清圣祖康熙二十年七月（公元1681年），清圣祖爱新觉罗·玄烨下诏“以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取澎湖、台湾”。施琅为原郑芝龙部将。
清圣祖康熙二十二年（公元1683年）六月，施琅率领战舰三百，精锐水师二万余人，一举攻占了澎湖，台湾失去了屏障，郑氏军事力量损失惨重。郑克塽（郑成功之孙，郑经之子）、刘国轩等向清军投降，清军进驻了台湾。
清圣祖康熙二十三年（公元1684年），在清圣祖爱新觉罗·玄烨的授意下，清政府在台湾设一府（台湾府）三县（台湾、凤山、诸罗），隶属福建省，并在台湾设巡道一员、总兵官一员、副将二员，驻兵八千。在澎湖设副将一员，驻兵二千。在清朝中央政府的统一管理下，台湾与大陆的关系更加密切。
亲征蒙古清初，蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
从17世纪中叶以后，厄鲁特蒙古的准噶尔部逐渐强盛起来。特别到噶尔丹为汗时期，势力更加强大。噶尔丹不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于清圣祖康熙二十七年（公元1688年）春，噶尔丹引兵三万越杭爱山向喀尔喀蒙古土谢图部发动进攻，喀尔喀各部败溃，噶尔丹以追击为名，直抵距北京七百里的乌兰布通。在清政府的压力下，噶尔丹暂时退兵。
清圣祖康熙二十九年（公元1690年），噶尔丹在沙俄的支持下，率二万多骑兵，向内蒙古大举进攻。清圣祖爱新觉罗·玄烨决计亲征噶尔丹，以“除恶务尽”。
噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。噶尔丹把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。噶尔丹军队就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地。驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。噶尔丹一看形势不利，赶快派个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向清圣祖爱新觉罗·玄烨帝请示。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵逃到漠北去了。噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。清圣祖康熙三十三年（公元1694年），清圣祖爱新觉罗·玄烨约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。噶尔应扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向清圣祖爱新觉罗·玄烨告发。
清圣祖康熙三十五年（公元1696年），清圣祖爱新觉罗·玄烨帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨市素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；清圣祖爱新觉罗·玄烨帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达，这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝清圣祖爱新觉罗·玄烨帝班师回北京。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代；再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？当下，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他清圣祖爱新觉罗·玄烨帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到清圣祖爱新觉罗·玄烨帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
清圣祖爱新觉罗·玄烨帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照清圣祖爱新觉罗·玄烨帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把噶尔丹引到预先埋伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起，就一跃上马，占据了山顶。噶尔丹向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。费扬古又派出一支人马在山下袭击噶尔丹辎重，前后夹击。噶尔丹死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝要噶尔丹投降，但噶尔丹继续顽抗。隔了一年，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝又带兵渡过黄河亲征。是为第三次亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，只得服毒自杀。
到此，清圣祖爱新觉罗·玄烨为了对付噶尔丹叛乱，分别在清圣祖康熙二十九年（公元1690年）、清圣祖康熙三十五（公元1696年）、清圣祖康熙三十六年（公元1697年）进行了三次亲征。
噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清圣祖爱新觉罗·玄烨为了加强对外蒙古地区的管理，沿袭了清太宗爱新觉罗·皇太极以来的盟旗制度，采取联姻、封爵、年班、围班等措施，以密切与蒙古领主贵族的关系，特别是尊重蒙古族信仰的喇嘛教，以笼络僧俗人等和广大牧民。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌里苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
此后，满清政府又先后平息了噶尔丹的侄子阿拉布坦的叛乱、青海和硕特部罗卜藏丹津的叛乱和准噶尔贵族阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱。并改西宁卫为西宁府，设立青海办事大臣，分蒙古族为二十九旗，加强了对青海的管理；在新疆设立伊犁将军、参赞大臣、劣谟大臣、都统等，率兵分驻伊犁、塔城等地，巩固了对天山北路的统治。清圣祖爱新觉罗·玄烨他深知西藏为蒙古各部尊奉的黄教领袖地位的重要，对准噶尔、和硕特等部插手西藏而使其政治动荡保持警惕。于是在清圣祖康熙五十二年（公元1713年），册封班禅呼图克图为班禅额尔德尼。
平定蒙古叛乱，显示了清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝的军事才能。在清圣祖爱新觉罗·玄烨执政期间留下了值得后人赞扬的篇章。
抗击俄国明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了中国黑龙江地区。清圣祖爱新觉罗·玄烨时期，沙俄派遣哥萨克远征军侵扰黑龙江流域已达数十年，并在中国领土上修筑尼布楚、雅克萨等城堡作为侵略据点。沙皇多次遣使来华，要求建立外交和通商关系，但因俄国侵占中国领土等问题而遭到清政府拒绝。此外，由于清初国内尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，清圣祖爱新觉罗·玄烨才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军事行动。清圣祖康熙二十四年（公元1685年）至清圣祖康熙二十六年（公元1687年），清圣祖爱新觉罗·玄烨组织了两次收复雅克萨之战。清圣祖康熙二十四年（公元1685年）四月，清圣祖爱新觉罗·玄烨命都统彭春、副都统郎坦、黑龙江将军萨布素等率领水陆军约三千人，自黑龙江城（今爱辉）出发，进围雅克萨，俄军统领托尔布津乞降，率部六百余人撤往尼布楚。清军平毁城堡后回师。不久，沙俄侵略军重占雅克萨，次年五月，清圣祖爱新觉罗·玄烨又下令萨布素等率部再次攻取雅克萨，鏖战四昼夜，击败托尔布津，俄军困守孤城。在沙皇政府请求下，清军于清圣祖康熙二十六年（公元1687年）夏撤围。当时的俄国因内外问题的困扰，一时无力在东方大规模用兵，所以，希望议和，被清圣祖爱新觉罗·玄烨接受。清圣祖康熙二十八年（公元1689年七月二十八日），通过平等谈判，中俄订立了《尼布楚条约》，从法律上确定了中俄东段边界。这是中国和近现代欧美国家签订的第一个条约。根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定。这样，黑龙江和乌苏里江流域的广大地区被确认为中国的领土。清圣祖爱新觉罗·玄烨下命在黑龙江重要处所建城驻兵，设置驿站，制定巡边制度，有力地保障了东北边境的安宁。此后，俄国多次派遣使节和商队来到北京，清政府还在北京建立了俄罗斯馆供俄人居住。
文治
编书纂典，发展文化
清圣祖爱新觉罗·玄烨自五岁开始读书，学习勤奋，亲政后，“听政之暇，即在宫中披阅典籍，殊觉义理无穷，乐此不疲”，举凡史乘、诸子百家、吕律、数理、佛教经论、道书，无不涉猎。清圣祖爱新觉罗·玄烨是个好学的皇帝，他不仅自己熟读经史，也十分重视人才的培养和文化的发展。他在位期间，亲自组织人力编撰了大量的书籍，如，修订《明史》，编撰《古今图书集成》、《全唐诗》、《佩文韵府》、《历象考成》、《皇舆全览图》、《康熙字典》等。其中《康熙字典》是我国第一部以“字典”来命名的字书，也是我国第一部官修字典。
清圣祖爱新觉罗·玄烨十分注重笼络汉族官吏、士大夫知识分子，对汉族官吏、名士及一般士子，分别采取不同措施，罗致了封建统治所需要的人才。清初，满汉官员职掌相同而品级悬殊，这种民族歧视使不少汉官心怀怨望，不能尽心为清廷效力。为了安抚汉官清圣祖爱新觉罗·玄烨一再声称“满汉皆朕之臣子”、“满汉一体”，谕令“满汉官员职掌相同，品级有异，应行画一”。清圣祖康熙十六年（公元1677年），清圣祖爱新觉罗·玄烨设置南书房，命翰林院詹事府、国子监官员轮流入值，以笼络汉官。清圣祖康熙十七年（公元1678年），清圣祖爱新觉罗·玄烨又命开“博学鸿儒科”，以网罗负有盛名的硕彦鸿儒，入史馆纂修明史。清圣祖爱新觉罗·玄烨修《明史》为我国的文化史作出了巨大的贡献。他认为这件事是清朝不可推卸的责任。因此，清圣祖爱新觉罗·玄烨要求参加修《明史》的人一定要占有详细的材料才能动笔，而且需要秉笔直书；虽然写的是前朝的历史，但是要实事求是，要让后人心服、口服，不能讥贬前朝；还需要在修史的过程中正确总结历史的经验教训，给后世一些借鉴。《明史》最后定稿是在乾隆年间，但是，主要的工作大部分是由清圣祖爱新觉罗·玄烨亲自主持完成的。但是，《明史》里面的大部分内容都是为了迎合统治阶级，历史的真实面目似是而非。
除修《明史》之外，清圣祖爱新觉罗·玄烨又吸收大量学者编纂各种图书，著名的有《古今图书集成》，分订为六千一百余册，成为中国最大的一部类书。清圣祖爱新觉罗·玄烨对程朱理学尤其用力提倡，特别尊崇朱熹。在他的奖励提拔下，大批信奉程朱的“理学名臣”如李光地、魏裔介、熊赐履、汤斌、张伯行等都受到重用。这些措施起到了收揽汉官和汉族士子人心的作用，扩大了满汉地主阶级的统治基础。清初一些以高风亮节相砥砺、遁迹山林不与清统治者合作的明遗民，他们的子弟或学生这时都纷纷出仕，或参与各类书籍的编纂。满族与汉族及其他各民族之间壁垒趋向瓦解，直至彼此融合。
中外交流
帝国皇帝与外国人的交往
清圣祖爱新觉罗·玄烨对当时在西方兴起的自然科学抱有浓厚的兴趣。17世纪末，法国国王路易十四听到个消息，不禁勾起好奇心，于是选择了五位精通科学的耶稣会传教士，以法国皇家科学院名义，冠以“国王数学家”称号，万里迢迢，来到中国。路易十四没想到，他通过国家科学院与其他国发生联系的方式在此开了先河。清圣祖康熙二十七年（公元1688年）2月，法国传教士抵达北京，当时是中国最强盛的时期。因为国家强，所以便不怕外来文化“同化”。清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝立刻允诺其中三位教士在中国传教，另两位做他的私人教师，并给两人都起了中国名字，一个叫张诚，一个白晋，张诚负责写教材，白晋负责讲课，上午、晚上各两课时，清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝对他们所讲的课，听得津津有味，且“并不只认死理，总是把所学知识付诸实践，学得很开心，对于给他上的课程理解得很好”。清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝放学后常常主动复习功课，有时甚至把皇子叫来，他自己过一把教授西学的瘾。
清圣祖爱新觉罗·玄烨对西学的学习可以达到融汇贯通的地步。朱静编译《洋教士看中国朝廷》中记载：“给他讲到固体的成分时，他会拿起一个球，精确地称出它的重量，测出它的直径，算出同样材料、直径不同的另一个球的重量，或者算出另一个比较大的或比较小的球的直径该是多少。然后，他转动一个同样直径或同样重量的球，证明实际情况和理论是否相符，仔细地验证立方体、圆柱体、圆锥体或圆台、棱锥体和球体的比例和性能。”也许，清圣祖爱新觉罗·玄烨就是在这时对土地测量产生了兴趣：“亲自一气平整三四里河坡地。有时候亲自用几何方法测量距离、山的高度、河流和池塘的宽度。他自己定位、调整各种形式的仪器，精确地计算，然后让别人实测距离，当他看到自己计算的结果和别人测量的数据相符合，就十分高兴。在场的朝臣不失时机地表示赞叹，他也乐得接受掌声，但总不忘向他们赞扬欧洲的科学和教授他这些知识的神父们。”以至于在他即位12年后，平三藩、收台湾，完成了统一大业之后，当西学老师们建议清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝进行一次全国性土地测量时，清圣祖爱新觉罗·玄烨极为兴奋。他想看看自己统治的国土究竟有多大，不过，他没想到的是，如此浩大的工程，进行如此浩大工程的测量，他是第一人。
