一、蒙古统一吐蕃势在必行
蒙古汗国最早同西藏发生关系究竟在什么时候？成吉思汗是否曾用兵吐蕃？这些问题《元史》中无明确记载，在蒙、藏文史籍中却多处提到成吉思汗45岁时接受吐蕃的归附。如《蒙古源流》中说，成吉思汗45岁（1207年）用兵于土伯特（西藏）之古鲁格·多尔济汗。彼时土伯特汗遣尼鲁呼诺延为使，率300人前来进献驼只、辎重无算，会于柴达木疆域。成吉思汗赏赐其汗及使臣，并送礼物和信件给萨嘉·察克·罗咱斡·阿难达·噶尔贝（为贡噶宁布之梵名）喇嘛，信中说：“尼鲁呼诺延之还也，即欲聘请喇嘛，但朕办理世事，未暇聘请，愿遥申皈依之诚，仰恳护佑之力。”于是收服阿里三部属80万土伯特人众，遂进征额讷特珂克（印度）。《蒙古青史》与《蒙古源流》的记载大致相同。
藏文史籍《如意宝树史》载云，成吉思汗“四十五岁远征西藏时，第斯觉噶和蔡巴·贡噶多杰前来迎接，举行盛大宴会，献阿里三围、卫藏四如、南康六岗三区。成吉思汗派使臣向后藏萨迦喇嘛贡噶宁布送去信札礼品”，信中所言与《蒙古源流》中相似，但接着又说“成吉思汗虽未面晤贡噶宁布，但从遥远处认贡噶宁布为上师。免除了所有藏人的差税，并给卫藏的三佛田和僧伽行供养，成为佛教的施主法王”。《蒙古佛教史》所载大致又与《如意宝树史》相同。以上引述的史料中，都认为早在1207年成吉思汗就用兵吐蕃，并送去信件给萨迦派的贡噶宁布。
《多桑蒙古史》中说：“1223年春，疫止。成吉思汗遂决定取道印度、土番（Tubbet）而还蒙古。……欲取道土番而进，行数日，因所经之途山岳起伏，森林遍布，难于通行，遂返富楼沙，改循前赴波斯之来路退军。”
在《新元史》卷十七中也有类似的记载。
分析以上有关史料，不无矛盾。藏文史籍中明确记载着贡噶宁布在1158年已去世，成吉思汗在1207年用兵西藏并致信于他，显然是不可能的。此外，成吉思汗所联系的吐蕃方面人士，各书中记载也混淆不清。那么，蒙、藏文史书中为何一再提到成吉思汗1207年去卫地一事呢？这可能与《元史》所说“（太祖）二年，丁卯，再征西夏”有关，一些史家将成吉思汗第二次用兵征西夏误以为用兵于吐蕃。事实上此时蒙古汗国的疆域并不与吐蕃毗连，中间隔着西夏，不可能直接用兵。另一种可能是，当吐蕃听到蒙古远征西夏，引起了恐惧，就派出了使臣表示愿意归顺。至于13世纪初，成吉思汗就进入吐蕃本部成为“全西藏之主”的说法看来是靠不住的。《多桑蒙古史》中所说的1223年的事情：可汗西征班师时，原打算取道吐蕃而进，由于路途难于通行，仍循原路退回，基本也未与吐蕃发生关系。
综上可见，蒙、藏文的一些史书中，对于早期双方的关系已有一些记述，虽然有的目前尚无定论，需进一步研究，但从另一个侧面说明在成吉思汗时代，蒙古可汗在西藏已有一定程度的影响，或者双方可能有过某些联系或接触。
蒙古同西藏发生正式联系是在成吉思汗之子窝阔台汗在位时期（1229—1241年），第一个和西藏发生政治联系的是皇子阔端。1234年正月，蒙古与南宋合兵攻灭金朝后，按当时所订协约，蔡州（今河南省汝南）以南归宋，蔡州以北归蒙古，于是蒙古大军北还，留下速别额台镇守河南。
此时，南宋淮东制置使赵葵建议朝廷乘蒙古撤军之机，出兵收复中原。宋理宗采纳了这一建议，遂命赵葵率军6万攻汴京（今河南开封市），命徐敏子西攻洛阳。速别额台率军击退了宋军的进攻，使南宋收复三京（汴京、归德、洛阳）的计划失败。这次战争，遂成为蒙古决心征讨南宋的导火线。1235年七月，窝阔台汗在答兰答八思地方召开“忽里勒台”，决定出兵进攻南宋。蒙古军分兵三路，向南宋发起全面攻势，皇子阔出率中路军，攻取湖北襄阳和钟祥；皇子阔端率西路军由陕西入四川；宗王口温不花率东路军，攻取淮河流域。阔端，《元史·宗室世系表》说他是太宗（窝阔台）之次子，《蒙兀儿史记·漠北三大汗诸子列传第十九》叙他为第三子。长子合失为正宫皇后孛剌合真所生，太宗欲定为嗣，惟因嗜洒早薨，太宗甚为痛惜。次子贵由为六皇后（皇妃）乃马真脱列哥那所生，后继为第三任大汗定宗。三子阔端为三皇后（皇妃）乞儿吉思忽帖尼所生。四子阔出、五子哈剌察儿、六子合丹等，均不详其母名族，阔出也甚为太宗所钟爱，后因率中路军攻宋时薨于军中，太宗生前则指定阔出子失烈门为汗位继承人，后因乃马真摄政，情况发生了重大变化。
1235年，阔端奉命攻宋时，正驻军于今陕西勉县，没有立即率军南下入川，而改道西进，攻取秦（今甘肃省天水）、巩（今甘肃省陇西），规复陇右。其原因即是“金既亡，惟秦、巩二十余州未下”，原金巩昌府总帅汪世显据地自守。这对蒙古军南下攻宋，是一莫大威胁。为解除后顾之忧，遂又遣“皇子阔端征秦、巩”之举。当阔端招降了汪世显后，便令千户按竺迩攻取了今甘肃会宁、定西、兰州等地。随后又回军攻入今陕西略阳，击杀南宋沔州知州高稼。
1236年八月，阔端亲率汪世显等出大散关，令按竺迩领炮手兵为先锋，“破宕昌，残阶州，攻文州”，破城后，为招徕吐蕃酋长勘陀孟迦等十族，皆赐以银符。今甘肃临潭、迭部等地的吐蕃部落，也都归降了蒙古军，原金朝熙州（今甘肃临洮）节度使赵阿哥昌父子归降后，被阔端任命为迭州（今甘肃迭部）安抚使。由此可见，阔端此时已与吐蕃部落开始了接触，并委任吐蕃部落头人官职，使其管辖地方。然后，蒙古军分兵入川，宗王末哥奉命率按竺迩等出阴平道，按期会师成都，阔端与南宋利州（不详，利州东路还是利州西路，似指利州东路）统制曹友闻大战于阳平关（陕西汉中盆地的西边门户，自古为汉中循南栈道进入四川的咽喉要道），覆其军，降服了利州、潼川府等路。是年十月，蒙古军入成都，1237年，阔端率军北返，驻在凉州，宋军乘机收复了成都，后来阔端派汪世显、按竺迩再次夺回。1241年因窝阔台汗驾崩，蒙宋战争暂告休止。
从当时的行政区划看，阔端在吐蕃的东北面，已经占领了凤翔路（治所在今陕西凤翔，辖境相当今陕西秦岭以北，麟游、扶风、周至以西，甘肃葫芦河流域以东，崇信、平凉以西，及宁夏同心、海原以南地区）、临洮路；在其东面已经占领了利州西路（治所在今陕西略阳）、利州东路（治所在今陕西汉中）、潼川府路（治所在今四三台，辖境相当今四川中江、盐亭、西充、渠县以南，金堂、资阳、荣县、屏山以东，大竹、邻水、合川、永川、合江以西地区）、成都府路（治所在今四川成都，辖境相当今四川邛崃山以东、大渡河以北、龙门山西南，及沱江以西大部分、以东小部分地区），对吐蕃形成包围之势。吐蕃的北面，早在成吉思汗降畏兀儿、灭西夏时，已直接交界了。除东南角上有个大理政权尚存外，可说吐蕃是时已处于蒙古军战略包围之中，蒙古统一吐蕃势在必行。
二、阔端派兵入藏
1239年秋，阔端派他的大将多达那波率领一支蒙古军途经青康多堆、多迈和索曲卡，进入前藏。蒙古军在藏北由于遭到部分武装僧人的反抗，烧毁了西藏佛教噶当派的寺院热振寺、杰拉康寺，几百名僧众被杀，其中包括一个名叫赛敦的佛教法师。据《青史》记载，多达那波的军队没有攻打位于热振寺和杰拉康寺之间的达隆寺，是因为当时该寺笼罩上了一层迷雾，蒙古军未见之故。《西藏王臣记》中说，多达那波打到了拉萨河上游著名的止贡寺，可是由于寺主有“法术”，祭起一阵神奇的石雨，以致蒙古军未曾将该寺破坏掉。所谓“迷雾”和“法术”显然是荒诞不经的宗教渲染，不能解释达隆和止贡未遭破坏的真实原因。被毁的热振和杰拉康两寺都是西藏佛教噶当派的寺院，属僧人最多之一派，是因两寺僧人进行了武装反抗，以致遭到蒙古军报复。达隆寺和止贡寺是噶举派属下的两个支系。《蒙藏民族关系史略》指出：是否此时蒙古统治集团对西藏佛教的教派就已经有了一些倾向性？而在此以后，恰恰只有噶当派没有得到蒙古统治者的布施，也没有什么蒙古王室成员做它的后盾，而萨迦派和噶举派的一些支系往往有蒙古统治集团的支持。如1253年忽必烈同时召见了藏区两个有势力的教派萨迦和噶玛噶举的首领八思巴和噶玛拔希，不久噶玛拔希还去投靠蒙哥汗。多达那波率领的蒙古军在西藏留驻了两年，其间再未发生武装冲突，而且还与当地僧俗势力开始和平接触和频繁交往。他们尊重僧侣，以至帮助重建了寺庙。《青史》中说：蒙古军队焚寺杀僧后“心生痛悔，而供施许（多）金银以修复嘉寺。中殿名香特以修复；
‘达’佛殿未能修复；嘉扎佛殿修复其主要佛像释迦牟尼，而很好地作了开光法事。”
《嘉木样谢贝多吉年表》载，后来蒙古汗忏悔，并赐了众多金片银片，修复了被毁的神殿。
这是一次试探性进攻，不久以后，蒙古军队北返。
1240年阔端之父窝阔台汗患病，多达那波领兵撤回凉州。窝阔台病重时，下令召其子贵由和阔端回到和林，1241年窝阔台汗去世。
