执政期间，武则天也做了一件令后人诟病不已的事情，那就是任用酷吏，镇压异己。嗣圣元年（684），中宗被废，武则天独揽朝政后，开始滥用酷刑。她在朝堂放置铜匦，接受告密文书，并且规定：凡是告密者，其他任何官吏不得过问，一律用驿马送至京城，按五品官标准供给食宿，失实者不加追究。结果造成社会上告密之风盛行。
武则天任用了来俊臣、周兴、索元礼等一批酷吏。这群酷吏作恶多端，杀人如麻，还发明了“定百脉”、“喘不得”、“突地吼”、“失魂魄”、“死猪愁”等骇人听闻的酷刑。凡被下狱者，几乎无一人生还。朝臣人人自危，不知何时会大难临头。到载初元年（690），武则天称帝为止，除了她自己所生的李显、李旦外，李唐皇族近支几乎被诛杀殆尽。对于唐室重臣元老，她稍有不满，也大加杀戮。武则天靠着血腥的屠杀，打通了通往皇帝宝座的道路。称帝之后，她继续任用酷吏施行统治。朝臣连连被杀，宰相走马灯般地更换。酷吏们滥杀无辜，导致群情激愤。为了平民愤，缓和局势，武则天诛杀了索元礼，流放了周兴，以向天下人昭示，以往的滥杀罪在二人，不在自己。武则天任用的酷吏当中，最得力的一个助手便是来俊臣。来俊臣像一条疯狗，见谁咬谁，甚至曾将宰相狄仁杰下狱。多亏狄仁杰处事精明圆滑，及时认罪，并寻机向武则天申诉，才保住了性命。
神功元年（697），来俊臣丧心病狂，竟然打算对武氏诸王和太平公主下手。他唆使手下罗织他们的罪名，还派人搜集皇嗣李旦和庐陵王李显谋反的证据。此举引起了武氏集团和太平公主的极大不安，他们联合起来向武则天告发来俊臣的罪行。武则天起初犹豫不决，后唯恐民情激愤，于是下令处死了来俊臣。
请君入瓮
周兴、来俊臣都是武则天时期有名的酷吏。周兴曾以“谋反”罪名杀害数千人，但不久他也被人告发“谋反”。武则天命来俊臣审理此案。来俊臣受命后邀周兴宴饮。在喝酒时，来俊臣对周兴说：“弟有案，罪犯不肯认罪，你看怎么办呢？”这时周兴还蒙在鼓里，不知就里，便说：“这事还不容易，只要取一大瓮来，四周架上木炭，点起火来，将罪犯置于瓮中，还怕他不认罪吗？”来俊臣连称高见，立即命人抬来一个大瓮，点起火，然后站起来向周兴一揖，从容说道：“弟承密旨，有人告兄谋反，请君入瓮吧！”周兴一听，才如梦方醒，只好叩头认罪。这就是成语“请君入瓮”的由来。
来俊臣服诛后，他的仇家们争着撕咬来俊臣尸体的肉，挖其眼珠，剥其面皮，剖其心肝，以解心头之恨。武则天为了收拢人心，立即下诏书，列举来俊臣的罪恶，并加以灭族罪，说是“以雪苍生之愤”。
