司马其先出自帝高阳之子重黎，为夏官祝融，历唐、虞、夏、商，世序其职。周朝，以夏官为司马。其后程柏休父，周宣王时，以世官克平徐方，锡以官族，因而为氏。楚汉间，司马昂为赵将，与诸侯伐秦。秦亡，立为殷王，都河内。汉以其地为郡，子孙遂以为家。
司马懿的高祖司马钧为汉安帝时的征西将军，曾祖司马量为豫章太守，祖父司马隽为颍川太守，父亲司马防为京兆尹。司马防育有八子，因字中都有一个“达”字，当时号称司马八达。晋武帝司马炎诏书说：“本诸生家，传礼来久”[1]。
司马懿为司马防次子。“少有奇节，聪明多大略，博学洽闻，伏膺儒教”。东汉末年，司马懿生于乱世，“常慨然有忧天下心”
南阳太守杨俊素以知人善任着称，司马懿二十岁前，杨俊曾见过他，说他绝非寻常之子；尚书崔琰与司马懿的兄长司马朗交好，曾对司马朗说：“你弟弟聪明懂事，做事果断，英姿不凡，不是你所能比得上的”。
《三国志》裴注记，司马懿少年时和着名隐士胡昭关系很好。因与同郡的周生等人结怨而被谋害，胡昭知道后立刻涉险寻找，在崤山渑池之间找到周生一行，司马仲达[3]请求他们放过司马懿，周生开始不肯，但胡昭哭泣的诚意最终还是感动了他，救下司马懿[4]。
建安六年（201年），郡中推举他为上计掾。时曹*正任司空，听到他的名声后，派人召他到府中任职。司马懿见汉朝国运已微，不想在曹*手下，便借口自己有风痹病，身体不能起居。曹*不信，派人夜间去刺客探消息，司马懿躺在那里，一动不动，像真染上风痹一般。《魏略》则记载，司马懿好学，曹洪自以为才疏，想让司马懿去帮助他，司马懿耻于和曹洪来往，假装拄拐不去。曹洪记恨司马懿，去跟曹*打小报告，曹*征召司马懿，司马懿立刻扔了拐杖去见曹*为其效命[5]。
就职官位建安十三年（208），曹*为丞相以后，使用强制手段辟司马懿为文学掾。曹*对使者说，“若复盘桓，便收之”。司马懿惧之，只得就职。曹*让他与太子往来游处，历任黄门侍郎、议郎、丞相东曹属、丞相主簿等职。
建安二十年（215年），曹*征讨张鲁，司马懿随军。他对曹*说：“刘备用诡计俘虏了刘璋，蜀人未归附而又争夺遥远的江陵，这是破蜀的机会，不可错过。今若在汉中陈兵示威，益州就会震动不安，再进兵威*，蜀兵势必瓦解，趁这个好机会，事情是可以成功的。圣人不能违时，也不能失时”。曹*说：“人苦于不知足，既得陇右，复欲得蜀。”未从其计[6]。
鹰视狼顾曹*逐渐察觉司马懿“有雄豪志”，又发现他有“狼顾之相”，心里很忌讳。因此对太子曹丕说，司马懿不是甘为臣下的人，必会干预我们的家族之事。
狼顾但因曹丕和司马懿关系很好，总是回护他，而得以无事，于是司马懿勤于职守，废寝忘食，遂使曹*安心[7]。
建安二十四年（219），孙权向曹*上表称臣、怂恿曹*自立为帝。曹*说：“此儿想把我放在炭炉上烧烤啊！”[8]。侍中陈群、尚书桓阶也上奏劝他顺天命而称帝，曹*回答：“若天命在吾，吾为周文王矣”，意指即使代汉时机已到，也会效法周文王，让儿子称帝。「当时曹*手下的门阀官僚拥汉者尚多，为曹*所忌，司马懿在此关键问题上可能早就表示支持曹*，逐渐被接受重用。」奇策善谋217年曹丕被封魏王太子，219年司马懿升任太子中庶子，佐助曹丕。时司马懿“每与大谋，辄有奇策”，为曹丕所信任和重用。司马懿与陈群、吴质、朱铄并称“四友”。
此后，司马懿更是常谋国事，多出奇策。不久，司马懿转为丞相军司马。他指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹*未予重视。同年六月，刘备继取汉中后，派孟达、刘封攻占汉中郡东部的房陵、上庸等地，势力有所扩展。七月，孙权欲攻合肥，魏军大部调动淮南防备吴军。镇守荆州的关羽，乘此机会率主力北攻荆襄。围魏将曹仁，水淹于禁七军，斩庞德。胡、傅二人果然乘机降蜀。
一时间关羽声势“威震华夏”，因汉献帝在许县，距樊城很近，曹*感到威胁，为避关羽锋芒，一度准备迁都河北。司马懿和曹椽蒋济及时劝阻说：“于禁被水军所淹，不是战守上的失误，对于国家的大局并没有大损失，为此而迁都，即是向敌人示弱，又会使淮河汉水一带人心不稳；刘备、孙权外亲内疏，现在关羽坐大，孙权必定更不高兴，把这事告之孙权，使他牵制关羽，则樊城之围自解。”曹*从其计，孙权果然派吕蒙袭取江陵，关羽被其俘杀[9]。
司马懿的书法[10]此战利用孙、刘争夺荆州的矛盾，充分运用外交谋略，坐收渔利，不仅挫败关羽的强大攻势，解除了樊城之围，而且也使诸葛亮原定的一路向宛洛、一路出秦川的两面钳击中原的计划无法实现。更重要的是破坏孙、刘联盟，改变了当时的战略格局，掌握了主动权。
之后曹*认为荆州遗民及在颍川屯田的军民*近南方寇贼，想把他们牵走。司马懿认为：“荆楚轻脱，易动难安。关羽新破，诸为恶者藏窜观望。今徙其善者，既伤其意，将令去者不敢复还”。曹*听了他的建议，没有移民。之前藏窜逃亡者果然都复出归化[11]。
延康元年（220年），曹*去世，朝野危惧，司马懿管理丧葬诸事，内外肃然。
同年，曹丕即魏王位，司马懿受封河津亭侯，转丞相长史。当时孙权正率军向西。朝臣们认为樊城、襄阳缺乏粮，不能抵御吴军，请召守将曹仁回驻宛城。司马懿则表示：“孙权刚刚打败关羽，正是他想和魏国结好的时候，一定不敢为患。襄阳是水陆交通要地，不能放弃”。曹丕没听其建议，命曹仁放火烧毁二城。后来孙权果然没来入侵。曹丕悔之不及。[12]辅政平乱同年，曹丕登皇帝位，史称魏文帝。登基后，任命司马懿为尚书，不久转督军、御史中丞，封安国乡侯。
黄初二年（221年），免去督军官职，升任侍中、尚书右仆射。
黄初三年（222年），和黄初五年（224年），曹丕两次伐吴，都以司马懿镇守许昌，并改封司马懿为向乡侯。黄初六年（225年）春二月，转任抚军大将军、假节，领兵五千，加给事中、录尚书事。司马懿辞让，曹丕说：“吾于庶事，以夜继昼，无须臾宁息。此非以为荣，乃分忧耳。”
同年，曹丕又大兴水军攻吴，仍命司马懿留守，“内镇百姓，外供军资”。临行，下诏书给司马懿说：“吾深以后事为念，故以委卿。曹参虽有战功，而萧何为重。使吾无西顾之忧，不亦可乎！”。后曹丕由广陵回师洛阳，又下诏对司马懿说：“吾东，抚军当总西事；吾西，抚军当总东事。”于是司马懿留镇许昌。
黄初七年（226年）五月，曹丕驾崩，享年四十岁。临终时，令司马懿与中军大将军曹真、镇军大将军陈群、征东大将军曹休为辅政大臣。曹丕对太子说：“有间此三公者，慎勿疑之。”明帝即位，改封司马懿为舞阳侯。
孙权得知魏文帝去世后，于八月出兵攻魏。命吴左将军诸葛瑾部兵分两路进攻襄阳，亲自率军进攻江夏郡。孙权一路为魏军所败，遂撤兵而走。而诸葛瑾则被司马懿击败，并斩杀吴将张霸，斩首千余级（《三国志.明帝纪》）。十二月，升任骠骑将军。
擒斩孟达兵贵神速太和元年（227年）六月，明帝命司马懿驻扎宛城，加督荆、豫二州诸军事。
蜀将孟达降魏时，魏朝待其甚厚，司马懿认为他言行倾巧，不可信任。但皇帝不听，任命孟达领新城太守，封侯，假节。曹丕死后，孟达失宠，蜀丞相诸葛亮即暗中与之通信，图谋叛魏。诸葛亮恐他言行反覆无常，想促他速叛，知魏兴太守申仪和他有矛盾，便派郭模到申仪处诈降，有意泄露其事。孟达闻此泄露，准备马上起兵。
申仪将此事密告司马懿后，司马懿怕他突然发难，给他去信，详为慰解，信中说：“将军昔弃刘备，讬身国家，国家委将军以疆埸之任，任将军以图蜀之事，可谓心贯白日。蜀人愚智，莫不切齿于将军。诸葛亮欲相破，惟苦无路耳。模之所言，非小事也，亮岂轻之而令宣露，此殆易知耳。”
孟达得信大喜，犹豫不决。司马懿则暗中率军进讨，诸将见孟达与吴蜀交接，劝司马懿先观而后动。司马懿说：“达无信义，此其相疑之时也，当及其未定促决之。”。司马懿亲自率军日夜兼程前去讨伐孟达，八天抵达新城城下。吴、蜀派出援兵解救孟达，被司马懿部拦阻于西城的安桥、木兰塞等地。
此前，诸葛亮曾告诫孟达加紧防范，孟达写信给诸葛亮认为：“宛城和洛阳相距八百里，离我处一千二百里，上表给天子，来回路程，少需一个月，那时我的城池已修固，诸军都作好了准备。我驻扎的地形深险，司马公必不会亲自来，其他部将来，则不足为患”。而司马懿先斩后奏，仅八日就兵临城下，孟达又写信给诸葛亮，惊叹：“吾举事，八日而兵至城下，何其神速也！”。
上庸城三面环水，孟达在城外树立木栅，加固城防。司马懿挥师渡水，毁其木栅，直*城下。太和二年（228年）正月，司马懿兵分八路攻城，仅十六天，孟达的外甥邓贤、部将李辅开城投降。魏军入城，擒斩孟达，传首京师，俘获万余人。
筑守宛城司马懿回军，仍驻宛城，奖劝农桑，禁止浪费。南方吏民心悦诚服。
前初，申仪久在魏兴郡，专威弄权，擅自借皇帝名义刻制印信，私相授予。孟达被杀之后，申仪自生疑虑。当时各郡郡守见司马懿克敌制胜，纷纷奉礼祝贺。司马懿听之任之，并让人向申仪暗示。申仪只好前来祝贺。司马懿乘机将他收捕，送往京师。司马懿又将孟达余众七千余家迁往幽州。不久蜀将姚静、郑他等率其部属七千余人来降。
当时边郡新附，户口不实。朝廷想加以核实，请司马懿进京，征询他的意见。司马懿认为：“贼以密网束下，故下弃之。宜弘以大纲，则自然安乐”。
明帝又部他吴蜀都该讨伐，应该先从何处着手？司马懿回答说：“吴以中国不习水战，故敢散居东关。凡攻敌，必扼其喉而摏其心。夏口、东关，贼之心喉。若为陆军以向皖城，引权东下，为水战军向夏口，乘其虚而击之，此神兵从天而坠，破之必矣。”明帝同意他的看法，命他回宛城备战。八月，大司马曹休不依计划，迳下皖城深入敌境接应诈降的吴将周鲂，在石亭被陆逊伏击，大败，曹休病死[13]。
抗蜀北伐相关战役地图（2张）太和三年（229年），蜀丞相诸葛亮第三次出兵攻魏，并占据武都、阴平二郡。太和四年（230年），魏明帝决定兴师伐蜀。升司马懿任大将军、加大都督、假黄钺，与大司马曹真一起伐蜀。
八月，魏明帝命曹真率主力由长安入子午谷，左将军张合出斜谷，司马懿自荆州溯汉水出西城，将兵分三路会攻汉中。司马懿从西城开拓道路，水陆并进，沿着沔水逆流而上，直达朐腮，攻克新丰县，驻军丹口，后遇雨班师。
祁山解围太和五年（231年），二月，蜀汉丞相诸葛亮率军第四出进攻魏，包围祁山贾嗣、魏平部，并以木牛流马运输粮草。明帝对司马懿说：“西方有事，非君莫可付者”（《晋书.宣帝纪》），派他西驻长安，都督左将军张合、雍州刺史郭淮等防御蜀军。司马懿留部将费曜、戴陵率4000人守邽，自率主力西救祁山。张合劝司马懿分兵驻扎雍、郿两地，以作大军后镇，司马懿不同意，他说：“料前军独能当之者，将军言是也。若不能当，而分为前后，此楚之三军所以为黥布禽也。”于是挺进喻麋，对战诸葛亮。
至此，史书上对今后的作战却有了两种截然不同的记载。
《晋书.宣帝纪》：亮闻大军且至，乃自帅众将芟上邽之麦。诸将皆惧，帝曰：“吾倍道疲劳，此晓兵者之所贪也。亮不敢据渭水，此易与耳。”进次汉阳，与亮相遇，帝列阵以待之。使将牛金轻骑饵之，兵才接而亮退，追至祁山。亮屯卤城，据南北二山，断水为重围。帝攻拔其围，亮宵遁。追击，破之，俘斩万计。
《资治通鉴》：郭淮、费曜等徼亮，亮破之，因大芟刈其麦，与懿遇于上邽之东。懿敛军依险，兵不得交，亮引还。懿后等寻亮至于卤城。张合曰：“彼远来逆我，请战不得，谓我利不在战，欲以长计制之也。且祁山知大军已在近，人情自固，可止屯于此，分为奇兵，示出其后，不宜进前而不敢*，坐失民望也。今亮孤军食少，亦行去矣。”懿不从，故寻亮。既至，又登山掘营，不肯战。贾栩、魏平数请战，因曰：“公畏蜀如虎，奈天下笑何！”懿病之。诸将咸请战。夏，五月，辛已，懿乃使张合攻无当监何平于南围，自案中道向亮。亮使魏延、高翔、吴班逆战，魏兵大败，汉人获甲着三千，懿还保营。六月，亮以粮尽退军两书均记载诸葛亮带兵夺上邽粮草，《晋书》记魏军卸甲轻装，日夜兼程，在汉阳与诸葛亮相遇，司马懿派将军牛金率轻骑做饵，诸葛亮退兵至祁山，屯兵卤城，据南北二山，堵水筑围墙。魏军攻破，大破蜀军，俘获斩首数万。
后者记司马懿开始依险道行军，使双方军队不得交战，诸葛亮只得带兵返还；司马懿又寻找诸葛亮的部队到达卤城，张合建议出战，派奇兵绕到蜀军背后，断其后路，司马懿不听，继续寻找蜀军主力，找到后又依山扎营不出战，贾栩、魏平等将领都纷纷请求出战，等到了五月，司马懿派张合做其他事，自派兵攻诸葛亮，蜀军迎战得胜，获甲首三千。而郭淮、费曜之前还被夺取了些粮草。
「此处记载取自裴注引用的《汉晋春秋》，该书明确以反曹魏、推崇蜀汉为正统[14]记，裴注在《三国志.诸葛亮传》亦引用过“郭冲三事”如空城计等不实记载[15]；《晋书》为唐太宗主持官修，观其后记，反有警后世之意，更不可能美化司马懿」陈寿所着《三国志》诸葛亮、郭淮等人的传里，关于231年的祁山之役，也都没提过诸葛亮曾击破郭淮抢粮成功等事。
「《三国志.蜀书.诸葛亮传》：建兴九年（231年）春，亮复出祁山，以木牛运，粮尽退军[16]。与魏将张邰交战，射杀邰」「《三国志.魏略.郭淮传》：五年，蜀出卤城。是时，陇右无谷，议欲关中大运，淮以威恩抚循羌、胡，家使出谷；平其输调，军食用足，转扬武将军[17]。」而《三国志.张合传》[18]则提到过《晋书》所载的诸葛亮退守祁山和《三国志.诸葛亮传》里的张合中箭而死。
几本史书对战争的总体趋势描述相同，都是司马懿保住陇西粮食，解了祁山之围，最终两军在相持中，蜀军粮草耗尽退兵。
青龙元年（233年），安定保塞匈奴大人胡薄居姿职等叛，司马懿派遣胡遵等追讨并破降（《三国志.明帝纪》）五丈原蜀军退军后，军师杜袭、督军薛悌都预计诸葛亮第二年麦熟时还会入侵，建议趁冬天调运粮草，解决陇右粮少问题。司马懿认为：“亮再出祁山，一攻陈仓，挫衄而反。纵其后出，不复攻城，当求野战，必在陇东，不在西也。亮每以粮少为恨，归必积谷，以吾料之，非三稔不能动矣。”（《晋书.宣帝纪》）青龙二年（234年）二月，蜀丞相诸葛亮率军10万出斜谷攻魏。
四月，诸葛亮至郿县，进驻渭水之南。魏大将军司马懿率军渡渭水，背水筑垒阻击。诸将想在渭北与诸葛亮隔水相持，司马懿说：“百姓积聚皆在渭南，此必争之地也。”遂渡渭背水扎营。司马懿分析形势后，对诸将说：“亮若勇者，当出武功依山而东，若西上五丈原，则诸军无事矣”。
当时，司马懿屯兵渭南。郭淮估计诸葛亮一定会争夺北原，主张先占领，他说：“若亮跨渭登原，连兵北山，隔绝陇道，摇荡民、夷，此非国之利也。”很多人不以为然，但司马懿很认同，让郭淮屯兵北原。战壕还没修好，蜀军压境，魏军奋力回击。不久，诸葛亮率大军西行，诸将都认为诸葛亮想攻西围。郭淮则认为，诸葛亮虚张声势是要让魏军大举回应，而他的目标是阳遂。夜里，蜀军果然进攻阳遂，因城中早有防备，诸葛亮没能成功（《三国志.郭淮传》）[19]。
《晋书》记载大致相同：“司马懿遣胡遵、郭淮共备阳遂，与亮会于积石，临原而战，亮不得进，还于五丈原。后遣奇兵掎亮之后，斩五百余级，获生口千余，降者六百余人”。
五月，10万吴军攻魏，配合蜀军作战，被满宠所拒。七月，魏明帝率兵亲征，吴军撤走。群臣认为司马懿正还在西边和诸葛亮重兵对峙，车驾可西幸长安，魏明帝则说：“权走，亮胆破，大将军以制之，吾无忧矣。”[20]诸葛亮东进的道路受阻于司马懿，从渭水前进，又有郭淮阻挡，乃移军攻取散关，陇城等地，回师进攻司马懿。
八月，司马懿以“坚壁拒守，以逸待劳”的指示，与诸葛亮相持百余日。诸葛亮数次挑战，司马懿均坚壁不出，以待其变。诸葛亮便派人给司马懿送来“巾帼妇人之饰”，欲激司马懿出战，司马懿仍不出战。为平息部属不满情绪，故意装怒，上表请战。明帝不许，并派骨鲠之臣辛毗杖节来做司马懿的军师，以节制他的行动。诸葛亮一来挑战，司马懿就要带兵出击，辛毗杖节立于军门，司马懿便不出兵。蜀将姜维就对诸葛亮说：“辛毗杖节而至，贼不复出矣。”诸葛亮则说：“彼本无战情，所以固请战者，以示武於其众耳。将在军，君命有所不受，苟能制吾，岂千里而请战邪！”（《三国志.诸葛亮传》注《汉晋春秋》）诸葛亮遂分兵屯田，做长久屯驻之准备。
司马懿的弟弟司马孚也来信问前线军情，司马懿回信说：“亮志大而不见机，多谋而少决，好兵而无权，虽提卒十万，已堕吾画中，破之必矣。”
司马懿和诸葛亮不久，诸葛亮遣使求战，司马懿不谈军事，问使者：“诸葛公起居何如，食可几米？”使者说：“三四升。”然后对问政事，使者说：“二十罚已上皆自省览。”经过一番不经意的询问，司马懿对人说：“亮将死矣。”果然，诸葛亮于当月病故于五丈原军中。
蜀将秘不发丧，整军后退。当地百姓跑来报告，司马懿派兵追击，蜀将杨仪返旗鸣鼓，做出回击的样子，司马懿以‘穷寇莫追’收军退回。当时有人传：“死诸葛走生仲达”，司马懿听到笑说：“吾便料生，不便料死也。”第二天，司马懿到诸葛亮营垒巡视，并赞诸葛亮“天下奇才也”（《晋书.宣帝纪》）历时七年的诸葛亮北伐至此结束。诸葛亮不顾战略上的失策，以一州之地强攻中原之魏，纵使竭忠尽智，终因实力悬殊而难以实现其战略目的。而魏国则在司马懿、曹真等人的人正确指挥下，以优势兵力采取防御战略迫退蜀军，取得了最后的胜利。
蜀将杨仪、魏延在撤军后争权，杨仪杀死魏延。司马懿想乘机攻蜀，明帝未准，作罢。
青龙三年（235年），司马懿升任太尉，累增封邑。蜀将马岱入境侵扰，司马懿派牛金迎击，斩蜀军千余人。武都氐王苻双和强端率领其属下六千余人来降[21]。
平定辽东东汉末年军阀混战时，公孙度据有辽东。这个割据势力对曹魏一直时叛时降，保持着半独立的地位。公孙渊继为辽东太守后，对魏更加不逊。曹叡震怒，派荆州刺史毋丘检出任幽州刺史，时辽水大涨，毋丘检不利而还。毋丘检讨伐受阻，使公孙渊更加得意。景初元年（237年），原魏辽东太守公孙渊背叛魏国，自立为燕王，置列百官，定都襄平。[22]渊遣使南通孙权，封拜边民，诱呼鲜卑，侵扰北方。[23]于是，景初二年（238年）正月，魏明帝召回司马懿，命他率兵讨伐。明帝问他估计公孙渊有什么对策，司马懿说：“弃城预走，上计也。据辽水以距大军，次计也。坐守襄平，此成擒耳。”明帝又问：“公孙渊会采用哪种？”司马懿回答：“只有聪明人能正确估量彼此实力。预先弃城，不是公孙渊所能做到的。他定会认为我们这次孤军远征不能持久，先在辽水抗拒，再退守襄平，这是中计和下计”。明帝问：“往还几时？”司马懿说：“往百日，还百日，攻百日，以六十日为休息，一年足矣。”
时朝廷大修宫室，加上军用物资，百姓饥弊。司马懿出征前劝明帝说：自河以北，百姓困穷，外内有役，势不并兴，宜假绝内务，以救时急。
临行时亲友相送，司马懿感慨作歌：「天地开辟，日月重光。遭遇际会，毕力遐方。将扫群秽，还过故乡。肃清万里，总齐八荒。告成归老，待罪舞阳。」[25]正月，司马懿率牛金、胡遵等步骑四万，从京师出发，经孤竹，越碣石，六月，进至辽水。公孙渊果然急令大将军卑衍、杨祚等人率步骑数万，依辽水围堑20余里，坚壁高垒，阻击魏军。
司马懿采用声东击西之计，先在南线多张旗帜，佯攻围堑，吸引敌军主力，而以主力隐蔽渡过辽水，*进敌军的襄平本营，部将不解问其原因。司马懿说：“敌人坚营高垒，就是想让我们兵疲粮尽，若攻城，正中其计。古人曰，敌虽高垒，不得不与我战者，攻其所必救也。现在他们大军在此，老巢却空。我直指襄平，敌军必惧，惧而求战，破之必矣”。接着整顿阵列前进，敌军果然出来截击。司马懿对诸将说：“我之所以不攻其营，正是要等现在的局面”。于是指挥魏军痛击，三战皆捷，遂乘胜进围襄平。
当初公孙渊闻魏军来攻，求救于孙权，孙权也出兵为其声援，并给公孙渊写信：“司马懿善用兵所向无前，深为弟忧也。”[26]适逢连降大雨，辽水暴涨，平地数尺，魏军恐惧，诸将思欲迁营。司马懿下令有敢言迁营者斩，都督令史张静违令被斩，军心始安。公孙渊军乘雨出城，打柴牧马，安然自若。魏将领请求出击，司马懿不允。司马陈圭曰问司马懿：“当年攻上庸，八路并进，昼夜不停，故能在一旬半时间里，攻下坚城，杀了孟达。这次远道而来，为什么行动却更加缓慢？”
司马懿说：“当年孟达军队少而粮食能支持一年，我们的兵是孟达的四倍粮食却不足一月，以一月粮的军队对付有一年粮的军队，怎能不速战速决？四打一，即使一半人伤亡，也是可行，当时不计死伤，正是要为有限的粮草争取时间。而今敌兵多我军少，敌粮少我粮多，又遇大雨，想速战也不可能。从出兵开始，我就不担心敌人来进攻，而是怕他们会逃跑。如今敌军粮草将尽，我军包围尚未合拢，若现在抢掠牛马，会*他们逃走。兵者诡道，善因事变。他们现在凭借人多和大水，虽然饥困，也不肯就擒。这时候更当稳住对方，不能为得小利而把敌人吓跑”。
司马懿将计就计，故意示弱。朝廷听说雨大敌强，不少人请求召还司马懿。明帝却说：“司马懿临危制变，擒渊可计日待也”。
司马懿藏兵洞月余，雨停，水渐退去。魏军完成对襄平的包围，昼夜强攻。城内粮尽，死者甚多，其将杨祚等降。时偶有流星自城西南向东北划过，坠落在梁水附近，城中愈发震恐。公孙渊也很惊惧，八月，派相国王建、御史大夫柳甫请解围而缚。司马懿斩杀使者，发布檄文严责：“昔楚郑列国，而郑伯犹肉袒牵羊而迎之。孤为王人，位则上公，而建等欲孤解围退舍，岂楚郑之谓邪！二人老耄，必传言失旨，已相为斩之。若意有未已，可更遣年少有明决者来”。
公孙渊又派侍中卫演来请求定日期送人质。司马懿对他说：“作战的大要有五：能战当战，不能战当守，不能守当走，余二事惟有降与死耳。公孙渊若不肯自缚请罪，就是决心寻死了，不须送什么人质。”
公孙渊欲从城南突围，司马懿纵兵击破其军，公孙渊战死在梁水边上。入城后，司马懿屠十五岁以上男子七千多人，收集尸体，筑造京观。把公孙渊所任公卿以下一律斩首，杀死将军毕盛等二千多人。收编百姓四万户。
司马懿释放了当年被公孙渊篡夺官位的公孙恭，又为被公孙渊迫害的纶直等人修了坟墓，表彰他们的后代。下令说：“古代讨伐一个国家，仅杀其中顽固凶恶的人而已。各位被公孙渊所连累的人，全部宽恕。中原人愿意返回故乡的，各随己愿。”[27]当时司马懿军中有的士兵衣单寒冷，请求发给短袄，司马懿不给，表示“襦者官物，人臣无私施也”。于是上奏朝廷，把一千多名六十岁以上的士兵解除兵役，送返回乡。在原定一年的期限内，胜利班师。明帝派使者到蓟去犒劳部队，增司马懿食昆阳县，前后共二县。
数十年来辽东问题终於彻底解决。
明帝托孤原本朝廷让司马懿便道往镇关中。但当到达白屋时，有诏书召他火速回京，三日之间，诏书五至。魏明帝手书说：“间侧息望到，到便直排阁入，视吾面”。据说，司马懿在襄平时，曾梦见明帝枕在他膝上，说：“视吾面。”他俯视，见明帝面有异色。
如今一见诏书此语，大惊，乘追锋车昼夜兼行，从白屋到京城，四百多里，一夜而至。至则径人嘉福殿内御床旁边，满眼流泪，指问疾病。明帝拉着他的手，目视太子齐王，说：“以后事相托。死乃复可忍，吾忍死待君，得相见，无所复恨矣”，《三国志.明帝纪》为“吾疾甚，以后事属君，君其与爽辅少子。吾得见君，无所恨”）当天，明帝去世。时为景初三年（239年）正月。
齐王曹芳年仅八岁，司马懿乃与大将军曹爽一起接受遗诏辅佐少主。齐王即位，司马懿任侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事，和曹爽各统精兵三千人，共执朝政。
曹爽欲排挤司马懿，想让尚书奏事先通过自己，以便专权，向天子进言，改任司马懿为大司马。朝臣们认为以前大司马，有好多都死在任上，不吉，于是任命司马懿为没有实权的太傅，像萧何那样，入殿不趋，赞拜不名，剑履上殿。
退敌征吴正始二年（241年）四月，吴帝孙权分兵四路攻魏：卫将军全琮率军数万出淮南，威北将军诸葛恪攻六安，前将军朱然攻樊城，大将军诸葛瑾攻祖中。
五月，吴将全琮入侵芍陂，朱然、孙伦围攻樊城，诸葛瑾、步骘侵掠柤中，司马懿自请出兵往讨。朝臣认为，敌兵远来攻坚，当待其自破，司马懿则说：“边城受敌而安坐庙堂，疆场骚动，众心疑惑，是社稷之大忧也”。
六月，司马懿统军增援，司马懿知南方暑热低湿，大军不宜持久在此，先派轻骑挑战，朱然不敢动。于是，便休养土卒。检选精锐，招募勇士，发布号令，摆出攻城的架势。吴军惊惧，连夜撤退。在三州口（荆、豫、扬三州），为魏军追及，吴军被歼万余人，船舰物资损失甚多。而进攻六安、柤中的吴军亦无功而还。
七月，增司马懿食郾、临颍，前后共四县，食邑万户，子弟十一人皆为列侯。
此前，吴国派诸葛恪屯驻宛城，边人深以为苦。司马懿要率兵攻之，议者以为诸葛恪占据坚城，广有粮谷，孤军远攻，救兵必至，那时进退失据，未见其便。司马懿却说：“贼之所长者水也，今攻其城，以观其变。若用其所长，弃城奔走，此为庙胜也。若敢固守，湖水冬浅，船不得行，势必弃水相救，由其所短，亦吾利也”（《晋书.宣帝纪》）。
正始四年（243年）九月，司马懿率军出征。军队到达舒城，诸葛恪果然焚烧积聚，弃城而走。司马懿又巡视淮北屯田区，提拔农家子弟邓艾主持屯田。
诛灭曹爽起因正始五年（244年）春，大将军曹爽欲立威名，不听太傅司马懿劝止，力主伐蜀，魏帝从之。结果为蜀前监军、镇北大将军王平所败，魏军被阻于兴势，后方也军粮供应不上，牛马骡驴大量死亡，蜀涪县及费祎援军亦相继到达。曹爽见不能胜，被迫听从司马懿的劝告，于五月率大军退还。遭蜀军截击，魏军苦战，始得退回，失散、伤亡甚众。
正始六年（245年）秋八月，曹爽废置中垒、中坚营，把两营兵众统交他的弟弟曹羲率领，司马懿援引先帝旧例制止，曹爽不听。
正始七年（246年）春正月，吴兵入侵柤中，有万余家百姓为避吴兵，北渡沔水，司马懿认为沔南离敌太近，倘若百姓奔还，还会引来吴兵，应该让他们暂留北方。曹爽不同意，说：“今不能修守沔南而留百姓，非长策也。”司马懿则说：“不然。凡物致之安地则安。危地则危。故兵书曰‘成败，形也；安危，势也’。形势，御众之耍，不可以不审。设令贼以二万人断沔水，三万人与沔南诸军相持，万人陆梁柤中，将何以救之？”，曹爽不从，驱令还南。吴兵果然击破柤中，所失百姓，数以万计。
曹爽族的行为不但违背了顾命大臣应有的本份，也使魏国国力衰退，不少有志之士颇感不安，希望司马太傅主持公道。并州刺史孙礼就去和司马懿抱怨，司马懿安慰他说：“且止，忍不可忍”（《三国志.孙礼传》）。
装病正始八年（247年），曹爽用心腹何晏、邓扬、丁谧之谋，把太后迁到永宁宫，一时曹爽兄弟“专擅朝政，兄弟并掌禁兵，多树亲党，屡改制度”，时人为之谣曰：“何、邓、丁，乱京城”。五月，司马懿伪装生病，不问政事。
正始年（248年）三月，黄门张当把内庭才人石英等十一人送给曹爽，曹爽、何晏乘机与张当勾结，谋危社稷。
曹爽及其同党也担心是司马懿装病。同年冬，河南尹李胜要到荆州任刺史，行前去拜望他。
司马懿假装病重，让两个侍婢扶持自己，要拿衣服，拿不稳，掉在地上，还指着嘴说渴。侍婢献上粥来，他用口去接，汤流满襟。李胜说：“众情谓明公旧风发动，何意尊体乃尔！”司马懿故意上气不接下气地说：“年老沉疾，死在旦夕。君当屈并州，并州近胡，好善为之，恐不复相见，如何！”李胜说：“当还忝本州（李胜是荆州人），非并州也。”司马懿故意错乱其辞：“君方到并州，努力自爱！”李胜又说：“当忝荆州。”司马懿说：“懿年老，意荒忽，不解君言。今还为本州，盛德壮烈，好建功勋。今当与君别，自顾力转微，后更不会，因欲自力设薄主人，生死共别。令师、昭兄弟结君为友，不可相舍去，副懿区区之心。”因流涕哽咽。胜亦长叹，答曰：“辄当承教，须待敕命。”李胜回来对曹爽说：“太傅患不可复济，令人怆然。”（《三国志》裴注《魏末传》）曹爽等从此便不再防备司马懿。
司马懿表面装病，实际上也在暗中布置，准备消灭曹爽势力。
政变嘉平元年（249年）春正月，魏帝曹芳离开洛阳去祭扫魏明帝的坟墓高平陵，大将军曹爽、中领军曹羲、武卫将军曹训均从行司马懿乘机上奏永宁太后，请废曹爽兄弟。当时，司马师为中护军，率兵屯司马门，控制京都。司马懿列阵，经过曹爽门前，曹爽部将严世登楼，引弩欲射，孙谦拉着他的胳膊阻止他说：“事未可知。”
大司农桓范出城去投曹爽，蒋济担心道：“智囊往矣。”司马懿则说：“范则智矣，驽马恋栈豆，爽必不能用也。”司马懿召司徒高柔假节行大将军事，管领曹爽军营，对他说：“君为周勃矣。”召太仆王观行中领军事，统摄曹羲军营[28]。（《三国志.曹爽传》[29]）司马懿自率太尉蒋济等勒兵出迎天子，驻扎在洛水浮桥。派人上奏章给皇帝陈述曹爽之罪[30]。
曹爽扣住奏章，把皇帝留在伊水之南，砍伐树木建成鹿角，征发屯兵数千人以自守。桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去，发文书征调天下兵马勤王。曹爽果然疑惑，不从其计。反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿，探听动静。司马懿乘机数说曹爽的过失，让他早来服罪。接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说，朝廷只是免他的官职，并以洛水为誓。曹爽欲信其言，桓范等人从晚上一直劝到第二天黎明。结果，曹爽投刀于地，说：“司马公正当欲夺吾权耳。吾得以侯还第，不失为富家翁。”桓范哭说：“曹子丹佳人，生汝兄弟，犊耳！何图今日坐汝等族灭矣”（《三国志》裴注《魏氏春秋》）于是，曹爽请免职，随皇帝回京。曹爽兄弟一回府，即被司马懿派兵包围。在曹爽府宅四角修高楼，派人在楼上密切监视着。曹爽拿弹弓到后园中，楼上人就喊：“故大将军东南行！”曹爽愁闷，不知所措。
不久，司马懿以谋反的罪名，杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓扬、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族；但对曹爽门下的二流人物，司马懿特别宽大处理，如鲁芝，辛敞，王沈等人，后来还有人成为晋朝新贵。
同年二月，皇帝任命司马懿为丞相，增繁昌、鄢陵、新汲、父城为其封邑，前后其计八县，食邑二万户，特许奏事不名。司马懿固辞丞相之职不受。十二月，诏命加九锡之礼，朝会不拜，又固辞九锡。[31]嘉平二年（250年）春，魏帝命司马懿在洛阳立庙。司马懿久病，不任朝请，每遇大事，天子亲自到他府中去征询意见。
淮南平叛王凌是司徒王允的侄子，早年和司马懿的哥哥司马朗、贾逵等人是好友，曹叡死时，为征东将军假节督都扬州军事，曹爽对他积极拢络，因破吴有功，把他提升为车骑将军，开府仪同三司。后又升为司空。司马懿诛曹爽，王凌心生不满，与侄子令狐愚谋立楚王曹彪。未发，令狐愚死。
嘉平三年（251年）春正月，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。司马懿知其阴谋，不令兴兵。并于四月亲率中军讨伐王凌。司马懿故计重施，先下赦书赦免王凌之罪，写信安慰他，但不久大军突至。王凌自知势穷，便独自乘船迎接，派属官王或请罪，送上印绶、节钺。
司马懿军到武丘，王凌在水边自缚等待，说：“卿直以折简召我，我当敢不至邪？而乃引军来乎！”司马懿说：“以卿非肯逐折简者故也。”说罢，命将领率六百人马想把王凌解送洛阳。王凌向司马懿要棺材上的钉子，想试探一下司马懿想不想杀自己，司马懿命手下人找来送给他。
五月，王凌到项城，绝望，服毒而死。
司马懿进军寿春，参与王凌之谋的人都出来自首。司马懿推知其事，凡牵连在内的一律诛灭三族。派人挖开王凌、令狐愚的坟墓，在附近的市上，剖棺暴尸三天，然后，烧掉他们的印绶、官服埋于土中。司马懿把楚王曹彪也杀了。并且把魏之王公全部拘捕，放置邺城，命有司监察，不准他们互相交结往来。
魏帝策命司马懿为相国，封安平郡公，孙及兄子各一人为列侯，前后食邑五万户，封侯者十九人。司马懿固辞相国、郡公之位不受。
去世辞封嘉平三年（251年）八月戊寅，司马懿去世于京师，享年七十三岁。当年九月庚申，司马懿被葬于河阴首阳山，谥文贞，追封相国、郡公，司马孚秉承他的遗愿，辞让郡公和殊礼，遗命简葬，作顾命三篇，敛以时服，不树不坟，不设明器。谥号后改为文宣（《晋书.宣帝纪》）。但《三国志》[32]和《晋书.文帝纪》[33]均记载谥号为“宣文”，固多以后者为准。同年十一月，有司奏请将各位已故功臣的灵位置于太祖庙中，以配享祭祀，排位以生前担任的官职大小为序。太傅司马懿因位高爵显，列为第一。[34]司马昭封晋王后，追封司马懿为宣王；265年，司马昭之子晋武帝司马炎受魏禅，给司马懿上尊号为宣皇帝，称其陵墓为高原，庙号高祖。[35]编辑本段个人贡献除军事方面外，司马懿在魏明帝大修宫室之际他也加以劝谏，曹叡死後他奏请罢修宫室，雕玩物之人力，节用务农，使天下欣赖[36]。
识拔人才上，司马懿从寒门中提拔了邓艾、王基、周秦等人才，如虞预所说，经略之才可谓远矣[37]。
经济上，司马懿在上邽兴屯田，京兆、天水、安南兴冶铁，穿成国渠，筑临晋坡使雍凉足足食，并有余力供给关中不足[38]。後来又大兴屯田於淮北，穿广槽渠，这些作为不但厚植了国力，也为日後统一华夏殿定基础。
司马懿在屯田，特别是军屯事业上有很大的建树。约在建安二十三、四年，司马懿由转为丞相军司马后，向曹*建议：“昔箕子陈谋，以食为首。今天下不耕者盖二十余万，非经国远筹也。虽戎甲未卷，自宜且耕且守。”曹*行之。魏国一时“务农积谷，国用丰赡。”（《晋书.宣帝纪》）曹*采纳这个建议仅两年就驾崩了，在这样短的时间内要使军屯走向正规，大规模的铺开推行当然是困难的。管理军屯的主要官吏——度支中郎将、度支校尉、度支都尉等官员，都是在黄初年间（220—226年）设置的，说明军屯走上正规是在曹丕时期。
曹魏军屯推行很广泛，但主要基地是设置在边境驻军地区，特别是在和吴、蜀的军事对立地带。曹魏和吴、蜀对立地带的两大军屯基地的开创，都和司马懿有关上邽军屯曹魏和蜀汉的邻近地区，如长安、槐里、陈仓、上邽等地，都设置有民屯和军屯组织。其中，上邦的军屯最着名。这个军屯基地是在太和四年（230）由司马懿上表倡议建立的，《晋书.食货志》称：“宣帝表徙冀州农夫五千人佃上邽，兴京兆、天水、南安盐池，以益军实。”主持具体事宜的是那时的度支尚书、司马懿的三弟司马孚。《晋书.安平献王孚传》：“关中连遭贼寇，谷帛不足，遣冀州农丁五千屯于上邽，秋冬习战阵，春夏修田桑。由是关中军国有余，待贼有备矣。”由此可见，上邦军屯是在司马懿、司马孚兄弟的共同筹划下开创的。
太和五年（231），诸葛亮进攻天水。这时上邽军屯上的小麦已经生长出来，有人主张“自芟上邽生麦以夺贼食”，魏明帝不从，“前后遣兵增宣王军，又敕使护麦”。司马懿与诸葛亮相持，多亏以上邽军屯的小麦作军粮，才取得胜利。直至正元二年（255），安西将军邓艾又在上邽“为区种之法，手执耒耜，率先将士”（《晋书.段灼传》），进行屯垦，都说明上邽军屯的重要。司马懿在太和五年屯长安，都督雍、凉二州诸军事，开始主持对蜀的战争。为了增强实力，很重视对关中屯田基地的建设。
兴修水利青龙元年（233），司马懿组织兴修水利，“开成国渠，自陈仓至槐里筑临晋陂，引汧洛溉舄卤之地三千余顷，”（《晋书.宣帝纪》）收到了“国以充实”（《晋书.食货志》）的效果。青龙三年，关东饥馑，司马懿调运五百万斛粟输京师洛阳，以资救济。可见他在关中储积有大量粮食。
淮南淮北曹魏和东吴邻近地带的屯田，主要是在淮河南北。曹*时曾“开募屯田于淮南”（《三国志.魏书.仓慈传》），但仅是民屯。正始二年（241），司马懿主持对吴作战时，始与邓艾筹划在淮南淮北创建军屯。第二年，司马懿“奏穿广漕渠，引河入汴，溉东南诸陂，始大佃于淮北”。第三年，司马懿又在这一地区“大兴屯守，广开淮阳、百尺二渠，又修诸陂于颍之南北，万余顷。自是淮北仓庾相望，寿阳至于京师，农官屯兵连属焉。”（《晋书.宣帝纪》）《晋书.食货志》记载司马懿、邓艾创建的淮南淮北屯田说：“今淮北二万人、淮南三万人分休，且佃且守。水丰，常收三倍于西，岁完五百万斛以为军资。六、七年间，可积三千万斛于淮土，此则十万之众五年食也。……逆北临淮水，自锺离而南、横石以西，尽泚水四百余里，五里置一营，营六十人，且佃且守。兼修广淮阳、百尺二渠，上引河流，下通淮颍，大治诸陂于颍南颍北。穿渠三百余里，溉田二万顷，淮南、淮北皆相连接。自寿春到京师，农官兵田，鸡犬之声，阡陌相属”。司马懿和邓艾所进行的大规模的屯垦，对促进北方经济的恢复和发展，特别是对增加曹魏的财力，支持与东吴的战争，起了重要的作用。
