光绪大婚是清朝皇帝中最盛大、最奢侈的，记用黄金四千一百余两，白银四百八十二万四千余两，制钱二千七百余万串。婚礼的程序十分复杂。上一年选定后妃后，即行纳彩礼。由正副使率大队人马将内务府办齐的礼品：全鞍文马十匹、甲胄十副、缎一百匹、布二百匹及各种金银器皿等，浩浩荡荡赉送往方家园皇后宅邸。皇后父母桂祥夫妇接迎，行纳彩礼，设纳彩宴，大宴宾朋。迎娶皇后前，行大征礼。再向皇后母家送礼，包括黄金二百两、白银万两、金茶筒一具、银茶筒两具、缎千尺、全鞍文马二十匹、闲马四十匹、驮甲二十副等。举行婚礼时，太和殿外陈设皇帝法驾卤簿，慈宁宫外陈设皇太后的仪驾，太和殿至午门陈设皇后仪驾。吉时到，正副迎亲使持节前导，后为装载皇后册书、印章的册亭、宝亭及喜轿、凤舆、皇后仪驾，再后是内大臣侍卫。长长的迎亲队伍到皇后家，举行受册宝仪式，皇后升凤辇，回宫。凤辇经大清门、天安门、端门进宫，由九凤曲柄伞盖前导，进午门、太和门、乾清门，停在乾清宫阶下。光绪穿戴一新候在宫前，像个傀儡，听凭人们摆布他完成一项项繁缛的礼节：射桃木箭三支，接过十全命妇金钥匙打开凤辇，牵着大红彩带将蒙着红盖头的皇后引进坤宁宫东暖阁，合拜天地祖宗、寿星灶君，坐在五彩百子大红缎子帐下、铺着五彩百子大红缎子被褥的喜床上，喝交杯酒、食子孙饽饽汤圆、进合卺宴、吃长寿面……当洞房花烛、夫妻相对时，光绪没有任何正常人那种迫切、兴奋的初夜激情，他只觉得极端的疲倦和厌恶。慈禧为了政治需要和永远控制他，粗暴地强加给他一个不喜欢的女人，使他在人生的关键时刻又一次遭到了毫无道理的挫败。初为人妇的皇后并不了解和理解这些。热血沸腾、春心荡漾的她羞涩地吹了烛，静候着年轻的皇帝。她失望了。或许一贯逆来顺受的光绪本还是试图按照丈夫应该做的去做，但是生理上出了毛病，未能成功。奉慈禧懿旨在坤宁宫喜帐后“听房”的四位命妇听了半宿，不见任何动静。面面相觑时，只听皇后叹了一句：“这也是你们家的德行啊。”又是一次打击。这种打击对一个男人来说非同小可，可以说是致命的。何况光绪属自我压缩人格者，如此选后，表面上没有反映，内心深处却觉得自己窝囊到了极点，新婚之夜，性的无能和失败更使他自卑、沮丧到极点。按照清朝礼制，在册立、奉迎皇后典礼完成的翌日，皇帝还要在太和殿举行宴请后族的盛大宴会，在京满汉大员作陪庆贺。心绪恶劣的光绪，竟然借口有病，将这场规模盛大的例宴取消了，后来旨令将宴桌分送王公大臣时，“却未提后父后族”，以致京城街头巷尾议论纷纷。尚属年轻气盛的光绪，潜意识中无非想借此发泄一下对这场丑恶婚姻的愤懑之情，然这种无奈、无力、无谓的“抗争”，只能给他以后的人生带来更大的不幸。
光绪大婚后不久，慈禧颁布懿旨撤帘还政。光绪十五年（1889年）二月初三日举行亲政大典。然而，光绪大婚及亲政之前，慈禧与光绪父亲醇亲王奕譞暗中达成了作为交换条件的协定。光绪十四年十一月初十日，由军机处上了一份“拟请查照醇亲王条奏”的《酌拟归政事宜折》。其中有：亲政后，在京各衙门每日具奏折件，皇上批阅传旨后，发交军机大臣另缮清单，恭呈皇太后慈览；每日外省折报，皇上朱批发下后，由军机大臣摘录事由及所奉批旨，另缮清单恭呈皇太后慈览；简放一般官员由皇上裁决，简放大员及各项要差，军机大臣请旨裁定后，再由皇上奏明皇太后，次日再降谕旨。慈禧于十五日批示“依议”，交军机处永远存档。这使慈禧在光绪亲政后对朝政的把持和最终裁决合法化、制度化。奏折未提何时终止，实际只要慈禧在世，永远有效。亲政后的光绪，依旧是个傀儡。
在后宫生活中，皇后比光绪大三岁，阅历多，见识广，初夜不谐，有充分理由看不起光绪。光绪则不能不对这位他不爱却不敢惹也惹不起的名义上的妻子采取冷淡态度。德龄写道：“我在宫里头听许多人说，自从婚礼举行过之后，光绪和静芬（即隆裕皇后）从不曾有过半点亲热的态度。他们只像同处宫中的两个陌生人而已。除非逢到什么令节，或是参加什么典礼，使他们实在不能不开口外，平时简直绝对没攀谈过一次。”光绪逐渐爱上了天真可爱、健康活泼的珍妃。与光绪一生有关的女人中，生母醇亲王福晋除外，慈禧使他恐惧，皇后使他自卑，瑾妃使他拘束，只有珍妃带给他欢乐和自信。珍妃受到皇帝专宠，少不得引起以皇后为首的后宫的议论、妒忌、起而攻之和明枪暗箭。慈禧最初对此不以为然，女人凭本事笼络男人，嫔妃也是一样，有本事的邀皇上专宠，没有本事的活该独处空房。她甚至一度喜欢和欣赏珍妃——在珍妃身上，她看到了自己当年侍奉咸丰时的影子，因而没有过多干预光绪与珍妃的恩爱生活。但是，光绪亲政后，在接连发生的诸如甲午中日战争、戊戌变法等大事中，慈禧最不愿看到的事发生了，光绪周围逐步形成了敢于同自己分庭抗礼的政治势力——帝党。而珍妃的胞兄志锐、老师文廷式，恰恰是前期帝党中的活跃人物。慈禧深知光绪的性格特点，因而首先从后宫狠下辣手。于是，珍妃媚主专宠，对皇后无礼；无视祖制留宿养心殿；女扮男装，照相取乐；僭越乘舆等都成了罪状。而最大的罪状在于她“颇能建言”，惑主干政，以及通过门下太监卖官鬻爵。光绪二十年（1894年）十月二十日，慈禧以不遵家法、干预朝政、卖官鬻爵诸罪，痛责珍妃。责罚珍妃细节，清档未载。但从所存十月二十八日一份完整的珍妃病案，可知梁启超所说“褫衣廷杖”竟非空穴来风。珍妃受责后“人事不省”，“六脉沉伏不见”，“抽搐气闭，牙关紧急，周身筋脉颤动”，“筋惕肉颤”，“痰中带血”，二十余日方逐渐恢复。紧接着，慈禧将珍、瑾二妃降为贵人，下令内廷制作木框黄绫裱糊蓝绫镶边长一尺的禁牌两块，分别悬于二妃宫中，上书：
光绪二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨：皇后有统辖六宫之责，嗣后妃嫔等如有不遵家法，在皇帝前干涉国政，颠倒是非，着皇后严厉访查，据实陈奏，从重惩办，决不宽贷。钦此。
光绪二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨：瑾贵人珍贵人着加恩准其上殿当差随侍。谨言慎行，改过自新。平素妆饰衣服，具按宫内规矩穿戴，并一切使用物件不准违例。皇帝前遇年节照例准其呈进食物。其余新巧稀奇物件及穿戴等，不准私自呈进。如有不遵者，重责不贷。钦此。
随后，慈禧严厉惩治光绪、珍妃身边的亲信、太监。为光绪、珍妃收受请托牵线的太监高万枝交内务府慎刑司“扑杀”；奏事处总管太监郭小车子、奏事太监文澜亭、光绪御前太监人称“对儿杨”的杨姓孪生兄弟等交内务府慎刑司立毙杖下；原珍妃景仁宫三十余名首领太监几乎无一幸免，皆遭受了残忍的“气毙”之刑（即以浸湿的七层绵纸封堵七窍后施杖刑，直至杖毙）。据说先后死于此案的太监达六十余人。珍妃的原有宫女也被逐减大半。
同时，慈禧毫不手软地打击帝党官僚。其中与珍妃有关之人，她的哥哥志锐被撤差后贬斥乌里雅苏台，另一个哥哥志锜逃亡上海；她的老师文廷式托病告假、避祸出京，第二年回京销假时仍未躲过去，被革职逐回原籍，永不叙用。
慈禧发动的这场宫廷大难，完全是借题发挥，其重点在于以残酷手段打击帝党，将其扼杀在摇篮中；教训光绪，让他刻骨铭心地认识到：不可无视她的存在，动摇她的地位，觊觎她的权力。同时顺便整肃宫闱，捍卫代表她的侄女——皇后的崇高地位和绝对权威。
慈禧的目的基本达到。但整个过程中，珍妃以直言抗辩表现出的骨气，以反唇相讥、质问、暗讽慈禧干预朝政、卖官鬻爵表现出的勇气，使慈禧看到了又一个阿鲁特氏。尽管一年多后，珍妃从嫔位恢复为妃，然从那时起她已犯下了绝大忌讳，种下了日后被置于死地的祸根。戊戌变法失败后，珍妃冒死为光绪求情，被慈禧打入冷宫。1900年八国联军侵入北京，慈禧出逃前夕终将被囚三年、年仅二十五岁的珍妃推落井中。
有人说，“光绪一生，无母子之亲，无夫妇、昆季之爱，无臣下侍从宴游暇豫之乐。”其中无夫妇之爱，对光绪的打击最大。一个人性爱行为的失败、夫妇生活、家庭生活的坎坷，预示着他在其他方面成功的艰难。慈禧将光绪培育成为一个人格心理有严重缺陷的人，突出表现为懦弱自卑、犹豫不决、自觉无能、依赖性强、难以独当大任。慈禧一手造成光绪傀儡皇帝的地位和个人生活的失意，更加强化了他上述人格心理所具有的严重缺陷。当他开始进行寄托着他无限希望的事业时，顺着挫败惯性，中途陷入停顿、败北，从人格心理发展的角度几乎是必然的。而作为主持维新变法的皇帝，这一次失败远远超出了光绪个人挫折的范围，其影响所及，直接造成了中华民族更为深重的灾难。戊戌变法失败后，光绪被慈禧长期囚禁在北京中南海瀛台，生不如死，受到种种非人的虐待。光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日）酉时，光绪于瀛台涵元殿去世。第二天未时，慈禧于中南海仪鸾殿去世。
光绪之死，成为清末最大的疑案之一。“正常死亡”的说法是，光绪自幼体弱多病加之长期精神抑郁，造成了严重的气血两亏。
他遗精频繁，有时一月达十几次，到最后肾亏严重得已排不出精血。而旧有的结核症又波及到肺、胃及其他器官，引发了诸多综合病症。光绪发病在光绪三十四年年初。七月，光绪卧床不起，杜钟骏等六位名医会诊，均认为他已病入膏肓，所开药方无非静养补身而已。十月初十，慈禧患了痢疾。太监崔玉贵等怕慈禧死在光绪之前对己不利，遂进谗言，诬告光绪听说慈禧有病面露喜色。太医早将光绪不治、不过捱时日的诊断结果告诉了慈禧，她摇摇头，凄然道：“只怕皇帝要走在老身前头了。”果然，二十日光绪咳血不止，二十一日痛苦地告别了人世，终年三十八岁。光绪的死，应该对慈禧有所冲击。同治死后，她将母爱全给了光绪，一手抚养他长大。现在最亲的儿子和最恨的对手均化为乌有，她顿觉失去生命所依。二十二日，慈禧在仪鸾殿从容交代后事，宣醇亲王载沣子溥仪入宫嗣位，由光绪皇后叶赫那拉氏监护，摄政王载沣监国。之后，亦故去，终年七十四岁。
“非正常死亡”的说法主要有以下几种。清末名医屈桂庭《诊治光绪皇帝秘记》中说，光绪临死前三天，肚子痛得在床上乱滚，脸颊发暗，舌头又黄又黑，不是所患之病应有症状。溥仪《我的前半生》中说：他从一个名叫李长安的老太监和内务府某大臣一位后人那里听说，光绪死前不过是一般的感冒，脉案中脉象极平常。死前一天还是好好的，有人见到他像健康人一样。病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。
《清稗类钞》、《崇陵传信录》等载，慈禧自知己病不治，不愿光绪重掌大权，又听说光绪闻己病面露喜色，因咬牙切齿地说：不能死在光绪之前。遂密令亲信太监扼毙光绪。
《清室外纪》、《瀛台泣血记》、《我的前半生》或说是李莲英，或说是袁世凯，怕慈禧先死光绪掌权后与自己算账，而先下手为强害死了光绪。
一位史家分析道，光绪虽被囚禁，但他没有放弃再度执政的想法，一直进行着准备，他暗暗关注并认真思考国家和世界大势，努力学习英文，了解世界各国风土人情、政治制度、国家间相互关系等。似乎要以三十多岁的年华为唯一资本，与七十多岁的慈禧进行生命的赌赛。他是在默默地等待着那一天。生性敏感、老谋深算的慈禧，又何尝想不到这一层？依她的秉性和一贯做法，她绝不甘心、也绝不能容忍给已被击败的对手留下任何翻身的机会，她要做永远的胜利者，否则，死不瞑目。
“正常死亡”说主要依据的是清宫遗档、脉案。从中可见光绪病情到了不可救药的地步。但不容忽视，光绪的整个治疗过程全部掌握在慈禧手中。当时清廷命奕劻主持皇帝治病事宜。未经批准任何医生不准进入瀛台光绪寝宫，开出的处方也须奕劻过目。而奕劻正是慈禧最得力的亲信大臣，如若伪造“脉案”那实在是很容易的事。事实是光绪确患重病，但病情不至于导致突然死亡。再有，十月二十日，慈禧以光绪名义颁发了两道谕旨，一命醇亲王载沣之子溥仪入宫教养，在上书房读书；一授载沣为摄政王。也就是说，那时慈禧即已预先知道，光绪会死在她的前面。唯一可以解释的，正是她本人决定和操纵光绪的死期。
