皖段的处境，非常狼狈，段祺瑞此刻仅存的武器，只剩了徐树铮一手组成的新国会，亦即所谓的“安福国会”。旧国会是段祺瑞解散的，新国会则专为民国七年九月的总统改选而产生。徐树铮利用“包办政党”大大有名的安徽合肥人王揖唐，先成立安福俱乐部于北京安福胡同，然后从他代领的奉军军饷550万元中，挪用300万，派人分赴各省，以威胁利诱的手段，选出所谓的“安福议员”，组成“安福国会”。当安福俱乐部成立之日，即曾有人赠之以联曰：
安者危之基，
福兮祸所倚。
皖直之争，冯国璋由于吴佩孚的忠心耿耿，全力支持，终使段、徐临阵失机，赔了洋钱且折兵，“武力统一”，又成了南柯一梦。不听号令的吴佩孚，痛恨段祺瑞、徐树铮卖国，频频成立亲日借款，又与日本签订了“中日陆军共同防敌军事协定”。八月二十一日，他在衡阳发表了一通举国人士为之喝彩的通电，呼吁国内息争御侮，希望文官不贪污卖国，武将不争夺地盘，他自己则公开提出四大自律声明：今生今世不做督军，不住租界，不结交外国人，不举外债！
此一通电发表，不但揭开皖系军阀的虚伪面具，而且，使六月五日在广州成立的军政府政务院威胁全部解除，声势为之一壮。六月三十日，政务院主席岑春煊便打电报给吴佩孚，表示绝对赞成他促进和平的主张。
军事方面，变生肘腋，一败涂地，段祺瑞和徐树铮极不甘心，为了作最后的挣扎，并且对冯国璋施以报复，他们原想利用可以一手操纵的“安福国会”，选段祺瑞当总统，张作霖任副总统。但是张作霖临时“查”出了徐树铮代他领的奉军军费550万元，用在奉军的只有180余万元，当下不由大怒，下条子撤了他“奉军副司令”的差，同时扬言非跟小徐算账不可。这“意外”之举使段祺瑞大为震惊，他立命徐树铮前往谢罪，承认在短时期里归还挪用的巨款。
有此意外，段、张合作之局无法进行谈判，冯国璋则把握机会，制造了一场别开生面的通电战。以前线将领吴佩孚当先锋，他自己上演大轴子好戏，民国七年八月，吴佩孚一再地通电主和，那洋洋洒洒，理直气壮的文章，传诵遐迩，无异揭发段、徐的罪状，其中名句，如：“戍防湘南，为期半载，罢战言和，南北一家，对外不能争主权，对内宁忍设防线”，家喻户晓，有口皆碑，骂得段、徐三尸暴跳，五内如焚，却拿他毫无办法。九月四日大选之期已近，冯国璋粉墨登场，通电全国，说明段主战而他主和的经过，将国民痛忌的战罪往段祺瑞身上一推，叫各议员拿点良心出来，公举一“德望兼备，足以复和平统一，以副约法精神之所在”者，担任中华民国第六任大总统。
吴佩孚专揭段祺瑞的疮疤，冯国璋则暴露他的狰狞面目。段祺瑞腹背受敌，自知难容国人的公论，于是，他宣称与冯国璋同时下野，改弦易辙，另行部署。他指示安福俱乐部，选举徐世昌为第六任大总统。
袁世凯的老朋友，老搭档，跟北洋直皖两系关系密切的徐东海（世昌），当年64岁了，息影津门，历时数年，民国七年九月四日，突然朵云天降，当选了大总统。他心中虽然异常振奋，但是军阀干政的恶例早已开了，黎元洪当年的进退维谷便是榜样，冯国璋有兵有钱，依旧被段祺瑞搅得七荤八素，晕头转向。他这个一无凭恃的大总统怎么当？确实大有问题。因此，起先他犹疑徘徊，自鸣谦让，迟迟地不肯入京，后来禁不住冯国璋、段祺瑞一再促驾，全国18行省除了广东岑春煊等，几乎一致表示拥护。于是，他亮出“息事宁人”“和平止战”的政见，十月十日上午十时，就了第六届大总统的职。
徐世昌上台，段祺瑞和冯国璋退居幕后，表面上看来，在国人恶战的心理下，直皖之争已告终止，实际则暗潮起伏，双方都在暗中积极部署。段祺瑞运用他的安福俱乐部，想以“太上政府”自居，他保留“参战督办”的名义，仍然大举外债，叫徐树铮编练“边防军”，冯国璋则竭力巩固长江各督军的权位，并且尽量拉拢徐世昌——徐世昌不愿做段祺瑞的傀儡，他跟皖系越来越疏远，与直系则一个劲儿拉近乎。
以破竹之势底定三湘的是吴佩孚，勒兵衡阳倡呼息争御侮的也是吴佩孚。吴佩孚挂“孚威将军”的头衔，带北洋第三师一支部队，但是他却由于有为有守，颂声载道，“言人所皆欲言”，“谏人所不敢谏”，处处以全国民意为先，遂而使他成为举足轻重的人物。国家有事，吴佩孚的一纸通电，其主张必定风行全国，其意见不能不受北政府重视。这在民国史上来说，确为一大奇迹。
譬如，徐世昌民国七年十月十日就职，吴佩孚旋即发表举行南北和议的主张，十月二十二日，广东军政府宣布休战，二十四日，徐世昌也下令尊重和平意见。十二月十八日，北京举行“全国和平联合会”，吴佩孚通电极力促成，于是，广东军政府政务总裁岑春煊，竟然直接打电报给“徐菊人先生”，建议双方派定全权代表，在上海租界举行和议，而徐大总统接电以后，也立即复电表示欣然同意。一时，全国各地都充满了光明希望，内战威胁，廓扫一空。
徐世昌先委派冯国璋的外甥，直系大将、江苏督军李纯为北方和议主持人，和议磋商从民国八年元月开始，一直进行到二月，方始在上海正式开会，但是才开了几次会议，又告中止。那是因为南北双方停战已久，和议已不太令人重视，而当时又有一个新的外交刺激传来国内，使怒潮澎湃般的民族觉醒运动，从此展开。
民国六年爆发的第一次世界大战，我国原曾参加协约国方面，宣告对德奥开战。七年十一月大战结束，八年一月举行巴黎和会，我国派代表团前往参加。令人意想不到的是，作为战胜国的中国，竟由巴黎和会擅作主张，允许由日本继承德国在山东的种种权利，消息传来，举国大哗，吴佩孚这位山东老乡，益为愤慨，他顿即发出通电，痛斥巴黎和会的荒谬决议，并且明白揭露，此一国耻事件的来由，是段祺瑞和日本人所签订的卖国条件有以致之，所以，他主张取消段祺瑞承诺了的中日密约，有以正本清源、彻底解决。
接下来，五月四日，愤怒的北京学生，群起反对北政府的对日外交政策，游行示威，殴击签订卖国条约的曹汝霖、章宗祥和陆宗舆，风潮扩大，酿成罢工、罢课、罢市的全国性的运动。
朝野人士的目光转移到外交方面，南北和议渐行搁浅，但是吴佩孚却深感和议不成，终将影响抗御外侮的国防大计。六月二十五日，他又跟桂军总司令谭浩明、湘军谭延闿、赵恒惕等，以醍醐灌顶之势，再发通电，力陈外侮日亟，和议亟应早日订定。他的通电发出两日后，北京的各人民团体便派遣代表，求见徐世昌，呈递请愿书，提出三项要求：（一）山东问题不保留，中国决不签字于和约。（二）废除高徐、顺济两路草约。（三）立即恢复南北和会。这三项要求可谓无一不是吴佩孚的主张。徐世昌接见过了诸代表，退而语人：
“吴子玉一言一行，可以动天下之视听，天南地北，到处呼应，他的种种意见，我们倒是必须注意留心。”
由此可知，民国八年以后的吴佩孚，已经是四方瞩目，中外注视的人物，其个人声望与地位，远超过他的职务与兵权之上。所以，当民国八年九月十五日，徐世昌却不过段祺瑞、徐树铮的压力，改派安福系的幕后主持人政客王揖唐为南北议和总代表，吴佩孚便提出王揖唐的人格问题，发表通电，愤愤然地直斥王揖唐人格不能与西南护法之旨相容，严词反对。次日，湖南方面的谭延闽立起响应，发布通电和吴佩孚持同一主张，使北洋政府大为尴尬，进退两难，所谓的和议，再度因之搁浅。直皖两系衔恨之深，遂而到了水火不能相容，势必付之一战而决雌雄，有直无皖的地步。
“中央”与地方意见分歧，扦格不入，其影响在渐渐地扩大，各省自治“独立”的论调甚嚣尘上，尤且自然而然地演成分崩离析，群雄竞起的分裂局面。民国八年七月，国学大师章太炎，首创联省自治之说，用意在于消弭内战，免致亡国灭种的惨剧演出，各省首长，未尝不晓得这是饮鸩止渴的办法，果若成功，将是民国成立后的一大悲剧。可是，北洋政府的所作所为，太令人失望了，但为北洋武力鞭长莫及的地方，谁愿意再奉北政府的正朔？于是，七月份湖南谭延闽首先主张湖南自治，并且迅即开始筹备，创制所谓的“省宪”；十一月，云南的唐继尧宣布自治继之；十二月，四川诸将领也公开宣称；四川自治独立，徐世昌政府，处于直皖两系的两大之间，无可用之兵，无可用之人，只好坐看西南半壁河山，又成立了三个独立的“小王国”。
民国八年十二月二十八日，冯国璋病逝于北京，只活了六十二岁。直系首脑死了，而段、徐等皖系人物且莫欢喜，因为继冯而掌握直系的新首领是曹锟。曹三爷表面上忠厚随和，其实更不是一个好相与的，何况他有吴佩孚这一股坚强的力量作为后盾。谊同一体的曹仲帅和吴玉帅。一南一北，遥相呼应，要比冯国璋在世的时候，越加灵活。曹的意见，吴决无异议，吴的主张，曹惟有绝对赞成。这两个人虽然相隔数千里，却竟似合而为一，使皖系所受的压力，变本加厉，越来越加沉重。直皖大战的不旋踵而爆发，冯死，反而成为主要的因素。
还有一层，段祺端枉为“北洋三杰”之一，他竟猜不透徐世昌的心理。他只知道徐世昌自己便是天津人，当他担任东三省总督，第三镇驻防东北，曹锟、吴佩孚都是他的部属，因此自然而然的和直系比较接近，殊不知徐世昌和袁世凯沆瀣一气，他也希望中华民国在他的权力之下统一，只是这个统一工作必须由团结一致的北洋系加以完成。简言之，徐世昌倒是一个“大北洋主义者”，他的惟一心愿为北洋团结，直皖两系消除畛域之见，集合在他的大旗之下。
因此，他痛恨在冯、曹、吴和段、徐之间的兴风作浪、挑拨离间者。他认为这些野心分子一除，直皖两系必将分而复合，解除敌对状态。在徐世昌心目中的祸水有二：其一是袁世凯以前的特务头子，当过陕西督军的炳威将军陆建章。他本来是安徽人，属于皖系，但是他痛恨段系人物袒护陈树藩，夺了他的陕西督军职，并且唆使乱兵，搜劫行李，辱及妻女，故当皖直分裂，他便反过来为直冯效力。他最大的功劳是沟通说合苏（李纯）、赣（陈光远）、鄂（王占元）三督联盟，使直系组织灿然大备。
徐世昌斥为祸水的第二人，便是段祺瑞的“灵魂”、“智囊”徐树铮。徐树铮好大喜功，专擅把持，其咄咄逼人之势，令黎元洪、冯国璋、徐世昌三位总统，及其以次所有的国务总理、各部总长、各省督军、总司令都觉得受不了，咸认为年来党派之纷扰，南北之乖戾、外债之丛脞、强邻之压迫，都是徐树铮为之厉阶。这其间当然也有小徐代老段受过的地方，但是众口一词，怨谤丛集于一身，遂使徐世昌不得不把他视为北洋团结的障碍，必须除之而后快。民国七年六月十四日，陆建章到天津活动，奉军响应和议，徐树铮邀他“来寓候谈军情”，竟然拔枪将他杀了，这人权焰薰天，蔑视法律，比专制时代尤有过之。徐世昌当时并不在位，不过他侧目而视，心中早已认定，小徐不除，北洋团结必无希望。
大总统心情如此，形诸于直皖之战前夕的两系电战，直系口口声声，攻讦徐树铮卖国借债，任意妄为，称之为悍夫骄将，误国殃民，可说一字一句，实获徐大总统之心。而段祺瑞则一路护短，再三左袒，由于小徐一人，丧失了徐大总统的信赖，全国民心的趋从，尤其加深了各省份的离心离德，因此，直皖之战未起之前，有心人即知胜负已定。
但是民国九年之初，吴佩孚的处境却非常危险，他孤军远戍南岳衡阳，面临皖系健将、湖南督军张敬尧的沉重压迫，侧面有湘军整军经武，徐图恢复，正面是北洋政府的死敌广州军政府，说他是四面楚歌，确不为过。尤其是张敬尧在长沙横征横敛，第七师的部队公然奸淫掳掠，杀人越货，搞得湖南暗无天日，民怨鼎沸。湖南人私底下讥称张敬尧为“运输司令”、“张毒”（督）、“毒菌”（督军），可是张敬尧却一概不闻不问，只顾埋头扩充武力。他的弟弟张敬汤助桀为虐，自号“小诸葛”，帮他把第七师扩充为四万人。张敬尧又派他的义子张继忠任第五团长，人称“少帅”，亲到山东招收散兵股匪，把他们带到湖南来明火执仗，杀人放火。此外，他更迎来倪嗣冲的安武军、张宗昌的鲁军和北洋军范国璋、李奎元两师各一部，又有三四万人之众，拥有十万雄兵的张敬尧，对于仅有一师三旅的吴佩孚，在直皖两系破裂在即、翻脸的前夕，当然是莫大的威胁。
更令人担心的是，由于张敬尧、吴佩孚一邪一正，积积不能相容，两位大帅之间的关系，搞得非常之坏。民国八年五月，全国各地风起云涌的爱国运动，传播到了长沙，湖南省垣学生，竞起罢课游行，高呼“取消二十一条”、“争回青岛主权”的响亮口号。张敬尧为了讨好主子，竭力压制，他采取了逮捕、戕害以至解散学校的残酷手段。长沙学生悲愤莫名，呼救无门，于是推选了一批代表，计有男生三百余人，女生五十余人，成群结队，在五月九日那天到了衡阳，去向湘民敬爱的吴大帅申诉。当日，吴佩孚不但亲自接见，而且降阶相迎，对这些热血青年亲切和蔼，殷勤诚恳，他听完学生代表和泪以俱的倾吐，顿即心直口快地说：
“张督军这个做法是很不对的。民主国家，任何人都有权对于国是发表意见，青年爱国，尤其值得嘉许、赞助，怎可以严厉压制，肆意摧残？请各位放心，我立刻便打电报到长沙，力促张督军恢复各级学校，释放被捕学生，禁止压制行为，我相信我的电报一去，必定可生效力。不过，各位远道而来，我吴某很想略尽地主之谊，请各位在衡阳小住三天，参观游览。”
于是，学生们欢声雷动，被吴佩孚真诚的态度曲意抚慰，感激至于泪下。吴佩孚派些年轻的官佐，专门陪伴这批学生，到处参观游玩。三天后，他还招待全体学生参加会餐，为他们饯行。席间，酒酣耳热之际，吴佩孚更戏剧性地出示张敬尧的覆电：“拜纳嘉言，一切照办。”直到这时，学生代表方始恍然大悟，吴佩孚留他们在衡阳玩三天，实际上是为顾虑他们的安全，必得张敬尧允予遵办的电报到了。他才放心让学生们回长沙，这一份情意极其可贵。当场又有不少人为之感动落泪。自此以后，吴佩孚爱护青年之事当然是不胫而走，传诵遐迩，使他得了更好的口碑。
便在那一年的秋天，张敬尧四十初度，他的部下大事铺张，准备为他做寿，居然成立了筹备处，打算在长沙各界，大打一次抽丰。吴佩孚得到消息，大不以为然，他拍一次电报给张敬尧，他说：
“届期当亲率全军，晋省庆贺。”
一句话吓得张敬尧惊惶失措，立即下条子，停止筹备，不做寿了。这件事在表面上看，他固然是从善如流，听从了吴佩孚的忠告，暗底下当然难免把吴佩孚恨入骨髓。张吴失欢，越演越烈，吴佩孚不能不视张敬尧为他的心腹大患。
