道光二十九年（1849年），马化龙继任哲合忍耶学派第五代导师。他和门下常往来于灵州（今宁夏灵武）、盐茶（今宁夏海原）、同心、固原、盐池、平凉、秦州（今天水）、秦安、清水、伏羌等地，走访教众，宣传教义，广为传播哲合忍耶。还大量兴建清真寺及道堂，同时又以贸易经营致富，“于被省各口开设店铺，分布伙友，领本营运”；组织人员四处经商，增强经济实力，对贫穷教众常予以经济援助。清曾毓瑜在《征西纪略》中说：“马化龙者，甘肃新教巨魁也”，“自称总大阿訇”。由于各地信众增加，束脩馈赠随之增多，其子马耀邦又善于理财，所经营的商业扩展至东北、西南及东南各大都市。在灾荒之年，对各地的贫苦群众，不分回、汉均给予施舍，故又获得了“马大善人”之称。马化龙既有经济基础，也有政治地位，进一步发展了哲合忍耶，全国各回民聚居区都有他的教民，河北、黑龙江、吉林、汉口和云南、新疆都有他委派的热依斯。
清咸丰年间，在列强侵略和各地人民反清浪潮的打击下，清廷穷于应付，对西北伊斯兰教的控制日渐式微，对地处边远地区的金积堡更是鞭长莫及，这为马化龙复兴教门带来了良机。同时，在统治阶级和各族人民的矛盾日益激化之际，当广大穆斯林群众进行反抗统治者的欺凌和压迫，争取自身的生存权利的斗争开展起来之时，他必然被推到了领导穆斯林战斗的最前锋。
同治元年（1862年）春，太平军扶王陈得才、遵王赖文光和四川农民军蓝大顺等部进军陕西，适逢渭南发生回汉纠纷，“地方官偏袒汉民……汉民复恃众欺凌，不知回性桀骜，亿万同心。日积月长，仇恨滋深”。这种仇恨终于导致在任武等人的领导下，揭开了清代西北回民第三次抗清斗争的序幕。同年八月，宁夏平远所（今同心县预旺乡）清军把总马兆远（回族），首先响应陕西回民的斗争。接着，马化龙也在金积堡领导宁夏灵州、府城和平罗各堡回民同时举旗反清，于十月二十四、二十五两日，一举夺取宁夏府城（今宁夏银川）和灵州城（今宁夏灵武）。至此，宁夏各县堡回民大多揭竿而起，反清烈火在黄河两岸和六盘山地区形成燎原之势。马化龙以总大阿訇和“统理宁郡西河等处地方军机事务大总戎”的身份，坐镇金积堡，委官颁印，全面指挥宁夏各地回民军与清军的斗争。同时还推行“安辑地方，保护汉民”的政策，倡修水利，发展农业。
新任陕甘总督杨岳斌不得不向朝廷呼救：“现在河狄之贼扰于南，平固之贼扰于东，宁灵之贼扰于北，凉肃之贼扰于西。几于剿不胜剿，防不胜防。臣若株守省桓，则饥军终虞坐困，若出省剿办则根本时虞动摇。外察贼势，内度兵力，实属不敷分拨。”清廷这时才感到陕甘事态的严重性，急忙把正在扬州前线指挥与太平军作战的西安将军都兴阿调任陕甘总督，暂兼督办甘肃军务，令其指挥直隶、山西、山东等省援兵从东北路定边、花马池进逼平罗县和宁夏府城；命固原提督雷正绾，指挥甘肃提督陶茂林和河州镇总兵官曹克忠各部，从南部收复平凉、固原后，一路向金积堡进攻。不久，又增派湖北荆州将军穆图善为帮办甘肃军务，督带马步两军，与都兴阿会合，以壮大东北路大军。同时，又命阿拉善旗亲王贡桑珠尔默特，亲率蒙古骑兵开赴宁夏参战，支援官军的清剿战役。同治四年（1865年）五月，清军北、南两路大军遥相呼应，形成对宁夏府和金灵地区夹击的态势。马化龙在金积堡附近的强家沙窝一战，大败南路清军，东北路清军在南路败势的影响下，军心不稳，兵无斗志，“府城久攻不下”。清廷大为震怒，将都兴阿免职，以新任宁夏将军穆图善接任督办甘肃军务。清军对宁夏的第一次清剿被彻底粉碎。
同治五年（1866年）年初，马化龙在大胜之后，主动把宁夏府城、灵州城和道、府、州大印一起退还官方，并向清军捐纳银粮，还改名为“马朝清”，以示忠于朝廷。穆图善借此极力主抚，于是宁夏抚局告成。马化龙心里明白，当时“大军方萃力功平凉，势难兼顾，姑许投诚，以事羁縻”，朝廷的招抚只不过是权宜之计。这给起义军争取到了休整、补充和修筑堡寨的宝贵时间。就在宁夏抚局之后月余，清廷就把镇压太平天国的湘军大将左宗棠从海防前线闽浙总督调到西北担任陕甘总督，督办甘肃军务、钦差大臣，并调动湘楚等各省援军，策划对西北回族人民进行大规模军事镇压。左宗棠分三路大军西征：南路由秦川、巩昌，进取河州；北路由绥远、花马池，进取灵宁；自统老营由平凉进驻省城兰州居中指挥。金积堡实际上是西北各路回民起义军的神经中枢，左宗棠首先集中主力剿办北路的宁夏。对宁夏军事行动也兵分三路：以湘军大将、广东陆路提督刘松山为主力，由定边、花马池直指金灵；以固原提督雷正绾和川军提督黄鼎为中路，从固原、镇原北上；以署宁夏将军金顺、豫军提督张曜为北路，专办河西府城一带。三军战役目标锁定金积堡。在清军新攻势的压力下，陕西回军“十八大营”纷纷退往宁夏地区，与马化龙领导的宁夏起义军并肩迎战。
同治八年（1869年）夏，刘松山率老湘军进逼灵州地区，所到之处，对回族军民实施大屠杀，并派军队和强迫汉民抢收回民的庄稼。对于湘军这些野蛮行为，就连督办甘肃军务的穆图善和绥远城副都统定安等都感到做得过了头，担心会引起更加严重的后果，因而急忙分别上疏，指控刘松山的湘军在金灵地方“不分良莠，肆行杀戮，以致降回疑惧，陷城掠粮”，“激其走险，恐难收拾”。马化龙被迫再次领导广大起义军进行自卫反击，当时从金积堡保卫战的战略上考虑，再次占领灵州城，并派陕西回军马彦虎、李正荣等部南下攻打固原州城，以牵制清军的行动，并邀陕西回军白彦虎、马生彦等部驻守金积堡一带，准备与清军展开金积堡决战。不到一个月时间，清军刘松山、雷正绾、周兰亭、简敬临、张福齐等各路大军均已进逼金灵地区；金顺、张曜也控制了河西地区，第二次形成对金积堡夹击的态势。起义军为保卫大本营，保卫自己的家园，在金积堡保卫战中，人不分男女，年不分老幼，教不分老新，全民动员，堡寨为战，村户为战，人自为战。经过不到两个月英勇顽强的战斗，于次年二月十四日，把清军宁夏战场的最高指挥官刘松山击毙于阵前，打退了清军的攻势，取得了金积堡保卫战的首战大捷。左宗棠又保荐刘松山侄儿刘锦棠接统湘军，全权指挥宁夏战场。刘锦棠为报家仇，对金灵回民进行了更加残酷的镇压和疯狂的屠杀。但是，在起义军的坚决抵抗下，清军接连受挫，清廷气急败坏地给左宗棠以“降三级留任的处分”，指责他“统厚兵、授重权，每年耗银八百万两，时至今日，连区区金积堡一隅之地亦久攻不下。照此下去，竭尽东南数省之脂膏，年复一年耗此钜帑，岂能日久支持”。还要他“扪心自问，实负朝廷重托”。左宗棠不顾一切，严令清军限期拿下金积堡。同治九年（1870年）十月初，清军艰难地攻下金积堡周围大小堡寨一百多处，完成了对金积堡的四面合围。数万清军所围攻的金积堡城，周长不到五公里，城墙壁高四丈，厚约三丈许，四周环濠，堡中有堡，名叫“堡生堡”，是马化龙的指挥部。此时，陕西回民起义军或南下河州，或投降清军，堡城内的起义军人数有限，老弱伤病和妇孺居多，而且被围困日久，粮草断绝，“人皆以树皮、草根杂以牛皮、死尸为食”，但仍然拆毁房屋，以“木石纷投，间以火球（用乱麻杂草为球浸以油），以致倾倒热汤、麦粥和锅碗盆缸、箱柜桌凳等，甚至以死尸投击”，视死如归的惨烈之状人间罕见。为了挽救堡内同胞的生命，马化龙于十月十一日自缚到刘锦棠大营请降，“恳求曲宥族众”，愿“以一人之身抵罪”。左宗棠立即密陈朝廷，认为“马化龙稔恶三世，从宽必滋后患”，应“立杀无赦”。朝廷也认为“该逆狼子野心，屡降屡叛，此次如有乞降情事，恐系缓兵溃围之计”，不能“堕贼诡谋，致贻后患”。
同治十年正月十三日（1871年3月3日），刘锦棠将马化龙父子亲属22人凌迟处死于吴忠堡北门外四旗梁子（今宁夏吴忠市利通区文卫北街），后人为了纪念马化龙，称他为“十三太爷”。同时被杀害的还有马化龙亲族1800余人。（王根明）
白彦虎——民族英雄，异国求生
白彦虎（1840～1882年），陕西泾阳人（一说据俄文资料为陕西长安人），早年习过武，当过兵，是清朝同治年间西北回民自卫起义斗争中坚持到最后的首领。
回族的很多先人是由中亚沿丝绸之路从陆路来华的，所以我国西北地区有较多的回族群众居住。清政府统治时期，对西北少数民族聚居地偏重于军事控制，并歧视各少数民族，再加上这一带自然条件较差，所以西北地区的回族群众受到的政治、经济等各方的压力更大，与全国各地相比，这里的阶级矛盾、民族矛盾更为尖锐。
1851年，爆发了太平天国农民起义，接着，豫、皖、鲁一带的捻军起义和云南的杜文秀领导的回民起义相继爆发，斗争烈火遍及长江、淮河流域和黄河中下游地区。这些农民起义，直接或间接地对西北地区产生了影响，第一，清政府为镇压农民起义，加紧从各地包括陕甘一带筹措军费，加重了人民群众的负担；第二，东南地区农民起义鼓励了西北地区回族民众为自己生存而起来斗争，特别是1862年即清朝同治元年，太平军由河南进入陕西，陕西回民因在汉回冲突中受到官府歧视和压制而终于爆发了武装起义。从陕西到甘肃（包括今甘肃、宁夏和青海东部地区）直至新疆，掀起了起义斗争浪潮，一支支回民起义队伍像一簇簇火焰，燃遍了西北大地。
白彦虎是陕西西安府回民起义的首领之一，他勇敢善战，多次指挥起义军作战，给清军以重创。
1863年，清政府派钦差大臣多隆阿到陕西镇压回民起义军，多隆阿施展诡计，假意与起义军进行和谈，却乘起义军不备，发起突然进攻，起义军经过一番苦战，撤往风翔。第二年，即1864年，白彦虎率部与其他几路起义军又撤到甘肃庆阳府一个叫董志塬的地方，并在此驻扎了3年，经过整顿，把起义军组成十八大营，其首领称为元帅，白彦虎是十八元帅之一。这期间，西路捻军张宗禹部进入陕西，白彦虎等曾率起义军南下，配合捻军作战，共同抗击清军。这说明，清朝统治者是汉回各族人民群众的共同敌人。
1868年，清政府在镇压了太平天国、捻军和杜文秀起义军之后，得以用更大的兵力来镇压西北回民起义军，并派镇压太平天国的主要将领左宗棠任陕甘总督。左宗棠具有作战经验，他到任后改变过去“剿抚兼用”的方针为以剿为主，大开杀戒。从左宗棠到陕西，西北各路回民起义军处于劣势，除了实力较弱外，起义军的各路首领只是出于自卫，争取生存，缺乏远大的政治目标，其中马化龙是一位重要起义军领袖，他所希望的就是清政府能派来“贤明长官”，使回族同胞的生活处境好一些罢了。他说过“我不想当皇帝”，表明他没有政治目标，他是在求“抚”不得才坚持武装斗争的，当他固守金积堡陷于粮尽援绝之时，只身往清营投降，想以个人生命换来部众的安全。结果，马化龙父子惨遭凌迟处死，抗清战士被杀1800多人。1872年，甘肃另一位回民起义首领马占鳖以军事获胜为资本，请求清军招抚，虽然起义军军民避免了被杀害，他和其部众被收编，转而帮助清政府去攻打别的回民起义武装。
白彦虎对清政府尤其对左宗棠不抱任何幻想，所以，他坚定不移地战斗下去，他原来所在的十八大营，后来合编为四大营，他仍为其中一路的元帅。当清军围困金积堡时，白彦虎曾主动向清军攻击，以配合金积堡起义军的作战，当金积堡等处起义军失败之后，白彦虎势单力薄，一边力战，一边退却，退至西宁后，联络马桂源等部回民起义军抗击清军的进攻，与清军相持两个月，经过大小50余战，西宁才被清军占领。白彦虎率领余部和眷属，—共3000多人，冒着风雪严寒，继续向西撤退。左宗棠则下决心除掉白彦虎，指挥军队穷追不舍。1873年，白彦虎率部退至新疆境内，并像往常一样，且战且走，不死守一地，与清军周旋。
当时，新疆的形势非常复杂，来自境外的阿古柏，趁新疆回民起义之机，乱中扩充势力，逐步控制了新疆，宣布建国称王；英俄两个国家都想趁机分别从南北两个方面向新疆扩充势力。新疆的大片领土面临被分割出去的危险，白彦虎率部到达新疆，联合阿古柏，共同迎战即将入疆的左宗棠指挥的清军。
1876年，左宗棠镇压西北各地回民起义的战事接近尾声，他受清廷之命，进军新疆，驱逐阿古柏，同时消灭白彦虎率领的回民起义军。这时候战争的性质已不同于以往，左宗棠进军新疆同阿古柏作战，是为了收复国土，维护国家的统一，白彦虎及其部众为了生存继续与清军作战，客观上起到破坏国家统一的作用。
经过几番战斗，左宗棠指挥的军队取得了进展，第二年即1877年，阿古柏被部下杀死，他所建立的王朝也随即灭亡，英俄分裂我国疆土的企图也就失败了。这时，白彦虎又成为—支孤军，在清军追击下，白彦虎凭其机智勇敢，且战且行，最后逃出国境，进入俄国的吉尔吉斯地区，他和部下在那里定居下来，因为当地居民同样信奉伊斯兰教，白彦虎一行没有受到歧视。白彦虎于1882年病故，终年41岁。其随行人员在当地繁衍生息，成为一个有数万人的群体，被称为东干族，他们仍自称“回回”。
西北回族的反清斗争，具有强烈的反对民族压迫的性质，同时也具有反对封建统治的性质，在这一斗争中，白彦虎率领的一部分起义军坚持斗争十几年，始终没有向敌人屈服，表现出他们反封建的决心和顽强的斗争意志。1891年，俄国学者格鲁姆—格尔日马依洛写道：“白彦虎是一位不屈不挠的反封建勇士”（1891年俄国《历史笔记》第五、六期合刊第630页）。（黄清海、史作杰）
马福禄——为国捐躯，子承父志
马福禄（1854～1900年），字寿三（又为寿山），甘肃河州（今临夏县）人。清光绪年间，在反抗八国联军侵略的战斗中，为国捐躯。
马福禄幼年师从康泰学治经史，他体格魁梧，气力过人，读书之余常习练武艺。年稍长即弃文从武，并以善骑射闻名。他素怀报国之志，常对人说：“国势凌夷，强敌环伺，非武无以挽救。”
1875年，马福禄乡试武场第一名，考取武举人。1880年，赴京参加会试，因骑射娴熟，考中头名，但在参拜光绪皇帝时，因不谙礼节，而被降格为赐进士，留京充当皇帝侍卫。不久，马福禄以乞养亲老为名，辞归故里，在家闲居。
1894年，偕弟马福祥编练团勇“安宁军”，随官兵镇压过反清农民起义和河湟反清义军。事平，擢升为总兵，后又率其简练军进入京师附近，驻防正定（今河北省定州）。
