康熙一朝，近代中国的疆域四至初步成形。在东南，康熙帝一举统一台湾，安定了海疆。台湾自古属中国领土。明代天启年间，荷兰殖民者侵占台湾岛。顺治十八年（1661），抗清失利的郑成功退守台湾，赶走了荷兰殖民者，并以此作为抗清的最后基地。康熙元年（1662），38岁的郑成功病故。其子郑经即位后，进一步铲除了荷兰殖民者在台湾的残余势力。经过郑氏二十多年的苦心经营后，台湾由人烟稀少的荒域变作了“地方千余里，户口数十万”的富庶之区。因此，郑氏对台湾是有收复与开发之功的。然而，郑氏在台湾转入长期割据之后，则日益起着消极的作用。
最初，清朝和台湾郑氏曾有五次和谈。清方不断让步，应允郑家世代守卫台湾、岁时纳贡、通商贸易，还可以“如朝鲜故事”，“不剃发，不易服”。但是，东南沿海的和平并没有就此实现。台湾郑氏以为自己占据有利的地位，得寸进尺地提出以大陆漳州、泉州、潮州、惠州作为交换，并要求由福建供给郑军粮饷。双方谈判破裂，战争迫在眉睫。
康熙帝于是开始筹备以武力收复台湾。康熙十八年（1679）正月，康熙帝下令恢复福建水师，并将湖广所有的20架西洋炮拨送福建，“用资剿御”。当时“三藩”问题基本得到解决，尚之信已被赐死；耿精忠调回京城；清朝大军正在围攻云南省城，吴三桂指日可灭。但是，康熙帝在这个时候没有一鼓作气进攻台湾，而是下令裁撤部分军队。这样做既减轻了饱受战乱之苦的老百姓的负担，有利于社会安定，兵精饷足，更有利于进取。这也是康熙帝谨慎从事，耐心捕捉战机的政治成熟的表现。
康熙二十年（1681）四月，台湾岛内发生政变：郑经病故后，引发了一场权力之争，其长子被绞死，年仅12岁的次子郑克即位。第二年，台湾遭遇天灾，社会矛盾骤然激化。
康熙帝决定趁机发兵台湾。这时，台湾降将施琅主动请命出战。朝臣们认为施琅是降将，不可重用。康熙帝却力排众议，启用施琅，以“总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾”。后来，姚启圣与施琅意见相左，互相掣肘，康熙帝索性命“施琅相机自行进剿”，对前方统兵将领给予了充分的信任和自由。
康熙二十二年（1683）五月，康熙帝催促施琅“速进兵”，务必于夏至前夺取台湾。六月上旬，早已做好准备的施琅接到了进军的谕旨，立即集合全体舟师海军向澎湖列岛进军。
六月正是台风大盛的时候，海上风涛不测，是海战的“大忌”。而施琅却出其不意在此时出兵，给台湾守军一个措手不及。十六日，清朝船队抵达澎湖海面，但是，清军初战失利。主帅施琅、先锋蓝理险遭不幸，带伤指挥作战。为了稳定军心，施琅下令回师，进行了为期五天的军事整顿。经过整顿和重新部署，清朝海军军心稳定，情况大为改观。
二十二日，清军和郑氏军队在澎湖展开了一场规模空前的海战。这一战清军大获全胜，战果辉煌，击毁郑军船舰200多艘，击毙敌军将士1.2万余人。郑氏的主力全军覆没，残存的部众纷纷降清。
澎湖激战，为解决台湾问题奠定了基础，失去人心的郑氏统治集团无奈降清。八月十一日，施琅率官兵前往台湾受降。从此，台湾回归祖国怀抱。
