1946年7月，罗荣桓出席东北局在哈尔滨召开的会议，会后因病情严重，决定赴莫斯科治疗。8月上旬，罗荣桓乘火车到达莫斯科。苏共中央联络部派联络员到车站迎接，安排他们罗荣桓一行住进莫斯科大旅馆。此前，王稼祥和夫人朱仲丽也从张家口来到莫斯科治病，同住在一个旅馆里。分别多年的老战友在异国重逢，格外高兴，一连几天谈天叙旧，兴致勃勃。休息几天后，罗荣桓住进了克里姆林宫医院。王稼祥也因在国内作放射治疗，皮肤被灼伤而住进这所医院。他们二人同住一间病房。
经过四天全面的身体检查，医院给罗荣桓做了手术，切除了长了肿瘤的左肾。不料由于刀口缝合不好，伤口破裂，引起大量出血，不得不再做缝合手术。
医生看他头上满是渗出的汗珠，紧咬下唇忍住疼痛，一声不哼，翘起拇指连声赞他是“真正的英雄”。
1947年3月，医院复查认为罗荣桓的肾功能仍有问题，同时还有高血压和心脏病，建议他去克里米亚疗养。罗荣桓夫妇正收拾行李，准备南下，苏方联络部人员心情沉重地告诉罗荣桓，国民党占领了延安。
当时，苏联人都把延安看成是中国的莫斯科。在苏联的卫国战争中，莫斯科没有沦陷，苏联人为此颇为自豪，因此，有些人把放弃延安看成是严重事件，甚至说，丢了延安是中国党的错误。罗荣桓不这样看，他认为放弃延安绝不意味着中国革命的失败，而只能是新的更大胜利的开始；今天失掉一个延安，明天将会得到全中国。但是中国的命运、延安的命运毕竟与他的生命已融为一体，他的心早已飞回了中国的战场。他婉言谢绝去南俄疗养，决定立即回国。苏方医务人员劝说无效，只得在罗荣桓的出院通知书上，写下了手术后的肾功能情况，特别又增添了“心脏病、高血压”两项病变，建议休养三年，又规定每天工作不能超过三小时。
可是回到东北的罗荣桓哪里还会遵从医生的劝告，他又把全部身心投入了工作。他在回到哈尔滨的第二天就到双城去看望林彪。林彪吩咐为罗荣桓准备好在双城的住地，将原在罗荣桓身边工作的李新阶仍调回来当罗的秘书。林彪向罗荣桓概括地介绍了当时的斗争形势后，罗荣桓便开始工作。林彪又同过去一样，专管军事。而且连坐姿都没有变化：总是骑坐在木椅上，双肘伏在椅背上，面对满壁军用地图，一坐半天，天天如此。他在作战上算度很精，而对别的事，却很少过问。罗荣桓深知他这一特点，称之为“林总的重点主义”，对他充分谅解。由此而来，许多繁重的工作如政治、训练、动员、装备、后勤保障等都压在了他的身上，他便没有白天黑夜地来往于哈尔滨与双城之间，每天工作不得超过3小时的医嘱早已丢到九霄云外。
再说林月琴也是个不甘寂寞的人。罗荣桓一头扎进工作中，常不在家。林月琴照顾他的任务减轻了。她闲不住，向组织上提出，请求分配个工作。组织部想叫她到部里来工作。罗荣桓得知后对她说：“你要求参加工作是对的，但你究竟做什么工作合适，让我再考虑考虑。”过了几天，罗荣桓对她说：“现在各机关、各部队留守处都有许多娃娃，没有地方上学。你可以去办一所子弟学校，这既能解决前方干部的后顾之忧，又关系到培养革命后代，是很重要的事情。你就当这个子弟学校校长吧。”
罗荣桓说的这些情况，林月琴平时也注意到，只是自己没搞过教育，怕搞不好。罗荣桓告诉她：“这不要紧。不会可以学。办学校要有一些好教员。你可以找一些热心肠的有文化的女同志商量商量，请她们跟你一块干。”
于是，林月琴就找曾读过师范的政治部宣传部长肖向荣的夫人余慎和副司令员吕正操的夫人刘莎一块商量办学的事，决定办一所包括保育院在内的子弟学校，孩子满三岁就收，衣、食、住和教育均由学校负责，确定了要使孩子德、智、体全面发展的教育方针。随后便找校舍，购置教具营具，选调医护人员、保育人员和炊事员，培训保育员。林月琴要求学校全体工作人员要做到像孩子的父母一样关心、教育好孩子。
在林月琴、余慎、刘莎等人的积极操持下，学校很快开了学。许多人闻声都将自己未成年的孩子送来了，因为这样他们生活上有人照顾，品行上有人教育，他们可以放心地干自己的工作。
这件事却引起了叶群的极大不快。她想到政委、副司令的家属都在从事这项工作，唯独把自己撇下，是何道理？她不是没文化呀，是林月琴故意这么做？其实，林月琴过去并不认识叶群。当林月琴离开延安时，叶群尚未同林彪结婚。到东北后，林月琴才同她认识。林月琴从苏联回来后，才同她熟悉起来。交往时间长了，林月琴发现叶群这个人不够诚实，不像其他姐妹那样爱说心里话。总是给人一种虚情假意的感觉。她向罗荣桓谈起过自己对叶群的印象，但罗荣桓总是说：“叶群的经历跟你不同，她在大城市待过，接触过三教九流，社会经验较多。
你同她既要搞好团结，又要保持一定的距离。”为此，林月琴在办学之初就没有请叶群参加。
可是办学需要校舍，管理部门建议用林彪、叶群即将迁出的房子当校舍。那房子很大，早先是马利诺夫斯基元帅的官邸。罗荣桓夫妇回哈尔滨后，管理部门也给他们分配了一套相当于林彪住宅的房子：三层楼，有舞厅、会客厅。罗荣桓感到房子太大，一家四口住太浪费。当时，政治部主任谭政夫妇没有子女，住一栋小楼。罗荣桓夫妇便建议同谭家合住那栋小楼。罗荣桓夫妇有孩子，较吵闹，便要求住在楼下，谭政夫妇住在楼上。谭政夫人王常德是四川人，原来也是四方面军的，同林月琴在延安党校是同学，那时学员宿舍是大通铺，两人是铺挨铺。
王常德年龄小，嗓门大，特别爱笑，林月琴便学着四川方言，叫她“幺妹子”，两人情同手足。王常德一听说林月琴要搬来和他们同住，高兴得睡不着觉，嚷嚷着要做几样四川好菜招待罗荣桓一家。
叶群知道林月琴搬家后便也提出要搬家，准备搬往马家沟。于是，管理部门便提出用叶群腾出的房屋当学校校舍。余慎等人去看了房子。此时叶群还没搬。
她听说要用此房办子弟学校时，陡然升起了一股无名火，便跑到双城向林彪告状，说罗政委带头搬家同谭政家合住，是“将”她的“军”，逼得她也不得不搬到小房子去住，而原先的大房子要被林月琴拿去办学校了……辽沈战役结束后，林月琴出席了在沈阳召开的东北妇女代表大会。会议推选出席全国妇代会代表时，在候选人名单中未列入叶群。叶群便在小组会上说，由于她是林彪的爱人，应当列为候选人。她的发言却事与愿违，好多代表都批评她这种观念不对，不赞成她当候选人。有一位代表直言不讳地对叶群说：“我们从来没有听说过斯大林的夫人当了什么代表。你这么一说，本来可以选你的，也不好再选了。”叶群没有反省自己的表现，却无端怀疑是林月琴在下面煽动的。其实林月琴同她根本不在一个组，也没听说这一组发生的事。叶群又到蔡畅那里告状。蔡畅将林月琴找来问是怎么回事，林月琴莫名其妙。蔡畅便转了一个弯，建议让叶群当上了特邀代表，并向叶群解释，此事与林月琴无关。但是，叶群执拗地认为，后台是林月琴。这两件事便成为叶群嫉恨林月琴的发端。
辽沈战役中的分歧并没影响“林罗”的关系
1947年，东北我军发动了夏秋冬三次攻势，歼灭蒋军30万人，解放了广大城乡，50万蒋军龟缩在长春、沈阳、锦州及附近据点。
为了全歼东北之敌，加快整个解放战争的进程，中央军委在1948年2月祝贺冬季攻势胜利的贺电中，明确指示我东北部队马上做好南下作战的准备。但是，当时担任东北人民解放军总司令的林彪，对中央军委的指示却全然不听，他在4月的吉林会议上，提出了“练好兵，打长春”的口号。5月间他又命令两个纵队去打长春机场，没有成功，又提出“久困长围”的口号，并决定在吉林召开师以上干部会议进行具体部署。
吉林会议于6月15日召开，林彪未出席，罗荣桓主持会议，决定对长春“采取长围久困，展开政治攻势和经济攻势，使其粮弹俱困，人心动摇时攻”的方针，并提出要发布“断绝敌人粮柴，禁止行人出入”的命令。
会上，有人问，如果老百姓出城怎么办？快人快语的刘亚楼不假思索地说：“那就睁一只眼闭一只眼。”他的话引起哄堂大笑。因为会场里正坐着两个在战争中失去一只眼睛的李作鹏和周纯全。罗荣桓示意大家安静，然后说：“对群众要收容，安置。”
不久，长春在东北人民解放军的围困下，粮源断绝。国民党军只能靠空投接济，但僧多粥少，就在市内到处搜刮老百姓的存粮，市内饿死人很多，老百姓纷纷外逃。到8月间，林、罗、刘决定，分批放出饥饿群众。
林彪决定打长春的计划报到西柏坡，毛泽东看后大发雷霆。他把燃着的一支烟在手中捻碎，对周恩来说：“又是一个将在外君命有所不受，我看他是胆子太小，2月就叫他南下北宁线，两个多月了，还是这个态度，要不然我去东北算了。”
周恩来看了一会儿电报，说：“主席，我看只能原则同意他们的计划，再次申明南下北宁线的重要性。”
毛泽东点点头：“也只好如此了。”
毛泽东回屋去，心里仍是不痛快，拿起毛笔写道：“这个弯子好难拐哟，十几次批评不顶用，这是不见棺材不掉泪。”
他想了想，又写道：“攻击长春既然没有把握，当然可以和应当停止这个计划，改为提早向南作战的计划。”最后毛泽东明确提出：“应当首先考虑对锦州、唐山作战。”
对于毛泽东的来电，林彪不在公开场合表态，仍是无动于衷。罗荣桓也多次严肃劝他执行中央指示南下，林彪不听，因为他不仅怀着“将在外君命有所不受”的思想，而更多的是自信，过去他这样干过，结果是好的，现在为何不能再来一次呢？罗荣桓对他一向以团结帮助为主，但此时东北军区和东北野战军正式分开，林彪任东北军区司令员兼东北军区政委、东北野战军司令员，大权独揽，对他的规劝根本就听不进去。
磨破嘴皮，说服不了林彪，罗荣桓只好提议召开东北局常委会讨论。
会上，林彪再次强调围困长春的方针，说目前长春粮食已十分困难，再围下去，敌人必然会突围，我们可以围而歼之。
罗荣桓说：“粮食缺乏，饿死的是老百姓！敌人有空运，粮食弹药都不缺！
我们再围下去只会浪费时间。中央军委的几十份电报都要求我们南下作战。如果我们不执行‘关门打狗’的指示，让卫立煌集团40多万人跑掉，不论跑到那里，都会给今后的全国解放增加困难。”
常委们一致拥护南下打锦州的方针。林彪无奈，只好同意给中央拍电报，汇报东北局常委会讨论的结果。可是7月22日给军委的电报发出后，他又借口粮食困难，汽油不足，西线铁路被大水冲坏等等理由，仍然按兵不动。
罗荣桓坚决拥护南下方针，他日夜忙着指挥战勤工作，想尽一切办法，在冀热辽地区准备了一亿斤粮食，足够几十万部队食用，准备了足够的弹药、汽油，准备被服，做好了后勤保障工作。可林彪仍然要等西线铁路修好才动，甚至向中央提出要华北杨成武兵团先包围大同，牵制傅作义的兵力，东北部队才能南下。
8月间，蒋介石在南京召开军事会议，确定了撤退东北、确保华中，坚持沈阳到10月底，同时制订根据时局变化撤退沈阳的方针。
军情急迫，中央军委的来电更多了，批评也更严厉了。来电指出，你们100万大军的行动怎么能取决于杨成武几万部队的行动呢？傅作义不是蒋介石的嫡系，不会认真出关增援，我军要迅速南下，否则就要贻误战机！
到这时，林彪仍是不听，他呆在哈尔滨南面的双城，坚持要等西线铁路修好后才能行动。9月7日，毛泽东亲自发来了《关于辽沈战役的作战方针》的电令，要东北解放军置长春、沈阳两敌于不顾，在9、10两个月内，歼灭锦州、榆关至唐山一线的敌人。并勉励东北部队，要确立打前所未有的大歼灭战，在长、沈亡敌倾巢援锦时，争取将卫立煌全军就地歼灭！
毛主席发来了命令，林彪不敢再违抗了，心里不乐意也只好接受。他下令叫六个纵队和三个独立师，向锦州外围进军，仍留六个主力纵队和十四个独立师，在长春、沈阳附近和沈阳以南地区徘徊。9月21日，东北野战军首脑机关离开哈尔滨，先乘火车驰向东伪装前进。晚上10点钟，列车调转火车头，向来路上飞奔，拂晓前经过哈尔滨，开上西满的轨道，加速前进。
次日上午，列车停在一个小站上。中央军委来电报指出平分兵力的部署是不对的，特别是几个主力纵队太靠近沈阳，这样，沈阳之敌就不敢出来增援，会影响第二阶段的作战计划。
林彪看着电报，皱着眉头，一脸不高兴：“又是指责、指责……没完没了！”
罗荣桓听惯他的埋怨，没有吱声。
“政委，”林彪突然问道：“你是怎么看的？”
“毛主席和中央高瞻远瞩，”罗荣桓开门见山地说，“他就是要我们迅速拿下锦州，回师歼灭沈阳出来增援之敌！应该把更多的兵力调到锦州前线，让沈阳的敌人能放心出来。”
林彪嘀咕道：“想的不错，但锦州也不是纸糊的，里面有十几万敌人，工事坚固、火力很强。万一一时打不下，葫芦岛的援兵打过来，沈阳之敌再西进，我们就要吃大亏！”
“葫芦岛和锦西的援兵，一定要堵住！”罗荣桓说，“我想叫二纵五师和三纵赶到义县，让四纵迅速南下，抢占塔山和西海口，阻击葫芦岛方向的敌人！”
“好吧！”如果不是刚看了中央的电报，林彪不会这么轻易同意的。
军车兜了个大圈子，停停走走，两天后才到达彰武车站，停在岔道上。
在彰武期间，林彪说他身体不舒服，搬到一座幽雅的大院里休养，关严了住房的窗户，拉上窗帘，整天呆在黑屋里。罗荣桓负起指挥战役的重担。
林彪在东北经常生病。他的病多半是由天气和旧枪伤引起的。一生病，他的主食几乎都被黄豆代替：煮黄豆、炒黄豆、油炸黄豆，有时装黄豆的袋子就放在桌子上，想起来就往嘴里填一把。
除了黄豆就是吃中药。林彪自己看医书，亲自开药方，秘书或警卫按方抓药，煎好就拿给林彪喝。
服完药的林彪，总是自我感觉良好。来了精神就是站到地图前，一站老半天。
10月2日上午，罗荣桓政委和刘亚楼参谋长正在研究攻城部署，忽然听见一阵刺耳的汽笛声。不一会儿，列车发生剧烈的震动，显然是挂上火车头的撞击声。罗荣桓站起来，望着车窗外面人来人往，很是忙乱，喊来警卫员，问道：“发生什么事？”
“不知道。”警卫员回答。
罗荣桓问：“是不是敌机又来了？”
警卫员说：“没有听见警报。”下车问过后，警卫员说是司令员命令部队准备出发，往北开。
罗荣桓心里纳闷，问参谋长：“去哪？你知道吗？”
刘亚楼摇摇头。
罗政委沉下脸，心里很恼火，不知林彪想搞什么名堂？立即同参谋长赶到林彪的住处。
林彪住在一座砖墙瓦屋的大院里，堂屋里关紧窗户，蒙上窗帘，昏昏暗暗。
