齐王反叛引出了太子党意欲逼宫之事，仿佛晴空万里的头顶上，突然被沉沉乌云所笼罩。房玄龄、萧瑀、高士廉、长孙无忌、褚遂良、孙伏伽、刘德威、马周等人受命审理此案，可见李世民对此案重视的程度。这些人不敢怠慢，出宫后迅速赶往政事堂，开始商议如何办理此案。
萧瑀毕竟年龄最长，且与李家渊源颇深，房玄龄提议由其总理此务。
有纥干承基和贺兰楚石的供词在前，审讯一干人犯相对容易一些。李安俨、杜荷、赵节等人听说纥干承基已举报此案，又见皇上差朝中如此多的重臣来审理此案，先是抵挡了一阵，到了最后终于低下头来，对其中事实供认不讳。
萧瑀、高士廉、长孙无忌和房玄龄四人入殿中省，来到囚居李承乾之屋。
李承乾被软禁之后，隐约知道自己密谋之事被父皇知悉，就在屋中长吁短叹，以泪洗面，颜面憔悴，仿佛换了一个人儿。四人入屋内看到李承乾的这番模样，心中的滋味一时难辨。
李承乾心中还存有一丝侥幸，问高士廉道：“舅姥爷，孙儿莫名其妙被圈禁至此，不知犯了什么事？你们前来，莫非是来解救我吗？”
高士廉长叹一声，说道：“承乾呀，你好好做你的太子，何必妄生邪念，以致被皇上不容呢？唉，你自己做下的事，别人怕救你不得。”
李承乾听见此话，脸色顿时变得煞白，转向长孙无忌道：“舅舅，你素爱甥儿。承乾无知，难免做出一些错事。望你在父皇面前，多替承乾担待一些。”
长孙无忌摇摇头道：“承乾，你平时爱胡闹，毕竟是小事。你这次闯的祸太大，舅舅就是再爱你也救你不得。唉，我想不出你如此柔弱的性子，怎么也能做出犯上的事。”
李承乾见事已至此，知道参与密谋之人中，已有人将事抖了出来，自己就是再百般辩解，亦终归无用。他将心一横，走上前来扯住高士廉与长孙无忌之手，跪倒在地，泪水如瀑，泣道：“舅姥爷，舅舅，我做出这种事实在不该。可是呀，我身为太子，为何出此下策？若不是李泰邀宠父皇，欲经营太子之位，我能有此作为吗？”
四人默然无言，他们久在李世民身侧，知道此事的来历。究其渊源若不是李世民偏爱李泰，使李泰产生了夺嫡之心，李承乾好好地做他的太子，何至于生出逼宫之心？
萧瑀叹道：“太子，不管前因如何，这等事毕竟是你自己做出来的。居太子之位，须以仁孝之心为要，不可产生窥测之心。你到了这般境地，再言其他终归无用。我劝你到了皇上面前，唯有诚恳求情，方为免罪的法子。”
李承乾直视萧瑀道：“萧公，莫非父皇要废了我的太子之位吗？”
萧瑀摇摇头，说道：“按照律法，谋逆之罪当诛。你能保住性命，即是皇上的仁慈，难道你还奢望保住太子之位吗？”
房玄龄默默地注视着李承乾的举动，心中生出了一些感叹。自古有言“虎父无犬子”，然李世民的众多儿子中，没有一人有李世民这样的能耐。你没能耐也就罢了，好好地做你的太子和亲王，也可以富贵一生，然李承乾和李祐不能判断形势，竟然想起事为乱，实在不智。
四人见李承乾喋喋不休申诉自己受逼于魏王，然已经承认了与李元昌、侯君集密谋之事。他们觉得已经达到了前来问询的目的，皆不想再看李承乾的可怜相，遂在唏嘘声中步出门外。
那李承乾看到众人离去，忽然紧跨几步，扑通一声跪下，嚷道：“舅姥爷，舅舅，我向你们跪下了。望你们到父皇面前，诉说我的无奈之举，好歹要救我一命。”
长孙无忌是看着李承乾长大的，知道这名外甥固然爱好嬉戏，然心地不坏，亦无大恶，对其有着爱怜之情。他扭头看到李承乾泪流满面的样子，心中忽然生起柔情，遂折回头又跨入室内，一把将李承乾扶起来，哽咽道：“承乾啊，你犯了如此大罪，我和你舅姥爷也难以救你，再想保住太子之位，眼见是不能了。你这些天在这里，千万不能胡思乱想，皇上面前，我和你舅姥爷说什么也要替你保下命来。”
高士廉也走过来，说道：“承乾，这一点你尽管放心。我待会儿再向萧公和玄龄他们说项，让他们一同联名保你性命。”
李承乾知道高士廉和长孙无忌在父皇面前的分量，到了此时，脸上方有一些血色。
侯君集却是另外一番态度，面对孙伏伽和刘德威等人的提审，他满脸不屑之色，压根儿就不承认自己参与了谋反之事。待孙伏伽和刘德威拿出纥干承基等人的伏辩，他将眼睛一翻，骂道：“老子官居上品，怎么会与此等小人打交道？老子一生征战无数，有讨伐吐蕃、吐谷浑、高昌国之功，我若想谋反，早就反了，岂能受这般小人的攀诬？”说到最后，他将眼皮一合，不再理他们。
萧瑀看到众人犯的供词，就对众人说道：“太子密谋逼宫之事，虽未实施，然他们聚谋日久，各人有分工，行事有步骤，现在可以断定：其反形已具。侯君集至今未吐一字，然在其他人的证言面前，可以交叉互证，纵然他百般抵赖，亦无碍大局。我认为，此案已然审讯终结，可以向皇上禀报了。”
房玄龄心存怜悯，说道：“若将此案定为反形已具，则太子以下皆为大罪。按照律法，须诛灭九族。如此，此案势必牵连人数众多，将成为我朝建立以来第一大案。”
众人默然，皆知此案牵连人数众多，若按律严惩，势必血流成河。
马周打破沉默，率先说道：“皇上主政以来，多次说过要宽法慎刑。我们考究此案，感到其反形已具，然其做事隐秘，在朝野中未形成大的风波。我意可以惩其首恶，不问其妻子及亲戚。”
褚遂良微微摇头，说道：“马周所言，实有道理。只是……只是皇上的心意，我们一时难辨呀。”
“怎么会一时难辨呢？”长孙无忌不解地问道。
“皇上经历了齐王反叛，其心绪已然大坏。现在又牵出了太子之案，我观其神色，盛怒无比。若在这个当儿再说宽法慎刑，只怕皇上不好答应。”
萧瑀言道：“阿弥陀佛，救人一命，胜造七级浮屠。皇上英明睿智，他肯定明白这个道理。若皇上一时不明，我们要众志成城，努力来谏止皇上。遂良，我们就按马周所言而行，不能因皇上一时不解而担忧。”
萧瑀一锤定音，众人按此调子准备有关案卷，然后一同找李世民禀报。
李世民这一段时间心情大坏，他呆在宫中不愿出外。可以想象，李承乾、李祐接连举乱，对他的震动非常之大。
他听罢萧瑀等人对此案的审理结果，一时无语，良久方问道：“那侯君集果然不愿招认吗？”
孙伏伽答道：“侯君集入狱之后，一直对问询之人不理不睬，且大呼冤枉。”
李世民沉吟道：“孙卿，侯君集毕竟是功臣。你要告诉狱卒，让他们不许亏待侯君集一分。”
“臣奉旨。”
李世民环视众人道：“这样吧，朕先见太子和侯君集一面，然后再议。唉，朕已经坏了一个儿子，现在又来一个，让朕如何面对天下啊。”
侯君集在孙伏伽的带领下来到太极殿西暖阁，侯君集进门叩伏道：“臣侯君集受人攀诬，陛下要替臣做主啊。”
李世民坐着不动，斥道：“你应该自称罪人，何来矫情之语？朕现在问你：你参与太子之案，是你主动联络？还是遂太子之请？”
侯君集抬眼道：“臣一生追随陛下，怎么敢起谋反之心呢？”
“哼，你莫非想欺朕为盲目之人吗？你克平高昌，为大功一件，然私取珍宝，亦该受罪。你自称随朕多年，难道不知道朕赏罚分明吗？你不思其过，反而对朕产生怨怼之心。”
“臣不敢起怨怼之心。”
“朕问你，那次史大柰来京去府中看你，当时你对他挑拨些什么？朕一直隐忍不言，是想你能早改其过，谁知你变本加厉，竟然参与太子一党来与朕作对！”
侯君集又叩头道：“臣实在不敢有负皇上。”
李世民叹了一口气，说道：“你起来吧，坐下说话。你我君臣多年，朕实在不愿意看到今日场面。你这些日子呆在狱中，孙伏伽没有亏待你吧？朕念你为凌烟阁功臣，不忍让狱吏加刑于你。可你到了朕的面前，兀自嘴硬，你以为一味抵赖就可以蒙混过关吗？”
侯君集立起身来不敢坐下，在那里垂肩低头而立。
李世民看到侯君集坚持不肯承认参与谋反之事，又忆起李靖昔日之语。心想此人心志如铁，其久在身侧，心里有了反意，遇到一个机会就会跳出来，因思人之禀性发乎天成，靠一味怀仁和劝说，那是勉强不来的。他招手向孙伏伽示意，说道：“去把贺兰楚石带进来。”
孙伏伽知道侯君集到了皇上面前，也不会轻易承认自己参与谋反之事，早作了准备，已将纥干承基和贺兰楚石从狱中提出带入宫中，另将从东宫搜来的有关侯君集的文书档案也带在身侧。
侯君集听到贺兰楚石的名字，脸上的肌肉稍显僵硬，他知道皇上今日要与自己彻底摊牌了。
贺兰楚石惶惶然入殿匍匐在地，李世民喝道：“贺兰楚石，你知罪吗？”
贺兰楚石叩头不已，说道：“罪人知罪，罪人知罪。”
“那好，你将向大理寺供述之事再复述一遍。”
贺兰楚石抬眼向侯君集看了一眼，他平时非常畏惧这位严厉的岳丈，眼前到了这般境地，为图减轻自己的罪过，什么也顾不得了。他不敢起身，低着头将自己所知密谋之事一五一十地说了出来。
贺兰楚石说完，李世民斜眼向侯君集看了一眼，发现他站在那里双目斜向一边，脸上没有喜怒之色。李世民不想当着贺兰楚石之面询问侯君集，遂向孙伏伽挥挥手，孙伏伽乖觉地带领贺兰楚石退出殿外。
李世民手指那堆案卷，对侯君集道：“贺兰楚石为你女婿，若是虚妄之事，他不会硬行攀扯你吧？你若再不承认，这里还有李安俨、纥干承基等人的供词，可自己看一遍。”
侯君集似乎回过神来，默默注视了李世民一阵子，方才长长地叹了一口气，说道：“陛下，事已如此，罪臣无话可说，就请陛下按律裁处吧。”他说出这样的话，显然承认了自己谋反的罪行。
李世民也瞪视侯君集良久，最后轻声问道：“君集，你随朕多年，颇立军功，朕待你也不薄。你最近赋闲在家，终久还有再起用你的一天。为了这等小事，你竟然将朕恨之入骨，你想，这样该是不该？”
侯君集道：“谋反之事，向为历朝君主所不容。罪臣密谋之事败露，按律当斩，罪臣无话可说。若论事件之起因，陛下，罪臣今日斗胆问一句：罪臣固然私取了一些珍宝，然与克定高昌国之功相较，孰重孰轻？”
李世民森然道：“事到如今，看来你的怨怼之心依然未消。不错，你率兵击破高昌，功劳很大，然你自己私取珍宝，纵兵淫掠，就犯了我大唐的军纪！自高祖太原起兵以来，我军所到之处对百姓秋毫无犯。你随朕多年，经历过许多胜仗，你以为我们取胜的根本在于你我之能吗？非也！军纪严明，能遂民心，是为根本。你领兵去讨高昌，对军机兵法把握得恰到好处，然你违了大唐军纪，遂使高昌军民鄙视我朝。你说，这破坏军纪与击破一国相较，孰重孰轻？”
侯君集心里不服气，然不敢再与李世民争辩。他呆立那里，心里不知道又想些什么。许是想到此罪成立，自己难逃杀身之祸，心性忽然变软，遂乞求道：“陛下，罪臣知道错了。念罪臣侍奉陛下多年，且此次密谋仅议论而已，未显于明处，陛下能否饶罪臣的一条命来？”
李世民叹道：“朕主政以来，对功臣最为眷顾。朕这样做，非为单单顾及背上杀戮功臣的名声，实想我们一同取得天下，大事已成可以长相厮守富贵，不枉功臣们所付出身心之力。你为功臣，有大功于国，朕自有分寸，只是如此大罪，国法难容，朕纵然想赦免你，可是天下之人能答应吗？君集，你不要逼朕。朕遇到这种事，心里能好受吗？”李世民说到这里，想起已被赐死的李祐，还有此案中的李元昌、李承乾，他们皆是自己的至亲，按律当斩，不禁心悲神伤，眼角里不觉潮红起来。
侯君集听到李世民说出这样的话，知道自己生死难卜，且被诛的可能性更大。他忽然又伏倒在地，乞求道：“陛下，罪臣死不足惜，毕竟是罪臣自己做出的事，也怨不得别人。若君集必死，罪臣有一事相求。”
“你说吧。”
“请陛下为君集留下一子，以奉祭祀。”
李世民沉吟不答，过了一会儿，他让人将侯君集带回狱中。
李承乾来见李世民，进入殿内即匍匐在地，一路爬到李世民的面前，叩首道：“父皇，儿子不孝，不该与人密谋，以致惹父皇生气。”
李承乾爬动时因腿脚不便，姿势非常难看，惹得李世民心中更加生厌，胸中怒火更盛，不禁骂道：“老子一生英雄，怎么生出你这样一个儿子？你若有能耐，一夜之间逼宫成功，或者将我的头颅斩下，那也算是你的本事。可你呢？又想做太平太子，又在那里磨磨唧唧生事，你还能妄称为人吗？”
李承乾到了现在，已对保留太子之位不存幻想，一门心思想留下条命来。他不敢辩驳，只是一味地叩头。
李世民继续骂道：“我立你为太子即是想让你继承大统。可你呢？整日里与你那不成器的小叔交往，不思学习，不思修养，却在宫中效突厥之俗玩那些无聊的游戏。你要文无能，要武无力，却想凭空里夺得皇位。我问你，你靠此能耐能坐上皇位吗？我就是将皇位让给你，凭你这无德无才的道行，能服天下之人吗？”
素来逆来顺受的李承乾，闻听父皇疾风暴雨般的讥骂，心底里忽然冒出一丝刚强，昂头道：“父皇责骂，儿子无地自容。若父皇能设身处地替儿子想一想，假若父皇处于儿子这种境地，又该如何做？”
李世民一愣，他实在想不通李承乾在此当儿，竟然还敢发声顶撞自己。他微一凝神，又斥道：“怎么做？我派诸多重臣去辅教你，他们对你如何说的？”
“众良师教儿子以圣哲大道，这些道理儿子懂。然儿子为太子，向为父皇不喜，父皇更是偏爱泰弟，并许魏王府中置文学馆。爷爷在位时，曾许父皇在秦王府中置文学馆，后来父皇果然当了皇上。父皇这样做，泰弟会如何想呢？”
“胡说！我让泰儿在府中置文学馆，是看到泰儿不像你那样嬉戏无度，而像我一样喜爱文学。他招引学士，果然编出一部《括地志》来。你这样想，还是自己想错了念头。”李世民一生光明磊落，唯玄武门之变中杀兄逼父，为其最大的私处。李承乾现在公然提起，李世民虽然继续呵斥于他，然胸中不免气短。
李承乾再顿首曰：“父皇啊，儿臣早被立为太子之位，夫复何求！若不是泰弟在那里明里暗里相逼，儿子岂能做出这等糊涂事？”
“泰儿怎么逼你了？”李世民明知故问，他自己经历过玄武门之变，为局中之人，岂不明白其中的是非曲直？李承乾忽然变换了语气，泣道：“也许泰弟没有相逼，全是儿子想岔了念头。母后在日，常常教我要爱护弟弟，以全兄弟手足之情。我现在做出丧心病狂之举，愧对父皇和逝去的母后，就请父皇责罚儿子，以彰儿子之过。望父皇念儿子为失母之人，又身有残疾，给儿子留下一条活路，以残生侍奉父皇。”
向来唯唯诺诺的李承乾遇到决定自己命运的危急关头，竟然能口齿清楚地为自己申诉，以图打动父皇之心。考其一生，如此精彩的对答还是头一遭儿。
李世民听到李承乾提起其母后，心中晃过长孙嘉敏临终前的场面。那日，长孙嘉敏在榻前谆谆告诫李承乾、李泰、李治三兄弟要相亲相爱，嘱李承乾要修德养身好好做太子，并让李泰、李治好好辅佐兄长。待他们退出殿门，长孙嘉敏伸手拉着李世民之手，央求道：“二郎，我求你一件事，好吗？”
“敏妹请说。”李世民当时答道。
