他很快就看穿了瑞士的“自由”的骗局。他的敌人用难以置信的残酷无情对他进行迫害。在巴黎焚书九天之后，轮到日内瓦也来烧毁《爱弥儿》。先是伯尔尼，接着是纳沙特尔。“整个欧洲针对着我响起一片诅咒的声音，气焰之高无与伦比。我是一个异教徒，一个无神论者，一个疯子，一只凶猛的野兽，一只狼。”他相信整个世界都疯了。
这是不奇怪的：一个软弱而心地善良的人，手无寸铁，又身患重病，他在吞没了他的仇恨的接二连三的打击之下自然不免会失掉理智的平衡，而且从此以后他即将成为那与年俱增的迫害狂的牺牲品！在他眼里似乎整个世界都已联合起来反对他；当他孤独一人而兴奋起来的时候，他的想像编织了一张其大无比的阴谋的网；在它的中心他相信他看见了一种不知名带着他的《山中通信》（1764年6月到10月）重新进入战斗，在信中他猛烈地攻击他的敌人、教会和日内瓦国，在信中他用真正基督教徒的名义举出证据来反对改革的新教徒的伪君子面目。
所有的牧师都起来反对他。莫蒂埃寺院的大门关闭起来不许他进去，圣餐没有他的份，讲道坛上谴责他为反基督者，人民都起来反对他，他在哪里，石头就投向哪里，他还受到枪杀的威胁。1765年9月间对他的住房的一次夜袭强迫他匆匆离去，在比安湖中的圣彼得岛上呆了一个月之后，他真想在这里度过他的余生（他在《一个孤独的散步者的遐想》的最美的一节里叙述了这一太短暂的旅居）。伯尔尼当局下令让他离开。他必须再一次逃走，从他的祖国瑞士逃走，这里不收留他，他现在称它为“行凶的力量——一种他避免给它命名的力量——它决心要使他去忍受最可怕的折磨。
他在普鲁士国王的领土上，在纳沙特尔州内找到暂时的避难所，虽然他想到要去为他所讨厌的弗列德里克二世效忠实在不是滋味，在这点上他与那些一意奉承他的法国哲学家是大不一样的（显而易见，这位孤独的梦想家在政治问题上比伏尔泰有更高明的见解）。在1762年6月9日他搬进了瓦尔一特拉佛的莫蒂埃的住宅，在那里，他在普鲁士王的明智的州长洛德·凯兹（洛德·马歇尔）的保护之下住了两年半。这么伟大的贵族，他有独到的见解和受过良好的教育，常常是卢梭的最好的保护人。但是当马歇尔·凯兹离去之后，他就失掉了这一支持。就在他力图使自己被人忘记的时刻，他又轻举妄动起来，在他欢快地生活的国土上。
他经过巴黎，但他无权在这儿停留，于是接受了英国历史学家大卫·休谟送来的邀请，他渡海去英国，先到伦敦（1766年1月），而后又去德比郡的乌通。但是休谟和卢梭相互之间很少有共同的语言；由于休谟的冷言冷语的讽刺，他的模棱两可的态度，以及他同他的客人的敌人，英国的和法国的敌人秘密交往，先是引起病态地敏感的卢梭的警惕，而后又激起他的愤怒。他把休谟看作是阴谋反对他的代理人之一；休谟的该受谴责的轻率表现在他毫不犹豫地把卢梭的精神错乱和心事的秘密交给大百科全书派的不能和解的仇恨和全世界的幸灾乐祸，这证实了卢梭的怀疑是有道理的。
对可怜的狂乱的脑袋的这个最后的打击真是火上加油。他在恐怖的慌乱中从英国出逃（1767年5月），穿越法国，从一地到另一地，像一个到处被追捕的人在他的疯病的顶峰期，他不断呼喊：“我是无罪的！”来结束他的每一封信。他获准返回巴黎，一到那里就在勃拉特里埃尔路的一间可怜的小房里定居下来，靠抄写乐谱挣钱糊口。
他已经写完他的《忏悔录》最后一页，纯粹是疯狂，他曾念给几个朋友听过。但是他们，其中首先是埃皮奈夫人，出于害怕被指责，要求警察禁止他的朗诵；于是书信检查所就拦截他的书信。用这方法并不能平息他的疯狂。
孤独——“在巴黎比鲁宾逊在他的岛上还要孤独”——他相信自己是当作全世界的敌人被监视着。卢梭写作他的使人生幻觉的《卢梭与让·雅克的对话》，他作了对他自己最锐敏的分析，同时对反对他的阴谋作了最猛烈的抨击。想到没有人能听到他的绝望的呼喊，他向上帝求援，于是决定把他的原稿直接送交给上帝，办法就是把它放在巴黎圣母院的高祭坛上。他发现唱诗班的铁丝架已经关上。这是最大的打击。在他看来似乎上帝自己也来反对他……
他的深情的虔敬使他相信假如上帝准许他受迫害，那么迫害必须写成“永久的教令”，他除向他们低头之外别无出路，这是可悲的，但是满怀信心……
他就这样心静下来，但是他的健康却难以恢复。他的最后一部著作《一个孤独散步者的遐思》（1776年秋开始写作，由于1778年他的逝世而中断）表现出他的疯狂劲头并不比《对话》低，但不过是一个平静的疯子，温柔而阴郁，神志不清。他不再生气了，在他看来他好像做了一场恶梦（的确太像了！），他听天由命地等待着自己也许会醒过来的时候。现在他知道，他相信他不能指望得到人世间的赔偿……“这里，在人世间我是孤单一人，除了我自己，没有兄弟，没有邻居，没有朋友，没有交往。最喜欢群居和最爱人类的人已被完全一致地放逐了。”他孤单一人，永远地，“安安静静地呆在地狱的底层，可怜的人，不幸的人，但是又像上帝自身似的冷漠……”
不过他的艺术却一无所失，甚至变得更加精炼了。这部最后的《遐想》很像一只老而忧郁的夜莺在森林的寂静中唱出的美丽的歌曲。他在想着一生中不多的幸福岁月：这就是他被自然吞没进去，与宇宙溶为一体的那些日子。他比任何西方人更理解东方观念中的完全忘我的境界，“那种剥光了任何其他感情的感情”，是集中在上帝的深渊里，“他自己也被缠绕在其中。”他晚年的最大爱好是植物学。在这中间他最喜欢的不仅在于科学知识的满足，而且是为了接触地球上的生命和所有由它引起的回忆，“土地，水，树林，荒野，尤其是和平与休息……”他有时也玩音乐和唱歌来消遣。这些东西后来收集起来加上一个标题：《对我一生所受的痛苦的安慰》。
生前最后几个月他有幸从巴黎的陋室被搬到最美丽的乡间小城镇埃梅朗维尔去安家，离首都有九个里格，这是富有的绅士吉拉尔登先生做的好事。他在这里一直住到1778年5月20日，他充分享受了这个失而复得的小乐园的佳境。甚至他的健康也渐有起色。在六月底，英国采访者马格兰先生听他在钢琴上演奏《奥瑟罗》中的抒情短诗“莎尔”，这是他最后的作品。1778年7月2日星期四早晨，他病逝了。医生诊断为大脑浮肿——“由于严重的尿毒症而引起的中风。”
这不幸的人到死都认为自己是“世界上的孤独者”，而且命定《永远》都是如此，殊不知他已经征服了现在和未来。当他在世的最后几年，即在1770年到1778年，他的全集的六版和《新爱洛伊丝》第十版都已经出版问世。在1782年他的《忏悔录》第一卷和《遐想》出版了，后者使已经被他的仙境般的埃梅朗维尔突然逝世的谜所哄骗的读者的想像激奋起来。从1780年起，半个法国都到停放这个疯子圣人骨灰的勃不利埃斯岛去朝拜，其中甚至还有王后和所有的王公贵族。来访者都由衷前来表示敬仰和爱慕。对“哲学家”的仇恨靠恶毒攻击和企图破坏他的名誉除了自食其苦果之外，一无所获。所有的反对行为全都告吹。方兴未艾的革命的一代产生了这个日内瓦的共和主义者，他——与大贵族费尔内、伏尔泰（他在一个月前，即1778年5月31日逝世）对比之下——忠于他的原则，终其一生是一个人民的儿子，一个乡村的小资产阶级。法国革命的领袖，每个政党的领袖——巴尔纳斯、丹东、卡尔诺、俾洛、瓦来内、库让、马朗·罗兰——虽然后来互相攻击，但却在崇拜卢梭这一点上联合起来了。布里莎因为扩大了《论人类不平等的起源》的影响而关进了巴士底监狱。曾在卢梭死前的最后时日见过他的罗伯斯庇尔在进入政治活动的前夕曾许愿要把一生献给他。他在讲坛上强调宣扬卢梭的学说，当他的权力达到顶峰时，他在花月十八日（1794年5月7日）的著名演说中对卢梭恭维备至。在这个演说中他为卢梭报复了百科全书派的敌对行为，对他表示敬意，因为“他是这个革命的前驱，而革命又把他送进万神殿。”他赠给他栎树叶制的王冠，称他为“人类的导师”。在国民议会的走廊里，让‘雅克的胸像与富兰克林的和华盛顿的胸像面对面并列。
但是卢梭的影响远远越出政治的范围。它感染了德国哲学家并且开花结果。康德读了《爱弥尔》就被它折服了；他发誓说要不是心荡神移，他永远不会再读它。“曾经有过一个时期”，他说，“那时我骄傲地设想过知识是人类的光荣，因此我对愚昧无知的人们采取蔑视的态度。正是卢梭打开了我的眼界。这种幻想的优越性消失了：我学会了尊重人。”《社会契约论》对他的影响也不少。在这部著作中他找到自己的道德的启蒙，他的“自由是人所特有的“原则。后来马克思主义的奠基人，他们运用黑格尔的辩证法，从卢梭的著作中举例来证明辩证法的作用。
所有伟大狂飚时期的德国天才人物，从先驱者莱辛和海德尔开始直到歌德和席勒，后者谱写了《卢梭颂》，他们都是卢梭的崇拜者。
不仅他的思想是革命的。他的作品本身也在感情的方式和表达感情的方式上引起一场革命，因而改造了未来的艺术。
卢梭是几个人的化身，几个不同的艺术家，而且都是第一流的艺术家的集合体。他是个出色的演说家，在法国除了博须埃之外谁也不能与他比肩。毫不费力就会发现他恢复了古罗马会议广场的辩才，他的某些作品都是极好的演说词。他有和声，音高标准，还有德摩斯梯尼（公元前384～前322，古希腊的政治家和雄辩家——译者）的强烈的洪流。
同时他又精通处理内心深处的技巧，即懂得运用半高声说话的沉思和深入灵魂的忏悔。他的精神生理上的特点既是他的天才的原因，又是他的疾病的原因，根本上都来源于利己主义。不顾社会的或时髦文学的惯例，他只谈他自己。他发现了真正的“我”。正如他所说，他在“黑房”里工作，除了“追踪他所看见的明显划出的界线”之外，没有其他的技巧。他永远不厌其烦地观察他自己。直到他那时代，这没有一个人能做到同样的高度，只有蒙田是例外：卢梭甚至指责他在公众面前装腔作势。
现在在这么大胆地表现自己时，他把自己剥得精光并把他那时代成千上万人所被迫忍受的一切都暴露了出来。他解放了时代的灵魂，他教它打碎它的枷锁，教它认识和表达自己的思想。
我们还应该补充一句，为了表现这个新世界，他必须创造一种新的语言，这种语言是自由的和更合人意的。
“我选择我自己的文体正如我选择其他事物一样。我不打算使它规格一律；我常常是碰到什么就写什么，我喜欢怎么用它就怎么用，没有什么顾虑；我将说出我所感到的正如我所看到的每件事物一样，不必研究它的效果，没有什么约束，不为这混合体而自寻烦恼。投身于写作关于所获得的印象和所经历的感情的回忆时，我将给我的灵魂的情况涂上双层的色彩；就是说在事件发生时和在我叙述它时是有差异的：我的不一致的和自然的文体，有时很简短，有时又很冗长，有时显得聪明，有时又显得狂妄，有时先悲后喜，这些都构成我的自传的一部分。”
韵律的情感的丰富很可能容易变质成为混乱，假如这位天生的音乐家心头没有乐队指挥的指挥棒的话。1760年他写信给他的出版商雷说他首先是个音乐家，对他来说“和声在风格中是这么重要，以致他把它放在紧接明晰之后，甚至放在准确之前。”假如需要的话，他将使自传真实性为它受点委屈；为了不害和声，他有意牺牲文法。在他眼里观念跟在韵律之后。他在心里首先唱的是他的乐段，他的乐句，没有给它们填词。无疑他是位伟大的散文诗人和法国浪漫主义的先驱者，他靠他的音步和韵律不下于靠他的敏感和他的思想。夏多勃里昂和拉马丁出自他的门下。米歇列和乔治·桑同卢梭血肉相连。
一切现代的教育学说都受他的《爱弥儿》和他的关于儿童的知识的启示。日内瓦的最著名的新教育学院用上他的名字。他，对自己是如此软弱，却不愧为一个良心极好的指导者，坚定的而又是光辉的，没有一点生硬之处。他对真正的道德有一种宽容的本能，神志清醒的和生气勃勃的，既不是教条主义的，也不是抽象的，也不屈从任何的原则或信条，而是使它适合于合理的需要和柔弱，高度人道主义的。
心中的既是单一的又是惊人的那件东西如此高雅出众，喜欢绝对的判断，作为一个规则的制订者，他的严酷完全受了相对主义的感染，相对主义是时髦的东西而且同他的宽容的感情和谐一致。在他的《致达朗贝尔的信》中将找到明白的写着的相对权利的原则，判断的相对性原则和历史相对主义的原则，他对运动有一种锐敏的感觉，凭借这种物力论（它同以前的静止的唯理论恰恰相反），他为现代思想。为歌德的“死亡和生长”开辟了道路。
他把潜意识，人的秘密运动，迄今尚未被认识和受到压抑，它们的继续不断的发酵以及性的本能（libi—do）这样一些财富引进文学里来。他是弗洛伊德学派的源流之一。
他对青年时代的托尔斯泰的影响简直尤如晴天霹雳。作为一个年轻人，他把卢梭肖像的纪念章像基督圣像章似的挂在脖子上。他的道德改革和他的耶斯纳亚·波利亚纳学校都是依据让·雅克的学说和范例来施教。直到他的终年，他继续乞灵于卢梭。他们在艺术领域里的相似不亚于宗教领域里的相似。“卢梭的著作如此使我感动，”托尔斯泰说，“我相信我。”
