1788年10月，黑格尔、荷尔德林因中学毕业成绩优秀，得到斯图加特、毛尔布隆两地保送，同时入学到图宾根神学院读书。
图宾根神学院设在从前一个奥古斯丁教团修道院的故址，是专门为各地培养牧师和教员而设立的，学员二三百名，享受公爵所设奖学金待遇。黑格尔是这个学院的公费生。这里的生活方式也具有修道院的特色。学生们奉命早起，祷告和吃早饭、上课、自修和散步都有严格的规定。
再过两年，年方15岁的谢林也来到图宾根神学院。少年时期的谢林聪颖过人，学习成绩优异，按规定，年满17岁方能进入图宾根神学院，谢林以其出众的才华被破例进入图宾根神学院学习。黑格尔、谢林、荷尔德林三人同住一室，朝夕相处，结下了诚挚的友谊，这友谊持续了很多年。
1789年，巴黎人民攻占巴士底狱，法国大革命风起云涌，激起了德国资产阶级的反封建的情绪。恩格斯曾经指出：“突然，法国革命像霹雳一样击中了这个叫做德国的混乱世界……整个资产阶级和贵族中的优秀人物都为法国国民议会和法国人民齐声欢呼。”
法国大革命的劲风也欢到了图宾根神学院的校园。神学生们在刻板的生活和黑色道袍下，激荡着立志改革落后德国的火热炽情，向往着革命和自由。
黑格尔、谢林、荷尔德林三人在图宾根神学院读书期间，正值法国大革命高潮时期，德国的进步力量热烈欢呼法国革命。图宾根也出现了一个政治俱乐部。人们在那里交流有关法国事件的新闻，阅读法国报纸，谈论德国命运。黑格尔，荷尔德林和谢林都是俱乐部的积极分子，并参加了在内加尔河岸栽自由树的活动。黑格尔曾在俱乐部发表了一篇关于博爱与自由的演说，受到朋友们的一致喝采。在黑格尔当时的纪念册上记着“反对暴君”、“打倒坏蛋”、“打倒妄想绝对统治心灵的暴政”、“自由万岁”、“卢梭万岁”等等革命口号，还摘抄了卢梭《社会契约论》中的一句名言：“如果天使有个政府，那么这个政府也会实行民主管理的”。谢林则把同学魏采尔从法国带回的《马塞曲》译成德文，在同伴中传唱。这件事惹怒了封建当权派。主张取缔思想自由的欧根公爵把神学院学生集合在大礼堂里，对谢林与其他几个学生严厉训斥。公爵问谢林，他是否就是那个“强盗歌”的译者，谢林一直都无所畏惧，用他那炯炯有神的眼光盯着公爵，简短而干脆地回答：“阁下，我们大家缺乏各式各样的思想，”“欲加之罪，何患无词！”最后仅仅由于谢林的父亲及时拜托神学院校长施努黎尔从中斡旋，谢林才未被开除出神学院。
3位朋友的心是在一起的，事业是共同的。他们倾向于改革，憧憬于未来，以“上帝之国”的口号互相勉励，这个口号的含义就是黑格尔写的两句诗：
是对真理和自由无保留的献身，
是对禁锢思想诫律永不妥协的誓言。
黑格尔终其一生对法国大革命都持积极态度。谈起这场革命，黑格尔总是兴高采烈的。他写道：“法国由它的革命的涤荡，脱却了许多制度。那些制度是人类精神掉在背后的孩提时的敝履，曾重压过它（指法国），如现在还重压着其它各国一样，像枯槁的羽毛一般。”正是在那些充满希望，“风华正茂”的日子里，黑格尔像费希特一样，亲近过一阵某种贵族式的社会主义，并以其特有的热情，投入了当时席卷整个欧洲的浪漫潮流之中。
黑格尔对法国革命的少年热情，是始终如一的，使他在哲学上认识上都贯彻着法国革命的理想。直到晚年，他也未忘掉在7月14日为攻克巴士底狱干一杯。在1827年，当他第一次来到法国首都巴黎的时候，寻找过法国革命时期发生过最重大事件的场所，并且对卢梭住过的庄园表示了特别的兴趣。在晚年讲演的《历史哲学》中，黑格尔仍旧热情歌颂法国革命的理想：
自从太阳站在天空，星辰围绕着它，大家从来没有看见，人类把自己放在它的头脑，它的思想上面，而且依照思想建筑现实。阿那克隆哥拉第一学说“Vo”（理想）统治世界，但是直到现在，人类才进而认识到这个原则，知道思想应该统治精神的现实。所以，这是一次壮丽的日出。一切能思维的生物都欢庆这个时代的来临。这时笼罩着一种高尚的热情，全世界都浸透了一种精神的热忱，仿佛第一次达到了神意和人世的和谐。
这曾终被恩格斯称作是“危险的颠复学说”。
黑格尔在图宾根神学院学习了五年，前两年主要学神学，后三年主要学哲学。在这五年中，黑格尔选习了这样一些课程：福音史，旧约诗篇研究，西塞罗论神的本性，哲学史，形而上学与自然哲学，路加、马太、约翰诸福音和保罗人告罗马人书。此外，他自己还选习了一门解剖学的课程。在大学期间，他没有听过逻辑的课程，据说可能因逻辑教授去世，一时没有人担任的缘故，虽然在中学时他就接触到活尔夫的逻辑教本。在教授中，讲授西塞罗的“论神的本性”和“形而上学与自然哲学”的佛拉特教授是康德哲学的一个敏锐而自由的支持者。正如他给友人谢林的信中所写的那样，他对大学的讲授不很满意，但在自学与积累知识方面用了很大的力量。
在图宾根神学院的五年学习期间，他还和中学时一样，对其他方面的活动不感兴趣，只是致力于书本学习。他忽视骑马术和击剑术的训练。在和少女相处时，呆若木鸡。他穿着粗俗、陈旧；行动呆滞、迟缓，同学们送他一个绰号：“小老头儿”。有个同学曾在他的纪念册上画了一幅驼背，拄着双拐的黑格尔漫画，并在旁边题辞道：“愿上帝保佑这位小老头儿！”
俗语说得好；“人不可貌相”，多年以后正是这位“小老头儿”掀起了一股新的哲学潮流，它的声势是那么的浩大，很多年都没有人能够阻挡得住，同时又有许多人从其中吸取了一些思想并进一步发挥，阐述，他们的哲学观点至今在世界上还有很大影响。真可谓“源渊汉长”啊！
然而，黑格尔并不是一个落落寡合，行为鬼祟的人，而是一个开朗的，为人所喜爱的伙伴（小老头儿是善意的嘲讽）。他在愉快的酒宴上跟人们很合得来；在和朋友骑马到乡间时，竟忘记了规定的上课时间，以致受到禁闭。他热恋一个漂亮的女孩奥古期特·黑格尔·迈埃尔，已故神学教授的女儿，他甚至在赠给友人的芬克的纪念册上表示他如何不嫌弃酒和爱情：“上一个盛夏已经美满地结束了，现在更加美满！关于前者的格言是酒；关于后者的格言是爱！1791年10月7日。酒和爱！”
荷尔德林在纪念册中给黑格尔写下了歌德的彼拉得斯的词句：“兴趣和热爱是伟大行为的两翼。象征，万物一如。”
黑格尔要完成伟大行为需要两翼：一是对希腊世界的热爱，一是对哲学的兴趣。他的朋友中，最能促进前者的是荷尔德林，最后促进后者的是谢林。
在图宾根神学院，黑格尔阅读了刚刚问世不久的康德著作，但这时他并不理解批判哲学的精神。
八九十年代，康德的哲学著作三大批判《纯粹理性批判》（1781）、《实践理性批判》（1788）、《判断力批判》（1790）陆续问世，产生了巨大的反响。
康德亲自批判沃尔夫学派的各种观点，巨著之外，辅以散篇文章，发表于报刊。莱因霍德、费希特这些门徒广为传播，形成阵势。费希特亲自教学生读《纯粹理性批判》，第二年以所撰《试评一切天启》亲自往见康德。《试评一切天启》于1792年4月顺利问世，黑格尔一时间显然尚未充分注意并理解这一切，他正在观察思考。
黑格尔、荷尔德林、芬克、伦茨自共同进修弗拉特的形而上学和自然神学课后，经常聚会阅读康德的理论著作。后来，得到助教“康德迷”迪茨的带动，兴致勃勃地探讨学院老师施托尔和弗拉特对康德所采取的启蒙主义，理性主义做的阐释。黑格尔避免激进观点，采取中立态度。
此外，黑格尔、荷尔德林、芬克、伦茨四人还经常聚会阅读柏拉图。雅可比等人的理论著作。具体有：柏拉图的政治类对话《国家篇》、《政治家施展》、《米诺斯篇》，以及《费德诺篇》、《蒂迈欧篇》、《斐多篇》、《会饮篇》，雅可比的《论斯宾诺沙学说的信札》（1785），希佩尔的《生命旅程》，赫尔德的《上帝，对话数篇》（Gott，1781，1800）等。其中雅可比、赫尔德两人的著作是围绕“关于淫神争论”而选读的。
黑格尔与同学伊特魏因关系很好。1839年，伊特魏因回忆这段同窗生活，谈及黑格尔爱读《爱弥尔》、《社会契约论》，心目中的英雄是卢梭，卢梭的著作黑格尔都很熟悉，并对他本人产生了很大的影响。
黑格尔在图宾根神学院学完两年哲学课程之后，于1790年9月，和荷尔德林、芬克、奥里斯特四人共同为伯克教授所撰论文《论义务的界限》辩护，结果顺利通过，成为哲学学士。三年神学课程完成之后，于1793年9月，和其他同学共9人共同校长勒贝雷特所撰写的关于符腾堡教会史论文辩护，顺利通过；获得结业证书，成绩平平。颇为有趣的是毕业文凭上述他天资、品性都好，长于神学和语言学，哲学上则没有能力。
