黄仁宇原计划的课题包括整个明朝，上自洪武永乐下迄天启崇祯，注意由盛而衰的原因，也注重税收演变过程中，以征银代替实物的影响。但费正清先生严格指出，那样牵涉的东西过多，内容必然会泛滥无际。经过黄仁宇的一再辩论，最后才折衷地将时间定在16世纪。
黄仁宇写的第一章可谓一帆风顺。费正清先生看了稿本后说，“你写得很好，既正确又明了。”可是另一方面，他也提出历史研究的重点是在于“分析”而不是“描写”。这一点埋下了两人日后关系隔膜的种子。到第二章写完时，两人的观点发生严重冲突，费正清先生甚至说，“我已经用尽了所能‘给你的’劝告了。”
8月份，黄仁宇开始陷入生活的危机中。纽普兹大学听说他得到研究经费，“不久即有专书在哈佛大学出版”，已提议给他升为正教授，而东亚研究所提供的1万元经费已用去一半，9个月的时间也已耗掉二分之一，但拟定的稿子仍然没有头绪。同时，他在哈佛所租的房子已经到期，学校即将开学，再租下去就会很贵。于是，征得费正清先生的同意，黄仁宇用一半的时间在纽普兹，一半时间在哈佛，继续他的研究。
1970年的秋季和冬季，黄仁宇夜以继日，平均每天工作12小时，每周7天，除了来去剑桥之外，毫无间断。《16世纪明代中国之财政与税收》全文交稿后，他写信给费正清先生说，如果哈佛东亚研究所对文稿有疑问，他可以在接到通知后的24小时内来剑桥当面答复。
由于得不到任何音讯，1971年夏季，黄仁宇将复本寄给英国剑桥大学的崔瑞德教授，问他是否可以询问在剑桥出版的可能性。崔教授表示，“虽说我不能替剑桥大学出版社发言，可是我想你把引用书目和注释整个寄来，他们会高兴接受的。”不料，这时费正清先生回信表示对文稿仍感兴趣，说哈佛至少可以抽出文稿中的一部分出版，或者题为《明代财政论文集》。但黄仁宇认为，他无法对文稿进行分割，所以拒绝了费正清先生的建议。最后，《16世纪明代之财政与税收》一书，于1974年底在英国出版。
荣誉与耻辱
早在1967年7月，黄仁宇就接到李约瑟博士邀请他参加《中国科学与文明》课题的计划。当时黄仁宇新婚未满一年，儿子杰夫也只有两星期大。李约瑟的信装在不起眼的信封内，没有注明寄信人的地址，凯思学院淡红色的邮戳也不明显，乍看之下还以为是广告信函，但等看到第二页寄信人的签名时，黄仁宇非常兴奋，不禁大声对妻子说：“有人邀请我们去剑桥！”
“现在？”格尔问。
“不是，是三五年后。”
在这封信中，英国皇家学院院士、英国学士院院士、凯思学院院长李约瑟博士说，在今后的几年中，自己会从事《中国科学与文明》最后一卷的工作，他问：“在进行最后一卷时，不知你有无可能来这里加入合作？”
黄仁宇当然很高兴有这个机会，也很乐意成为被考察的对象。在以后的几年中，双方保持着密切的通信联系，对于彼此的学术观点都有了进一步的了解。1972年8月，黄仁宇携夫人和孩子抵达剑桥。考虑到计划合作一年，黄仁宇担心找不到愿意提供财政资助的机构，所以用措辞略微不同的两份申请书，分别送到华盛顿的全美学术团体联谊会和国家科学基金会。为了将申请金额降到最低限度，他自动删除了在英国的额外花费，只申请相当于薪水的数目。在申请书中，黄仁宇还说，他和家人的来回机票将由李约瑟博士的研究基金来支付，但事实上是他自己掏的腰包。不过，后来黄仁宇发现，他的胆怯毫无必要，两个机构都全数批准了他的申请，以致于他还必须通知国家科学基金会，将重复的部分删除。
与李约瑟博士的合作相当愉快，并成为黄仁宇一生中最美好的回忆。他说，“能亲近如此杰出的人物，真是一项殊荣。”这一年，他与李约瑟博士、李约瑟博士的助手鲁桂珍博士讨论学术问题的照片，被刊登在影响很大的《观察家》杂志封面，成为轰动一时的新闻，纽普兹大学的校长还特意写信给李约瑟博士，说自己的教员能在海外参与如此重大的研究计划，实在是荣幸之至。
经过认真的讨论和研究之后，黄仁宇写出了200多页的草稿，准备放入《中国科学与文明》第四十八节。他又从其中摘出1万字的文章，由两人共同署名发表，刊登在香港、罗马和旧金山的期刊上。
黄仁宇在英国呆了363天，差2天满一年。为什么会这样呢？原来在回美国前，黄仁宇决定加入美国国籍。但如果在剑桥呆一年，则会破坏在美国居住的连续性，必须从头开始算，住满5年后才能再次提出申请。因此黄仁宇向美国环球航空公司订票时，特意预留了48小时的时间，以备班机延误时有缓冲的时间，不致于破坏申请计划。
回到美国后，黄仁宇的学术影响进一步扩大，他曾受邀到哥伦比亚大学、普林斯顿大学、瓦萨学院及麻省理工学院演讲，还曾获得密歇根大学和古根汉基金会的研究资助。1979年春，他已经在纽普兹大学连续任教10年，也就是说，成为一般意义上的“终身”教职，同时，他还获得了参加在普林斯顿《剑桥中国史》明代部分撰写工作的莫大荣誉。
但就在这时，他被纽普兹大学解聘了。
解聘发生在1979年3月27日。这一天，他接到校长室的电话，由校长考夫曼及教务副校长、文理学院院长通知他：“我们有不好的消息……”解聘于第二年8月31日生效，当时黄仁宇刚刚过完62岁的生日。
当时，黄仁宇是纽普兹大学惟一教授中国历史和日本历史的老师。和他同期被解聘的还包括教授拉丁美洲历史、俄罗斯历史和中东历史的教师。而教授非洲史、印度史以及另一位教日本史的老师，则在1976年就被解聘了。留在纽普兹大学的，是13位全职的历史系教师，全都是教美国史、加拿大史和西欧史的。他们之中当然也有值得尊敬的学者，但也有人一直叫嚣：“我们独特的西方文明！”所以黄仁宇觉得，自己的被解聘，实际上是出自于政治阴谋。
不管怎么说，被解聘一事，对黄仁宇的身心都造成了沉重的打击。他说，“这个事实会永远削弱我的尊严。”有人主张黄仁宇应该忘掉这件事，全身心地投入到创作中去，但黄仁宇却认为，说这话的人从来不曾站在自己的立场上考虑，因为任何人都不可能忘记这样的事。他觉得无论走到哪里，似乎都被贴着不名誉的标签。很多人试着帮黄仁宇，想为他重新找到一份工作，但没有人会雇用一个刚被解聘的60多岁的老人。
他们到当地的社会福利局去咨询，数周后接到通知，说如果是在62岁退休，每月可以领到400美元的社会福利金，加上其他收入，共有600美元。但这些加起来也不到他们每月最低生活标准的一半，更不要说还有房租和其他杂项开支了。
黄仁宇也研究过领取失业津贴的可能性，结果得到一张申请表，上面有两栏，询问申请人是否领取了社会福利金和退休金，也就是说，黄仁宇必须等到真正失业时，才能领取失业津贴。与此同时，他还必须定期证明他没有办法找到别的工作，而解聘他的原单位也可以质疑他的申请。黄仁宇把手册一丢，扭头就走了。
格尔曾陪着黄仁宇去找律师，希望能揭穿被解聘背后的政治阴谋。但律师告诉他，必须找同事当证人，结果有3名同事非常愿意替黄仁宇作证，第四位则犹豫不决。深思熟虑后，黄仁宇不得不放弃了打官司的念头。
从此，黄仁宇再也没有过其他固定的工作，写作成为他获取收入的惟一来源。
在失掉工作的同时，黄仁宇的代表作《万历十五年》在出版方面也遇到了困难。这本书的英文名字是《1587年，无关紧要的一年》，他曾将此书影印发给《剑桥中国史》的作者群。著名学者牟复礼逐字看过两次原稿，甚至替黄仁宇改正注释中的错误。他还说，“这本书愈早出版愈好”，又说，“我非常遗憾学生在今年秋季看不到这本书。”好友崔瑞德也努力帮黄仁宇在英国找出版社。不过，英国的出版商并不热心，因为他们要求与美国的书商共同出版，不愿独自担风险，但由于在美国找不到愿意合作的出版商，英国的书商也就不轻易松口。
黄仁宇亲自跑过三个出版社，每次也都是被退回。商业性的书商认为，这本书具有很强的学术性，应该交由大学的出版社出版；而大学的出版社则认为，这本书太过于通俗，应该交由商业性的出版社出版。
应该说，根据牟复礼和崔瑞德两人在学术界的地位与影响，《万历十五年》的学术性是不容置疑的。但是，当这份书稿获得了该领域最称职学者的强力推荐的时候，为什么却始终得不到学术出版社的认同呢？原来，依美国出版界的惯例，有学术内容的著作，必须经由不署名的审稿人进行公正的评价。审稿人不只是建议该不该出版，而且一旦决定出版，还必须提出改进的建议。而牟复礼和崔瑞德对书稿赞誉有加，无意间就排除了自己成为公正审稿人的资格。同时，《万历十五年》的稿子也不是以学术论文的传统形式写成，而当时的审稿人又无法从论文的规范模式中解脱出来，因此极力反对这种通俗的写法。
黄仁宇也做了两手准备。由于无法以英文出版，所以他努力工作，迅速将其译成中文。1978年夏天，他的一位朋友余哈维前往中国，黄仁宇就托他设法帮忙在中国找出版社。
认识余哈维，也算是一种机缘。早在40多年前的1937年，当黄仁宇还是长沙临大的学生时，他们就住在同一栋宿舍，但彼此并不认识。1946年，他们都在沈阳的国民党东北总部，还是不认识。只是等黄仁宇到了纽普兹，才通过朋友的介绍相识了，从此两家经常往来。
当年秋天，余哈维回到美国，打电话告诉黄仁宇，说该书的出版前景相当“看好”，因为他的妹夫黄苗子(作家和艺术家)，愿意将书稿推荐到北京的出版社。黄苗子还曾拜访过黄仁宇以前的好友廖沫沙，请他写中文版的序，当时廖沫沙正在北京朝阳医院养病，廖沫沙表示很乐意。由于廖沫沙在“文化大革命”中的特殊地位，如果借用他的名字，相信这本书在中国大陆出版，应该问题不大。另外，由于当时的中国尚未完全从“文化大革命”的阴影中走出来，所以这个消息也让黄仁宇极为兴奋。
到10月份，余哈维催促黄仁宇将书稿再邮寄一份给黄苗子。信虽然寄到了，但这本超过5斤重的手稿，却不知去向。1979年1月，黄苗子建议黄仁宇再寄一份过去。不过，这次黄仁宇选择了让人亲自带过去的办法。这个人名叫卡尔·华特，是余哈维的女婿。
华特把书稿亲自交给黄苗子，经过黄苗子的热心推荐，被中国最大的历史书籍出版社中华书局看中，同意出版。不过，碰巧的是，华特将这个消息告诉黄仁宇的那天，正好是1979年3月27日，也就是黄仁宇得知自己将要被解聘的时候，所以黄仁宇对于这个“好消息”表现得极为冷淡，让华特感到非常委屈。
几经周折，于1980年，中国大陆的中华书局终于将历经苦难的《万历十五年》一书出版，廖沫沙在序言中也对该书做了高度评价。此书一炮打响，立即成为当时学术界最畅销的图书，人们纷纷从内容、理论及写作方法等等多方面对该书进行探讨，一场“万历十五年热”席卷大陆。
苦尽甘来，《万历十五年》的英文版在美国出版后，也迅速获得了学术界的广泛好评，该书还曾获得美国书卷奖1982年和1983年两次提名。此后，中国台北的中文繁体版、德文、法文和日文版也相继问世。
尾声
此后，黄仁宇周游世界，多次往返于大陆和台湾等地，并孜孜不倦地撰写有关历史论文和随笔，我们现在所看到的大部分著作，如《赫逊河畔谈中国历史》、《天南地北叙古今》、《资本主义与二十一世纪》等等重要著作，都是这时的产物。藉着《万历十五年》的成功，黄仁宇的系列专著，也纷纷在大陆和台湾出版。他作为著名中国史学家和海外著名汉学家的地位，在读者和学者中间，逐渐确立。
2000年元月8日，黄仁宇走完了传奇般的一生，于纽普兹的家中去世，享年83岁。同年11月20日，陪伴他近半个世纪的妻子格尔女士也随他而去。
