大概是在万历二十一年，诸臣反对三王并封的时候，王锡爵和顾宪成曾有一个很有名的对话。王锡爵说：“当今最奇怪的事情，就是朝堂上的是非，天下人一定要反着来。”顾宪成却说：“在我看最奇怪的事情，当今是天下人的是非，朝廷却一定要反着来。”王锡爵是内阁首辅，可以代表朝廷的意志。顾宪成何许人也？当时不过是一个从五品员外郎，有什么资格代表天下人？所谓的天下人，无非是没事找事的官员们，说话的时候总拿天下人为题目标榜自己，正直是很正直，却不见得是多么出于公心。
嫩头青顾宪成很快就被清除出官员队伍，越是这样，他越负盛名，忠直之名。顾宪成回家以后，在无锡知府的支持下，重修了东林书院并在其中讲学。东林书院是宋朝时修建的，是北宋理学二程【1】的嫡传弟子杨时长期讲学的地方，极负盛名的学府，就好比今天的北大清华。同样有直名被罢官的孙丕扬、邹元标、赵南星也都到了东林书院，都自负有气节、有才学，总坚持跟朝廷相反的意见。孙丕扬是万历二十三年的左都御史，后升转吏部尚书，上二十几道疏请求退休，理由是朝廷“权官坐谋，鹰犬效力，义难再留”。意思就是我跟人家的政见不合，又没他们有权，不干了。吏部尚书官已经很大了，比他有权的就只有首辅了，还是要抬杠，正直嘛。邹元标是张居正的时候最后冲进去挨板子被罢官的，也是正直的一踏湖涂。赵南星因为公正的进行京察，两派相争，官职不够高，当了替罪羊被罢官。这几个人罢官的原因都是一样的——太正直。这以后，另有一些正直的官员，在党争中不断被首辅沈一贯罢黜。这些政治斗争中的失败者，也都聚集在东林书院讲学。【2】这些人的主张，也立足于民生，为天下苍生请命，愤世嫉俗，对当朝表现出极大的不满。
江南的学子，生于富庶之乡，大多是世代书香门第，天下读书人的尖子。明朝刚建国的时候，就出现全国的进士绝大多数都出现在这里，当时以为是科场舞弊，重新再考，结果还是这些人被录取。最后朱元璋不得不把科举分成南北榜，以求各地方在入取进士人数上的平衡。无锡地处江南的中心，周边有发达的水系，交通十分便利，江南学子各属不同的书院，以东林书院为中心，各书院间互相串联。学子们在人情上互相牵连，学术上也互相碰撞，形成了一定的网络关系。学子们未来科考的重点，就是八股策论，纵论时弊，针对时弊发表各种不同的政见。顾宪成等人的思想，无疑给他们输送了很多学术上的营养。同时也感染了这种只求政治上正直的名声，却不求现实解决问题的作风。优秀的学子汇集与东林书院，造就了书院优秀的进士录取率，这不仅使东林书院的声名鹊起，促使学子们更加趋之若鹜，也给后来的东林书院一脉在朝廷中不断增加了很多生力军，这一团体逐渐在政局中形成、壮大、并最终占据优势地位。这，就是东林党。
严格意义上的东林党人，有两个很明确的特征，首先必需是进士出身，东林党人眼界高的很，不是进士是绝对跟他们尿不到一个壶里去的。另一个特征就是必需跟东林书院有关，要么在东林书院里讲过学或者读过书，或者师从于东林党的某人，或者江南各大书院串联到东林书院的。顾宪成给东林书院写了一副很有名的对联：“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”（现在仍然挂在东林书院）这很符合东林人的秉性，声声入耳说明只听从各种声音、各种言论，在言论中战斗，但不一定有行动；事事关心说明只关心事件，至于做事呢，仍然不见得有行动。只做人，不做事，是东林党人的一贯风格。东林党人秉承儒家忠君爱国的思想，也有明代士人特有的正义感，有远大的政治理想，也不缺乏政治目标。绝不缺少象杨慎、邹元标那样仗节死义，冲进去拿屁股挨板子的壮烈，甚至也有象方孝孺那样为了正义舍生忘死的悲壮。但是很奇怪，东林党人从来不宵于去做一件哪怕很细小的，实实在在的，能真正利国利民的事迹。想一想张居正吧，张居正从来不过于计较个人的名声，也从来不主张甚至打击言论自由，以及坚决不用象海瑞这样名声过盛的人。但是张居正做事，他从来只发现问题，并努力解决问题。张居正务实。
东林党号称正直的一派，与之对立的当然被称为邪派。一个是宣城人汤宾尹，官做到祭酒（全国最高学府国子监的最高长官，相当于现在教育局长，从四品，古代科考关乎仕途，因此很有权力），汤宾尹一伙人就叫宣党。一个是昆山人顾天峻，官做到左谕德（礼部下属詹事府的一个机构叫左春坊的长官，负责宫廷教育，从五品），顾天峻这伙人就叫昆党。这两个人共同特点是官都不大，权力不小；党徒都收了不少，话也说的很大，喜欢说一些“天下安危大计”的话。还有兀诗教、周永春、韩浚、张延登这几个齐人为首的称为齐党，党徒包括燕人赵兴邦等人；湖广人官应震、吴亮嗣、田生金等人为首的楚党，党徒也包括四川人田一甲、徐绍吉等人；浙江人姚宗之、刘廷元为首的浙党，党徒包括商周祚、毛一鹭、过庭训等人。这几个党，不，这几伙人之间，也互有联系，也互相排斥异已。他们共同的敌人，就是东林党。
云南人王元翰算不得东林党，却他跟东林党人一个脾气，万历二十九年进士，三十四年吏科给事中，后来转工科右给事中，敢于说话，力持清议。他公然指责历任内阁首辅，说现在天下的人才一半被申时行、王锡爵扫除，一半被沈一贯、朱庚禁锢，推荐象顾宪成这样的正直官员重新入朝为官。这当然很受东林党人欢迎，但是其它党人很讨厌他，欲除之而后快。万历三十七年二月，宣党御史郑继芳首先跳出来弹劾这个二愣子王元翰，说他盗取金库，克扣商人，奸赃数十万。这个栽赃胡说的背后指使人有两个，一个是浙党的同乡陈治则，一个是同为宣党的王绍微。王元翰见到弹劾气坏了，当即上疏辩解，并且反击郑继芳。朝廷官员马上分为两派，一派是郑继芳的同党刘文炳、王绍微、刘国缙等上了十几疏一起攻击王元翰，一派是南京给事中金士衡、御史刘兰等合词为王元翰申救。当时的大学士叶向高主张，把这些奏疏统统下部院查个清楚，谁是谁非，拿一两人论罪，以警告其他人。但是没等皇帝下旨，郑继芳就派人偷偷的围了王元翰的家。王元翰受不了这种下三滥的手段，把家里的筐啊箧啊都扔出来让人检查，表示自己没有贪污，哭着辞朝而去。结果很可笑，王元翰因为擅离职守，被吏部降为刑部检校。皇帝朱翊钧从头到尾没表态，谁对谁错就是不说，完全放弃了一个“裁判”所应有的职责。既然党争没人管，那就接着争吧。
李三才也不是东林党人，他是通州人，万历二十七年的时候就已经是右佥都御史总督漕运，巡抚凤阳诸府。不仅官儿挺大，而且所管的都是要害部门，职权也大。当时朱翊钧派了很多矿监到全国各地捞银子，但是到了李三才这儿却经常吃憋，捞不着好处，太监们都怕他。李三才好权术，善于笼络朝士，结交人才，官衔加到了户部尚书。还时不常的上疏揭发一些首辅沈一贯的短处，反而跟顾宪成的交情却不错，经常向朝廷建议起用罢官的人，用意就是给顾宪成这些人东山再起的机会。在朝的东林党人也投桃报李，李三才几次被提名出任左都御史，主管都察院，甚至还有人提名他入阁。沈一贯就策划了一个布局，如果攻击李三才，那么东林党这些正直的官员们就会申救，一旦这些人开始救，那么就可以收到一网打尽之效。于是沈一贯的亲戚工部郎中邵辅忠就首先发难，攻击李三才“大奸似忠，大诈似直，而为贪、险、假、横之人。”【3】接着，同伙浙江道御史徐兆魁也跟着上疏攻击。接到这样的攻击，李三才上了四道奏疏为自己辩解，请求退休以表示自己的清白，并且杜门待罪。东林党给事中马从龙、御史董兆舒也跟着上疏替李三才辩解。李三才是耍了一个心机，按一般的规矩，被弹劾的人请求退休或者罢官没什么，但是杜门待罪就不对了。因为他是主持漕运的总督，关起门来不做事，那漕运怎么办？这是一刻也不能耽误的事情啊，这就是逼着朝廷表态。内阁大学士叶向高赶紧上疏，要求皇帝赶紧定李三才的去留。朱翊钧没表态，争国本是跟他争，不得不表态，现在大臣们自己争，他不管这些。没人管事，接下来就热闹了，继续弹劾李三才的一下子涌出来十好几个，而上疏论救的东林党人数也不比这少，两派人就为了李三才是好人还是坏人，争来争去争了好几个月。就连罢官在家的顾宪成也坐不住了，分别写信给叶向高和吏部尚书孙丕扬（万历三十七年重新上任）为李三才力辩。顾宪成的书信被附在朝廷诋报上公开以后，不仅无助于解决争端，反而让争议更加恶化了，攻击的人继续攻击，辩护的人更加辩护。李三才自己也连上了十五疏请求退休，但是皇帝仍然不管，只好自己辞官走人。免官的命令必需由皇帝御批，一直拖到第二年的二月才下来，那这一年的漕运谁在管，不知道。李三才的争议，邪派稍占上风，双方的对立却更加尖锐。
万历三十九年辛亥京察，主管的是吏部尚书孙丕扬，时年已经八十一岁了。协理的是侍郎萧云举、副都御史许弘纲、给事中曹于汴、御史乔允升等人，清一色的东林党人的班子。对于这次京察，其它党人早就开始筹划，有的想先引诱孙丕扬先把查核的名单公布出来，好早点去想办法。结果被右侍郎王图查觉，及时阻止。宣党的领袖汤宾尹的京察要由王图注考，他担心自己得不到好的评语，就跟门人给事中王绍微商量，让御史金明时弹劾王图的儿子宝坻知县王淑抃贪污，并且造谣离间王图与其兄弟保定巡抚王国的关系。就算是没把王图干掉，也要扰乱局面。这些事情在王图、王国兄弟的极力辩解下都没有得逞。等到京察名单公布的时候，果然孙丕扬将大量的异党的名单全都罗列其中。邪派党人顿时群情激愤，议论汹汹，纷纷指责孙丕扬过当。到了五月，京察的奏疏的批复下来了，孙丕扬“黜陟咸当”，罢黜和提升官职都很恰当，一时声望大增。这一次的京察，东林党之所以能获得了全面的胜利，主要是因为有叶向高的支持。叶向高是福清人，严格意义上也不能算东林党，但是非常倾向于正直的东林党，当时内阁只有他一个大学士。
宣党的汤宾尹曾在老家抢了生员施天德的老婆徐氏为妾，徐氏性子烈，上吊了。同乡的生员冯应祥、苪永缙帮着把官司打到官府，并建祠纪念徐氏，这让无耻的汤宾尹丢尽了脸面。苪永缙后来又揭发诸生梅振祚、梅宣祚强奸官家媳妇，巡按应天的御史荆养乔将这两个姓梅的混蛋治罪。另一个御史熊廷弼【4】跟汤宾尹素来很有交情，督学南直隶的时候，又把案子全都翻了过来，不仅释放了两个姓梅的，还以苪永缙行为恶劣为由将他杖杀。荆养乔愤怒了，上疏弹劾熊廷弼。熊廷弼也上疏争辩，两个御史争得不可开交。当时的都御史孙玮是东林党，主张进行勘议，之后维持荆养乔的主张，让熊廷弼罢职。接下来，正邪两派又进行一番激烈的争论。最后，皇帝朱翊钧同意了孙玮的主张，熊廷弼罢了官，东林党又占了上风。
发生荆、熊相争的时候，汤宾尹躲在浙江，因为名声太臭，没什么人过问他。但是有一个人例外，这个人叫韩敬，万历三十七年中了乡试，次年参加科举，这一界科举汤宾尹恰巧是主考官之一。当时参加科举的还有一个考生叫钱谦益，是后来的东林领袖，以他的学问，本来不担心考不中进士，但是钱谦益家里有钱，又太需要名声了，花了两万两银子想买一个状元。可惜他花的银子不够多，因为韩敬花了四万两。韩敬在其它考官房中本来已经是落榜的，被汤宾尹越房搜出来，重新录取。会试的时候，内阁大学士叶向高将韩敬点为第三名，汤宾尹强行点为第一名，状元。钱谦益呢，银子当然也不白给，点了一个第三名，探花。发榜之后，舆论大哗，这次科举就开始一直成为两派争议的焦点，当时就有人想揭发韩敬。此时汤宾尹在京察已经被褫官，韩敬也称病辞职。争到第二年，御史孙居相又把这事情抖了出来，朱翊钧下旨议处，形势对汤、韩极为不利。汤宾尹虽然罢官居家，朝中的党羽不少。这些党羽同时揭发当时涉嫌舞弊的进士共有十八个人，并建议将涉案的进士全部交部院共议，企图用法不责众的办法为韩敬开脱减罪。浙党的户科给事中商周祚上疏，弹劾礼部侍郎吴道南“嗫嚅含糊”，企图将局面搅乱。东林党人御史马孟祯立刻针锋相对，上疏称正是吴道南首先检举此案，因此不当问罪，波及面不宜太大，企图将此案的焦点锁定在韩敬一个人身上。随即东林党人再度上疏攻击汤宾尹、韩敬私相关节。最后，朱翊钧采纳刘廷元等人的建议，于万历四十一年三月命礼部严核这次科举中涉案的十八名进士的考试原卷。万历四十一年十二月，在礼部左侍郎东林党人孙慎行会同九卿科道会勘后，虽然也承认韩敬“文优”，文章是写的不错，但是仍然与汤宾尹有关节交通，其余涉案十七人一概不问。随后，万历四十二年三月，东林党人纷纷上疏弹劾韩敬。礼部就会试舞弊案上奏神宗，建议将韩敬下法司勘明，欲将其论罪。邪派三党立时哗然，纷纷上疏替韩敬鸣冤，以至此案迟迟不决。直至数年之后，东林党实力大减，万历四十七年三月，韩敬被贬为行人司司副（仅降两级），调南京任用。
万历四十年二月，孙丕扬、萧云举、王图各自去职后，吏部的堂官尚书和侍郎都没人了。到万历四十五年京察的时候，六部中只有刑部仍有尚书，户、礼、工三部各只有一个侍郎，兵部没有侍郎，只有新点尚书王象乾还没到任。在大学士叶向高的建议下，朱翊钧任命刑部尚书，山东掖县人赵焕署掌吏部。赵焕是嘉靖四十四年进士，万历二十三年因病退休，后来被起复几次都不就任。在家住了十六年以后才出任刑部尚书，然后又兼署理兵部，然后又吏部，三个部转了一圈后，上疏请求增补科道言官，将补选官员下发到任。按明朝的定制，六科给事中一共五十人，十三道御史一百一十人，但是万历四十年给事中只有十人，实际在职只有八个。都察院最后一任左都御史温纯退休以后就再没有过，在职的十三道御史只有四五个人。万历三十八年考选的候补官员已经三年了，仍未下发到任。一方面是因为党争，官员的损失率加大，另一方面也是朱翊钧讨厌党争不予增补，骨子里头的原因就是他懒，出奇的懒。官员的任命，最后一道是必需经过皇帝批准的，言官负责的监察稽核系统其实已经严重瘫痪，不过是大笔一挥的事情，就是不办。
在赵焕、大学士叶向高、都察院署院事左副都御史许弘纲也连番上疏的建议下，终于在万历四十年十月，将三年前考选过的官员十七人授六科给事中，五十人授各道御史。科道言官的增补为赵焕赢得了极好的官声，但是这些科道官员的增补，又为以后的党争增添了生力军。辛亥（万历39年）京察后，宣党、昆党逐步日薄西山。以山东人亓诗教、韩浚、周永春为首的齐党；湖广人官应震、吴亮嗣为首的楚党；浙江人刘廷元、姚宗文为首的浙党因时而起，继续与东林党展开新一轮的党争。
朱翊钧是明朝在位时间最长的皇帝，享国四十八年。他经历了明朝改革中兴的十年，也亲手把改革的政策全面废除，并亲自励精图治过。为了争国本与大臣们抬杠了十几年，自国本之初一直怠政，不上朝，不批览，不朝见长达三十多年。在此期间，他躲在深宫隔绝外臣，默许并且纵容了党争，致使国家内耗，国势日渐衰败。大臣们之间阁、部、科、道官员结党攻讦，互相争斗，其实多是意气或者权位之争，并没有真正意义上的是非可言。无论是起初的国本之争，还是后来的党争，都不是关乎民生大计，也不是任何政治纲领或者政治主张的争端。正派的东林党主要为名望而争，邪派的各党主要为官位而争，双方无所不用其极。朝廷的精力完全被放在党争上，放弃了治国上的努力。而皇帝朱翊钧也另可置身事外，放任自流，致使国政江河日下，一去不返。
【1】北宋理学家程颢、程颐。
【2】《东林始末》（明）蒋平阶撰
【3】《明神宗实录》卷之四百六十五，万历三十七年十二月【十八日】乙丑。
【4】这个熊廷弼就是后来是辽东三杰之一熊廷弼，这时候他是宣党，几年以后出任辽东经略又发生了根本的转变。
