如果再仔细推敲，反复惦量吴国贵的战略，并非全是冒险面无可行性。从全局考虑，清军几乎是倾巢南下，这在防御上就出现了一个巨大的漏洞；长江以北特别是黄河南北，已呈现真空状态，屡次征发禁旅，连驻守京师的兵力也为数不多，已到了无兵可发的极限。为了战争的需要，朝廷从东北地区征发了黑龙江宁古塔（今宁安）兵，直至黑龙江以北的索伦兵，还有吉林乌拉兵、今辽宁省的盛京兵、长城以北蒙古诸部的骑兵。在平息王辅臣叛乱后，又征调了陕西兵。各处援兵云集长江以南。北方各重点城镇驻兵为数不多。以康熙十三年十二月所报长江沿岸及以南一些重点城镇驻兵为例：如武昌府只有巡抚兵一千五百名、城守参将所属一千名，新近设水师剐将与官兵一千名，总计三千五百名。南昌现有总督标兵三千名、城守官兵五百名及水师官兵一千名，总计四千五百名。安庆有巡抚所属官兵一千五百名及城守官兵一千名，还有新设安徽提督官兵三干名，计五千五百名。这几处城镇是战略防御的重点，为防御和阻击吴军，陆续增加兵员，多者也只有五千余人，平均每城不过四千余人。如无战事，常驻兵不超过三千人。以此推算，北方一般城防至多不会超过二千人，有的可能更少，也仅有干百人罢了。这些驻防兵不足以应付战事，仅够维持地方治安秩序而已。圣祖于初期尚注意北方防务，当他看清吴三桂无意北上，便放心大胆地倾注全部兵力于江南。如果吴国贵的方针得以实行，乘虚而入，就会给清朝一个出其不意的打击，清军再从南方各地北调追逐，势必疲于奔命，一时难以应战。仍在陕西活动的叛军余部及固守兴安、汉中的大股叛军、据有四川的吴之茂等就会立即配合。当清军从南方北调，就会解除或减轻它对据守的叛军的军事进攻。台湾郑氏军队再乘虚占据福建、广东沿海城镇，可能会乘机向内地扩展，必然牵制清军的部分力量。吴军水陆齐出，攻打清军措手不及，便有可能直下河南、河北地区。以当时吴兵力，如集结各处兵员，至少可达十万人以上。不会成为问题。吴国贵的战略，“剜中原之腹心”，断绝清朝赖以生存的东南漕运，更致清朝于险境。他认为即使不能统一全国，也可得黄河以南而自立一国政权。完成此举，并非一件易事，必以困兽之斗，“拼死决战”的精神，一往无前，方有成功的希望。
吴国贵的战略，既大胆，又冒险，而且不无实现的可能。肴得出来，他是吴三桂营垒中一个颇有眼光、有胆有识的统帅人物。但此议没经慎重讨论，就轻易地被否决了。
吴三桂死后，迟至十月才发丧，胡国柱等用棉裹吴三桂遗体，秘密载往常德，由此载运回贵州、云南，颇为方便。吴三桂孙吴世璠没有去衡州，只迎至贵阳，并在此即帝位，以贵阳府贡院为其行宫，定明年为“洪化”元年（康熙十八年），给其祖父上尊号“太祖高皇帝”，父吴应熊为“孝恭皇帝”。官制皆依吴三桂所定，对各将吏都有所封赏，以吴三桂所封大学士方光琛、新封国公郭壮图为腹心，吴三桂的侄、世璠的叔叔吴应期晋封楚王。经过一番明争暗夺，郭壮图的女儿嫁给吴世璠，被封为皇后。吴世瑶召顾命大臣曹申吉等人赴云南，只有曹申吉听调应命，其余皆托故不到。吴世璠即位时就遇有不祥之兆。在胡国柱奉命筑坛代条时，“阴风疾起”，灯烛皆灭。这一说法，不过是人们在吴军败后，追述前事，以此偶然现象来比喻吴必败而已。
吴三桂死后，诸将领否决了北上争天下之议，专力保守云贵，但也不想轻易丢弃湖南，还在尽一切力量力图保住湖南。这对保住云贵仍然是一大关键。愿望如此，却不能左右形势的逆转。自吴三桂一死，军心进一步涣散，愈发不可收拾。吴应期坚守岳州，勉强维持到康熙十八年正月，便弃城冲围而逃。丢弃岳州，湖南门户洞开，时刻待命渡江的荆州清军于正月二十七日蜂涌渡江，千帆竟发，漫江而来。圣祖下令展开总攻击，遂成破竹之势，吴军全线溃退……
吴应期自岳州撤出后。奔长沙，不敢多停留，于正月二十九日烧毁船只，弃城逃跑，率残部投向辰州，胡国柱也同吴应期撤出长抄，退屯辰龙关，与吴应期相犄角，企图力守。
吴军一撤出长抄，清军随后人城。长抄不战而得。圣祖指示：“贼失岳州、长沙谱要地，正当惊惶骚动之时，乘机进取衡州，击灭逆贼，殊为要务！”他命令大将军察尼，发水师营总兵官等率绿旗兵三千八百、沙船一百、快船八十赴长抄，除此，速发满洲兵，多带船炮，尽快至长沙。给广东尚之信发布进军命令：“乘此各路贼寇涣散之际，平定广西。”他要求尚之信、将军莽依图、舒恕、额楚、傅弘烈、总督金光祖等“勿失时机，速定广西。”下诏江西总督董卫国，率所部兵赴大将军岳乐处，协力攻取衡州等地。
荆州清军一路由署都统多谟克图等率师渡江，据守对岸的太平街、虎渡口等处的吴军放弃抵抗，悉数溃逃。一路由顺承郡王勒尔锦率领，比前一路迟二天，即于二十九日渡江，驻元始，前队官兵分路追剿，松滋、枝江、宜都（均在湖北省境，荆州上游，长江南岸），还有石门、慈利诸县与澧州的吴军不战而逃，尽被清军收复，守百里州（松滋附近），吴将洪福率舟师投诚。二月十四日，勒尔锦抵澧州，遣派固山贝子准达等率部进取常德。吴军不守，在清军未到之前，纵火焚烧城中房舍与船舰，然后逃遁。十八日，清军人常德府。大将军简亲王喇布先后攻下华容、安乡、湘潭，二月初七日收复衡山县（今仍名），令前锋统领希福等收衡州。吴军闻风丧胆，吴国贵、夏国相等自度难守，弃城面逃。十三日，喇布率清军开进衡州。这座曾被吴三桂即位时更名为“定天府”的行在，固守多年而一朝失掉，没有逃脱的官员一百余人投降。清兵没有停留，由衡州继取末阳、祁阳（今仍名），三月五日，再克宝庆（邵阳市）。
自正月吴军由岳州撤退，湖南战场形势为之一变：各处吴军不守，闻风即逃，其势如退潮，在不到两个月的时间里，自北而南，吴军毫不停歇地向后退去，清军马不停蹄地尾随紧紧追逐，几乎是兵不血刃，追到一处，得到一处。于是，在湖南的广阔战场上，出现了一种战争的奇观景象：一方铁骑如云，玉轴相接，似狂潮奔腾，似疾风骤雨，滚滚向前，席卷而来；一方丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。
造成这种局面，其根本原因是吴军失去统一指挥，将帅们已完全丧失斗志，无心抵抗，清军未到，率先逃跑。至三月间，吴国贵、马一宝、夏国相弃衡州出逃，奔水州（零陵），被穆占部击败，逃向新宁（今仍名），再逃至湖南的西南部、接近贵州的武冈（今仍名），暂获喘息，驻扎下来。清军取永州后，南下取永明（江永）、道州（道县）、江华（永明东南侧）、东安（今东安南）等县城口吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一口气逃到辰州，安营扎寨，依险据守。到这时，除了辰州、武冈、新宁，湖南绝大部分地区都被清军占领。
吴三桂的死直接导致吴军的败亡，清军攻下湖南。同时，他们也发动了对四川的攻击。
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂且不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将领率师入川。趁此清兵大胜、吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全人清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云南又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。
十三、尸骨不存，吴氏灭族
夺取云贵是清朝平叛的最后一战，清军分三路，赴向贵州。吴军将领死的死，降的降。昆明城也于半年之后陷落。
进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世璠以下的骨干分子。议决：投收吴世璠家产，把他头割下，传送京师示众；将“首谋（反叛）献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。接着，又制定了处理“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启麈、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收人官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。
吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戳尸示众。但查找多处，不得其真假，问吴三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世璠和他的岳父郭牡图为防万一，极其秘密地把吴三桂的尸骨改葬它处，此事只有吴世王璠、郭牡图等极少数的几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道吴三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过吴三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，吴三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。有的书记载，清军搜查吴三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出面说：吴三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将吴世瑶的头与吴三桂尸骨一并送到京师。康熙二十一年（1682年）正月十九日，议政王大臣会议做出决定：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。”另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。
综合各书记载，朝廷所得吴三桂尸骨不一定是真的。因为吴世瑶临败前，必将他的祖父的尸骨妥为保存，免致败后遭戳，伪造几个疑墓是完全可能的。如果吴三桂尸体已焚化，更难分出真假。反正随便拿出谁人尸骨，就说成是吴三桂的，又有谁去辨伪存真！朝廷的目的，不过是作为惩治吴三桂尸骨，以做戒后人罢了，而对于一个死人，无任何实际意义！
最后，还须交代吴三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使吴三桂冲冠一怒件，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军人昆明后，在吴三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢面死；又一说“陈沅（圆）不食死”；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池面死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年（1689年）。墓已不复存在，也难辨真假。直到二十世纪八十年代初，据报载，在贵州岑巩县采尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一块，上面镌刻：“吴门聂氏之墓”六字。“吴门”非指为吴（三桂）家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即“吴门”之意。至于“聂氏”，也是用他人之姓氏用。
这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓埋名的。碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼（庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨）。何时到此？大抵是吴三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。圆圆旁是吴三桂的心腹大将马一宝的衣冠冢。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，吴三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤。在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。
与吴三桂同时代的清代著名诗人吴伟业唱出了《圆圆曲》，只道出了吴三桂与圆圆的初期恋情和历经曲折面重新结合的一段艳史，却是以吴氏全家的白骨为代价换取的。三十多年后，吴三桂与圆圆各走一途，又以吴氏灭族的血的代价而最终结束了这一显赫世象的历史！吴氏家族的兴衰，乃是人间一出悲喜剧。清朝为保持它的统治地位，不遗余力地进行了这场战争，取得了最后的胜利。战争无疑消耗了它的实力，损失了巨大的物力、财力和人力。然而它的胜利，足以弥补所受到的损失，并且变得空前强大，使它成为不可争辩的中国统治者！圣祖和他的大臣们已充分估计到赢得这场战争胜利的深远意义，这从康熙的《滇平》一诗中，得到了充分的反映。这首诗是圣祖在得到清军克取昆明，吴三桂的余党投降的消息时，不由得感慨万端，挥毫而成：洱海昆池道路难，捷书夜丰到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天末远收金马隘，军中新解铁表寒。回思几载焦芳意。此日方同万国欢。
通往云南的道路何等艰难！可是，胜利的捷报仍然在半夜传送到北京。赢得这场战争的胜利，并非是专用武力征讨，而是恩威并重，使云南的各民族受到感化。幸喜战事结束，开始减少对云南军队征调和物资的征收。在南天边收复了昆明，兵士们可以解下穿在身上感到寒冷的铠甲征衣了。回想起过去几年来的焦虑和艰辛，至今日才同天下百姓举国同欢。
这首诗，道出了圣祖接到捷报瞬间的奔涌的感情，充满了激情和无限的喜悦。他首先想到的是云南各族百姓从此可以获得安宁，广大兵士们解甲，不再遭受征伐的牺牲和痛苦。全国人民同他都忍受了数年的艰辛，终于迎来了与天下同欢的新局面！
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除“三藩”的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年（1681年）十二月二十日，“颁诏天下”，其文略日：
朕缵承丕绪，统御襄区，仰惟天地誊佑之麻，祖宗付托之重。圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海字犁安。不意逆喊吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闲、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在释骚，肆骋病毒。吴三桂僭祢伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并师，德威五济，或繁颈于阙下，或骈戳于师中，擒扑诛除，以次收服。乃是三桂即膺神殛（措三桂病故），逆孙吴世璠，犹复鸱张。据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼惠一日不除，则生民一日不靖，策励将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼焱计穷势蹙，通款军门，妁日献城，凶桑授首，师克之日，市肆不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，退连膺欢。
