沙皇俄国本是欧洲国家，同中国相隔甚远。但是从16世纪末开始，沙皇俄国的势力越过乌拉尔山，开始向东扩张。明崇祯十六年（1643），沙俄政府派遣文书官波雅科夫率领一百多名哥萨克武装匪徒，首次闯入了黑龙江流域。匪徒所到之处无恶不作，肆意屠杀居民，掠夺人口和财富，罪行累累。富饶肥沃的黑龙江两岸被洗劫一空，居民四散，田园荒芜，无人耕种。
顺治年间，清朝军民相互配合，同沙俄匪徒展开了一次次英勇而悲壮的战斗。顺治十五年（1658）沙俄侵略者占据了尼布楚，并以此为据点，继续向东推进。康熙四年（1665），沙俄占领了雅克萨，一年后又闯进贝加尔湖地区强征毛皮税。同时，沙俄侵略者还煽动居住在嫩江流域的索伦部头人根特木尔叛国投俄。清政府曾多次要求沙俄政府将根特木尔引渡回国，但都遭到无理拒绝。沙俄侵略者还将触角向南扩张，侵占了喀尔喀蒙古土谢图汗所属的外贝加尔地区的战略要地楚库柏光，并在此建立了侵略据点。
康熙帝亲政初期，鉴于国内政局还不稳定，主张通过外交途径和平解决沙俄的问题。他先后两次派代表同俄方进行接触，递交国书，表示和平解决的诚意。但是，盘踞在尼布楚的沙俄侵略者对清朝的橄榄枝拒不应答，甚至以为清政府软弱可欺，妄想进一步扩大侵略。
在平定三藩的紧张时期，沙俄政府进一步在东北边疆地区扩大战火，并修筑了坚固的城堡，作为据点防御清兵，扩大征税地区，对边境居民进行残暴的掠夺和屠杀。
面对沙俄不断扩大侵略的事实，康熙帝忍无可忍，决定派兵进行自卫反击战争。康熙二十一年（1682）九月，康熙帝派人到中俄边境达斡尔人、索伦人的居住地，察看地理形势和水陆交通等情况，为开战做准备。随后几年，康熙帝又陆续派遣3 000多人在宁古塔、达斡尔等处驻军。在苦难中挣扎的黑龙江沿岸各族人民终于等到了国家军队强而有力的保护。
康熙二十二年（1683）七月，67名哥萨克从雅克萨出发，企图到黑龙江下游一带掠夺，遭到中国军队的拦截。清朝军队乘胜前进，迫使盘踞在精奇里江的新结斯克堡的全部侵略者撤退。东北各族人民也积极配合清军的反侵略斗争。胜利的消息不断传来，除盘踞在雅克萨等少数地区的侵略者外，黑龙江中下游的沙俄侵略者已基本上被肃清。
康熙二十四年（1685）六月，清军逼进雅克萨。在战争爆发的最后一刻，康熙帝仍然希望和平解决两国的争端。清军统帅彭春送给雅克萨头目两封信，一封是康熙帝给俄国沙皇的信，另一封是彭春给雅克萨头目的信，要求盘踞在雅克萨的俄国侵略者撤出。但是“罗刹负固，出言不逊”。于是，战争势不可免地爆发了。
六月二十四日，都统彭春统帅由满、汉、蒙、达斡尔、索伦等各族战士组成的3 000大军“分水陆兵两路，列营夹攻”雅克萨城。次日晨，清军的藤牌兵拦截并消灭了敌人的水路增援。当晚，攻城开始。经过彻夜战斗，雅克萨的塔楼和城墙被摧毁，一百多名沙俄侵略者被击毙。二十六日清晨，雅克萨城内的侵略军将领托尔布津走投无路，被迫投降，并立下了“永不再来”的誓言。但是，清军并没有立即派兵驻守雅克萨，而是摧毁了城堡，撤回瑷珲，这就给沙俄侵略者卷土重来造成了可乘之机。不久，托尔布津收拾残部，伙同尼布楚方面派来的沙俄侵略军，再回雅克萨，重新修筑工事，企图再次盘踞在这块土地上。
康熙二十五年（1686），清军2 000余人在黑龙江将军萨布素率领下，进抵雅克萨城下，将城围困起来，严令沙俄侵略军投降。但托尔布津拒不投降。清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，沙俄军队改由副将代行指挥，仍负隅顽抗。清军就在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，彻底切断了守敌的外援。沙俄军队被围困近一年，战死和病死的兵卒不少，据守雅克萨城的826名侵略军到最后只剩下66人。得知战况的沙皇急忙向清政府请求撤围，并派遣使臣来议定边界。清政府答应了沙皇的请求，准许侵略军的残部撤回尼布楚。
康熙二十八年（1689）七月二十四日，中俄双方缔结了《中俄尼布楚条约》，“自黑龙江支流格尔必齐河沿外兴安岭以至于海，凡岭南诸川，注入黑龙江者属中国，岭北属俄；西以额尔古纳河为界，河南属中国，河北属俄”。这个条约挫败了沙俄跨越外兴安岭侵略中国黑龙江流域的企图，遏制了几十年来沙俄的侵略，使清朝的东北边境获得了150余年的安宁。
在这场伟大的民族自卫战争中，康熙帝运筹帷幄，不畏强暴，有理有节，显示了非凡的气魄和勇气。
