1940年3月上旬新四军江南指挥部和苏皖区党委召开联席会议后，根据党中央指示精神和联席会议决定，首先将原有各地的抗敌自卫会和抗战动委会由半政权机关的职能改为控制政权的领导机关，代行抗日民主政权的职能。与之相适应，镇句金丹四县抗敌总会及其所属各县抗敌委员会的主要领导，也相继由以前的国民党员、开明士绅、地方实力派改由中共干部直接担任。
1940年5月4日，中共中央向东南局发出《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的指示：在国民党反共顽固派坚决执行防共、限共、反共政策，并以此为投降日本的准备的时候，我们应强调斗争，不应强调统一。只有采取有理、有利、有节的方针，坚决斗争，才能巩固统一战线和坚持抗战。应不顾反共分子的限制和压迫，尽可能迅速地并有步骤有计划地将一切可能控制的区域控制在我们手中，独立自主地扩大军队，建立政权。据此。东南局和苏皖区党委相继作出指示和部署，要求“用全部力量巩固和发展敌后根据地”。镇江敌后各地各级党组织，在前一阶段贯彻实施中央决定和指示的基础上。从政治上、组织上和实际工作上进一步加强领导。加紧进行民主建政。建立和健全各级统一战线性质的代理政权。
在第一游击区，1940年4月，在中共丹北中心县委的领导下，镇江、丹阳、武进3县边区和扬中县各界人民代表会议于丹阳访仙桥戎梅马村召开，参加会议的有来自上述各地的代表50余人。会议决定成立镇丹武扬四县抗敌委员会（简称“四抗会”）。推选新四军挺进纵队江南留守处主任管寒涛任主任，王志明任副主任，不久又增补“江抗”西路司令部副司令韦永义为副主任。“四抗会”下设秘书、组织、民政、民运、军事、司法、教育等科和财经委员会。随后，镇江、丹阳、武进各县迅速组建了联合各界抗日团体的县、区、乡抗敌委员会，均由中共党员担任主任，镇江县抗敌委员会主任陈粹，丹阳县（铁路以北地区）抗敌委员会主任张光，武进县抗敌委员会主任王志明。扬中县抗敌委员会先于同年2月成立。中共党员李培根任主任。各地相当一部分统战对象，包括原国民党区、乡、保人员，都在各地各级抗委会或者各种抗日团体中得到留用。同年4月，镇江乃至苏南敌后地区第一个县级抗日民主政府--以共产党员李培根为县长的扬中县抗日民主政府宣告成立。7月，在江阴、武进、无锡3县边区又成立了澄武锡三县抗敌委员（简称“三抗会”）。10月，镇江县抗日民主政府成立，韦永义兼县长。
在第二游击区，镇句金丹四县抗敌总会在中共丹南中心县委的领导下，自1940年3月起，正式代行县抗日民主政府职权，下设宣传教育、民众动员、军事和财经等科室，以适应开展政权工作的需要。同时还建立了由新四军新六团、丹南中心县委和四县抗敌总会联合组成的军政委员会，统一领导镇句金丹4县边境地区的党政军工作。6月，在镇丹金3县边区，中共镇丹金县委又建立了镇丹金县抗敌委员会，中共党员蒋铁如任主任，下辖镇三、宝北、丹一等6个区公所。同月，塔山反顽战斗胜利后，国民党镇江、句容、丹阳等县县长随同顽军暂时撤到溧武公路以南地区，镇江三区、六区（宝堰地区），金坛六区（直溪地区），句容二区、三区和丹阳三区的政权完全由新四军控制。这些地方的区、乡长纷纷要求共产党予以领导，形势对民主建政十分有利。是年秋，该游击区的长（荡湖）涌（湖）地区还建立子金（坛）溧（阳）宜（兴）三县抗敌自卫委员会。
在第三游击区，1940年6月，在中共江（宁）当（涂）溧（水）县委领导下，也积极开展建设代理政权领导机构的工作，成立了江当溧三县抗敌自卫委员会。8月，在中共江（宁）溧（水）句（容）县委领导下，在江溧句边区成立了江溧句三县抗敌自卫委员会，中共党员姜杰任主任。12月，在中共江当溧句中心县委领导下，江当溧、江溧句地区抗敌自卫委员会合并，成立江当溧句四县抗敌总会，中共党员夏定才任主任，地方开明士绅刘晓梅副之。
各地各级代理政权性质的领导机构建立后，有力地推动和促进了区、乡、保基层抗日民主政权的建设。各地区抗敌总会（自卫委员会）都在所辖的中心地区普遍建立了区公所，在一些比较特殊的地区设立办事处，由县抗日民主政府或代行县政府职能的抗日群众团体委派区长或办事处主任。同时对乡、保政权也逐步进行了改造，使其尽可能地掌握在坚持抗日、坚持团结、坚持进步的人士手中。各地普遍开展了实行民主政治的宣传动员和政权改组工作，有的区民主选举了区长，有的区重新委派了区长。扬中县到1940年6月即已建立6个区公所，58个乡都建立健全了乡、保机构。至是年10月，镇江敌后各地县、区两级抗日民主政权或代理政权机构均已普遍建立，各中心区的抗日民主政权则已基本上形成了自上而下的县、区、乡、保的完整体系。
四、苏南新四军主力渡江北上
1940年春，国民党顽固派在发动第一次反共高潮遭到失败后，把磨擦的重点从华北转向华中，致使大江南北反共风云日紧。
3月5日，国民党第三战区第二游击区对苏南新四军的活动范围限制为“高资、石马庙、东昌街、行香镇、南镇街、上马场之线以两，溧武公路及石臼湖以北，扬子江以南地区。……非有命令不得越过指定地境。”这样，苏南新四军的活动地区被限制在茅山周围数十里的狭小范围。这一规定标志着国民党顽固派“划地为牢”反共政策的发展升级。
面对反共顽固派的无理限制和压迫，新四军江南指挥部和苏皖区党委采取了坚决反击、向外发展的方针。4月27日，江南指挥部指挥陈毅、副指挥粟裕、参谋长罗忠毅和苏皖区党委书记邓振询联名向中共中央建议：“苏南为解决人枪款良好地区。皖南则地形好，为向苏浙赣发展的战略重点，但目前坚持力量不够。应先放弃皖南，集中主力发展苏南，直到海边。”
5月4日，中共中央回电就长江以南新四军的发展方向问题作了明确指示：新四军第一、第二、第三支队的主要发展方向“不是溧阳、溧水、郎溪、广德等靠近中央军之地区，而是在苏南、苏北广大敌人后方直至海边之数十个县，尤其是长江以北地区。”
6月，蒋介石策划的由顾祝同、冷欣、韩德勤、李品仙同时从南、北、西3路向新四军大举进攻的阵势已基本就绪。在苏南，6月8日，冷欣对新四军下达命令，诬蔑新四军“擅自越境活动”，扬言“嗣后如再不遵守指定区域……越出军事以外范围行动，应即按照战时军律以抗命论罪。”接着增派第六十三师进驻高淳，与第四十师组成对新四军合围的部署，并公开进行反共宣传，不断寻衅挑战。
在这种情况下，新四军江南指挥部果断退出溧阳水西、前马，转移到溧武公路以北地区。此时，国民党鲁苏皖边区游击总指挥部李明扬、李长江受顽固派唆使，率13个团兵力在江都包围了新四军挺进纵队驻地郭村。江南指挥部现有的兵力已不可能在大江南北同时对付顽固派的进攻，形势已发展到了最后抉择的关头。6月15日，陈毅当机立断，决定部署渡江北移。这一决定在得到党中央批准后，江南指挥部立即下达了渡江北上的命令。战地服务团和民运工作队先行出发，指挥部机关和第二团、新六团等主力随后跟进。这时顾祝同、冷欣纠集第九十师、第六十三师由溧阳上兴埠、上沛埠尾随北进，并以第九十师1个主力团和挺进军第五团楔人茅山地区，企图对江南指挥部南北合击。
为打击顽军的反共气焰，陈毅随即命令新二支队副司令廖海涛率新四团、新三团进行自卫反击，并命令新六团协同新二支队作战，扫除前进道路上的障碍。6月18日，当楔入茅山的顽军两个团进抵句容、金坛交界处的西塔山时，新四军新四团、新六团在新三团的配合下，坚决予以还击，一举击溃顽军两个团，保卫了苏南抗日阵地，赢得了江南指挥部主力渡江北上的准备时间。
6月28日。李长江纠集13个团的兵力，向暂驻郭村休整的新四军挺进纵队突然发起进攻。在当地人民群众的全力支持下，挺纵和新四军苏皖支队组织反击，先后击溃李部3个团，直逼泰州城下。6月29日，陈毅为了团结二李（李明扬、李长江）抗日，轻装简从，从镇江县大路登船，经扬中渡江北上，7月3日赶到郭村，果断决定新四军让出郭村，成功地争取二李保持了中立。
与此同时，粟裕率领新四军江南指挥部及其主力第二团、新六团近2000人冲破日伪重重阻击，越过纵横交错的公路封锁线，从丹阳县城与陵口间通过运河、铁路急速北进，至丹北地区界牌、大路一线沿江地带稍事休整后，在罗忠毅率部断后掩护和丹北人民的全力支持下，于7月8日经扬中渡江北上，到达江都吴家桥地区与挺纵和苏皖支队会合，投入开辟苏中抗日根据地的斗争。
至此，新四军江南指挥部主力胜利完成了渡江北上的战略任务。
为了确保新四军江南指挥部主力完成此次战略转移的使命，镇江敌后各级党政组织、抗日团体和广大人民群众给予了巨大的支援，许多新四军指战员更是英勇悲壮地献出了宝贵的生命。上海籍新四军女战士李珉就是在其所在的江南指挥部战地服务团途经句容磨盘山区时，遭日军袭击负伤，尔后抬到位于溧武公路南侧一个小山村的战地医院牺牲的。这位已婚并怀孕的文艺战士在临终时给围在其身旁的王于耕等战友留下了“革命流血不流泪”的遗言。陈毅闻之，为壮其言，诗之志日：“革命流血不流泪，生死寻常无怨尤。碧血长江流不尽，一言九鼎重千秋。”
新四军江南指挥部移师北渡后，留在苏南的新二支队司令部由廖海涛率领，在茅山地区行动。10月，以此为基础，充实健全了司、政领导机关，罗忠毅任司令，廖海涛任副司令兼政治部主任，王胜任参谋长，统一指挥新三团、新四团和各县地方武装，共约3000人枪。同时，成立了以邓振询为书记的苏南军政委员会，统一领导地方党和军队党的工作。
苏南新四军主力渡江北上后，苏南军政委员会和苏皖区党委采取“积极稳重”的方针，巩固原有阵地，加强团结，切实做好统战工作，整顿发展地方武装，积极扩充主力，开展以破坏、扰乱敌人为主的游击战，同时进一步发动和组织群众，整顿健全党的各级组织。经过一段时间的努力，第一游击区成立了独立支队，第二游击区建立了独立一团，第三游击区组建了独立营。苏中黄桥战役期间。新二支队派新四团第三营和支队特务营的两个连共500人枪渡江增援。至11月，新二支队已由3000人发展到4600人，不脱产的抗日自卫队员发展到5万余人。除坚持茅山地区斗争外，还开辟了长滆、太（湖）滆（湖）和宜（兴）武（进）锡（无锡）地区。
五、开展反对国民党顽固派的斗争
