1644年，清军攻占北京，清朝贵族入主中原，建立了多民族统一的大清帝国。直至1911年被孙中山领导的辛亥革命推翻，清朝前后延续了267年。
满族原来信仰萨满教，崇拜天神地祇，与汉民族对天帝和土地的传统信仰极其相似。金代佛教相当盛行，后金受金代的影响，对佛教也不陌生，早在入关以前即与西藏喇嘛教发生联系。
清廷统一全国后，对内地佛教采取利用但从严控制的政策；而对喇嘛教则主要将其作为羁縻蒙藏上层人物、巩固中央统治的手段。
清代沿用明代旧制，设置了僧官。朝廷僧录司有“正、副掌印”各1人，下设左右善世2人，阐教2人，讲经2人，觉义2人；各府、州、县设僧纲、僧正、僧会各1人。全国佛教严密地控制在僧官手中，而僧官也没有什么权力，只是朝廷的工具。《大清律例》规定，不许私建或增置寺院，不许私度僧尼，严格执行出家条件，严厉制裁为非作歹的僧尼等。
清朝也有对佛教偏爱的君主，如顺治皇帝曾召著名禅师入内廷说法，并分别赐号。在宠妃董氏死后，顺治皇帝曾想弃位出家，因皇太后极力阻挠而作罢。康熙皇帝六下江南，凡至名山大寺，往往向僧寺书赐匾额。他还将明末隐遁山林的高僧引入京师，以便控制和吸引士人。雍正皇帝对禅颇有研究，曾辑《御选语录》19卷，并撰写序文20余篇，提倡用“周孔”思想指导禅学。
乾隆年间，完成了由雍正开始的汉文大藏经的雕刻，称为“龙藏”。
乾隆三十八年（1773年），乾隆皇帝组织人力将汉文大藏经译成满文，经18年完成，与由藏文译成的蒙文大藏经同时雕版印刷。乾隆皇帝说翻译满文藏经的目的不在于要人们懂得佛理，而是要人们“皆知尊君亲上，去恶从善”。这是清代诸帝的共同想法。
据《大清会典》统计，清初各省官建大寺6073处，小寺6409处；私建大寺8458处，小寺58682处。有僧11万，尼8615人。总计寺院79622处，僧尼118907人。据近人太虚估算，清末各省约有80万僧人。随着国力衰弱，寺院荒废，加上战火破坏，佛教在晚清已经面临全面的危机。
清代内地佛教主要是禅宗和净土宗。清初禅宗有临济宗和曹洞宗的对峙。
清初以后，禅宗的地位渐为净土宗取代。净土宗主张只要虔心念佛，即可往生西方极乐世界，西方极乐世界即指净土。
雍正帝以禅门宗匠自居，对当时禅宗的败落进行严厉抨击，并以云栖袾宏为范例，鼓吹三教合一和禅净合一，即禅宗和净土宗合一，提倡念佛而归净土。
乾隆大力扶植士大夫学佛运动，使念佛以归净土的说教在社会深入推广，成为世俗学佛的基本内容。
在家信徒中，周梦颜、彭绍升、张师诚、杨文会等都以净土为学佛的最终归宿。周梦颜著有《西归直指》《欲海回狂》等，提倡只要诚心念佛，便能荣登净土，求得人生解脱。杨文会是清末最重要的佛教在家信徒，精通各宗，也以净土为学佛的归宿。
晚清佛教日趋式微，但在读书人中，研究佛学反而蔚成风气。
明末政治腐败，士人纷纷背离道学，研究佛教。明朝灭亡后，抗清复明的士人有相当一批人皈依了佛教，如戒显、澹归、药地、担当、大错、明宗室八大山人、石涛等均出家为僧，而未出家者也借佛教教义阐述自己的理论，如方以智、黄宗羲等。
从道光皇帝开始，国势日见衰颓。列强入侵唤起了民族的觉醒。一批先进的文人把佛教教义作为挽救民族的精神武器，如龚自珍从佛教因果报应学说引申说人心者，世俗之本，心力所至，足以报大仇，医大病，解大难，谋大事，据此而言，天地人所造，众人自造，非圣人所造。他主张不依靠“圣人”，而要“众人”起来创造天地，这显然潜藏着革命因素。
魏源、康有为、谭嗣同、梁启超继续宣传佛教悲天悯人的忧国忧民思想，发挥佛教的主观战斗精神，鼓动不怕牺牲，团结奋进，救国救民。这样，居士佛教成了中国近代民主革命思想中不可分割的一部分。
与此同时，居士在佛典的搜集整理和义理的探究上也取得了很大的成绩。这类居士在清初有宋文森、毕奇、周梦颜、彭绍升等。彭绍升大量阅读大小乘经论，信仰净土学说，撰有《屠士传》《二林居集》《行居集》等。晚清刻印佛经成风，郑学川在苏州、常熟、杭州、如皋、扬州等地设置刻经处，刻了好多佛经；杨文会创办了金陵刻经处，影响更大，硕果累累。
杨文会于1910年开办佛学研究会，每周讲经一次，听者人山人海；章太炎等创办“觉社”，成为中国“佛教复兴运动”和推动佛教西渐的主力。这些文人对中国佛学的贡献功不可没。
17世纪初，喇嘛教即藏传佛教传到了山海关外女真族生活的地区。
清太宗皇太极认为喇嘛教有利于他的统治，遂开始与西藏达赖喇嘛五世罗桑嘉措建立联系，互致问候。
清朝入主中原不久，顺治皇帝遣使到西藏问候达赖、班禅，达赖和班禅也派人到北京朝贺。
顺治九年（1652年），达赖五世率班禅代表应请入京，清廷封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇但喇达赖喇嘛”，让他做藏蒙喇嘛教的领袖。达赖五世回藏后，用从内地带回去的金银在前后藏新建黄教寺庙十三所。
康熙皇帝不信佛教，常说和尚不耕而食，不织而衣，是寄生虫。但他继位后，为了用佛教维护统治，继续遣使进藏看望达赖、班禅，并带去贵重礼品。
1682年，五世达赖死后，西藏上层为争夺六世达赖职位而争斗不已。为此，康熙皇帝于康熙五十二年（1713年）遣使封五世班禅罗桑耶歇为“班禅额尔德尼”，为黄教树立另一领袖，以便分权治藏。康熙五十九年（1720年），康熙派兵两路进藏，册封格桑嘉措为达赖六世。从此，清廷在西藏驻军不走，将西藏牢牢地掌握在清廷手中。
雍正皇帝重视喇嘛教，自号圆明居士，表示虽不出家，却在家修行。
在雍正、乾隆年间，喇嘛教在内地相当流行，佛教经典的翻译也开始了。
为了巩固统治，清帝根据满、蒙、藏各民族相似的文化、宗教、历史背景，力图用喇嘛教联络他们的感情，并通过喇嘛上层控制边疆地区。
在清室扶植下，喇嘛教在全国有相当大的发展。仅据藏地统计，乾隆二年（1737年）达赖有寺庙3150多所，喇嘛302560人，农奴12143户；班禅有寺庙327所，喇嘛3670人，农奴6752户。总计黄教寺庙3477所，喇嘛316230人，所属农奴128190户。
