中兴时期的水利工程是多种多样的。有些水库，由于要从很远的地方拉运石头，所以花费较高。沿海省份为了防止海水淹没农田，不得不修筑拦海大堤。为福州造船厂修筑的拦海大堤则不是用来保护农田，而是用来保护原料仓库的。清政府还投入了大量的人力和物力，修建了一项不太重要的水利工程，以防止御花园和陵墓附近的洪水。
当然，人们最关心的是如何防治海河和黄河的经常性破坏。1866年，一本提议将海河流回到它的旧河道去的书的刊印引起了人们的极大兴趣。第二年，此书的作者，一个名叫丁显的人，劝说管辖淮河流域的官吏们[27]，设立一个总的衙门，以负责淮河的治理工程。
如同中国历史上的其他时期，中兴时期的最大治水问题是治理黄河。19世纪初，黄河像它多少世纪以来所流经的那样，是经南道而泻入山东半岛之南边的大海的。人们虽然注意到了河床在严重增高，但没能引起应有的重视。1851年到1855年间，黄河数次向北道移动，其结果造成了巨大的灾难，无数肥田沃土被冲毁，军事交通线被切断，大运河变得十分危险，甚至许多河段不能通航。
中兴初期，地方官员花了很大力气来降低河床，重筑河堤。1864年，谭廷襄和御史胡家玉上奏议，陈述不惜代价扩大此项工程的重要性。1866年，其他地区的洪水过后，山东巡抚阎敬铭实施了一个规模宏大的水利工程计划，利用从灾区来的难民充当劳动力。这个计划后来由丁宝桢继续实施。
那些年间刊印的奏议和报告表明，人们对治理黄河的重要性以及需要一个协调的宏伟规划的认识在逐步加深。1871年初，直隶总督提出了一个跨省合作的计划。这年年底，曾国藩又提出了一个将黄河引回到南道去的总计划。同时代的外国观察家们认为，曾国藩的计划大胆而可行，并发现它“与中国政府及其他官员通常表现出来的那种冷漠相比，令人耳目一新”[28]。
凭借自己在朝廷和地方任职的经历以及对各个方面的影响，曾国藩在寻求一种新的协调方案，这一方案将使中央的最终控制权与地方的自主权、责任感协调一致起来。清初，通过建立一个有实权的管理跨省的多功能水利工程的衙门，提高了黄河河道总督的权威。[29]但在中兴时期之前的几十年间，由于该职务的许多职权被直隶、山东和河南等省的督抚所接管，其重要性逐渐减弱。既然“目前东省临黄，皆属民堰，已无官工”[30]，因此，中兴时期要求废除河道总督的呼声颇为高涨。
曾国藩的折衷努力失败了。清政府没有采取任何措施防止1867—1868年的特大洪水。曾国藩提出的治理黄河的杰出计划，只是昙花一现，便石沉大海。这一计划在表面上从来没有被拒绝，但也没有被执行。这可能是由于镇压捻军需要增加军费开支。治理黄河的河道总督是不可能与军队争抢经费的，只好暂停活动。治水工作只得断断续续地进行。[31]
土地税改革在中兴时期的经济政策中，田赋和漕粮制度的调整，对于国计民生来说，其重要性仅次于耕地面积的恢复和扩大。这项改革虽然主要只涉及田赋，但在同类的法令中也牵扯到了与漕粮有关的许多问题。漕粮的定额，像田赋的定额一样，在许多地方都太高，迫切需要减轻。漕粮和田赋的征收超过规定数额的现象也很普遍，大户往往利用权势，胡作非为。田赋和漕粮的征收效率很低，也很难对它进行核查和监督。此外，漕粮还存在着运输方面的特殊问题。
中国的史籍都把江苏土地税的减少算为中兴时期的几件大事之一。然而这绝不是土地税减少的惟一例证：全国的土地税估计减少了30%。[32]只有减轻其土地税，并且更公平地分派其负担，政治的稳定才能得到充分的保证，这是中兴时期所公认的结论。
1723年，土地税和人头税合并成单一的地丁银。不久，如前面指出的，又通过“上谕”，使地丁银的数额固定下来，并宣布永不增加。然而，土地的“特别”税几乎同时开始征收。咸丰初年，开始征收一种声名狼藉的“田赋附加税”，这种附加税与清政府自己许下的“永不加赋”的诺言是相矛盾的。
随着太平天国和其他叛乱的蔓延，清政府的土地税收入由于它管辖范围的缩小和交通的阻断而急剧减少。例如，贵州藩台就报告说，自1854年起税收逐渐减少，最后府库已空空如洗。在此情形下，那些仍为清政府控制的地区则担负起更沉重的苛捐杂税。
中兴时期的政府对这种危险的局势特别警觉，对地方上的负担也很敏感。基于紧急需要，赋税被广泛减免。日复一日，年复一年，“上谕”不断地给那些遭受水灾、旱灾和战争破坏的地区以仁慈的赋税豁免权。虽然，希望减免赋税的请求通常出自受灾地区，但北京政府有时也主动提出减少灾区赋税，或拒绝同意灾区官员的征税请求。
更重要的是，一些地区的地税率也被减轻了。胡林翼带头减轻了湖北的土地税。1864年春，巡抚阎敬铭废除了山东的土地附加税。马新贻为浙江金华府争得了赋税减免权。左宗棠为绍兴和宁波以及杭嘉湖地区、瑞麟和蒋益澧为广州也减轻了税额。
江苏地税的减轻集中反映了中兴时期的农业政策，更确切地说是近代中国保守主义的农业改革的一般成果。这个省的所有州县的税额差不多都逐步有所减轻，最为显著的例子是减轻苏松太地区的土地税。清政府认为减轻该地区的土地税如此重要，以致减税的“上谕”是用一天500里的速度——通常给前线军队的紧急命令才用此速度——送去的，并且是在特别的夸耀声中宣布的这份“上谕”。
在长江流域，尤其是在苏松太地区，许多世纪以来，土地特别税一直在持续和不合理地增长着，但在1820年以前，这种增长并没有引起任何公开的反对。兴隆的蚕丝生产增加了这一地区的财富，此外，当时驻扎在附近的八旗部队也能有效地维持社会治安。然而，由于道光年间农村经济的凋敝和八旗部队的腐败，发生了民众的骚乱，征收全部赋税也变得日益困难起来。既然这一地区受太平天国叛乱的破坏最为严重，因此中兴时期的清政府也就不得不对这一地区采取一些迅速而又优惠的补救措施。
减轻苏松太地区过高的税额的建议首先是由光禄寺卿潘祖荫和御史丁寿昌提出来的。他们用典型的中兴时期的措词极力主张新的税率必须符合时势，必须对国家和人民都有利。李鸿章和曾国藩以这一地区税率过高和遭受破坏特别严重为理由，上奏支持潘祖荫和丁寿昌的建议。大量的并且还在不断扩大的国有地（此地享有免税权）的存在，更加重了这一地区的赋税承担者——土地所有者——的负担。1863年7月7日的“上谕”，原则上同意了减税的建议，并设置了一个专门机构来负责拟定具体方案。
在减轻江苏土地税的问题上，最富有政治和经济洞察力的要算冯桂芬了。正是他坚持要实实在在地减少基本税额的三分之二，也是他对乐观的一般改革法令和具体的切实可行措施进行了认真的区别。
清政府经常怀疑减轻赋税的法令可能得不到执行。这种怀疑是正确的。北京宣布，减轻人民实际交纳的税额比减轻法定的税额更为重要。当时有些土地不用纳税[33]，而有些土地交纳的赋税则比法定的数额多得多，这些超过的部分都落入了征税者的私囊。丁日昌发现衙门胥吏谎传法定税率，便张榜公布税率，遏止舞弊行为。
征税中所存在的弊端是很难发现和纠正的，因为征税者不是帝国的官员，而是本地的里长甲长。在里甲制度中，当地豪族左右一切。当然，里长甲长并不是完全独立的，他们征税须经地方官员的授权，并被告知要防止大户逃避他们应承担的赋税。在此问题上，不是革命者，而是清政府自己指责大户对赋税的垄断。
由于近代中国保守的土地改革的失败，人们很容易低估中兴时期所取得的成就的特殊意义。长江流域6省的土地税每年减少了1000万两。这有利于人民的生计和农业恢复计划的实现。同时，国家在这几省的赋税收入也因打击了贪污中饱而得到了保证。因此，无论对国家的税收，还是人民的福利都获益不浅。
然而，中兴时期为给近代中国建立一种切实可行的土地制度的改革努力却明显的失败了，因为在繁荣和稳定了二三十年后，老的问题又重新出现，并比以前有过之而无不及。导致失败的原因有以下几个方面：
（1）法律起草得不够完善。各种苛捐杂税未得到整顿。税收上交给政府时最终折成白银，但银价在继续上涨，使改革的好处被部分抵消。
（2）冯桂芬提出的有系统的丈量全国土地并确定纳税等级的建议——赫德也单独提出过——没有被采纳。
（3）中兴时期的土地改革计划，像这一时期的其他计划一样，其效果依赖于有能力的官员。由于中兴领导者们崇尚“强人”政府，而不是考虑建立非人格化体制，即无论什么人供职都能合理地运转的体制。在中兴初期，当那些拥有巨大个人权威的官员能使自己的命令被狂热地一直贯彻到州县一级的时候，现有体制还能顺利运转。遗憾的是，犹如中国历史上的其他时代，人才荟萃的时期极其短暂，随后的几代官僚都是一些平庸之辈，他们那更不合时宜的命令很容易为中国的官僚体制所搁浅。
（4）中兴时期的土地改革计划的致命弱点，是没能处理好日益严重的承租人和大户滥用他们的地位问题。实际上，每一个官员所关心的是依据公正和法定的税率向“土地所有者”征税的方法。[34]只有冯桂芬看到了减轻地租的紧迫性。1863年那道减轻苏松太地区税额的“上谕”，就根本没有提及佃户。1865年，由于冯桂芬的坚持，减轻了江苏3个县的地租，但很明显，这仅仅是一种例外。[35]
对传统商业的态度
中兴时期的土地计划尽管有局限性，但毕竟是一个全面的纲领。它包含了生产与分配，农民收入与国家税收，长期利益和短期利益。然而经济中的非农业部分被认为是寄生的赘疣，经济上无足轻重，而于社会和政治都十分有害，因此连一个总的计划都没有。从事这些职业的人虽然也是百姓，并且也有资格蒙受一点儿皇恩，但这些职业本身却得不到任何奖励和保护。如果国家能截留其部分财富，那是好事情，因为这样可以转嫁农业的一大部分赋税负担。如果这种截留能堵塞其财源，那就更好了。一切有可能影响农业繁荣的情况都受到认真的考虑，但那些有可能影响贸易和工业发展的情况则从来没有作为问题提出来。在中兴时期的清政府看来，厘金、鬻官、贷款和食盐专卖，几乎不过是轻易榨取私人财富的手段。
厘金和其他商业税清初商业税很重，但从康熙开始，为了获得其异族臣民的忠诚，商业税和农业税一道逐渐被减轻了些。然而，随着19世纪中叶政府开支的上涨，增加商业税就成了重要的补救措施。
最重要的商业税是臭名昭著的厘金，它最初由清帮办江北大营军务大臣雷以诚于1853年在扬州一带开征，1854年清政府批准在整个江苏征收，到1857年已在全国大部分地区实行。厘金的收入主要供清军镇压太平天国之用，其数量大约占军费总开支的三分之一。
厘金名义上是一种商品销售税，但由于运输中的或转运他处出售而尚未出售的货物也经常被征税，因此，同一商品多次被征税的现象十分普遍。与传统的税收不同，厘金由地方和各省官员征收和使用，没有建立起一套系统的申报制度。
对厘金的抨击几乎从开始征收时就出现了，批评的主要理由是它缺乏必要的监督，鼓励了贪污中饱。1861年，户部曾作过第一次也是最后一次的努力，试图建立起一套监督全国厘金征收情况的制度。但它宣布的申报程序并没有遵照执行，全国只有一两个省汇报了征收情况。后来很少再进行改革的尝试。
南京收复后，要求取消厘金的呼声日益高涨，因为南京的收复似乎预示了减少军费开支之时代的到来。要求取消厘金的主要发言人是老资格的都御史全庆。他指出，所有特别的战争税都已弊端丛生，朝廷不可能建立起有效的控制，而且也没有继续征收的必要，因为随着和平的到来，传统的赋税就能提供充足的财政收入。全庆也表达了他对广州等地区有越来越多的民众反对厘金的忧虑，这些地区的商业利益是很显著的。
厘金的辩护者们并不否认这些指责，他们也从来没有把厘金看成是常规税，并且认为一旦它所提供的收入能够节省就应取消。他们只是争辩说，厘金的收入仍必不可少，需要做的不是取消厘金，而是努力制止它的严重弊端。
一般认为防止税卡的大量设立对于消除弊端是很重要的，因为这些税卡很难以管理。骆秉章和毛昶熙指出，只要给省而不是给县以征收厘金权，其弊端就可得到限制。依据这类意见，1864年8月31日的“上谕”，命令取消所有小税卡，同时加强对主要税卡的管理，直到军事形势允许将它们全部取消时为止。
