周树人又发表了科学论文《说钼》，因为他看到了科学发展的继承性。他在文中说明了居里夫人本人的伟功，又说明了镭的发现是拜X线所赐。
十月，浙学会骨干沈瓞民等聚在《浙江潮》编辑王嘉榘寓所开会，商议秘密组织一新的革命团体，会后，王嘉榘，许寿裳邀请周树人加入。
此时，日俄战争爆发，清政府竟忍许两个强盗在自己家门口打架，周树人心里正为此郁闷呢！听得他们邀请，一口答应了。
周树人在他的日记中写道：“我今掇其逸事，贻我青年，呜呼世有不甘自下于巾帼之男子乎？必有掷笔而起者矣。”
但是，弘文学院两年的学期到了，何去何从呢？
按说，这不是一个问题，依照规定，他应该上东京帝国大学所属的采矿冶金科。但是，弘文学院的教师江口先生说，帝国大学不好上，对你们中国留学生暗设了许多限制。要不，你上医校吧，大日本帝国的医学质量与德相差无几，大大超过了英法美，并且医校的发展，多于工科、农校。所以名额多，可使留学生有好安排。”
周树人的心怦然心动。既然学医有这么好的结果，又何乐而不为呢？再说自己身体也不是罡罡的那种，还这么小就老是牙疼，依祖国医学的观点，齿为骨之余，是肾不好所致。嗯，学成之后，还可以救我父亲那样被疾病折磨的苦人儿。再说，听说日本的明治维新就是得益于医学的发展的。
再说，现在有点讨厌东京了。虽然这里有许多为国拼搏的好儿男，但是，正因为这样，每当看见一些把头发梳得光亮，挽着象富士山一样的发髻，晃着脖子，摇着屁股跳舞的满清留学生，不由自主地生气。唉！离开些吧，所谓眼不见、心不烦。
周树人选择了离东京较远的烟台，还有一个他不愿和人说的秘密——离开东京这个繁华之地可以为他总是捉襟见肘的钱袋减些负担。
周树人临行前，许寿裳、邵文镕，陈仪等几个好友恋恋不舍，几个人还到照相馆照了张相片以作纪念。
周树人不知道，他是仙台的第一位中国留学生。地方报纸早得找了信，它们一报道，学校里面的几位老师还为他的食宿费费劲了心思。
周树人租住在佐藤喜东洽氏的房子里，他对身外之物向来无所求，对这所房子自然也无挑剔。唯一不舒服的地方是这里蚊子太多，晚上用被子包了头脸也难以入睡，但他不愿再挤出钱去买蚊帐。佐藤喜东洽氏老人晚睡早起，也用不着去外面做事，反正有点是时间，周树人就常去找他聊天，聊到很困了才去睡。
周树人不愿聊家庭的不幸，他聊了社会的黑暗，政满清统治阶级的腐朽，国家的衰败，他又聊了他在东京结识的一些朋友的事迹。
佐藤喜东洽氏老人是个退休的老武士，他愈来愈喜欢周树人的谈吐，他把自己颇喜爱的一把小短刀赠送给了他。
学校里没有教科书，书生全凭在课堂上抄讲义。生物学老师藤野老生颇照顾他这个远道而来的留学生，不仅一遍一遍地把他抄的讲义要来更正，而且很严谨地指出他画的解剖图错误之处。
周树人考试的时候，成绩总是中等偏上。有一些学生就以为是藤野先生有意漏了题，并且做小动作来讽刺他。
周树人也以学业为重，对攻击自己的行为也大度忍之，可一想到连他尊敬的藤野先生也受到伤害，他就有了几分怨怒。
周树人总和他在东京的朋友通信交流着思想和生活的变化，陶成章和蔡元培在上海成立光复会，陶成章在日本东京分部，他都是知道的，今年寒假一到，他又照例启程去东京和他们共度新年。
周树人还与光复会的同志一起到横滨迎接新来的同学徐锡麟，范爱农，龚宝栓等。
最让他吃惊的是他遇到了一位叫秋瑾的女同学，她爽快的谈吐，刚毅的性格，果敢的作风，让人赞叹，要不是她长有女性姣好的面容，他都要认为他是个美男子。
秋瑾女士历数着国家的昏暗，清廷的腐败，民族的不振，她到哪，那里欢声一片，她到哪，那里激昂一片。他忽然觉得自己那把小短刀更适合她。秋瑾姑娘很喜欢，还拿着它照了张相。
