杨复兴到卓尼后，首先整顿军务，举办卓尼军官训练班。训练班“在洮、岷、卓尼三县（局）招收藏汉族学员60名，受训4个月。毕业后，大部分学员被分配到新成立的特务营担任排长或司务长职务。特务营辖3个连共300多人，均系民兵中抽调的义务兵，规定一年一换。”·随着军事力量的壮大，装备问题接踵而来，于是又向西北军政长官公署副长官兼西安绥靖公署主任胡宗南、甘肃省主席郭寄峤伸手，先后通过各种渠道搞到步枪300多支，子弹30000余发，守土自保。
1949年6月，马步芳被提升为西北军政长官。担心被马步芳统治的杨复兴，正好下属于他。马步芳就职西北军政长官，杨复兴也随大流学着甘肃各地的国民党高级军政要员向“长官”献了晋见礼，表示祝贺。
1949年下半年，中国人民解放军以排山倒海之势挺进西北，所向披靡。甘肃国民党军政各界人心惶惶，各级官员何去何从，都在拨着自己的小算盘。
同年7月间，国民党陇南行署主任赵龙文从武都发来急电，令杨复兴率部撤离卓尼，退守迭部，以作后图。杨复兴当即召集参谋杨生华、民兵团长雷兆祥、杨景华、赵国璋进行商讨研究，最后取得一致的意见，认为中国人民解放军长驱挺进，国民党美式装备的数百万军队，都被一一击溃，卓尼区区武力，进行抵抗，犹如以卵击石，自取灭亡。
杨复兴等对人民解放军的了解和认识是有其思想基础的。当年红军过境，宣传民族平等团结，军纪严明，用东西付钱，对民族地区的政务、宗教秋毫无犯。据说红军从岷县折到临潭休整期间，对藏民聚居的卓尼地方未涉一步。还有老司令杨积庆在红军过迭部沟时让道济粮，使红军顺利通过迭部。“今天共产党解放军如此强大，受到全国人民的拥护……估计解放军来了，不会对藏民为难的。根据以上分析，决定不去迭部，解放军来了准备迎接，投诚。”
于是，在表面上为了应付赵龙文，复电说“正在设法准备撤退迭部”，暗中却积极活动，想法和共产党取得联系。是年8月间，“一野第一兵团司令员王震率部经过临洮向临夏进军时，派军部政工人员刘育华和会川土司赵天乙秘密来卓，在卓尼木耳村会见了杨生华。然后杨生华奉杨复兴的指示，夜晚在柳林碉堡内同刘、赵进行密谈。赵天乙指着刘育华说：‘这是我的侄儿，给我做伴来的，现在快要解放，你们怎样打算？’杨和赵天乙本来相识，就开门见山地回答：‘我们卓尼和你们一样，都是土司所辖的藏族地区，只要解放军不妨碍土司地位，不侵犯藏民的权益，保障我们的安全，我们就投降。我们的老土司当年给红军暗中供粮，我们卓尼历史上没和红军打过仗，也没有抓捕关押过流落红军，现在还有流落红军在司令部当兵，我们也没有在卓尼发现过共产党。今天，更不敢和解放军作对。”刘育华听了这番谈话，已经掌握了杨复兴的动机和倾向，这才亮明自己是共产党员，并讲明来意，直言告诉杨复兴，是受共产党派遣前来策动起义的，随即拿出王震司令员给杨复兴和杨生华的亲笔信和解放军进军布告。同时，在交谈中向杨复兴等宣传了党的民族政策和对起义人员的宽大政策，提出让杨复兴和杨生华前往临夏商量起义事宜。但由于当时的条件还不成熟，临夏之行未果。在此以前，卓尼已与共产党地下组织取得联系，党组织第一次来卓联系起义者，由雷兆祥团长接头接待。事后派专人送到岷县，被岷县国民党特务机构发现疑迹，责令临潭县国民党党部处理，并对雷兆祥加码，要不是杨复兴的正面保护险些被捕。
9月3日，第一野战军彭德怀司令员，派军代表任谦同志赴岷县动员帮助国民党省保安司令部副司令周祥初起义。任谦同志到岷县以甥If关系和周祥初商量，决定联合洮岷路保安司令杨复兴一同起义。即于9月5日，派陆聚贤同志带上王震、任谦和周祥初的信，由杨子华、王克仁领到卓尼，7日上午会见了杨复兴。杨即答复我们已决定起义，至于时间问题，请任代表、周司令决定。”陆聚贤等返岷向任谦同志汇报后，就起义的具体时间问题，于9曰又派地下党员康君实同志来卓，同杨复兴、杨生华面谈。最后约定于9月11日起义。
起义时间确定后，司令杨复兴、参谋长杨生华、团长杨景华、雷兆祥、赵国璋以及参谋张志平、副官陈世昌、禅定寺头目乔都盖等10余人前往岷县。11日在箭营校场召开大会，宣布正式起义。会上首先宣读了起义通电，然后任谦同志以军代表的身份宣讲了人民解放军的性质、宗旨和任务。根据一野首长指示，将驻岷旧部改编为人民解放军西北独立第一军。洮岷路保安司令部暂改为西北人民武装，12日，向中国人民解放军第一野战军总部发出通电，电文如下：
彭副总司令，张爽副司令员：
任谦代表到岷县后，洮岷党政极为兴奋，在9月11曰举行起义，加入人民解放军。今后誓愿站在人民立场，服从中共中央毛主席、朱总司令与西北军政诸首长的领导，根据人民解放军宣言所栽之各项基本政策，整编部队为人民军队，打倒美帝国主义，肃清反动残余，以期早日成立全国统一的民主联合政府，为民族独立、民主自由、民主幸福及全国人民的彻底解放而忠诚奋斗，实现新民主主义，完成全国人民之愿望，兹当起义之初，部队改编待命之时，特电奉告，并盼指导。
甘肃省保安副司令兼师管司令周祥初率一七三师，甘保二团、五团，师管区直属一、二大队，补训第四团，省骑兵大队，第一行政区保安大队暨代理第一区专员兼保安司令孙伯泉，洮岷路保安司令杨复兴等全体官兵同叩。
9月12日，一野总部接到起义通电，对周祥初等弃暗投明的举动表示欢迎，并以彭副总司令、张宗逊、赵寿山副司令员的名义复电祝贺：
申文电欣悉。当此胡、马匪军面临最后覆灭，西北人民接近全部解放之际，你等率领起义，加入人民行列，前途光明，殊堪庆贺。彭德怀、张宗逊、赵寿山申寒。
周祥初等率部起义，对即将灭亡，顽固抵抗的胡、马匪帮是沉重的一击，给那些向人民靠拢的国民党要职人员做出了榜样。他们的这一举动受到党和人民的欢迎和赞扬。
9月15日，《甘肃日报》发表了题为《接受八项和平条件，周祥初等陇南起义，通电彭副总司令接受民主改编》的消息：
[西北前线14曰电]前国民党甘肃省保安副司令兼师管区司令周祥初，代理第一区专员兼第一区保安司令孙伯泉及洮（州）岷(县）路保安司令杨复兴等接受毛主席八项和平条件及国内和平方案，于本月11日在陇南岷县驻地率部举行起义，岷县即告解放，并通电人民解放军彭副总司令及第一野战军张、赵副司令负，待命接受民主改编，为争取我国解放战争彻底胜利和建设新民主主义的新中国而忠诚奋斗。彭德怀副总司令，张、赵副司令当即复电，表示庆贺与欢迎。
杨复兴同周祥初起义后，经改编，周祥初部为中国人民解放军西北独立第一军，周祥初任军长，杨复兴任卓尼民兵司令部司令员。当整编接管工作结束以后，周祥初部并归六十二军。岷县设立专员公署，杨复兴为岷县专区卓尼民兵司令部司令员兼县长。
1950年，岷县专署撤销后，卓尼成立甘肃省直辖藏族自治区，杨复兴担任自治区行政委员会主任，着手撤销旧的管理机构，建立了区、乡两级基层人民政权，彻底改革世袭土司制度，带头废除封建等级制和封建特权。1953年起，历任甘南藏族自治州副州长、甘南军分区副司令员、西北军政委员会民族委员会委员。1955年，被授予中国人民解放军大校军衔。1956年12月加入中国共产党。1958年，甘南发生了反革命武装叛乱，杨复兴同志不顾个人安危深入叛乱地区做了大量的思想宣传和政治争取工作，为迅速平定叛乱做出了积极的贡献。1960年，任甘肃省民族事务委员会副主任。1963年，当选为中共甘南藏族自治州州委委员。1966年“文革”开始后，受到不公正待遇，停职审查。1969年12月在甘肃徽县红旗山“五七”干校劳动。1983年2月，任西北民族学院副院长，期间采取一系列措施，为恢复学院的正常教学秩序做出了努力。1981年，当选为甘肃省第五届人民代表大会常务委员会副主任兼民族委员会主任，并任省人大常委会党组成员。1983年后，当选为甘肃省第六、七届人民代表大会常务委员会副主任并任党组成员。1993年，任甘肃省第八届人民代表大会常务委员会咨询员。
杨复兴同志还是第一、二、三届全国人民代表大会代表，第八、九届全国政协委员会委员，甘肃省第一、二、三、五、六、七、八届人民代表大会代表，甘肃省第一、二、三届人民委员会委员，省革命委员会委员。
杨复兴同志在参加革命工作后，坚定社会主义的理想和信念/始终保持着旺盛的革命精神，追求真理，毫不动摇，实事求是，言行一致，在思想上、政治上始终同党中央保持窝度一致，表现了一个共产党员的党性原则和崇高品质。
杨复兴同志对党、对人民无限忠诚。他坚决拥护党的十一届三中全会以来的路线、方针和政策，认真学习马列主义、毛泽东思想和邓小平理论。坚持党的基本路线，坚持改革开放，坚持四项基本原则，并能在工作实践中积极贯彻执行。
杨复兴同志是民族上层人士，在我省藏族群众中有很高的威望。他经常以自己的特殊身份和威望，向广大藏族干部群众宣传党的民族政策，号召大家自觉维护和加强民族团结，积极维护社会安全，维护祖国统一。他特别重视发展民族教育事业，不辞辛苦，经常深入农牧区视察民族教育工作，帮助解决实际问题，为培养少数民族人才做了大量的、卓有成效的工作。
在省人大常委会担任领导职务期间，他经常深入基层，就全省政治、经济、文化、民族宗教等方面的重大问题进行视察和调查研究，了解民情，集中民意，积极向省委、省政府提出意见和建议，为推进我省的民主政治建设和法制建设，特别是为促进少数民族地区经济建设和社会进步，作出了重要贡献。
杨复兴同志工作认真负责，作风求真务实。他始终坚持个人利益服从党和人民的利益，顾全大局，谦虚谨慎，团结同志，广泛联系群众，积极听取群众意见，维护民主集中制原则。他积极开展批评与自我批评，爱护并关心民族干部的成长，廉洁奉公，生活俭朴，对自己的亲属和身边工作人员要求严格，保持和发扬了党的优良传统和作风。
杨复兴同志因患肺动脉栓塞医治无效，于2000年元月1日15时10分在北京协和医院病逝，享年71岁。他的逝世是我们党的损失，使我们失去了一位好党员、一位很好的少数民族领导干部，我们深感悲痛。我们要学习他忠于党、忠于人民的高尚品格，学习他勤勤恳恳、兢兢业业、坚持真理、光明磊落的作风，学习他关心群众，走群众路线，全心全意为人民服务的革命精神。
杨复兴同志患病期间和逝世后，当时的中共中央政治局常委、国家副主席胡锦涛同志发来唁电，表示沉痛哀悼和对亲属的慰问，中共中央组织部、统战部、金融工委，全国人大常委会有关委员会，全国政协办公厅，国家民委、人事部，中共甘肃省委、甘肃省人大常委会、甘肃省政府，甘肃省政协、甘肃省纪律检查委员会，省高级人民法院，省人民检察院的领导和老同志阎海旺、陈光毅、顾金池、多吉才让、孙英、卢克俭、宋照肃、杨振杰、李子奇、王世泰、许飞青、葛士英、申效曾、陆浩、仲兆隆、李虎林、赵拴龙、牟本理、图道多吉、张学忠、杨利民、郭琨、马西林、陈学亨、王安顺、嘉木样·洛桑久美图丹却吉尼玛、杨怀孝、姚文仓、胡慧娥、柯茂盛、陈绮玲、程有清、杨作霖、洛桑·灵智多杰、丁泽生、贡唐仓·丹贝旺旭、拜玉凤、杜颖、杨镇刚、张树兰、李德奎、金靖宇、以及省直有关部门、甘南藏族自治州和卓尼县的领导罗笑虎、贾世贵、沙拜次力、旦智塔、卓玛加、康尔寿、杨宇宏、卢仲勇等同志到医院看望，并以不同的方式表示沉痛哀悼和对家属的慰问。
杨复兴逝世后，组织和家庭根据本人生前遗愿和家乡人民的要求，决定将遗体接回故里卓尼安葬。
2000年1月2日，省人大常委会的有关领导、甘南藏族自治州和卓尼县四大班子的代表前往北京吊唁及处理善后事宜。
日，用专用灵车护送遗体日夜兼程2000余公里，于6日清晨7时许到达兰州榆中县和平乡。省人大常委会主任卢克俭及在家的副主任、治丧领导小组成员、老同志及亲友200余人在凛冽寒风中迎候。灵车到达和平乡，由卢克俭主任主持举行了庄重的接送仪式。
之后，灵车启动，警车开道。前往卓尼参加杨复兴同志遗体告别仪式的有省人大常委会副主任柯茂盛，省政协副主席杨镇刚，省人大常委会副秘书长、办公厅主任罗正亚，省委组织部副部长王廷责，省人大常委会民侨委主任胡培玉、办公厅副主任常玉厚，省民委副主任潘年发，西北民族学脘党委副书记高瑞及有关厅、局的领导亲友百余人。灵车及护灵车队于13时许到达甘南与临夏交界的土门关，这里有甘南藏族自治州及七县市有关部局党政军领导罗笑虎、丹正嘉、贡保甲、拜一民、沙拜次力、张明选、看召嘉、梁明远、旦智塔及干部、群众千余人手捧哈达夹道迎接。
在沿途群众难以名状的悲痛气氛中，灵车缓缓行驶，于17时许驶进卓尼县城。
1月7日10时，在庄严肃穆的哀乐声中，杨复兴同志的遗体安放在鲜花丛中，身上覆盖着中国共产党党旗省委、省人大在卓尼县隆重举行了杨复兴同志遗体告别仪式。杨复兴同志一生追求真理，奋斗不息，把毕生精力献给了民族解放和幸福的事业，赢得了家乡各族人民群众的爱戴，党组织对他给予了髙度评价。长子杨正代表亲属感谢省、州、县各级组织、领导及父老乡亲对父亲的关怀和爱戴。前来吊唁的干部、群众无不为我党失去一位优秀党员和少数民族干部，家乡各族群众失去一位德高望重的长者而声泪俱下。
原甘肃文史馆馆长杨生华先生撰写的挽联髙度概括了杨复兴同志的一生：
幼遭横祸历尽艰辛维护地方秩序民族生存克尽厥职，审时度势迎接解放拥戴社会主义忠党爱国夫复何憾。
