巴赫出生在一个受人尊敬的音乐世家里。200多年来，巴赫家族先后出现了50多位音乐家，以至于巴赫的姓氏在当地成了音乐家的同义语。在这样的氛围中长大，巴赫从小就对音乐产生出强烈的爱好。他的父亲是当地的小提琴家，向他传授了不少音乐技艺。不幸的是，小巴赫九岁那年，父母相继去世，他哥哥担负起抚养弟弟的任务，同时继续对他进行音乐教育。
巴赫的哥哥在音乐方面是个不错的手艺匠，但学问比较差，经常被巴赫没完没了的提问弄得头昏脑涨，惹得他动不动就冲弟弟发火。巴赫的哥哥有一个柜子，里边存放着许多着名作曲家的乐谱。巴赫想借来看一看，可是任凭他好话说尽，哥哥就是不答应，因为这些乐谱实在是太珍贵了。
巴赫不死心，过了几天又去借，仍然遭到了哥哥的拒绝。怎么办呢？从此后，每当夜深人静的时候，他就悄悄地起来，溜进存放那个柜子的房间，悄悄地从柜里取出一份乐谱，然后跑到外边，借着月光抄起来。就这样抄啊抄啊，一直用了整整半年的时间，终于把柜子里那些乐谱全部抄完了。后来，这件事被他哥哥知道了，竟无情地把巴赫辛辛苦苦抄写的乐谱全都撕毁了。
巴赫年纪虽小，但生性顽强，为了学习音乐，他不怕任何困难。有一次，他听说汉堡有一位管风琴大师，演奏技巧相当高超，巴赫就想亲耳听一听。从艾森纳赫到汉堡路途遥远，一个往返就是180里，巴赫每去汉堡一次，归来时都是双脚上生满血泡，但他再次出发前，从来没有半点的犹豫。
1702年，巴赫从神学校毕业，因为生计无着，只得放弃了免试深造的机会，到阿恩斯塔特城教堂弹奏管风琴。为了提高琴艺，他常常通宵达旦地发奋练习，每逢假日，他便徒步前往汉堡，投师求教。
当时，在鲁贝克教堂任职的布克斯特胡德是德国最杰出的作曲家和管风琴演奏大师，巴赫对他仰慕已久。有一次，教堂给巴赫放了一个月假，他便利用这个机会，不顾往返640多里的路程，又一次背起行囊，徒步走到鲁贝克。
布克斯特胡德的演奏令巴赫大为倾倒，他如饥似渴地向大师讨教，一住就是四个月。
巴赫擅自超延假期，引起了教堂主事的不满。巴赫在当管风琴师的同时，写出了许多洋溢着青春活力的作品，这些作品与宗教音乐“规范”有天壤之别，有人就说起了怪话。
巴赫听了无动于衷，他说：“如果把庸人的议论当作障碍，艺术就不会发展。”
当时的教堂音乐中，没有女子的地位，连歌剧中的妇女角色也是由男人扮演的。巴赫在一次合唱中破天荒地让他的表妹玛丽亚·芭芭拉（后来成为他的生活伴侣）身着男装登台演出。这件事严重地违犯了教堂的规矩，他因此遭到教堂主事的训斥。
巴赫大声争辩道：“音乐不是任何人的奴隶！也不是宗教的奴仆！如果尊重对奴役是叛逆，创作对守旧是叛逆，那么，我就是个叛逆者！”
巴赫从阿恩斯塔特城教堂辞职离去后，几经辗转，来到了魏玛，成为魏玛公爵的宫廷风琴手。魏玛宫廷乐团的条件无与伦比，有豪华的音乐厅，豪华的演出服装，豪华的陈设，但是像巴赫这样的人不过是公爵的高级侍从，他的名字与马夫、厨娘写在一个册子里。公爵做礼拜时，风琴师坐在特设的一间小屋里弹奏；公爵做祈祷时，这间小屋就要紧闭房门，以免打扰公爵。
1717年，法国着名古钢琴家玛尚来到了德国，在德累斯顿举行音乐会。德累斯顿的贵族们特别崇尚法国音乐，对玛尚极力吹捧逢迎，使得恃才傲物的玛尚更加洋洋得意。有一次，玛尚在音乐会上演奏完后，巴赫应邀即席演奏一曲。玛尚听了，登时大惊失色。有人提议玛尚与巴赫搞一次比赛，玛尚碍于面子，勉强答应了。第二天举行比赛时，只有巴赫一个人出场，玛尚先生早已连夜乘车逃之夭夭了。巴赫的胜利给德国音乐家长了志气，也给魏玛公爵挣足了面子，但他的处境并没有得到改善。有一天，一个提琴手病倒了，不能参加演出，恰巧宫廷有贵客来访，公爵顿时大发雷霆：“病了？告诉他，爬也得给我爬起来演出！”演奏结束后，巴赫发现那位乐师的衣背全湿透了，脸色蜡黄，便扶着他回到住所。
这件事情对于巴赫触动非常大，他鼓起勇气向公爵提交了辞呈，要求离开宫廷乐团。一个奴仆竟敢如此忤逆犯上，使得公爵勃然大怒，把巴赫的辞呈丢到一边，不予理会。巴赫一连请求了好几次，都没有获得获准。
当时有位奎登公爵嗜乐如命，他听说巴赫是个难得的音乐奇才，竟动了“偷”的念头。一天深夜，他派人赶着马车偷偷地去接巴赫。事有不巧，奎登公爵的计划暴露了，魏玛公爵迁怒于巴赫，将他抓起来，关了一个多月。
1717年末，巴赫终于离开了魏玛，来到奎登公爵的领地。在这里，他过上了一段难得的安稳日子。只可惜好景不长，公爵的儿子成婚后，开销增加，乐队经费大幅度削减。巴赫的几个孩子也已逐渐长大，他希望孩子们能在大城市里受到高等教育，便于1723年举家迁往莱比锡。
来到莱比锡后，家里人要吃的，孩子上学要钱，沉重的经济负担让巴赫喘不过气来。他不得不忍着极大的屈辱，在一份简直就是卖身契的职责书上签了字。这份职责书规定，不经批准，他不得在任何大学任职；不经市长批准，他不得擅离本市。巴赫之所以如此忍辱负重，就因为有了这份职责书，就能够得到圣弗玛教堂附属歌唱学校合唱指导这一职位，每年有700个塔列尔（货币名）的收入。让他聊以自慰的是，他用在孩子们身上的心血没有白费，有好几位后来成为世界着名音乐家。
巴赫的家人都喜欢音乐，并且有音乐方面的特长，用巴赫自己的话说：“我的一家常常可以组成一个出色的家族乐团。”描绘巴赫一家合唱情景的绘画，一直珍藏在柏林美术馆中。
1750年7月28日，贫病交加的巴赫因眼疾手术无效，与世长辞。他的遗体被埋在莱比锡教堂公墓里，连个墓碑也没有。
他的妻子生活无着，从此住进了贫民收容所。
巴赫一生的音乐作品浩如烟海，虽然大部分已经散失，但留下来的还有500多部。音乐史上多产的作曲家不乏其人，但能与巴赫相比的人却是寥寥无几。巴赫生前未能得到应有的尊重，大部分作品没有出版，而如今他的音乐已经成为不朽的经典。
