周恩来在山西期间，十分关心牺盟会和决死队（新军）的发展，代表党中央对牺盟会的工作和新军发展多次作过指示。1937年9月25日，在牺盟会全省代表大会上，他作报告，勉励牺盟会做好群众的发动、武装工作，成为武装山西民众的领导者、组织者，保卫山西，保卫华北。他和北方局书记刘少奇商定：北方局的工作以争取山西为华北抗战根据地中心，同时加紧布置绥远、河北、察哈尔的游击战为重点。10月18日，鉴于一些地方党组织的“左”的错误倾向，周恩来、杨尚昆致电朱德、彭德怀、任弼时、邓小平转贺龙、关向应，要求他们注意支持与发展晋军中的左派力量，凡在八路军驻地及附近如有决死队、教导团驻扎，不管他们有无中共党组织的关系。应积极争取和影Ⅱ向他们，同他们密切合作，如此方能推动阎锡山进步。他要求检查上述工作中是否有过“左”的关门主义的错误。当太原城危在旦夕时，阎锡山准备下令决死队“死守太原”。周恩来得知后，立即向他提出，决死队刚刚成立，没有经过训练，缺乏实战经验，守太原起不了多大作用，不如让他们到各地去，可以起更大作用。这番话促使阎放弃了这一想法。
在反对统战工作中的“左”的错误倾向的同时，周恩来也十分警惕右的趋势。10月19日，就日军对山西发动猛烈攻势并企图夺取上海以致使南京政府对持久抗战发生动摇，国内和平妥协空气有上升势头的情况，周恩来致电毛泽东、朱德、彭德怀、博古、叶剑英，指出：中国抗战已进入新的危机，建议中国共产党公开发表宣言，反对和平妥协，要求开放党禁，开放民运，改造军队，武装民众。为保卫华北、保卫全中国抗战到底；向南京政府提出抗战紧急方案；向阎锡山、卫立煌等提出保卫华北的计划；要求蒋介石增派军队到华北支持抗战；反对国民党各军退过黄河南岸；八路军在华北采取积极行动，直接配合友军作战，并扩大游击战争。毛泽东、洛甫回电：“对大局分析及我党政策完全正确，我们完全同意。”
周恩来作为中共中央代表，在山西战场停留了80多天。他正确执行了中共中央抗日民族统一战线政策，与阎锡山、晋军及中央军高级领导人建立了比较好的合作关系，统一协调了八路军与国民党军队的行动，形成了国共两党在抗战时期最为密切的军事合作，为实施中共中央和毛泽东以山西为重点的战略部置做出了不可磨灭的贡献。
三、出任长江局副书记兼中共中央代表团负责人
抗日民族统一战线不仅包括无产阶级、农民、城市小资产阶级和民族资产阶级，而且包括代表大地主、大资产阶级的国民党蒋介石集团，具有广泛的民族性，同时充满着复杂的阶级矛盾。统一战线的主要成分中国民党和中国共产党分别代表着不同阶级的利益，两党都有自己的政权和军队；另一方面，双方没有合作的共同政治纲领，也没有固定的组织形式。这些特点。决定了抗日民族统一战线在对外进行民族斗争的同时，内部必然存在着阶级冲突。由于国共两党是抗日民族统一战线的主体，矛盾冲突也主要表现为这两大政党的冲突。当抗日民族统一战线阿部特别是国共出现矛盾与冲突时。就只有采取“东方式的手续”——遇事协商，即谈判——来解决。
谈判的重任又一次落到了周恩来的身上。
上海、太原相继失守以后，日军继续向南京和长江流域进攻，战局的危机日益加深，国民党片面抗战的弊病已充分暴露，但它仍不愿实行全民抗战。1937年12月。为了发展长江流域和南方各省的抗日运动，继续推动国民党政府的改革和进步，中共中央政治局会议决定，在武汉成立中共中央长江局，统一领导南中国各省党的工作，并组成中共代表团，驻武汉，负责与国民党的谈判和联系。不久，两个组织合而为一，对外称中共代表团，对内称长江局。12月18日，周恩来到达武汉。
有“九省通衢”之称的华中重镇——武汉。此时是国民党统治区的政治中心，国民党中枢机关在南京失陷后大部分集中在这里。全国性救亡团体和许多著名的爱国民主人士云集于此。《全民周刊》、《抗战》、《抗战文艺》、《自由中国》等进步刊物纷纷在武汉出版发行。“武汉成为实事上的抗战首都”，这为周恩来充分展示他的交际才能，开展统战工作提供了广阔的舞台。
长江局成立后，主要任务之一是同国民党当局继续就加强两党关系问题进行谈判。长江局由王明负责，周恩来作为长江局副书记兼中共中央代表团负责人，主要是负责统一战线方面的工作。他在武汉时期为改善与加强国共两党关系做出了杰出贡献。全面抗战爆发后，国共两党合作关系正式建立起来。然而，国共合作事先没有确定共同的政治纲领和合作组织形式。因此，寻求国共两党合作的共同纲领和共同的组织形式，便成为周恩来抵达武汉后一段时间内同国民党当局谈判的主要内容。一到武汉，周恩来就同陈立夫进行会谈。陈表示要调整两党关系。12月21日，王明、周恩来、博古同蒋介石会谈。这是周恩来等到达武汉后与蒋介石的第一次会谈。周恩来就成立两党关系委员会、商定两党共同纲领、出版《新华日报》、建立国防军事工业机关、征兵委员会、协助政府组织扩大国防参议会为民意机关等方面提出了具体建议。王明谈到了目前的抗战形势、国共两党关系、合作任务、国际活动情形和共产国际的某些建议。博古谈了陕甘宁边区、国民党派驻八路军的联络参谋和八路军办事处等的情况。蒋介石这时显然对国共两党的合作关系比较满意：“蒋当面答复：所谈极好，照此做去，前途定见好转，彼所想的亦不过如此。”还表示：“外敌不足虑，他欲前进困难欲多，（我国）军事虽失利不足虑，只有内部团结，胜利定有把握。”参加这次会谈人员，中共方面有王明、周恩来、博古、叶剑英；国民党方面有陈立夫、康泽、刘健群、张冲。双方还就成立国共关系委员会达成协议，并商定：今后两党关系，由陈立夫等与中共代表团共同协商。
有了好的开头，似乎前景让人乐观。周恩来与蒋的第一次会谈比较愉快，共产党在国统区办报的事也很快得到国民党中宣部的批准。《新华日报》于1938年1月在武汉正式创刊，国民党军政要员纷纷题词表示祝贺。
在中共及其它党派的推动下，蒋介石国民党开始体现出一些“民主”。1月上旬，周恩来代表中共中央向蒋介石提议改国防参议会为民意机关，要求既要有国共两党、救国会、国社党等党派及无党派人士参加，也要吸收其他坚决抗日和真正代表民意的分子参加。蒋介石采纳了他的建议。国民党五届四中全会通过了《国民参政会组织条例》，规定了国民参政会议长、副议长和参政员的产生方式和参政会的性质、职能。正副议长由国民党中央执行委员会指定，参政员由各省市和国防最高会议提出，国民党中央执行委员会审核确定。《国民参政会组织条例》规定：“在抗战期间政府对内对外之重要方针，于实施前，应提交国民参政会决议”，“参政会得提交建议案于政府”，“国民参政会有听取政府施政报告暨向政府提出询问之权”，但规定：决议最后的确定权在国防最高会议。7月6日，国民参政会第一届第一次会议在武汉大学召开。在国民党公布的第一届国民参政会200名参政员中，国民党为88人，占44％；其他政党和无党派人士112人，占56％。其中共产党有7名，毛泽东、王明、董必武、林伯渠、邓颖超、吴玉章、秦邦宪等被指定为国民参政会参政员（1945年第四届参政会上，增加周恩来为参政员）；无党派人士85人；其他抗日党派20人，其中救国会有3名（沈钧儒、邹韬奋、陶行知），国家社会党6人（张君劢、罗隆基、胡石青、徐傅霖、陆鼎揆、梁实秋），青年党7人（李璜、曾琦、左舜生、陈启天、余家菊、常燕生、喻维华），第三党1人（章伯钧），中华职业教育社2人（黄炎培、胡厥文），乡村建设派1人（梁漱溟）。从人员构成看，第一届国民参政会还多少体现了一点民意。
此后，第二、三届国民参政会中国民党的参政员名额不断增加。到第四届一次会议时，在290名参政员中，国民党占74％以上；共产党员8人，不到国民党的4％；民盟12人，不及国民党的6％；国民党外的其他党派和无党派人士参政员合计不到总数的16％。按照国民参政会议事规则规定，建议提案要有20名参政员联署；临时动议案要有40名参政员联署。因此，在国民参政会上，国民党以外的其他政党连法定的书面询问或建议提案的参政员人数都不够。所以，国民参政会实际上是一个有咨询权而无决定权的清议馆。不过，对于独裁的国民党政权来说，这毕竟是一个进步。
然而，表面的缓和与轻松是为了掩饰深层关系的僵持。对一些关系到两党关系根本改善的问题，如共同纲领和合作的组织形式，国民党领导人无意真正解决。蒋介石对此采取了拖延战术，或者不明确表态，或者答应了又变卦。如关于共同纲领问题，1937年12月26日，两党关系委员会第一次开会时，推定由周恩来、刘健群共同起草。但到第二次会议召开时，国民党方面将议题转向要求中共让苏联出兵援助中国抗日的问题上，未能讨论周恩来和刘健群起草的共同纲领草案。1938年春，双方又共同协商和起草了一个共同纲领草案，但国民党中央执行委员会始终未提出正式意见，两党关系委员会自此也就形同虚设。再如，关于国共合作的组织形式问题，周恩来代表中共中央曾提出三个方案：第一，将国民党改组为民族革命同盟，其他政党加入；第二，各党派组织联盟，拥护蒋介石为这个联盟的最高领袖，实现党外合作；第三，不要固定形式，遇事协商。其中第三种形式只是临时办法。在国民党看来，第一种形式如吴稚辉所说，共产党是“猴子”，钻进来搞党中党，不愿意；对第二种方式，国民党也觉得是两党平分政权，而他们建党早，资格老，共产党年轻，才17岁，不愿意平等。所以蒋介石否定了前两种方式，因而合作过程中始终没有固定的组织形式，剩下的只有遇事协商。
蒋介石在上述重要问题上之所以如此，是因为他不愿意从根本上承认共产党，承认共产党与国民党的平等地位，反而把共产党当作心腹之患。这从蒋介石与周恩来的谈话中可以看出来。在七七事变前的杭州谈判中，他要求中共只讲与他个人的合作，不要讲与国民党的合作；中共以后参加国民大会不要用共产党的名义。抗战全面爆发后，他的态度仍是这样。1938年12月13日，王明、周恩来在联名写给中共中央的报告说：“对两党关系问题，他说（蒋介石——引者注）：共产党员退出共产党，加入国民党，或共产党取（消）名义将整个加入国民党，我都欢迎，或共产党仍然保存自己的党我也赞成，但跨党办法是绝对办不到。我的责任是将共产党合并国民党成一个组织，国民党的名义可以取消，我过去打你们也是为保存共产党革命分子合于国民党，此事乃我的生死问题，此目的如达不到，我死了心也不安，抗战胜利了也没有什么意义，所以我的这个意见，至死也（是）不变的。”蒋介石的真实心态在此暴露无遗。
武汉时期，周恩来还就承认并扩大陕甘宁边区、补充并扩编八路军、新四军问题，同蒋介石进行了长时间的谈判。关于边区问题，周恩来代表中共中央提出过多个方案，都被蒋搁置下来。关于八路军和新四军的扩编和补充问题，蒋介石也是找各种借口拖延。虽经周恩来与蒋反复交涉，南京政府发放了少量津贴、服装和武器，但扩编问题，蒋总是不予解决。
周恩来和长江局在武汉时期另一个重要工作是积极推动国民党抗战。因此，对国民党的每一个进步，周恩来所在的长江局都给予充分的肯定和支持。1938年3月，国民党在武汉召开临时全国代表大会，通过了《抗战建国纲领》。《新华日报》为此发表了社论，给予充分肯定的评价。对国民党准备保卫大武汉的举动，周恩来、王明等长江局领导人也给予了支持。对国民党的倒行逆施，则予以坚决的反击。1938年初，CC系、复兴社突然掀起了“一个领袖、一个主义、一个党”的宣传运动，鼓吹“今天国民党外的一切党派，都没有独立存在的理由”。他们控制的《扫荡报》、《武汉时报》、《血路》、《抗战与文化》等报刊，连篇累牍地发表反共文字，把陕甘宁边区说成是新的封建割据，说什么国民党外其他政党的存在，影响了中国的政治统一，等等。这种反共宣传一时甚嚣尘上。2月6日。中共代表团与长江局举行联席会议，决议“起草向国民党建议书，指出取消各党派、限制信仰的错误，提议建立民族革命同盟。以更加巩固统一战线”。10日，周恩来会见蒋介石、陈立夫时。表示：党不能取消，国共两党都不能取消，只有从联合中找出路。蒋介石只好回答：《扫荡报》的言论不能代表国民党和他本人的意见。他还表示：不限制各方对主义的信仰，无意取消各党派或不允许其存在，唯愿融合成一体。在孙中山纪念日（3月12日），周恩来在《新华日报》上发表了《怎样纪念孙先生的伟大》一文，回顾历史，阐述国共合作的重要意义，对“一个领袖、一个主义、一个党”的反共宣传进行了批驳。
四、出任军委会政治部副部长。努力扩大抗日民族统一战线
