11元朝末年，朱元璋参加农民起义后，逐渐扩展势力，扫平群雄，最后推翻了元朝统治，建立了明朝。
朱元璋一生都与佛教有着割不断的联系。
朱元璋出身于贫苦农家，从十七岁到二十五岁当了八年和尚。由于有出家为僧的经历，朱元璋对佛教十分了解。鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，朱元璋大力扶持汉地传统佛教。
洪武元年（1368年），明朝建立伊始，朱元璋在蒋山召集僧人，为各大寺院选派住持；举办法会，请僧人为新建立的大明王朝祈福，为殁于战乱的将士军民招魂。
在洪武初期的几年中，朱元璋每年都要在南京一些大寺院里召集名僧举办法会，他本人每次都亲率文武百官参加，以示隆重。这实际是用佛教安定民心，促进新建王朝的进一步巩固，是有政治目的的。
同时，朱元璋在南京天界寺设立善世院，命慧昙管理佛教，又设统领、副统领、赞教、纪化等职，掌管全国各大寺住持的任免。这是以皇帝名义组织的管理全国佛教的机构，从而将佛教的发展牢牢地控制在明廷手中。
洪武六年（1373年），朱元璋下诏给全国各地的所有僧尼免费发放度牒。唐宋以来，朝廷都将度牒当商品出售，以增加国家的经济收入，在客观上也限制了随便出家的人。朱元璋此举为出家人提供了方便，从而振兴了汉地传统佛教，使其为封建政治服务。此后，朱元璋又下诏规定每年集中发放一次度牒，只要考试合格，都可以领到度牒。
为了使汉地传统佛教各宗都能得到进一步恢复和发展，朱元璋还发了一道圣旨：全国各地僧人只要愿归三宝、受五戒、习研佛经，可随便结坛登座，讲经说教，化度一方。这样，便给僧人提供了游方传教、进行法事活动的方便。
为了使汉地佛教能够迅速地恢复和进一步发展，了解佛教的明太祖不仅从组织上和活动上扶持佛教，而且还深入其中进行必要的引导。
洪武十年（1377年），朱元璋命令国内僧人学习《心经》《金刚经》《楞伽经》，又命令高僧专门为上述三经作了注释，朱元璋本人还为三经作了序，颁行天下，使僧人加深对佛教教义的理解。后来，他又下诏规定佛教沙门如何进行诵经等法事活动。
洪武二十一年（1388年）四月，朱元璋下诏说南京灵谷寺、无界寺、能仁寺、鸡鸣寺乃京师四大名刹，其住持务必选用有德行者，而且还要精通佛教，不可滥举。
洪武二十四年（1391年）六月六日，朱元璋颁布《申明佛教榜册》说：今天下之僧，多与俗人混淆，有的表现还不如俗人，这是败教的行为，必须清理。令下之后，敢有不入丛林，仍然私蓄妻子潜在民间者，必砍头示众；窝藏者流放三千里外。同时，还规定各地散居僧人有募化受施的自由，各级寺僧衙门不得横加干涉，保证宗教活动的自由。
《榜册》中还具体规定各府州县只许保留大寺一所，府寺僧不得超过四十人，州寺僧不得超过三十人，县寺僧不得超过二十人，并规定男子非年过四十岁以上者，女子非年过五十岁以上者，均不许出家。
《榜册》的颁布，看起来是整顿或限制佛教，但在实质上却是通过去污除垢而纯洁佛教，目的在于使佛教正常发展，从而为封建统治服务。
在朱元璋的护持下，汉地佛教得以迅速恢复，禅宗的曹洞、临济二宗逐渐盛行，并且都能正常发展。一些佛教僧侣热心为朝廷服务，加强了朱元璋对佛教和僧侣的信任感。
洪武三年（1370年），朱元璋派慧昙出使西域。慧昙率使团一行二十余人访问各国，于次年抵达僧伽罗国（今斯里兰卡）。洪武十年（1377年），宗泐奉命率领僧人三十人再度出使西域，往返六年，至洪武十五年（l382年）归国。宗泐从印度取回了大量的佛经，从而促进了中外文化的交流。
朱元璋在恢复汉地传统佛教的同时，仍给喇嘛教以应有的地位。他在西宁设僧纲司，任喇嘛三剌为都纲，使其掌管当地喇嘛教；又于甘肃河州设置蕃汉二僧司，让藏僧担任僧官，掌管当地喇嘛教。上述作法维护了中国各民族的团结与统一。
朱元璋去世后，明代诸帝对佛教大都采取了扶持和利用的态度。
明成祖朱棣即位后，听说喇嘛教黄教首领宗喀巴弘传佛法，名播西藏，即派大臣前去延请。宗喀巴使上首弟子释迦智随使赴京，明成祖赐以大慈法王称号。
明武宗朱厚照不仅扶持和利用佛教，还自封为法王，以佛教的大护法王自居。有一次，他一天之内竟度僧道四万人。他还经常披法衣登座宣讲佛法，尤其喜欢喇嘛教。
明神宗时，蒙古俺答可汗攻入青海，听说第三世达赖索南嘉措至西宁附近弘传佛法，即率众万人欢迎，并给索南嘉措上了“达赖喇嘛白咱达然”的尊号，这是达赖喇嘛名称的开始。达赖意为大海，喇嘛是上师，白咱达然是金刚持。
索南嘉措曾致书明朝宰相张居正，并献观音像等。
万历十六年（1588年），明神宗命人迎请三世达赖进京。因其逝世于内蒙，未能成行。
总之，整个明代喇嘛教只在藏蒙民族及其他一些少数民族地区流行，但它作为中国佛教不可缺少的一部分，在明代更向纵深发展，并且开始在藏族地区形成政教合一的制度，直接影响了清朝的宗教信仰。
