他的教育思想的核心一是维护学术自由、教育特别是大学独立；二是大学工作必须以学术为中心。这本来是办大学的常识，但在国民党的专制统治下，维护这些原则是非常艰难的。1949年国民党败退台湾后，变本加利践踏大学独立和学术自由的制度，肆意逮捕师生。他挺身而出，不准军警随意入校捕人。国民党政府下令实行联保制度，一人因政治思想“不纯正”被判罪，其他人要连坐。面对这样极端反动摧残思想和学术自由的制度，傅斯年愤慨地对国民党当局声明，台大师生由他一人担保，发生问题，他负全部责任，从而迫使这个反动制度在台大无法推行。有些人撰文攻击台湾大学优容共产党，说台大的这位、那位教师是“共产党分子或亲共分子”，傅斯年两次在报上著文反驳，义正辞严地说：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工。”这些言行，凸显了一个知识分子在国民党专制统治淫威下维护大学独立和学术自由的高大形象。与那些巴结专制统治者唯恐不及的学术官僚相比，真有云泥之别。
台湾“大炮”
傅斯年是个满腔热血的爱国知识分子。1932年5月至1937年7月，他和胡适等好友捐资出版《独立评论》周刊，评论时政，发出知识分子的独立声音。而他最为人们称道的故事是将孔祥熙、宋子文两位行政院长赶下台。《全集》中留下了这些活动的珍贵资料。
抗日战争爆发，国难当头，国民政府先后成立国防参议会（1937年9月至1938年7月）和国民参政会（1938年7月至1948年3月），作为朝野各方咨询性的参政、议政机构。傅斯年先后被聘请为参议员和参政员。他不愿像御用文人那样讲“好听的空话”，一再猛烈抨击腐败官员，赢得“傅大炮”的美名。
1942年国民党政府利用美国贷予的5亿美元，提取1亿美元为准备金，发行“同盟胜利美金储蓄券”，规定按20元购买1美元储蓄券，抗战胜利后凭券兑换美元。当时美元的黑市价已经是110元兑1美元，孔祥熙一面下令停止出售美元储蓄券，一面则由其部属出面，利用职权将尚未售出的350万美元储蓄券按官价购进，归入他的私囊，还有799．5万美元的储蓄券则由中央银行其他人员购进私分。
1943年，当国民参政会参政员傅斯年提出质询，监察院院长也提出弹劾时，蒋介石竟一面利用新闻检查制度封锁新闻，一面通过他的侍从室拿走全部材料。蒋介石派遣侍从室主任陈布雷说服傅斯年，以国家利益为借口，力图把丑闻隐瞒下来，说一旦公开腐败案，日后恐再难得到美国的支持。蒋介石还请傅斯年吃饭，极力拉拢，冀图让傅斯年相信，他会认真处理此案，蒋的真实意图是不了了之。此事一拖再拖，经过傅斯年等人反复抗争，直至1945年，才迫使孔祥熙下台。
接替孔祥熙出任行政院长的宋子文同样是个大贪官。傅斯年在1947年1月3日出版的《观察》杂志上发表题为《论豪门资本之必须铲除》的文章，尖锐地指出：“今天的官僚资本当然推孔宋两家”，“古人说‘化家为国’，现在是‘化国为家’。”“他（宋子文）的作风是极其蛮横，把天下人分为两类，非奴才即敌人。”在如此猛烈的大炮轰鸣声中，蒋介石立即在1月15日又一次请傅斯年吃饭。傅斯年毫不客气地对蒋介石说：“宋与国人全体为敌，此为政治主要僵局之一。”接着又在2月15日的《世纪评论》上发表题为《这个样子的宋子文非走不可》的文章，各地报刊立即纷纷转载，轰动全国。在列举宋子文的各种胡作非为后，他说：“我真愤慨极了，一如当年我在参政会要与孔祥熙在法院见面一样，国家吃不消他（宋子文）了，人民吃不消他了，他真该走了，不走一切垮了。当然有人欢迎他或孔祥熙在位，以便政府快垮。‘我们是救火的人，不是趁火打劫的人’，我们要求他快走。”在强大的舆论压力下，宋子文只好黯然下台。
对学术事业的贡献
傅斯年有学术心，也有学术事业心。他回国后在中山大学教书，不久就在中山大学创办“语言历史研究所”。这是1927年秋天的事，他到中大教书才半年。1928年10月，傅斯年又在中山大学语言历史研究所的基础上，筹备建立了中央研究院历史语言研究所。成立后他即任所长，一直到1950年去世。他的社会、政治职务千变万化，名堂甚多，史语所的所长职务是一直担任到底的。
他以史语所为基础，对中国近代学术事业作出很大贡献。
为近代中国学术事业培养了一大批优秀人才。首先他拉了一大批著名学者到史语所领导研究工作。如：陈寅恪、徐仲舒、赵元任、李方桂、罗常培、李济、董作宾、梁思永。1927—1937年是史语所的鼎盛时期，傅斯年收罗很多人才到史语所来。其中不少人后来成为大家，如：陈槃、石璋如、丁声树、劳幹、胡厚宣、夏鼐、周一良、高去寻、全汉升、邓广铭、张政烺、傅乐焕、王崇武、董同和、马学良、张琨、逯钦立、周法高、严耕望等等。这些人或多或少都受过傅斯年的培养，都或多或少继承了他严谨的重材料、重考证的学风。
抢救、整理明清档案。清朝内阁大库的档案，内有诏令、奏章、则例、移会、贺表、三法司案卷、实录、殿试卷及各种簿册等，是极珍贵的第一手历史资料。从晚清宣统元年（1909年）国库房损坏搬出存放后，几经迁徙、几易主人，潮湿腐烂、鼠吃虫蛀，损失极为严重。其中一次主管者历史博物馆以经费缺乏，曾以大洋4000元的价格将此8000麻袋总计15万斤的档案卖给造纸商拿去造纸。著名考古学家马衡大声疾呼，由傅斯年呈请中央研究院院长蔡元培先生做主，才以1．8万元将这批几乎要进造纸厂的档案买下，然而已由15万斤减为12万多斤，少了2万多斤。抢救下这批十分珍贵的档案材料，傅斯年是有大功的。
科学发掘河南安阳殷墟。傅斯年极重视史料和新史料的获得。他在《历史语言研究所之工作旨趣》中说：“（一）能直接研究材料，便进步；凡间接地研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细密地参照所包含的事实，便退步……（二）凡一种学问能扩张他研究的材料，便进步，不能的便退步。”他重视清档案的抢救整理和殷墟的发掘，目的都在取得新材料，扩张新材料。他有一句名言：“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西。”
在傅斯年领导史语所的同仁科学发掘河南安阳小屯殷墟之前，殷墟甲骨片的出土已有30多年的历史。19世纪末叶，安阳一带的农民在耕地时偶然发现了一些甲骨片，药材商人便当做龙骨来收购。金石学家王懿荣看到这种甲骨片，认识它的价值，便多方购求，此后逐渐引起学者的注意。19世纪末和20世纪初，先后出版了刘鹗的《铁云藏龟》、孙贻让的《契文举例》、罗振玉的《殷墟书契》等。其后，王国维利用甲骨文研究商朝历史，写出《卜辞中所见殷先公先王考》和《殷周制度论》等名作。
这一来，小屯殷墟出土甲骨出了名。古董商、药材商蜂拥而至，他们一面搜购，一面聚众私掘。外国“代表团”、“考古家”，也都进来高价购买甲骨，殷墟现场受到严重破坏。
傅斯年对此听在耳里，看在眼里，遂呈请中央研究院院长批准，由史语所考古组正式组织人员去小屯发掘。开始困难重重，一些人的地方主义、利己主义、风头主义一时俱来，他们阻挠发掘或强制停止发掘。傅斯年亲到开封（当时河南省政府所在地），上靠南京政府的权威，下依河南开明人士的支持，也靠傅斯年的办事才干，人事关系才得疏通好，发掘工作才得顺利进行。
从1928年到1937年的10年时间里，殷墟发掘大小共进行15次。傅斯年在百忙中，数次亲到小屯视察指导。规模最大的一次发掘是第13次，时在1935年夏。傅斯年偕同法国汉学家伯希和来到安阳。石璋如回忆说：“那时是殷墟第13次发掘，所用人力在三百人以上，为殷墟发掘以来规模最大的一次。也是中国的考古工作在国际间最煊赫的时期。约在五月中旬，气候已经相当的热了，他和法国的东方学者伯希和先生到达安阳……伯希和先生对着那样伟大的陵墓，那样排列整齐的小墓，那样大量并精美的灿烂的器物，在孟真所长面前，不断的惊讶和赞叹！”“九·一八事变”以后，日寇侵我形势日急，殷墟发掘被迫停止下来。
在中国近代科学考古史上，傅斯年是第一功臣，这是他对中国学术事业的大贡献。
傅斯年是北京大学培养出来的，对北大特有感情，在他一生的事业中，对北大也是特有贡献的。
20世纪30年代是北大辉煌的盛世，教授阵营盛极一时，名家胡适、傅斯年、钱穆、陶希圣、孟森、汤用彤等都是北大教授，陈寅恪等都在北大讲课。当时蒋梦麟是北大校长，但推动北大盛世出现的却是胡适、傅斯年，尤其是傅斯年。蒋梦麟回忆说：“当我在民国十九年（1930年）回北京大学时，孟真因为历史语言研究所搬到北京，也在北京办公了。‘九·一八事变’后，北平正在多事之秋，我的参谋就是适之、孟真两位，事无大小，都就商于两位。他们两位代北大请到了好多位国内著名的教授，北大在北伐成功以后之复兴，他们两位的功劳实在太大了。”
傅斯年对北大的第二次贡献，是在抗日战争胜利之后。
抗日战争胜利后，国民政府任命胡适为北大校长。时胡在美国，回国之前，北大校长由傅斯年代理。从敌伪手里接办北京大学，有很多棘手问题，如对日本统治下的北京大学的教职员如何处理便是一个问题，傅斯年决定一个不用。他给夫人俞大彩写信说：“大批伪教职员进来，这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣根。”把困难解除，把“天下”扫平，为胡适回校铺好道路，这是傅斯年做代理校长以报胡适的决心。他给夫人的信又说：“实在说在这样局面下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”
自由：不是为了反自由
傅斯年，新文化运动和“五四”爱国运动的风云人物，一个敢说敢骂的山东汉子。他在新文化运动中拥有重要的地位。
一是组织新潮社和办《新潮》杂志。胡适后来曾在《中国文艺复兴运动》一文中说：“《新潮》杂志，在内容和见解方面，都比他们的先生们办的《新青年》还成熟得多，内容也丰富得多，见解也成熟得多。”尽管公平地说，就社会影响而言，《新潮》仍是《新青年》之下的第二提琴手，但作为《新潮》杂志的主任编辑，傅斯年对这份杂志的贡献是巨大的。
第二件大事是领导了5月4日的爱国大游行。当天上午13间学校筹备游行示威的会议是傅斯年主持的。下午2点半左右开始的游行，总指挥是傅斯年。他扛着大旗走在队伍前列，后来也是他率领队伍冲到赵家楼。出人意料的是，第二天他就坚决退出学生运动。然后他就出国留学，一去就是7年，直到1926年秋才回国。
傅斯年第二次同学生运动遭遇是在1927年。1927年的广州，正是学生运动风起云涌的多事之秋：中山大学左右两派学生势同水火，4月政变以后，执政当局横暴地捉拿学生。当时，傅斯年在中山大学任教授，兼文科主任（文学院院长）和中文、历史两系系主任。
第三次是1935年的“一二·九运动”，当时傅斯年是北大的兼职教授，是坚决支持抗日的。
傅斯年面对的第四次学生运动高潮是在1945年至1946年代理北大校长期间。
最具典型意义的是他对1945年学潮的处理。
傅斯年在给夫人的一封信中写道：“11月25日，学生有会，地方当局（关麟征、李宗黄、邱清泉）禁止，学生仍开，遂在校外大放枪炮，幸未伤人，次日罢课。学校当局一面向地方当局抗议，一面劝令学生复课。乃李宗黄（代理主席）所组成之‘联合行动委员会’竟于12月1日派大队人分五次打入联大，两次云大。其中一次……死者四人，锯去大腿者一人……此外重轻伤十余人，此等惨案有政治作用者岂有不充分利用之理？四个棺材一条腿，真奇货可居，全昆明闹得不亦乐乎……我对于李宗黄等之愤慨不减他人，同时也希望学校能恢复常轨。”“总括说：（1）地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀，关麟征代人受过。（2）学校内部有好些不成话之事。”
从这封信中可以看出他对这些事件的态度：他敢于对抗当局的横暴，救助学生，显示了自由知识分子的本色。但反对学生陷入政治斗争，力求维护学校的正常教学秩序。
这是傅斯年的一贯思想。他念念不忘1926年中山大学的整顿，认为在结束学校混乱状态、改进教学等方面的确起过良好的作用。更重要的是，他的意见体现着胡适派知识分子对“五四”以来中国学生运动的反思。
他们认为，学生干预国事是政治腐败造成的，是关心国计民生的正义行动。但是，频频发生的学生运动已经出现不正常的现象：动辄罢课，学业损失太大，对大学和国家学术文化发展不利，学生不应沦为党派斗争的工具。有些学生集会不尊重少数人的权利，不尊重他人的自由，不准反对自己意见的人发言，甚至发展到把与自己观点不同的报馆烧掉，把政敌的房子和家具烧掉，这就已经脱离民主、自由和法治的正轨，转化为暴民专制。
