一八八四年（清光绪十年，甲申） 一岁
九月二十八日（阴历八月初十日），出生于日本横滨。原名戬，字子谷，后改名玄瑛，又名湜，出家后法号曼殊。
父亲苏杰生，在日本经商，当时任横滨万隆茶行买办。其原籍为广东省香山县（今中山县）恭常都沥溪乡白沥港村。
生母河合若（若子），日本江户人，与苏杰生非正式同居，生下曼殊后，不到三个月便离去。曼殊归河合仙抚养。
义母河合仙，日本江户人，为苏杰生之大妾。一八七七年养一子苏焯，一八七七年携苏焯来中国，在沥溪住约三年，因不堪苏氏家族的歧视，于一八七九年返回横滨，留下苏焯在沥溪。
嫡母黄氏，这时居住原籍。
庶母陈氏，苏杰生之次妾，这时随居横滨。
一八八五年（光绪十一年，乙酉） 二岁
随义母河合仙，母爱甚笃。
一八八六年（光绪十二年，丙戌） 三岁
嫡母黄氏由沥溪来横滨，与苏杰生同居，曼殊始见嫡母。
是年，庶母陈氏生妹祝龄。
一八八七年（光绪十三年，丁亥） 四岁
曼殊喜好图画，如《潮音跋》所记：“四岁，伏地绘狮子频伸状，栩栩欲活。”
一八八八年（光绪十四年，戊子） 五岁
受母教，开始识字。
庶母陈氏生二妹祝年。
一八八九年（光绪十五年，己丑） 六岁
随嫡母黄氏归沥溪乡白沥港村，始见祖父母。
一八九〇年（光绪十六年，庚寅） 七岁
入沥溪乡乡塾，开始读书。
庶母陈氏生三妹惠芳。
一八九一年（光绪十七年，辛卯） 八岁
仍在乡塾就读。
庶母小陈氏（苏杰生之第三妾），从广东来横滨归苏杰生。
一八九二年（光绪十八年，壬辰） 九岁
横滨万隆茶行营业失败，十二月间，苏杰生偕妾大小陈氏回沥溪白沥港村。河合仙独留日本，直至一九二三年死于地震，再也没有来中国。
一八九五年（光绪二十一年，乙未） 十二岁
曼殊仍就读乡塾；性近美术，好作画。
苏杰生偕大陈氏及所生诸女赴上海；同时遣长子苏焯往横滨，随表叔林北泉（祖母之侄）习商。
庶母大陈氏生四妹齐生，不久夭亡。
一八九六年（光绪二十二年，丙申） 十三岁
随姑母苏彩屏到上海，与父及庶母同居；然颇受庶母虐待。这时开始学英文。
一八九七年（光绪二十三年，丁酉） 十四岁
在上海继续学习英文和中文。得识西班牙人庄湘博士，在其教导下，学习大有进步。
四月，祖父苏瑞文病重，父亲遄归侍疾。十一月十四日（阴历十月二十日），祖父病故，庶母大陈氏携女回沥溪。曼殊仍就留上海就读。
十一月，庶母小陈氏病卒。
一八九八年（光绪二十四年，戊戌） 十五岁
春初，随表兄林紫垣（祖母侄孙）赴日本。在横滨，入华侨主办的大同学校学习，为通学生，食宿于林紫垣家。同学有冯懋龙（号自由）、郑贯一、张文渭，及从兄苏维翰（号墨斋，叔父苏德生之次子）。
与兄苏焯在横滨相遇。
一八九九年（光绪二十五年，己亥） 十六岁
在大同学校继续学习，学业进步甚速。
一九〇〇年（光绪二十六年，庚子） 十七岁
春，升入大同学校甲级，兼习英文。大同学校分甲乙二级，甲级所授为中英二科，乙级所授为中文一科，曼殊原读乙级。
一九〇一年（光绪二十七年，辛丑） 十八岁
仍读大同学校。课余，间作画，下笔潇洒挺秀，已显露出绘画才能。
苏焯归国，返沥溪。
一九〇二年（光绪二十八年，壬寅） 十九岁
在大同学校毕业，与苏维翰、张文渭筹议升学，往东京同考高等师范学校，仅苏维翰考取；继而曼殊与张文渭又投考早稻田大学高等预科，方同被录取。其时，表兄林紫垣每月补助十元，仅敷下宿屋膳宿费用，生活十分艰苦，曼殊却能刻苦自励。
是年冬，中国留学生叶澜、秦毓鎏、张继等（多属早稻田大学学生），发起组织“青年会”，宣言以实行民族主义为宗旨。冯自由介绍曼殊加入“青年会”。
苏焯从沥溪来日本，在神户经商。
庶母大陈氏生幼妹惠珊。
一九〇三年（光绪二十九年，癸卯） 二十岁
经侨商保送，转入成城学校（此为日本陆军的预备学校），学习陆军，易名苏湜，与同学刘三（号季平）相识。
三四月间，俄军侵略我东三省，中国留日学生闻讯极为愤慨，叶澜、秦毓鎏等发起组织留学生“拒俄义勇队”；被日本政府解散后，又组织“军国民教育会”。曼殊均参加组织活动。林紫垣却极力反对，几次劝告不听，竟中断接济，迫使曼殊不得不辍学。
九月，曼殊乘博爱九回国。苏维翰、张文渭冒雨至船埠送别。在轮船上，曼殊草遗书致林紫垣，假称已投海自杀，用以脱离林紫垣的干预。
九月上旬，抵达上海，会晤陈独秀。旋即赴苏州，任吴中公学教习；同事中交好者有包天笑、祝心渊。后又往上海，任《国民日日报》翻译，与陈独秀（仲甫）、何靡旋（梅士）、章行严（士钊）共事。
其间，翻译嚣俄（现译雨果）的小说《惨世界》（现译名《悲惨世界》），撰写《女杰郭耳缦》、《鸣呼广东人》二文，及《以诗并画留别汤国顿》二首，在《国民日日报》上发表。
十一月，《国民日日报》被查封，《惨世界》刊登至第十一回之半，亦中辍。曼殊与陈独秀、何靡施、章行严另租屋同住。一日，曼殊忽思南行，趁陈章外出，邀何靡施观剧，至剧场前，却称忘记带钱，独返寓所，于章行严行箧中取三十元，留下字条而遁。
曼殊离开上海，经过湖南，“入衡山，登祝融峰，俯视汀流明天”（据曼殊《画跋》所记）；然后往香港。
抵香港后，持冯自由在日本所写的介绍信，往访陈少白。这时陈少白任《中国日报》社长，遂下榻于该社。住未久，曼殊因感身世有难言之恫，衷怀抑郁，决意出家为僧。陈少白知其性僻，无可挽留，赠送数十金为行资。曼殊遂往惠州投一破寺受戒，取法名为“曼殊”。
一九〇四年（光绪三十年，甲辰） 二十一岁
二月，因破寺只住持一老僧，并臼躬操，且无隔宿之粮，唯恃化缘为活，曼殊不堪如此困苦生活，乃离惠州，再返香港。据陆丹林《记苏曼殊出家及欲枪杀康有为事》一文所记：“一日，（曼殊）乘其师他地，遂窃其已故师兄之度牒，及其师仅存之二角以逃。步行至省城，乘轮抵香港，银洋二角仅足以充船费，路上不食已二日矣。”师兄法名博经，其俗家原为南雄州始兴县赵姓子。此后，曼殊有时也以“博经”为自己的法名。
在香港期间，偶然被乡人简世錩碰见，并探长其住址。简返沥溪，即将情况告知其父苏杰生。这时苏杰生已病重，托简再至香港促曼殊归乡。曼殊托辞不归。三月十五日（阴历正月二十九日），苏杰生病故，曼殊也未奔丧。实因苏杰生绝缘河合仙，曼殊深为抱恨。
三月下旬，至上海，访“青年会”旧友叶澜于“国学会”。此时曼殊决心南游，得庄湘博士助旅费，春未启程，游历邏罗、锡籣。至邏罗时，从乔悉磨长老习梵文，研究佛典；并至佛诞生处，瞻阿输迦王表彰佛诞生处碑。
七月，返国，到长沙，访留日旧友秦毓鎏。这时，秦任湖南实业学堂教务监督，并兼明德、经正两学堂历史教习。因此，曼殊亦受聘为实业学堂教习。
九月，“华兴会”谋在长沙起义失败。曼殊虽未参与，但与会中主要人物黄克强、杨性恂、杨笃生、秦毓鎏、张溥泉等交往密切，因黄克强等都是实业学堂的同事。
一九〇五年（光绪三十一年，乙巳） 二十二岁
上半年仍在长沙实业学堂任教。暑假中至上海，重晤秦毓鎏（去年，因“华兴会”起义失败逃来上海）。秋后，至杭州游西湖，作画寄陈独秀。
下半年，在南京，任教于陆军小学，授英文，与刘三共事。此时，并与赵声（伯先）相识。据曼殊《燕子龛随笔》记述：“余教习江南陆军小学时，伯先为新军第三标标统，始与相识，余叹为将才也。每次过从，必命兵士携壶购板鸭黄酒。伯先豪于饮，余亦雄于食，既醉，则按剑高歌于风吹细柳之下，咸相与驰骋于龙盘虎踞之间，至乐也。”亦常与刘三出游作画，在曼殊《画跋》中有记载：“乙巳羁秣陵，偕季平登鸡鸣寺，观台城后湖，百感交集，画示季平。”又记：“乙巳与季平行脚秣陵，金凤出素绢索画，未成而金凤他适。及后，渡湘水，作此寄之，宁使殷洪乔投向石头城下耳。”于此可以窥见，曼殊亦尝涉足花丛。
一九〇六年（光绪三十二年，丙午） 二十三岁
元月二十五日（阴历元旦），与刘师培（申叔）经南京下关，作画一幅（《画跋》记：“丙午元旦，与申叔过马关作。”按“马关”，非日本之“马关”，其时曼殊尚在南京，可能指南京之下关）。
同年，印度友人钵罗罕回国，绘《江干萧寺图》赠别（据丙午《画跋》记）。
春初，再至长沙，执教于明德学堂，教授图画；僦居永福寺。
夏，应刘师培邀约，至芜湖，执教于皖江中学，与邓纯侯同事。
暑假中，偕陈独秀东渡，至日本寻义母河合仙，不遇。［据河合氏次年所作《曼殊画谱序》记：“（吾儿）去夏始得卷单来东省余，适余居乡，缘悭不遇。”］暑假结束，从日本回国，仍赴芜湖皖江中学任教。但因学校闹风潮，于阴历八月下旬，与陶焕卿、龚薇生离芜湖，至上海，拟入留云寺为僧。阴历九月初四，又往杭州，游西湖。初九日，返上海，住爱国女学，偶于故纸堆中得英人祖梨手绘露伊斯美索尔像。阴历十月，迁居八仙桥鼎吉里四号夏寓。此处实为中华同盟会江苏分部。阴历十一月二十三日，离上海，往游温州。不久，返回上海。（以上行踪见曼殊丙午年《与刘三书》）
一九〇七年（光绪三十三年，丁未） 二十四岁
二月十三日（阴历元旦），与刘师培、何震夫妇东渡赴日本。自正月至五月，在东京牛区新小川町《民报》社，与章太炎同住。期间，除为《民报》写文章外，埋头于梵文著述，成《梵文典》八卷，自为序，章太炎亦为题序。此外，还不时留居于义母河合仙家，借叙天伦之乐，因曼殊始终认为河合仙是他的生母。
曼殊在《民报》增刊《天讨》上还发表其绘画：《猎狐图》、《岳鄂王游池州翠微亭图》、《徐中山王莫愁湖泛舟图》、《陈元孝题奇石壁图》。
是年春，鲁迅至日本筹办《新生》杂志，曼殊应邀为筹办人之一。但《新生》未得同人积极支持，尚未问世即告夭折。
