“三藩”，指因带领清兵入关，镇压农民起义起家，投靠清政府的三个汉族军阀。一个是镇守云南的平西王吴三桂，一个是镇守福建的靖南王耿精忠，还有镇守广东的平南王尚可喜。
“三藩”之中，吴三桂的势力最大，也最为跋扈。他在云贵经营十多年，手中军事力量雄厚，兵员达十余万之多。云、贵地区是他控制的独立王国。凡朝廷所选的文武官员到云南，都被其收买账下，为己所用。盘踞在广东、福建的尚可喜、耿精忠，也都是各霸一方，大搞独立王国。根本不听清廷的调遣。“三藩”的存在严重地威胁着清朝政权的统一。因而撤除三藩成为康熙帝及位后一项非常重要的任务。
□三藩三乱的缘起
年仅20岁的康熙帝，以历史上藩镇割据的教训作为借鉴，认为必须撤销藩镇。康熙十二年（1673），70岁的尚可喜因为年迈体衰，向皇上上疏，请求回到老家辽东去养老，请求把平南王爵位让给他的儿子尚之信来继承，仍然留镇在广东。康熙帝抓住这一难得的时机，下决心撤藩。他只同意尚可喜回辽东去养老，不同意尚之信仍然留镇广东。康熙帝决定撤藩的消息很快传到了云南和福建。吴三桂和耿精忠为了试探皇帝的真意，耍了个花招，都先后向皇上上疏请求撤藩，暗地里却调兵遣将作好叛乱的准备。康熙帝把这件事交给大臣们议论。各位王爷和大臣都担心撤藩会惹出大祸来，因此反对撤藩，只有户部尚书丰思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等少数人主张撤藩。在这种情况下，康熙帝力排众议，毅然决然指出：“吴三桂早已蓄意谋反，如果不趁早消灭他，眼看着他的势力壮大，以后将会无法收拾；何况他的实力目前并不太弱，你撤藩，他要反，不撤藩，他也要反，那还不如先发制人的好。”于是断然下令撤藩。
吴三桂与耿精忠得知尚可喜主动疏奏撤藩，受到很大的震动。为试探朝廷的态度，便分别于七月三日和七月九日向朝廷送去了要求撤藩的报告，吴三桂的谋士刘玄初不知道他的意图，还劝阻他：“上久思王，特难启口，王疏朝上而夕调矣。”吴三桂这才说出了心里话：“予（我）疏即上，上必不敢调予，具疏所以释其疑也。”但是事情完全出乎吴三桂的预料，康熙接到疏报后，立即降旨称赞二王“请撤安插，恭谨可嘉”，并以云南、福建已经底定，同意将二藩撤离，令议政王大臣合议。议政王大臣中对撤耿精忠，意见一致，但对撤吴三桂看法不一，有的同意，有的反对，主要是怕他造反。康熙对这个问题，早已反复考虑过，他认为“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发制之”，断然做出了全撤的决定。康熙作出这个决定，虽然显得操之过急，但也表现出他决心不可动摇，处事果断。
同年八月，康熙命礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼往云南、户部尚书梁清标往广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，分别会同总督、巡抚、提督，经理各藩撤兵起行事宜。康熙知道，这次派往云南去的使臣是要冒极大风险的，因此在他们启程时，特赐御用佩刀一口，良马两匹，以示关怀，并壮其势。将自己亲笔写的诏谕叫他们带给吴三桂，对吴三桂进行劝说和警告。诏谕全文如下：
“自古帝王平定天下，式赖师武臣力。及海宇宁谧，必振旅班师，休息士卒；俾封疆重臣，优游颐养，赏延奕世，宠固山河，甚盛典也！王夙笃忠贞，克摅奠略，宣劳戳力，镇守岩疆！释朕南顾之忧，厥功懋焉！但念王年齿已高，师徒暴露，久驻遐荒，眷怀良切。近以地方底定，故允王所请，搬移安插。兹特遣礼部侍郎折尔肯，翰林院学士傅达礼，前往宣谕朕意。王其率所属官兵，趣装北来，慰朕眷注：庶几旦夕觏止，君臣偕乐，永保无疆之休！至一应安插事宜，已饬所司饬庀周详，王到日，即有宁宇，无以为念。”
折尔肯和傅达礼于九月到达云南。吴三桂以功高自负，他本以为才20岁的青年康熙帝，一定会优诏慰留他的，不料康熙不买他的账，故“反谋益急”。吴三桂表面上对朝廷使臣很尊重，表示于十一月二十四日启程迁移。背地里加紧进行谋叛的准备，派遣心腹将领扼守关隘，控制人员出入。十一月二十一日，吴三桂集合部下官兵，当众杀害了拒绝从叛的云南巡抚朱国治等，扣留了朝廷使臣折尔肯、傅达礼，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发换服，旗帜皆用白色，以明年为周王元年，发檄文于远近，声称为明室复仇，起兵反清。檄文的内容如下：
“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军吴，檄文天下文武官吏军民人等知悉：本镇深叨大明世爵，统镇山海关。惟时李逆倡乱，聚众百万，横行天下，旋寇京师。痛哉，毅皇列后之宾天！惨矣，东宫定藩之颠踣！文武瓦解，六宫纷乱，宗庙丘墟，生灵涂炭，臣民侧目，莫敢谁何！普天之下，竟无仗义兴师，勤王讨贼者，伤哉国运，夫复何言！本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声。不得已歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵10万，身为前驱，斩将入关，李贼遁逃。夫父君之仇，不共戴天，必亲擒贼帅，献首太庙，始足以对先帝之灵。幸而巨魁授首，方欲择立嗣君，继承大统，封藩割地，以谢满酋。不意狡虏逆天背盟，乘我内虚，雄踞燕京。窃我先朝神器，变我中国冠裳；方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误！本镇刺心呕血，追悔莫及，将欲返戈北伐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密会太监王奉，抱先皇三太子，年甫3岁，刺股为记，寄命托孤，宗社是赖。故饮血隐忍，未敢轻举，避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图复兴，迄于今日，盖30年矣。兹彼夷君无道，奸邪高张，道义之儒，悉处下僚；斗筲之辈，咸居显职；山惨水愁，妇唬子泣；以致慧星流陨，天怒于上；山崩土裂，地怨于下。本镇仰观俯察，是诚伐暴救民，顺天应人之日。率文武臣工，共义举，卜取甲寅年（康熙十三年）正月元旦寅刻，恭奉太子，祭告天地，敬登大宝，建元周启，檄示布闻，告庙兴师，刻期并发。”
吴三桂的檄文是欺世盗名、充满谎言的伪作。文中所谓“寄命托孤”纯属子虚乌有，他身边从未有过朱三太子，尤其是他亲自率兵入缅甸抓南明永历帝朱由榔父子，并加以杀害之事，不能自圆其说。这檄文发布前，吴三桂的谋士方光琛就提醒他：“出关乞师，力不足也，此可解。至明永历已窜蛮夷中，必擒而杀之，此不可解矣。”这一提醒，吴三桂在檄文中干脆将这事回避掉了，但他的所作所为人们是不会忘记的。当时湖南新安有一个处士写了一首诗讽刺他：“李陵心事久风尘，三十年来讵卧薪？复楚未能先覆楚，帝秦何必先亡秦？丹心已为红颜改，青史难宽白发人。永夜角声悲不寐，那堪思子又思亲。”但由于吴三桂拥有雄厚的军事实力，所以他的檄文还是有一定的迷惑力。
吴三桂起兵前后，先后致书尚可喜、耿精忠和台湾延平王郑经（郑成功子），以及贵州、四川、湖广（今湖南、湖北）、陕西等地的“官吏旧相识者，要约党附发兵”。在吴三桂的煽动下，先后共有总督、巡抚、提督、总兵等地方大员26人参加叛乱，其中明朝降清武将有20人。此外，还煽惑征集云、贵土司苗彝各族兵丁数万。一时间，长江以南数省，叛乱烽起。吴三桂叛军主力东侵黔、湘，很快集结了14万兵力；侧翼北攻川、陕，兵力亦不下数万。康熙没有估计到吴三桂背恩反叛，会使天下大乱，伪檄一传，得到四方响应。
□剿抚兼施，力挽狂澜
康熙十二年（1673年）十二月二十一日，吴三桂叛乱的消息传到北京，举朝震惊，议论纷纷。不少人认为，撤藩是致使吴三桂叛乱的导火索，因而责怪撤藩的倡导者。大学士索额图甚至提出“前议三藩当迁者，皆宜正法”，向吴三桂谢罪，以平息事态。康熙面对种种议论，十分冷静。他否定了索额图的意见，自己承担全部责任。他说：“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？”并宣布决定出兵平叛。随即下令将吴三桂在京的儿子吴应熊（康熙的姐夫）及其家眷逮捕入狱，削除吴三桂的官爵，公布其罪状：
“逆贼吴三桂穷蹙来归，我世祖章皇帝念其输款投诚，授之军旅，赐封王爵，盟勒山河；其所属将弁，崇阶世职，恩赉有加；开阃滇南，倾心倚任。迨及朕躬，特隆异数，晋爵亲王，重寄干城，实托心膂，殊恩优礼，振古所无！讵意吴三桂性类穷奇，中怀狙诈，宠极生骄，阴图不轨，於本年七月内，自请搬移。朕以吴三桂出于诚心，且念及年齿衰迈，师徒远戍已久，遂允奏请，令其休息，仍饬所司安插周至，务使得所；又特遣大臣前往宣谕朕怀，朕之待吴三桂，可谓体隆情至，蔑以加矣！近览川湖总督察毓荣等奏称：吴三桂径行反叛，背累朝豢养之恩，逞一旦鸱张之势，横行凶逆，涂炭生灵，理法难容，神人共愤！今削其爵，特遣宁南靖寇大将军统领劲旅，前往扑灭，兵威所至，克期荡平。但念地方官民人等，身在贼境，或心存忠义，不能自拔；或被贼驱迫，怀疑畏罪，大兵一到，玉石莫分，朕心甚为不忍！爰颁敕旨通行，晓谕尔等各自安分自保，无听诱胁！或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父兄子弟亲族人等，见在直隶各省出仕居住者，已有谕旨，俱令各按职业，并不株连。尔等毋怀疑虑！其有能擒吴三桂投献军前者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁，及兵马城池归命自效者，论功从优叙录，朕不食言。尔等皆朕之赤子，忠孝天性，人孰无之？从逆从顺，吉凶判然，各宜审度，勿贻后悔！”
开始，康熙企图将战事尽力控制在云南、贵州、湖广三省之内。先派前锋统领硕岱，率每佐领前锋1名，兼程前往咽喉要地荆州（今湖北江陵）防守，并进据常德，以遏叛军。接着，命西安将军瓦尔喀，率骑兵星驰四川，坚守自云南入川的险隘要地。为了集中兵力打击吴三桂，康熙下令停撤耿精忠、尚之信二藩。
十二年十二月二十日，康熙命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率领都统、副都统共14员战将、1.1万余人进驻荆州。命都统赫业为安西将军，率京城所发官兵同将军瓦尔喀等由陕西汉中入川。康熙在两路大军出发的那天，亲赐敕印，出西长安街送行。康熙又考虑到，大军进剿楚、蜀，援兵要是从京城发遣，难以及时赶到。即命副都统马哈达率兵驻山东兖州，扩尔坤率兵驻山西太原，以备随时调用。
康熙为了及时了解前线的战况，命兵部于前线各省在原有驿站以外，每400里设“笔帖式”1名，以加速邮传，并负责查奸细，防伪诈。康熙采取这一措施后，驿报从甘肃西边5000余里之遥，9天可传到北京；荆州、西安5天可传到；浙江4天可传到。这样就保证能较及时地了解各路战况，尽快地拿出对策。吴三桂开始根本不把康熙放在眼里，以为他年轻幼稚，怎能理军。后来得知他驿报神速，虑谋深远，仰天叹服说：“休矣，未可与争也。”
十三年（1674年）二月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵谭弘、吴之茂等叛降吴三桂。这样，不仅丢失了四川，还严重危及陕西和湖北。在湖广战场，吴三桂遣兵相继攻陷了常德、澧州（今湖南澧县）、衡州（今衡阳）、岳州（今岳阳）等地。未几，长沙也为吴三桂占领。康熙为了防止四川叛军东出，命总兵徐治都返回彝陵（今湖北宜昌），遣副都统佟国瑶驻防郧阳。而正当荆州危在旦夕的时候，康熙所派的以硕岱为首的先遣队抵达荆州，接着大将军勒尔锦也率兵到达。从而使荆州得到巩固，对阻止吴三桂军北上、东进，稳定湖北局势起了重大作用，致吴三桂在松滋3个月不得前进一步。
三月中旬，耿精忠受吴三桂煽动，于福建叛乱，使形势更加恶化，浙江顿时紧张起来，温州、黄岩等地兵变四起。耿精忠与其悍将曾养性乘机北上，占领了浙江南部，又与吴三桂约定合攻江西；另外又致信台湾郑经，请于沿海登陆配合。康熙看到江西是广东的通道，江西吃紧，将进一步波及广东，故又新任命了定南将军希尔根、平南将军赖塔等6名将军，分别率兵赴江西、浙江、广东等地，防止吴三桂、耿精忠会师江西。
十三年四月初，吴三桂放回了朝廷使臣折尔肯、傅达礼，叫他们给康熙带了一份“词语乖戾，妄行乞请”的奏章。不久，吴三桂又请西藏达赖喇嘛出面，建议朝廷“莫若裂土罢兵”，就是想以长江为界，与朝廷平分江山。康熙为彻底粉碎吴三桂的幻想，采纳了诸王大臣的建议，于四月十三日，将吴三桂之子吴应熊及孙吴世霖处死。康熙这一着，起到了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军”的作用。吴三桂自以为占了半壁江山，儿子又是康熙的姐夫，朝廷不敢怎么样的。因此，听到儿子被处死的消息，实在感到意外，惊急不已。
康熙鉴于吴三桂屯重兵在岳州，随时可以北上或东进的态势，于是年六月至九月，陆续为岳州、浙江、四川、江南（今江苏、安徽）、广州等地增派6名大将军，其中有3名派赴江浙，全是亲王。他们是：奉命大将军杰书、扬威大将军喇布、定远平寇大将军岳乐。康熙作诗赞：“临轩重简亲藩出，军威万里风雷疾。”这一部署，大大加强了清军的平叛实力，稳定了战局，为尔后向叛军主动进攻、收复失地创造了条件。
吴三桂叛乱，不仅使前线各省形势紧张，也引起了后方的人心浮动。十二年底，叛乱消息在北京传开后，城里有名叫杨起隆的，假称是明崇祯帝的三儿子，即朱三太子，串联旗下家奴，酝酿起事。十四年春，察哈尔蒙古和硕亲王布尔尼叛乱反清。这两起事件，虽很快被平息下去了，但康熙的心情十分沉重，时刻悬念前线的胜负，繁忙的军务，使他日夜不得安闲。对此，其祖母孝庄皇太后亦日夜思虑，常为康熙出谋献策，鼓励他要持心坚定，不能慌乱。康熙在祖母的启示下，为了安定人心，他每日出游景山骑射，“经筵”、“日讲”亦照常进行。康熙这样安排起居作息，较好地缓解了朝廷内外的紧张气氛。但当时也有人说闲话，认为皇帝毕竟年轻，在这样危急的时候，仍贪恋游山玩水。据说曾有人投帖于景山路旁：“今三孽及察哈尔叛乱，诸路征讨，当此危殆之时，何必每日出游景山？”康熙见后，仍佯装悠闲自得。他后来回忆说：“当时朕若稍有疑惧之意，则人心摇动，或致意外，未可知也。”
康熙在平叛战争开始的时候，就想用招抚之策，分化瓦解叛军力量。但平叛初期，军事不能造成压倒敌人之势，因而招抚不得奏效。后来在平定陕西王辅臣叛乱中，总结出了剿抚兼施的经验。王辅臣为吴三桂的养子，任陕西提督。吴三桂初叛时，就致信令其叛乱反清。王辅臣不从，并派了儿子王继贞赴京向朝廷报告这件事，以表示效忠。康熙赞赏王辅臣“坚守臣节，益见忠贞”，当即授其三等精骑尼哈番，同时授其子为大理寺少卿。后来因经略莫洛对王辅臣处处怀疑和歧视，王辅臣于十三年十二月发动了叛乱。康熙担心事态扩大，动摇西北，即遣王继贞回陕向其父亲宣谕诚心招抚之意。接着又给王辅臣发了言词恳切的专敕，劝其归正：
“尔自大同隶于英王后，归入正白旗，世祖章皇帝知尔赋性忠义，才勇兼优，拔于俦伍之中，置之侍卫之列。继随经略洪承畴进取滇、黔，果能殚心抒忠，茂建功绩，遂进秩总戎。迨及朕躬，以尔勋旧重臣，岩疆攸赖，特擢秦省提督，来京陛见，面加询问，益悉尔之忠贞天禀，猷略出群，朕心深为嘉悦，特赐密谕，言犹在耳，想尔犹能记忆也！去冬吴逆叛变，人怀观望，尔独首倡忠义，举发逆札，遣子继贞驰奏。朕召见尔子，面询情形，愈知尔之忠诚纯笃，果不负朕知。疾风劲草，于今见之……经略莫洛奏请率尔入蜀，朕以尔与莫洛和舟共济，毫无嫌疑，故令尔同往建功。兹兵变之后，面询尔子，始知莫洛与尔心怀私隙，颇有猜疑，致有今日之事。则朕之知人未明，俾尔变遭意外，忠荩莫伸，咎在朕躬，于尔何罪？朕之於尔，谊则君臣，情同父子，任寄心膂，恩重山河。以朕之倦倦於尔，知尔之必不负朕也。至尔所属官兵，被调进川，征戍困苦，行役艰辛，朕也悉知。今变起仓促，情非得已，朕惟加矜恤，并弗致谴。顷已降谕，令陕西督抚招徕安插，并遣尔子往宣朕意。恐尔尚怀犹豫，兹特再颁专敕，尔果不忘累朝恩眷，不负平日忠忱，翻然悔悟，敛戢所属官兵，各归队伍，即领率仍归平凉原任。已往之事，概从宽宥。或莫洛别有变故，亦系兵卒一时愤激所致，并不追论。朕推心置腹，决不食言，勿心存疑畏，有负朕笃念旧勋之意。”
王辅臣接到康熙的专敕后，反清态度更加游移起来，就率部从秦州退保平凉，寄希望于朝廷招抚。这情况给吴三桂知道了，就立即派人给王辅臣送去犒师银20万两，同时封其为平远大将军、陕西东路总管，并命令四川叛将吴之茂等出陇西应援。这下王辅臣倒又首鼠两端，犹豫不定起来了，进而继续坚持反清。鉴于这样的情况，康熙重用西线3汉将张勇、赵良栋、王进宝，以武力优势，进行了一年多的大力进剿。最后，将王辅臣的兵马分别重围于平凉、固原（今属宁夏）。王辅臣无计可施，主动乞降。但康熙倒反而怀疑他是缓兵之计，不理睬他，两军又相持了一年多。康熙见强攻不下，转而又采用招抚策略，令抚远大将军图海接受王辅臣请降。十五年（1676年）六月，王辅臣率众归降，康熙命复王辅臣原官职，并加授太子太保，授予靖寇将军，鼓励他要立功赎罪。
康熙将剿抚兼施的经验，迅速推广到平叛的各个战场，要求对叛乱之人，只要有悔罪输诚之心，都可以容受。继陕西之后，康熙将剿抚重点放到福建的耿精忠。他将耿精忠与吴三桂加以区别。认为他们之间情况不同：吴三桂本身是投诚之人，是背恩反叛，应该严惩，而耿精忠自其祖父以来40多年，三世受恩于朝廷，他叛乱是无知，不能与蓄谋已久的首倡叛乱者比。因此，康熙对在京的吴三桂的儿子和孙子加以正法，而对耿精忠的几个弟弟照旧宽容，对他所属官兵也不加罪，早在耿精忠叛乱不久的时候，康熙就派使臣赶到福建传令他，要他追念历朝的恩德及父辈的忠贞遗言，革心悔过，投诚自首，即可赦免前罪。康熙派大将军杰书到福建和浙江前线时，一再强调在加强军事进攻的同时，要经常派人前去招抚。
十五年六月，台湾郑经乘耿精忠大部兵力集中于江西、浙江作战，进兵占据了福建漳州、泉州等地，由此，耿、郑之间矛盾尖锐起来。康熙看到这时是进攻和招抚耿精忠的大好时机，即命杰书一面遣兵攻耿精忠福建各地守军，一面遣使劝说耿精忠要明晓时势，早日降归。到九月份，清军收复了建宁、延平（今南平）等府。耿精忠遭到两面夹击，已无力再战，便派儿子耿显祚迎清军入福州城，耿精忠率文武官员出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率所属官兵随大军作战，立功自效。
康熙在剿抚兼施解放福建问题的同时，广东的形势开始恶化。十五年初，平南王尚可喜重病，其长子尚之信代理其职行事，接受吴三桂授予的招讨大将军伪职，夺了其弟尚之孝平南大将军的兵权。康熙接到奏报后认为，尚之信叛乱不可怕，其和吴三桂矛盾重重，不会得到吴三桂的信任，只要福建耿精忠解决了，尚之信就会迎刃而解。所以康熙要杰书先集中力量打击耿精忠。果然不出康熙所料，十月份耿精忠归降后，尚之信开始动摇了，又发现吴三桂遣重兵分守广东各地要冲，对自己并不信任，所以就主动派人带了密书，到扬威大将军喇布军前请降。康熙知道后，即令赦免尚之信的罪行，让他暂留原地，相机参与征剿，争取立功。十六年（1677年）五月，尚之信于广东韶关，率省城文武官员及兵民剃发投降，康熙命尚之信袭封平南亲王，其部属将领都复原职。康熙对大学士们说：“叛乱之罪在吴三桂，与被胁从之人无关，只要能悔罪投诚，应一概宽免。”
康熙对广西方面的招抚也十分重视。十六年五月，参加叛乱的广西提督马雄的母亲，要求派孙子马承先、马承霄去广西劝说马雄归降。康熙即授马承先兄弟俩游击衔前往，叫他们捎去亲笔谕旨进行劝说。广西还有个将军叫孙延龄，十三年于桂林叛乱后，吴三桂封其为临江王。孙延龄的妻子孔四贞，是定南王孔有德的女儿。孔有德于顺治初年阵亡后，孔四贞被孝庄皇太后收为养女，对朝廷有好感，因此常劝丈夫反正。到十六年，因形势对叛军越发不利，所以孙延龄有了反正的念头。这事被吴三桂知道了，就立即派孙子吴世琮等进兵桂林，诱杀了孙延龄。从此，广西叛军实际上为孔四贞统率了。孔四贞对孝庄皇太后的感情比较深厚，因此想率众归降朝廷。康熙知道这情况后，马上派督捕理事官麻勒吉去广西，具体负责招抚孔四贞，使广西的叛乱很快就平定了下来。
康熙于十六年后，将剿抚兼施的策略陆续在湖南、四川、云南、贵州等省全面推行。明确规定，凡参加叛乱的文武官员兵民等，只要能悔罪归正，他们的罪行可以一概不究。如有献城或捕获首领来归的，要给予特别优赏。这规定一实行，迅速见效，投诚的官兵络绎不绝。但康熙对吴三桂的骨干分子来降，强调从严对待，尤其对降而复叛的将领，要从严惩处。如广州总兵祖泽清于十七年（1678年）复叛后，康熙下令不得招抚，不许其投诚。后来祖泽清弄得走投无路，躲进了深山。康熙令各路将军分兵搜山，终于将祖泽清及其子祖良擒获，于次年二月凌迟处死，家口籍没入官。
□主攻湖南，破格任用军事人才
康熙在平三藩中，把吴三桂作为主要敌人，把湖南作为主要战场。他在十四年就指示大将军岳乐，在江西收复要地稍有头绪，就进兵湖南。那一年，吴三桂企图乘陕西王辅臣叛乱，留兵7万守长沙、萍乡等地，以挡住江西岳乐的部队；又分兵7万守住岳州、澧州等地各个水口，以阻止江北的清军南渡；又遣一部分兵力逼湖北襄阳，和陕西的王辅臣叛军勾通，联合作战，吴三桂自己亲赶荆州上游的松滋，居中调度指挥。
十五年二月，康熙针对吴三桂的兵力部署和作战意图，将勒尔锦、尚善、岳乐等3名大将军所统的数万兵力投入湖南战场。吴三桂急忙从各地调集了18名将军、10余万人，全力守长江，自己率岳州、澧州的部分兵力援助。康熙早料到吴三桂会采取这一行动，遂命在岳州的尚善、荆州的勒尔锦两位大将军，渡江进攻岳州和澧州。但尚善和勒尔锦于三月份相继渡江后，进展非常缓慢。勒尔锦在太平街失利后，就又退回荆州去了，使康熙的这次迂回包围计划未能实现。
康熙对诸王、贝勒拥兵自重，畏缩不前，贻误战机的现象十分忧虑。为了改变这种局面，大胆地破格任命前锋统领穆占为征南将军，给他调了和岳乐等大将军相近的兵力，将他召到北京，当面交待了战略意图。十六年二月，穆占率兵抵达长沙外围，经过一个多月的准备后，即开始攻城。由于大将军岳乐不予配合，长沙没有攻得下来，而且造成了重大伤亡。而这时吴三桂为了摆脱清军的三面包围，率众往衡州，另遣兵3万往湖南南部的宜章，企图进兵广东。康熙一面派兵坚守广东韶州；一面令穆占等进攻衡州，堵住吴三桂进广东部队的后路。至十七年初，彻底粉碎了吴三桂向广东发展的图谋。
吴三桂在康熙调兵遣将，步步紧逼的打击下，军事上完全丧失了主动，处处陷于被动挨打的境地，便于十七年三月初匆匆称帝，是年76岁，立年号为昭武。改衡州为定天府，封了百官和诸将，封妻子张氏为皇后，孙子吴世为太孙，确定实行新的历法。吴三桂即位那天，“金銮殿”上的瓦来不及换黄色的，就临时用漆涂了一下，盖3万间草房作朝房。那天恰遇上刮大风、下大雨，只是草草地举行了一下仪式。
就在吴三桂称帝的第二个月，康熙决定作乘虚进攻的准备。授予率众投诚的吴三桂亲军水师将领林兴珠为建议将军，放在军前出谋献策。五月，康熙采纳林兴珠的建议，从荆州、陕西、河南等地调集3万兵力，集中战船500余艘，寻机进攻。八月中秋晚上，吴三桂正在和其爱妾陈圆圆赏月，忽听有人报告说，他的女婿胡国柱密谋降清，当即如五雷击顶，大喊一声“吾事去矣”，气噎仆倒在地。陈圆圆吓得六神无主，在吴三桂背上捶了好半天，也没有使他苏醒过来。
吴三桂死了，他的孙子吴世从云南赶到衡州继位，改年号为洪化。吴世不敢留在衡州，便向贵州贵阳撤退。康熙抓住叛军斗志涣散、军心动摇的大好时机，命大将军察尼（尚善卒后察尼代）等水陆夹击，迅速攻岳州。康熙应察尼的请求，下令拨发了1000门子母炮，加强攻城兵器。这种子母炮也叫冲天炮，是康熙命火器制造家戴梓造的。炮长2尺1寸，重300斤左右，炮弹重20～30斤。发射时，子在母腹，母送子出，从天而降，片片碎裂，锐不可当。康熙曾亲自看过子母炮的试射，并封这种炮为“威远将军”。
十八年（1679年）正月，岳州被攻下，康熙得到这胜利消息后，高兴得激发了作诗灵感，他在诗中赞这次胜利是“群臣尽力，将士用命”。岳州一被清军攻破，湖南其他地方的叛军纷纷弃城逃遁。至此，湖南大局已定。
□会师昆明，三藩之乱平定
清军攻占湖南后，康熙即部署平叛的最后决战。遣勇略将军赵良栋和奋威将军王进宝进攻四川，大将军赖塔攻广西，大将军彰泰攻贵州。吴世于贵阳多次被清军击败，便于十九年（1680年）三月弃贵阳，退守云南昆明，以原南明永历帝筑于五华山的宫城为宫，分兵把守。康熙于二十年初，命在广西的赖塔、湖南的彰泰（取代岳乐）、四川的赵良栋，进兵云南，会战昆明。二月，彰泰、赖塔先后抵达昆明。吴世派大学士郭壮图率兵数万，列象阵迎战清军于昆明城外30里，被全部歼灭。彰泰、赖塔遵照康熙的命令，督师将昆明城团围数十里，使城内数月水泄不通。吴世怕部将谋变，便下令将各将领家口全部移到五华山宫城；同时派使臣混出了城，带了他的书信去西藏，以割地为条件，请求达赖喇嘛出兵支援。吴世的信还未送到达赖喇嘛那里，赵良栋的兵马亦到了昆明。
九月二十二日，康熙下令：“云南省城围困已久，若不速为克取，未免劳敝民兵，糜费粮饷……其移檄大将军贝子彰泰、赖塔等，均派带罪官兵及投诚绿旗官兵，速行攻取云南省城。”清军3路大军奉命攻城，叛军死的死，降的降。二十八日夜里，吴世服毒自杀，时年16岁。二十九日，城内守军出城投降。至此，历时8年的平三藩作战胜利结束。康熙半夜里接到捷报，挥笔作了《滇平》诗一首，以“回思几载焦劳急，此日方同万国欢”的诗句，表达他的喜悦心情。这时，康熙年方28岁。
二十一年（1682年）正月，康熙下令将吴三桂的骸骨分发各省。吴世的首级于京师悬挂示众，耿精忠磔死枭首，并将平定三藩之乱宣示天下；宣布将云南、贵州、福建、浙江、广东等地的三藩家产没为军饷；令藩兵全部撤回京师，于福州、广州、荆州等地，各设八旗兵驻防，派遣将军、副都统驻镇，取消世袭兵权及土地之权。以清除积弊，加强国家的统一。
