在此情况下，一场诛杀杨秀清的行动开始了。诛杀杨秀清的主要执行者是北王韦昌辉。8月底，韦昌辉率三千亲兵从江西前线返回天京。9月1日深夜，韦昌辉在陈承璿的接应下潜入天京城，随后包围了东王府。与此同时，秦日纲也率亲兵从丹阳前线秘密返京策应。
9月2日凌晨，韦昌辉率部突袭东王府，杀死杨秀清及其全家老小。天明时分，杨秀清的首级被悬出示众。随后韦昌辉率亲兵在全城展开大搜捕，下令凡东王所属必须自首，匿者连坐，在京外的一些东王亲信将领也被株连。
对于韦昌辉大肆杀戮太平军将士的做法，洪秀全很不赞同。他表示，诛杨秀清是出于无奈，东王部属是无辜的，不应该让他们受到株连。韦昌辉认为，洪秀全起初借刀杀人，如今又反过头来埋怨自己，收买杨秀清余党的人心，而自己却落了个里外不是人，于是一不做，二不休，下令将东王的亲属和旧部，无论男女老幼，全部处死。这场惨绝人寰的大屠杀一连持续了好几天，共有2万多人被杀。
石达开闻变后，率亲信数人从武昌匆匆赶回，指责韦昌辉滥杀无辜。韦昌辉认为石达开偏袒杨秀清一伙，对石达开也动了杀机。石达开为防不测，连夜缒城而走。已杀红眼的韦昌辉竟将石达开满门抄斩，同时命令自己的部队围攻天王府，逼洪秀全悬赏诛杀石达开。
石达开逃到安庆后，率部进驻宁国，芜湖一带，讨伐韦昌辉。韦昌辉因杀人太多，居心叵测，此时已完全失去人心，甚至他自己带来的人也觉得太过分了。洪秀全此时下令讨伐韦昌辉，得到众人的支持。11月2日，韦昌辉伏诛，韦家妻小也全部被杀，但韦昌辉的部属没有受到株连，总共才杀了200多人。在这次事变后，石达开众望所归，满朝文武一致推举他总管太平天国政务，并推他为“义王”。11月下旬，石达开入京。28日，追随韦昌辉大肆杀戮太平军无辜人员的秦日纲、陈承瑢二人伏诛。
天京事变后石达开回京主理朝政，太平军出现了一些转机。但是，这时的洪秀全已经不再信任异姓，转而提拔自己的亲兄弟为王用以牵制石达开。第二年夏天，石达开负气离开天京，率领十多万精锐部队另辟战场。洪秀全、石达开分道扬镳，太平天国再次分裂。
太平天国的宿将丧失殆尽，于是洪秀全提拔了一批年轻的将领统军作战，其中最出色的是李秀成和陈玉成。
陈玉成是广西藤县人，14岁时随叔父加入太平军，参加金田起义，成了一名童子军。随后的几年内，他屡立军功，23岁时被晋封为英王。
李秀成也是广西藤县人，咸丰元年（1851），29岁的李秀成加入了太平军，在此后的戎马生涯中，李秀成因战功显赫而不断升迁，直至被封为忠王，在军中的地位仅次于英王陈玉成。
在天京事变前，清军处于守势。天京事变后，皖北、淮南、江西等地陆续被清军夺回，天京重新被围。太平天国的较大据点除了天京外，只剩下安庆、芜湖、九江几个城市，并且九江也很快失陷。
为解天京之围，李秀成进军皖北，虽然取得一连串的胜利，但天京之围未解。于是，李秀成又想出了一个计策，他率领三千精兵奔袭杭州，惊慌失措的清军从包围天京的军队中分兵驰援杭州，李秀成突然撤出杭州返回天京，与天京城内的太平军将士里应外合，大败江南大营的清军，解了天京之围。然后，李秀成又迎击从杭州返回的清军，击溃清军，占领常州、无锡、苏州等地。虽然太平军在苏南，浙江取得一系列战果，但天京西部却出现了危局。咸丰十一年（1861）八月一日，在经过长达一年多的拉锯战后，安庆沦陷，陈玉成主力折损殆尽，天京上游门户洞开。同治元年四月（1862年5月），陈玉成在寿州被捕，6月在河南延津被杀，年仅26岁。随后，曾国荃率湘军主力顺流而下，直逼天京，李鸿章部淮军会同英、法军队进攻上海外围；左宗棠部湘军从江西进逼浙江，曾国藩坐镇安庆指挥全局。同年5月底，曾国荃一路兵临天京城下。
10月中旬，天京告急，李秀成从上海附近回师，救援天京。在城外，太平军与湘军恶战46天，未能突破清军的营垒，于是李秀成移兵皖北、鄂北，以调动围攻天京的南岸湘军增援。
然而，李秀成在皖北作战不利。同治二年四月二十七日（1863年6月13日），天京城南等要塞失守。李秀成奉诏急返，在渡江时遭到湘军袭击，损失惨重28日，李鸿章、左宗棠大举进攻苏、浙，李秀成又火速赶往苏州。8月，李秀成回天京组织太平军反击。9月，又往苏州指挥作战。12月1日，再次返回天京。此时，李秀成已经感到天京城难以守住，劝洪秀全撤离，但洪秀全没有接受，不肯离开，还训斥了李秀成一顿。无奈之下，李秀成只得勉力守卫天京。
同治三年（1864）春，湘军正式合围天京，封锁了所有道路，天京成为孤城。双方攻防异常惨烈，城内将士食野草充饥，而围城湘军又增至5万余人，太平天国危在旦夕。6月1日，洪秀全病逝，终年5l岁。洪秀全死后，李秀成扶立他的儿子洪天贵福继位。洪天贵福是洪秀全的长子，金田起义后被册立为“幼主”，太平天国定都时，洪天贵福年仅5岁，自人住天王府后从未出过宫门，对世事毫无所知。
7月19日午后，湘军轰塌太平门城墙20佘丈，蜂拥而人。洪天贵福在宫楼上望见湘军已经人城，便赶紧往下跑，想离开天朝宫殿，但被守护朝门的女官挡住。不久，李秀成和侍卫黄享乾火速赶到，保护洪天贵福突围。李秀成率兵保护着洪天贵福左突右冲，始终出不了城，于是回转城内指挥抵抗。入夜，李秀成等千佘名太平军将士换上清军装束，借着夜色的掩护，护卫洪天贵福从太平门缺口处突围而出。李秀成将好马让给洪天贵福，自己骑了一匹劣马。结果，洪天贵福逃脱，李秀成被清军追上捉住。曾国藩亲自审问李秀成，又叫属下讯问。李秀成从被俘到被杀，前后仅有16天。在此期间，他在囚笼中写下数万字供词，结合自己的亲身经历，详细叙述了太平天国的兴亡始末。
洪秀全是在天京沦陷前因病去世。然而，一百多年来太平天国史的研究者，大多认为洪秀全是“服毒自杀”的，这是怎么回事呢？
一是根据当时镇压太平天国革命的清军两江总督曾国藩一则奏报：“首逆洪秀全实系本年5月间，官军猛攻时，服毒而死。”
一是根据曾国藩另一则奏稿：称洪秀全“四月二十七日，因官军急攻，服毒身亡，秘不发丧。”
另——个是根据曾国藩刊刻的《李秀成自述》的记载：“天王斯时焦急，日日烦躁，即以四月二十七日服毒身亡。”
因为曾国藩是攻陷天京的知情者，又是清廷的主将，因而，他之所言，被人认为绝对可靠，史学界的大部分人即以其说当成正史，而把洪秀全之子幼天王洪福填承认其父病死一说罗列于正史之后作为存疑，不予肯定。曾国藩的一家之言，一直畅行了一百多年。
上世纪六十年代初，洪秀全死因才真相大白。原来，藏在曾国藩家中的《李秀成亲供手迹》（即《李秀成自述》）得以正式影印发行。洪秀全死因的第一手资料公之于众。曾国藩篡改并伪造真相的丑恶嘴脸大白于天下，还原了历史的本来面目。
洪秀全是病死的！
现将真伪两段摘录如下：
《李秀成自述》原稿影印本：“此时大概三月将尾，四月将初之候。……天王斯时已病甚重，四月二十一日而故。”“此人之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药，是以四月二十一日而亡。”
曾国藩在刊刻《李秀成自述》时将上述实录篡改成：“天王斯时焦急，日日烦躁，即以四月二十一日服毒而亡。”
这里应该着重说明的是，李秀成是被洪秀全封为忠王的太平军最高军事统帅，天京陷落后突围时被俘，写供词数万言，（即《李秀成自述》）后被曾国藩杀死于南京。他的“自述”是本人亲供，真实可靠。
另外，《洪福填自述》也说，“本年四月十九日，老天王病死了。’干王洪仁歼在《洪仁歼自述》中也曾说“至今年四月十九，我主老天王卧病二旬升天。”还有曾国藩的幕僚赵烈文《能静居士日记》中也记道：“闻探报禀称，逆首洪秀全已于四月二十八日病死。“彼中之四月二十日，”这些都是以证明洪秀全病死是确实无疑的。
那么，曾国藩为何要篡改《李秀成自述》中关于洪秀全病死的说法呢？主要是使其与前两次奏报的“服毒而亡”的说法一致。这样，他把李秀成亲供抄送至军机处时，才不致出现前后矛盾，受到质疑。那么，前两次的奏报，他为什么谎报军情，说洪秀全是“服毒而亡”呢？只有一个解释，是他为了要向清廷报功。把洪秀全之死说成是被他围困而自杀，不是更能说明他有本事么？
1859年洪仁玕从香港携《资政新篇》到达太平天国首都京国首都天京。此时太平天国内外交困：内有东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，翼王石达开率部出走。外部叫面临清军江南大营和江北大营的围攻。值此用人之际，洪仁玕的到来洪秀全喜出望外。洪仁玕是洪秀全的族弟，更易为洪秀全所信任，又具备西方先进的政治思想，因此洪仁歼到天京不过20天后，就被封为干王，让他总揽朝政。
洪仁玕的《资政新篇》反映了时代特点，符合历史前进的方向。尽管《资政新篇》提出的方案还不完善，且当时也不完全具备实现的社会条件和阶级条件，实践上也未付诸实施，却为近代中国探索国家出路提了可贵的思路。
史学家罗尔纲也指出：《李秀成自述》的影印本只有七十四页，最一页已写满，最后一句是“实我有知知也，如知”纸已写尽，文章未完，肯定后面的部分被曾国藩撕了。而撕毁这部分肯定是李秀成真迸，绝非冒牌货。
法国史学家路易·艾认为《李秀成自述》是伪造的。他说：“由于自首书是经过篡改的，所以曾国藩对它的完整显得异常的神经过敏。他曾命令其家属不得给他人看这份自首书。我曾柔自在上海听见过他的孙子说过这件事。”
令人感到不解的是，早在抗日战争之前，有人就曾希望曾国藩的后人发表《李秀成的自述》，但曾家后人并不理会，而到了1962年，他们才在台湾了版原稿影印件。
