晚年的康熙身体一直不太好。康熙五十四年（1715）的时候，康熙的右手突然不听使唤，但他怕内侍擅权，因此不让人代笔。无奈之下，康熙只好试着用左手批折子。康熙五十六年（1717）的冬天，康熙得了一场大病，两个脚肿得厉害，连站都站不起来。
康熙五十一年（1712），太子胤礽二度被废以后，康熙不愿意再提关于立储的任何事情，如果有大臣敢于在康熙面前提到此事，康熙往往会勃然大怒，导致万分严重的后果。康熙之所以这样做有两个原因：第一个原因是，康熙不愿意看见这些皇子们重复胤礽当太子时的骨肉相残；第二个原因是，康熙怕立了太子之后会威胁到自己对于皇权的统治和自身的安全。立储之事弄得康熙晚年愁闷不堪，成了康熙的一块心病，致使康熙有很多本想办的事情都没有精力再去继续完成。
但是，不立储的话同样有很大的弊端，阿哥们决不会因为不立太子而停止争夺，只不过因为没有明确的敌人而相互收敛一点而已。康熙五十六年（1717），大臣们为了国家大计，集体请愿，要求立储。康熙也知道此事决非小可，只好用缓兵之计，他借口当年太子胤礽的仪制逾规，下令重新制定太子仪制，但等群臣制定好了过后，却又没了动静。
康熙当然知道不立储可能会给整个帝国带来灾难，但康熙一向自信身体状况良好。况且即使那一天来临了，他自信也能在最后一刻宣布继承人选。但人算不如天算，这一天真到来的时候，康熙似乎并没有做好准备，而这也就有了雍正登基的千古迷案。
《清圣祖实录》记载，康熙六十一年十月二十一日，康熙一行人前往南苑行猎。因为身体不舒服，康熙于十一月初七回到了畅春园。《永宪录》则记载说，康熙在十一月初七从南苑回到畅春园，次日有病，康熙还传旨说：“我偶然染上了风寒，今天已经出汗了。从初十到十五日这段时间静养斋戒，所有的奏章，不必启奏给我”。
但是从初七到十三日，不到一周的时间，康熙便突然驾崩了，康熙的死因一时成为谜团。但更引起人们关注的，是康熙的继任人问题。虽然最后四阿哥胤禛成功登基，坐稳了皇位，但在康熙死后，民间即传闻：康熙本来想传位给皇十四子胤，康熙生病时，四阿哥胤禛“进了一碗参汤，不知何故，圣祖皇帝就崩了驾。”胤禛就登了位。说是雍正帝阴谋将乃父毒死。还有人说，康熙帝死后，是隆科多擅自篡改了遗诏，将“传位十四子”，改为“传位于四子”，使雍正顺理成章地登基。更加令人生疑的事，是雍正五年（1726），胤禛借口将隆科多囚禁而死，隆科多是康熙死前少数在场的大臣，是不是为了杀人灭口？种种谜团，使人不得而知。
还有一种说法认为雍正是康熙的合法继承人。因为有种种迹象可以证明，康熙欲传位给四子胤禛。一是在康熙晚年，很多皇子都遭其猜忌，唯有胤禛在康熙病重期间，仍被委以重任。如十一月九日，康熙命胤禛斋戒代行南郊大祀礼。十三日改派镇国公吴尔占代行祭天，而让胤禛三次进宫。详情虽无人所知，但此举在斋戒期间是非同寻常的，充分说明了康熙对胤禛的信任。二是据《清圣祖实录》所记，康熙临终那天，曾召集皇三子允祉和隆科多近前，说：“皇四子人品贵重，能够深刻的了解到我的心意想法和辛苦，他一定能够继承皇帝的基业大统，即皇帝位。”
关于康熙死亡的具体时间，《清圣祖实录》、《永宪录》还有《皇清通志纲要》里的记载都是“十三日戌刻”，雍正本人钦定的《大义觉迷录》也是如此陈述，时间节点应该没什么问题，十三日康熙病情急剧恶化也是事实。争议最多的，恐怕还是胤禛在十三日白天曾进康熙的寝宫请安，之间到底做了什么，说了什么，因为没有记载，这在后面也导致了很多的传闻。
康熙最终撒手人寰，走完了他人生最后一段路程。至于之后的大清王朝会发生什么事情，已经不是往日雄才大略的他所能掌控的了。
回顾康熙波澜起伏的一生，我们看见他幼年登基，继而丧母，在祖母孝庄太后的扶持和呵护下，在凶险的环境中稳固了皇位，击败鳌拜，平定三藩，统一台湾，肃清漠北。在后来的统治下，整个帝国国泰民安，其个人所留下的种种功绩，足以让他在青史中留名而彪炳千古。作为封建时代的帝王，康熙一生始终能够以勤勉治国来自我期许，综观其一生，的确称得上是中国历史上难得一见的英明统治者。
胤禛（后称雍正）即位后，大臣们给康熙上谥号曰：“合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝”，拟庙号为“圣祖”。至此，大清帝国的一个时代结束，而下一个时代即将开启。
