9月26日，毛泽东、朱德根据前方最高军事会议的决定，发出了红一方面军向北工作一个时期的训令：在目前敌军坚守据点，向中央苏区游击进扰与迅速布置大举进攻的情况下，“决心在宜(黄)、乐(安)、南丰之间以战备姿势布置目前的战场。”这是一个符合实际情况的正确决策。
对于这一训令，中央局十分恼怒，指责“这完全是离开了原则，极危险的布置”，分歧已经达到了十分尖锐的程度。1932年10月上旬，苏区中央局全体会议在宁都召开，史称“宁都会议”。
会上展开了激烈的争论，争论的焦点是前线的作战方针问题。毛泽东坚持不同意红军无条件地离开苏区出击强敌，中央局的一些成员则指责毛泽东执行“纯粹防御路线”，是对执行中央“积极进攻路线”和“夺取中心城市”方针的“消极怠工”。指责毛泽东“诱敌深入”方针是“守株待兔”、“专去等待敌人进攻的右倾主要危险”。
会上有人提出把毛泽东召回后方，由周恩来负战争领导的总责。周恩来指出对毛泽东的批评过分，不同意把毛泽东调回后方，并提出两种供选择方案，“一种是由我负主持战争全责，泽东仍留前方助理；另一种是泽东负指挥战争全责，我负监督行动方针的执行。”最后，会议同意毛泽东在“前方助理”，但同时又批准毛泽东“暂时请病假，必要时到前方”。
10月12日，中革军委发布通令，决定毛泽东回后方主持临时中央政府工作，周恩来代理总政治委员一职。10月26日，临时中央又正式任命周恩来兼任红一方面军总政治委员。至此，毛泽东对红军的领导权被完全剥夺。这不仅是对毛泽东的打击，而且最后导致了第五次反“围剿”的失败和中央革命根据地的丧失。
1933年2月，蒋介石调集20余个师的兵力，对中央革命根据地和红一方面军发动第四次“围剿”。红一方面军在朱德、周恩来指挥下，经过黄陂、草台岗等战斗，歼灭蒋介石嫡系近3个师，俘敌1万余人，胜利打破了国民党的第四次“围剿”。
1933年下半年，蒋介石经过半年准备，发动对中央苏区的第五次“围剿”，其中直接进攻红一方面军和中央苏区的兵力达50余万。强调要实行“三分军事，七分政治”的方针，并采用持久战和“堡垒主义”相结合的新战术。9月28日，敌军进占黎川。
面对严峻的形势，如果红军能够采取正确的符合实际情况的战略策略，是有可能打破这次“围剿”的。
这时的军事指挥权实际上掌握在已由上海迁到中央苏区的临时中央总负责人博古的手里，但博古并不懂得军事，完全依赖于9月底到达中央苏区的由共产国际派来的军事顾问德国人李德。
临时中央在这次反“围剿”中，进攻中采取“御敌于国门之外”的冒险主义，防御中又采取步步设防，节节抵御的保守主义，使得反“围剿”一步步走向被动。
毛泽东从一开始就反对“两个拳头打人”和“御敌于国门之外”的错误方针，主张“诱敌深入”，集中红军主力在运动中歼灭敌人，但毛泽东的意见没有被临时中央所采纳。
战局的发展越来越不利。1934年7月，中华苏维埃中央政府和中革军委迁到瑞金以西的背梅坑，毛泽东也搬到了高围乡云石山。在这里，他写成了约3万字的《游击战争》一书。
8月31日，国民党军占领广昌的驿前。至此，中央革命根据地的东线和北线完全被突破，西线和南线亦极困难，打破敌之第五次“围剿”已无希望。
10月10日晚，中共中央率领中央红军主力和中央机关人员共8.6万余人，从瑞金等地出发，被迫实行长征。
遵义会议确立毛泽东在中共中央和红军的领导地位，挽救了党，挽救了红军，挽救了中国革命。四渡赤水出奇兵，粉碎张国焘分裂阴谋，取得长征的最终胜利。奠基西北，发展陕甘宁革命根据地。
中央红军在10月25日全部渡过信丰河，突破了敌人第一道封锁线。11月上旬，中央红军在湘南通过第二道封锁线，又于15日在良田和宜章之间通过第三封锁线，进入潇水、湘水地区。蒋介石急调40万大军在湘江沿岸严密部署了第四道封锁线，企图将红军“歼于湘江、漓水以东地区”。
湘江一战，红军由8万余人锐减为3万余人，党内军内对李德、博古大为不满，红军指挥重任转到了周恩来身上，周恩来采纳毛泽东进军贵州的建议。12月12日，中共中央在通道举行紧急会议，经过激烈的争论，大多数人接受了毛泽东的主张，决定西进贵州。
12月15日，红军占领贵州黎平，在这里召开了具有重要意义的黎平会议。这次会议由周恩来主持，继续讨论进军方向问题。经过激烈争论，会议再次肯定了毛泽东的正确主张，否定了博古、李德的错误意见，并作了相应的决议。这一《决定》既为中央红军赢得了主动，也是红军命运转折的开始。
1935年元旦，政治局在猴场召开会议，重申红军应在川黔边地区先以遵义地区为中心建立新的根据地的主张，决定红军抢渡乌江、攻占遵义。并规定“关于作战方针，以及作战时间与地点的选择，军委必须在政治局会议上做报告”，这就在实际上取消了以往李德独断专行的军事指挥权。
但是争论并没有因此而结束。正如周恩来所说：“从黎平往西北，经过黄平，然后渡乌江到达遵义，沿途争论更烈。”毛泽东从长征一开始，就对王稼祥和张闻天进行说服工作。到这个时候，两人作为领导集团的核心人物都已经站到了毛泽东为首的正确路线一边。
此时，王稼祥向毛泽东提出了召开中央治局扩大会议的意见，毛泽东认为这是一个好主意。而后，王稼祥找到张闻天，谈了自己的主张和看法，并认为应该撤换博古和李德，改由毛泽东来领导，张闻天对此也表示同意。随后，王稼祥又找到周恩来、朱德、聂荣臻等人，他们都表示支持王稼祥的意见。由此可见，王稼祥、张闻天、周恩来等人为促成遵义会议的召开起到了重大作用。
1935年1月2日至6日，中央红军全部渡过乌江，1月7日，解放了黔北重镇遵义。随即，中共中央政治局扩大会议在此召开。
会议由博古主持，并作了关于第五次反“围剿”的总结报告，他把失败的原因主要归之于客观因素。周恩来作副报告，着重指出第五次反“围剿”中的主观指挥失误，并主动承担了责任。随后，张闻天代表自己和毛泽东、王稼祥作联合发言，尖锐地批评了“左”倾军事路线。接下来，毛泽东作了长篇发言，他对“左”倾错误路线进行了全面的、深刻的、切中要害的分析，正确阐述了中国革命战争的战略问题，并指明了今后正确的方向。毛泽东的发言确定了会议的主旨和基调，是后来起草会议决议最基本的依据。
会上，周恩来、王稼祥、张闻天、朱德等都赞同毛泽东的发言，对博古的总结报告进行了批评。经过三天的讨论后，会议作出下列决定：(一)毛泽东同志选为常委。(二)指定洛甫(张闻天)同志起草决议，委托常委审查后，发到支部讨论。(三)常委中再进行适当的分工。(四)取消三人团，仍由最高军事首长朱、周为军事指挥者，而周恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者。
遵义会议后不久，在常委中重新进行分工，由张闻天替代博古负总责，以毛泽东为周恩来在军事指挥上的帮助者。
遵义会议在中国革命最危急关头，独立自主地解决了党中央的组织问题，从而结束了王明“左”倾教条主义错误在中央长达四年之久的统治，确立了毛泽东在党中央和红军中的领导地位，从而挽救了党，挽救了红军，挽救了中国革命。
遵义会议后，毛泽东与国民党追兵在云贵高原展开了大规模的运动战，曾四渡赤水河，四渡赤水是毛泽东军事指挥中的“得意之笔”。第四次渡过赤水后，红军挥师南下，31日南渡乌江，跳出国民党军队的合围圈。5月3日至9日，中央红军主力全部渡过金沙江。当敌人追兵赶到时，红军已到会理，船只已被烧毁，敌人只得望江兴叹。这样，红军就摆脱了几十万国民党队的紧追堵截，取得了战略转移中的决定性胜利。
6月2日，红军主力全部渡过大渡河，蒋介石想让毛泽东作石达开第二的如意算盘又打错了。过了泸定桥，红军继续北上，在翻过夹金山后，6月18日，他们进入懋功县城，会见在这里迎候的红四方面军先头部队第三十军政委李先念。不久，红一、红四方面军胜利会师。
红一、四方面军会师后，在行动方向上却产生了严重的、难以调和的分歧。6月26日，中共中央政治局在两河口举行扩大会议。经过三天的讨论，会议通过了北进建立“川陕甘”根据地的战略方针。张国焘对于中央作出的决定并不认真执行，自恃他领导的军队人数多，借机向中央要权。7月18日，张国焘担任红军总政治委员。
8月3日，红军总部决定将红军分成左、右两路北上，毛泽东随右路军行动。8月下旬，右路军走出草地，抵达班佑。此后，中央数次电催张国焘率左路军东进，向右路军靠拢，但张国焘对此置之不理，反而加紧进行其分裂活动。9月9日，张国焘背着中央另电陈昌浩率右路军南下，企图分裂和危害党中央。毛泽东在看了叶剑英送来的电报后，当晚即和张闻天、博古、王稼祥以及病中的周恩来等开了紧急会议，决定率红一、三军迅速北上。
北上红军9月10日出发，11日，抵达俄界。9月12日，中央政治局扩大会议通过《关于张国焘同志的错误的决定》，指出张国焘向川康藏边境退却方针是错误的。会议还决定把红一军、红三军、军委纵队合编为中国工农红军陕甘支队，彭德怀为司令员，毛泽东为政治委员。
9月17日，红军夺取腊子口天险。10月19日，毛泽东随部队进驻吴起镇，中央红军的长征至此结束。长征保存了中国革命的火种，也保存了革命的精英，是一次伟大的战略转移。
到陕北后，中央政治局决定陕甘根据地军事工作由毛泽东负责，成立西北革命军事委员会，毛泽东任主席，周恩来、彭德怀任副主席。
11月21日，毛泽东指挥了直罗镇战役，全歼东北军第一○九师和第一○六师的一个团，打破了国民党对陕甘根据地的围剿，陕甘革命根据地获得了一个相对安定的环境。1936年毛泽东摄于陕北。
华北事变后，日本帝国主义加快了侵华步伐，中华民族危机空前严重。1935年12月17日到25日，中共中央在瓦窑堡举行政治局扩大会议，会议制订了抗日民族统一战线的政策，使党在新的历史时期将要到来时掌握了政治上的主动权。
1936年2月，毛泽东同彭德怀率领红一方面军东渡黄河，向山西西部进行东征。到了23日，已控制了宽50公里，纵深35公里的地区。刘志丹、宋任穷率红二十八军趁敌军回援山西的机会，一举恢复了被占领的大片区域，巩固了陕北根据地的东部地区。
3月，红一方面军主力在吕梁山区几次作战，重创了阎锡山的晋绥军。正当红一、红十五军团分别南下和北上时，阎锡山改变了不准中央军进山西的态度，蒋介石的10个师也开进了山西，企图封锁黄河，消灭红军，摧毁陕甘革命根据地。
此时情况已很严重，毛泽东、彭德怀决定部队西渡。从5月2日起，东征军开始西渡黄河，5日全部返回陕北休整。
此次东征历时75天，虽然没有完全达到目的，但在军事上和政治上都取得了重大的成功。消灭了敌人力量，提高了部队战斗力，巩固了根据地的东部地区，壮大了红军和根据地的力量，扩大了红军的影响。
5月18日，毛泽东、周恩来、彭德怀下达西征战役命令，决定以红一方面军主力1.3万余人组成西方野战军向陕、甘、宁边界地区发动进攻，西方野战军的作战到8月1日结束。这次战役开辟了横宽200多公里的新区，使陕甘根据地发展成陕甘宁根据地。
1936年10月，中国工农红军三大主力在甘肃静宁、会宁地区胜利会师，红军的实力大大增强。
10月13日，毛泽东电令彭德怀准备发动宁夏战役，以打通国际交通线，得到共产国际援助。由于胡宗南部进展很快，宁夏战役未能取得预期效果，红四方面军3个军21800余人被迫孤悬河西。11月11日，红四方面军河西部队改称西路军，开始独立作战。
11月21日，彭德怀、周恩来指挥红军取得山城堡战役的胜利，迫使胡宗南部全线后退，基本上停止了对陕甘苏区的进攻。这次战斗对稳定陕甘宁根据地的局面，发展革命力量，有着十分重要的意义。
