，推翻幼主，自己做天子。燕王说：“民心向他，怎么办？”道衍说：“臣只知天道，不知民心。”
这里所说的道衍和尚，俗姓姚，是苏州长洲人，精通阴阳术数，对诗书儒经也有相当造诣。长着一对三角眼，体形就像一只病虎，神情阴险。朝廷曾经选拔通儒书的和尚当官，他嫌官小，只接受了一套和尚服。马皇后去世，朱元璋选高僧陪侍诸王，为皇后诵经荐福，道衍被选中。燕王见到他，谈得很投机，就请示元璋，将他带到了北平，住持庆寿寺，做自己的谋士。
道衍还向燕王推荐了一位叫袁珙的相面师，为他预卜未来。袁珙说：“殿下是异日的太平天子。”燕王说：“估计在什么时候？”袁珙说：“年逾四十，紫髯过脐，当是时，拨乱反正，万邦一统。”燕王听了，大喜，决心造反。于是秘密而迅速地选拔将领，补充部队，招收勇士。燕王府宫院深邃，便于隐蔽，燕王就利用这个条件，将后苑作为道衍的练兵场。又在地下挖成两层的地下室，让工匠在里面昼夜不停地轮班打造兵器，地面上筑起又高又厚的墙，墙上甃满尖锐扎手的陶瓷碎片，防止有人攀越。院中养一大群鹅鸭，让它们的呜叫掩盖打造兵器的声音。
当年12月，建文帝安排工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都司，监视燕王的行动。
1399年（建文元年）的年初，削藩继续进行，岷、代、齐三王被废黜囚禁，湘王全家被迫自焚而死。为了探测燕王的意向，或是震慑燕王，建文帝让燕王给周王议罪。燕王在上书中请求朝廷顾念亲亲之情，不要伤了骨肉之恩。建文帝看了上书，很是难过，他那根“亲亲”的仁柔心肠，被燕王拨动了，他对臣下说，削藩的事情应该停下来。齐泰、黄子澄说事情已进行到这种地步，不能再犹豫，当断不断，反遭其乱！又说朝廷担扰的只不过是燕王，应该乘他生病来个突然袭击。建文帝还是犹豫不定，说：“朕即位不久，就连黜诸王，如果又削夺燕王，何以向天下人交待？”
建文帝的犹豫，既反映了他的优柔寡断，没有坚定信念，也说明黄子澄的削藩策略一开始没有抓住燕王这个重点，而将打击对象放在势弱诸王身上，扩大了打击面，将本来可以争取的力量都推到朝廷的对立面去了。
不过，事情既然开了头，就没有了退却的余地。建文帝君臣决定调整策略，全力对付燕王。于是将燕王护卫的精壮士兵抽调到朝廷控制的部队，又在北平附近的开平（在今内蒙古正蓝旗北）、临清、山海关部署军队，对燕王势力形成包围。
形势越来越急，燕王顾虑三个儿子无法回到自己身边，便上书朝廷，说自己病得快要死了，求朝廷怜悯，放他的儿子回去跟他见上最后一面。齐泰认为应该将燕王的三个儿子扣下，使燕王造反有所顾虑。在朝廷的部队已布置到燕王鼻子下面的情况下，黄子澄却故作聪明，坚持放回燕王的三个儿子，以为可以打消燕王的疑心，取得袭击的成功。
三个儿子意外安全归来，燕王没有了顾虑，决定尽快起事。一场同室操戈的战争迫在眉睫。
