其实，到了吴佩孚罢战，跟南方签订密约之际，段祺瑞和徐树铮等人已经对战事之不可恃，有所觉察，编练参战军，训练自己的嫡系武力，就是应对之策。然而，这种在吴佩孚和曹锟看来的卸磨杀驴的举措，反而更加刺激了吴佩孚和曹锟的离心，这边厢参战军未及练成，那边厢曹、吴已经反心陡长了。
段祺瑞的武力统一，未及半途，就变成了举国痛诋、国际声誉也很差的鸡肋之举，以至于被安福俱乐部捧出来的总统徐世昌上台，也得重开南北和谈。这样糟糕的武力统一，跟日元借款这种卖国行为联系在一起，使得段政府的卖国，更加罪恶昭著，尽管，段祺瑞的初衷，倒真的可能是为了救国，而非卖国。
当然，把段祺瑞、徐树铮以及曹、章、陆，从亲日推到卖国之境的，其实是跟西原借款有关的若干中日密约有关。说是密约，但是那时的中国，没有秘密，这边刚签字，那边风就透出来了，说它们密，委实枉担了虚名。但是，密约这种形式，却陡然增加了中日间存在猫腻的坊间猜想。
有关这时期的中日密约，主要有两个东西，一是有关山东铁路以及延长线济顺和高徐线的若干换文，一是应对俄国事变的若干中日军事协定。关于济顺和高徐路的换文，国内比较晚近的研究，依然认为这是段政府架不住西原借款的诱惑，出卖了连二十一条交涉时都未曾让步的两路敷设权。可见当初，国人对此事的疑虑乃至愤怒有多大。显然，我们仔细审视有关两路的换文，发现并没有出让“敷设权”这回事。首先，两路是由中国政府组织的修路公司，跟日本民间银行签订的协议，由“日本资本家”出面，是得到日本政府确认的。其次，修路的款项，由中国政府发行债劵解决，言下之意，日本银行的借款，是用于购买中国的铁路债劵。其三，换文仅限于借款，没有其他附加条件，更没有就敷设铁路有任何承诺。至少按条文推理，两路的敷设应该跟借款无关。因此，一直研究中日关系，而且对皖系向无好感的王芸生才会得出结论，认为“此项换文在当时言之，比较于中国有利”。
但是，关于山东铁路，也就是胶济路的换文，却另当别论。虽然说，日本已经占了这条路，而且，在二十一条的谈判中，中国方面也承认了既成事实，但这一切都属于被逼无奈，在国际上，尤其是英美方面，对此也是了解的。一般来讲，作为一个无力反抗强权侵夺的弱国，其外交的基本原则，是不能对即成的侵夺予以认可。正如有的研究者所说的那样，这种换文，等于是变相肯定了日本对胶济路的控制权，以及日军占领青岛，以及在济南存在的合法性。而换文的文末，用曹汝霖的话来说，还加上属于例行外交辞令的“欣然同意”字样，则给了巴黎和会上英美以否定中国提案的借口。
当然，换文的产生，跟寺内上台以来，出于西原借款的缘故，段政府对日本大有好感有关。章宗祥的签字，并非自作主张，毕竟是来自政府最高层的授意，也跟当时占领日本在山东的态势不无关系。占据青岛、济南和胶济路沿线的，是日本的军队。而人们都知道，日本军部长期跟政府步调并不一致，经常自行其是。尽管寺内内阁决心收敛日本在华的跋扈专横的做法，不再维持上届政府四下点火、给中国政府制造麻烦的策略，但是在华的日本军队，并没有因此而收敛，依旧在山东设置民政机关，征粮收税，实行实际的管理。正如巴黎和会上中国代表顾维钧针对英美有关的质问回答的那样，“当时日本在山东之军队既不撤退，又设民政署，置警察，课税则，地方不胜其扰，非常愤闷，政府恐激生事端，故又致有此约”。而此换文的产生，按交涉者章宗祥的意思，是通过双方政府间的协商，定出规则，让日本军队有所收缩，集中在青岛和济南，胶济路则由两国合办的警察维持，从而撤去日本擅自设置的民政机关。显然，我们从换文的字面上看，似乎也挽回了一点权益。比如规定日军从胶济路沿线撤军，胶济路的巡警队，有中国政府组织，聘用日本人，胶济路上的职员，也要聘用中国人。如果真能按换文规定严格执行，比起此前日本军队在山东到处驻扎，胶济路根本不容中国人沾边的状况，肯定要好些。这也是一向为人谨慎的章宗祥能够签这样一个换文的原因。但必须指出，这种所谓权益的挽回，只是在日本强占基础上的挽回。等于是日本人先抢去根本不属于他们的东西，然后吐出一点来，就算让步。可是，就算这样的让步，要中国政府付出的，也是过分的代价。当时的当政诸公，包括章宗祥在内，忘记了二十一条之后的中国情势，这样一签，在大局上是彻底失了分的。
其实，这两个换文，就当时的情势而言，最大的问题是直接触碰了人们国家危亡上的那根敏感的神经。自从二十一条签订以来，中日关系就处在高度敏感的状态，日本寺内政府所谓的亲善之举，在日本没有退出山东、没有废除二十一条的情况下，很容易被人理解为一种阴谋。段祺瑞迎合日本的“亲善”，接受大笔借款，对内开战，已经有了中招的嫌疑。而这两个换文，则一个强化了日本抢占山东权益的合法性，一个则涉及了这种权益的扩展，把黑手伸到了整个中国的腹地。当年德国染指济顺和高徐两路的路权时，原本就蕴含了把势力从山东延伸到京汉和京浦线的意思，现在中国跟日本签这个换文，无论换文文本含义若何，当年的“意思”都会自然延伸过来。更何况，借款的3家日本银行，也根本不是纯粹的民间资本，跟日本政府的关系密切，以中国这种弱国地位，在很多人眼里，即使文件上没有写，但沾上日本的边，以后会发生什么事情，都很难说。实际上，自二十一条之后，中国人已经丧失了对日本的起码的信任感，自然也就危及所有跟日本打交道的人，动辄获咎。
胶济路的换文，由于“欣然同意”四个字，成为美英在巴黎和会上搪塞中国的借口，因此，在五四运动中，最为人诟病，但真正对当时的中国构成威胁，或者说当时的国人最担心的中日密约，却是中日共同防敌军事协定。
1917年俄国十月革命爆发后，苏俄政府很快跟德国签订了布列斯特和约，单独退出了战争。但是革命的苏俄很快陷入战乱，作为俘虏的、远在西伯利亚的捷克军团首先叛乱，各种反布尔什维克的叛军四起，不仅原来已经被沙俄策动开始分离的外蒙，苏俄中央政府无暇顾及，就是跟中国接壤的远东和中亚地区，也处于一片混乱。一个一向欺凌我们的强邻陷于内乱，对于当时的中国而言，显然好处更多一点，中国政府得以借机出兵库伦，收回了外蒙。当然，边境上也有些小麻烦，俄国境内的战事，免不了经常会有战败者窜入中国境内，导致一些骚乱。在1918年最初两个月的中国报章上，也出现过对此现象的报道和忧虑。有消息说，在新疆方面，俄国的回缠将与新疆和土耳其的回缠一并起事，新疆督军杨增新已经实行戒严。还有传闻说，在西伯利亚的德国俘虏不稳，而俄国可能崩溃，因此，德奥可能沿西伯利亚铁路东来，云云。报章甚至打出“俄国既以无条件屈服于德，吉黑边防日形危急”字样，很是耸人听闻。
对此，少数关心时局的人感到忧虑，也是自然，但这种忧虑，多半来自对俄国情况的不清楚，一直到1918年底，中国人都不清楚俄国到底发生了什么，夺权的人到底是什么人。德奥势力会不会趁机与俄国联合，很难说这种报界的传闻，会真的引起国人普遍的恐慌，毕竟，真刀实枪的冲突并没有发生，传闻带来的小小波动，很快就会过去，遥远的俄罗斯，跟中国人有什么相干。但是，中国的另一个邻居日本，想法却大不一样，他们的情报部门会告诉他们的当局大体真实的情况，一个陷于大混乱的俄罗斯，无疑是日本的一个机会。
自甲午战胜中国以来，日本在远东的对手，主要就是俄罗斯，日俄战争战而胜之，但俄国的实力仍在，双方对“中国遗产”的争夺，正未有穷期。俄国的内乱，无疑给了日本又一个“天佑”之机，因此，日本军方很快做出了出兵西伯利亚的决定，借口是防止德奥东来。事实上，傻子都知道，尽管俄国退出了战局，但协约国和同盟国之间的战争，仍在欧洲激烈地进行，德奥断无可能腾出手来万里远征远东。而所谓在西伯利亚的德国战俘，释放后对远东的威胁，也是无稽之谈，谁都知道，这些人即使作乱，也是要回家，是往西去，不是向东来，哪里有力量东来南下。日本出兵，无非出于自家对俄国远东领土的野心罢了。从地缘态势来看，日本已经掌握了南满，如果顺势拿下俄国的远东地区，那么北满自然就是囊中之物，不劳费心从中国生夺硬抢了。
日本人出兵，还要拉上中国人。1918年2月5日，日本军部参谋次长田中义一约见中国驻日公使章宗祥，提出中日实现合作，共同防止德国势力借机东来。进一步，田中提出两个合作的方式，一是由两国外交部门协商定约，然后军事行动细节由双方军事部门再商量办法。一是双方军事当局商定军事布置，然后由外交部门加以认可。中国政府倾向于选择第二种方式。当时发言权很大的驻日公使章宗祥是倾向于跟日本合作的，他的理由是，日本采取行动，本可以不跟中国商议，而日本国内，也有这样的声音，抛开中国，单独行动。因此他担心，如果日本单独行动，势必重演像日俄战争以及不久前日德在青岛交战的情形，“彼时拒之不能，联之无及，自不如先行筹划共同，尚得以合意之商榷，行共同之防御，内政外交，大有裨益”。不仅如此，在双方换文之后，章宗祥还几次向中国外交部转达日方的意思，要中国方面追查消息走漏的原因，别信英方的“挑拨”，进一步打消疑虑。虽然只是转达日方意见，但也可看出他的倾向所在。
所谓的中日共同防敌军事协定，令国人最感忧虑的，是日本军队可以借机通过中国领土。人们担心，这是否会是一个现代版的假途灭虢之计。不过，以当时的情势而言，日本军队还真的就是意在俄国的远东领土，并非想借机对中国用兵。道理很简单，当时日本军队，已经存在于中国领土上了，东北有南满铁路的护路军，青岛和山东也有驻军，甚至在京津至山海关，日本军队也可以凭借辛丑条约赋予的特权驻扎。日本如果打算跟中国动手，就像逼签二十一条时那样，直接在三地动员增兵即可，原用不着大费周章，签这么一个协定。这个协定的用意，无非是日本要中国当小伙计，提供通过和后勤的便利，当然也不排除适当的时候，让中国士兵给他们当回炮灰。应该说，日本人真正要的，是中日协定中的这一条：“凡在军事行动区域之内，中国地方官吏，对于该区域内之日本军队，须尽力协助，使不生军事上之窒碍。”
但是，不幸的是，这种给予日本军队公然过境行动权利的军事密约，跟中国所有的机密政务一样，根本不可能如日方所愿，而保得住密，很快消息就全部泄露，神通广大的英国《泰晤士报》驻北京记者莫理循搞到了全部文本，迅速在英国刊发。这样一来，中国消息灵通人士自然也都知道了，迅即激起了一连串的抗议。在那种国人风声鹤唳的情形下，这种根本无密可保的密约，不可能不陷主导者于卖国之境，白纸黑字，纵有百口也无从辩白。不仅知识界疑窦丛生，连亲英美的那部分职业官僚，也心怀不满。属于亲英美派的职业外交官颜惠庆后来回忆说，当年签的这个军事密约，“最为国人所反对，认为日本将乘机在我国境内长期驻兵，经过相当谈判之后，终于于民国十年元月，以予废除”。言外之意，此事被亲日派弄糟了，是他们的艰苦谈判才得以挽回。其实，按当时操办者章宗祥的意思，跟签订胶济铁路的换文一样，无非是日本既已执意要做，拦也拦不住。还是那个思路，弱国外交，承认既成事实，在此前提下以协定形式加以部分挽回，最大限度地减少损失。其实，弱国外交，就是这样的两难，不打交道，对强国的作为，概不承认，在道义上，固然没有问题，但却无法防止对方实际的蚕食。如打了交道，又等于变相承认侵略。可是，作为担事的外交官，实际上只能有前一种的选择，必须跟强盗谈判。
最根本的问题是，自打二十一条之后，中日两国之间国民的基本信任已经荡然无存，中国是个大而弱的国家，近代以来，一直饱受欺凌，特别是来自日本的欺凌，二十一条对中国人，尤其是对知识界的刺激实在是太大了，早已风声鹤唳，任何中日间的交易，都可以向丧失权益的方向解读。当然，以当时国人的惨痛经验而言，这样的解读，也未必没有道理。曹、章、陆的悲剧，在很大程度上，就是他们不幸地赶上了那个时代，主持中日间的外交事务，自己却没有足够的政治视野。
