但是在炼丹实践中，他们又完全认为，必须遵循自然的节律。而之所以要遵守自然节律，乃是由于他们认为，丹炉中气的运行和自然界中气的运行，遵守着同一个节律。依汉代卦气说，冬至一阳初生，所以这一天是一年的开始，也是决定阴阳寒暑的气运行的开始。阴长生本解释说，炼丹，也从这一天开始为好：冬至后一阳爻动于黄泉之下，此时起火，可谓顺时宜也。这里，连炼丹开始的日子也讲得非常具体。所以大体上，阴长生本完全是一本外丹书。容字号无名氏本和阴长生本有着大体相同的态度。《周易参同契》开头说：“乾坤者，易之门户，众卦之父母。坎离匡郭，运毂正轴。”这是《参同契》用卦象来说明炼丹的设备和过程。容字号无名氏注道：乾坤，谓鼎器也。乾为上釜，坤为下釜。……坎是金公，离是朱汞，以二宝为丹，用水火匡郭，上下釜也。《周易参同契》继续说：“牝牡四卦，以为橐籥。覆冒阴阳之道，犹工御者，准绳墨，执衔辔，正规矩，随轨辙。处中以制外，数在律历纪。月节有五六，经纬奉日使，兼并为六十，刚柔有表里。”这是《参同契》以形象的比喻说明炼丹过程和火候的掌握。容字号无名氏注道：四卦者，乾坤象器，坎离象药。橐是器，籥是鼎。四边安鼎，关籥令牢密也。这些注文都明确指明，所谓炼制金丹，就是用金属，在水火的作用下，进行化学变化的过程。这个过程，需要鼎器，自然也需要炉灶。这是实际的化学反应过程。这些注文还说明，在唐代之前，人们认为《周易参同契》所说，就是这样的炼丹过程，是关于这样的炼丹理论的书。用道教研究者惯用的术语，也就是说，《周易参同契》讲的原本是外丹。至少从唐玄宗时代开始，情况有了变化。绵州昌明县令刘知古著《日月玄枢论》，其中说道：且道之至秘者，莫过还丹；还丹之近验者，必先龙虎；龙虎所自出者，莫若《参同契》。但是他批评人们都错解了《参同契》的原意：“世之习此书者，近乎仿佛，其徒实繁，达乎元义者，未之有也。”而他的《日月玄枢论》，要为《参同契》作一新的注解。据《日月玄枢论》所说，所有的注者尽管有许多不同，但都以“乾坤为鼎”、“坎离为药”。这样，原来的关系就倒过来了。依容字号无名氏注和署名阴长生注，则乾坤是鼎的比喻，坎离是药的比喻，《参同契》所论，是实际的化学反应；而依《日月玄枢论》所说，则鼎是乾坤的比喻，药是坎离的比喻，《参同契》所论，根本不是实际的炼丹过程。《日月玄枢论》认为，《周易参同契》所讲的炼丹过程，只是一种比喻，而被比喻者，则完全是另外一种过程。那么，这种过程是什么呢？《日月玄枢论》批评以往的“惑者”，把炼丹的药物说成是曾青、铅银、磁石等。该论说道，《参同契》明说“挺除武都，八石弃捐”，怎能使用雄黄之类？在该论看来，所谓的龙虎，指的并不是汞铅，而是日月：“夫流珠为龙，龙即日也；黄芽为虎，虎即月也。此二物者，皆日月精气，咸有变化之理。故饵之者亦能变化。”而《参同契》所说的铅汞丹砂之变，指的都是阴阳二气的变化。所谓五金、八石，也不过都是一种比喻，并不是真的要用五金、八石进行炼烧。《日月玄枢论》，迈开了虚化金银铅汞的第一步。从《日月玄枢论》再前进一步，就是影响深远的内丹说。“内丹”一词早就出现，或说出于《罗浮山志》记苏元朗语，或说出于《南岳思大禅师立誓愿》文。然而其中所说的内丹，不过仅对于服食金丹而已。意思是金丹自身就有，无须外求。其内容，也不过是服气内修。所以后来有人认为，服气就是内丹。如自称是吴筠于元和年间得到的《大统大君内丹九章经》，把采日月精华、存神默思、导引行气都作为内丹的一门。五代时，有《陶真人内丹赋》，它的主旨，不过是要炼得虚无元气，因而实际上不过是服气而已。但从唐末到五代，却出现了一种全新的内丹说。这种内丹说完全否认原来金丹派的实际活动，却保留了金丹派的概念；它完全否认了服气这个概念，却保留了服气的许多实际要求，如心灵的宁静，意念导引气在体内运行。
由于内丹保留了服气的实际，所以直到今日，仍有不少人把过去的服气、胎息也作为内丹，可算是事出有因。严格说来，服气不是内丹，服气仅仅要求在意念导引下，气在人体内按一定路线运行，目的在于使肉体变化成气。内丹说认为，在体内运行的气，不是一种，而是两种。它们生于心肾，是真正的铅汞、水火。服气的气由于仅是一种，所以只讲运行；内丹的气是两种，所以讲交媾成丹。服气说认为意念导引使气运行，内丹说认为，意念导引是在冶炼金丹。从宗教信仰看，服气和内丹的区别意义重大，后来不少内丹著作都抨击服气。实际上，内丹不过仅是抛弃了服气之名，而取其行气之实。造成这种结果，是由于服丹和服气都遭受了失败。由于服食金丹的需要，唐代对炼丹理论的研究也空前繁荣起来。原来的丹经得到了注释和述说。比如《黄帝九鼎神丹经》，原本一卷，现存的二十卷中，后十九卷乃是唐代人阐述经文的经诀。但是能够引起炼丹术从外丹转为内丹的著作，却主要是发生在对《周易参同契》的注释中。我们已经看到，在唐代，许多丹经就对炼丹的药物是什么提出了疑问和批评。它们首先指出，石金，也就是自然黄金，或从矿石中冶炼而得的黄金，当然也包括以此途径得到的铅、汞等，都是有毒的。那么，还能用这些物质炼制金丹吗？而真铅、真汞概念的出现，预示着这些有毒、曾经使多少人丧命的物质，将被指斥为假，以承担致人死命的罪责。而炼丹，也不能再用它们。那么，是不是从此抛弃炼丹，宣布长生为无效呢？对于方士阶层来讲，这是不可能的。这是方士的谋生之道，而长生又是人的美好向往，以往的丹经作者都已被尊为神圣，也不能宣布他们的说法都是荒谬，唯一的办法，就是对这些丹经重新加以解释，使它们适应新条件、新时代的需要。从唐玄宗以后的实践看来，虚化丹药的意见并没有被很多人接受，此后的皇帝，还有达官贵人等，仍然服食那非常现实的铅汞类丹药，而由此致死者也是尸骨累累。大约从唐末到五代时期，虚化炼丹药物的事就已经不再是个别人的意见，而开始为人们所普遍接受。其代表作，是署名钟离权的《钟吕传道集》。《钟吕传道集》以钟离权和吕洞宾问答的形式，阐述内丹的原理。现把基本原理转述如下：吕问：什么是铅汞？钟答：铅，抱天一之质，是五金之首；汞，感太阳之气，而为众石之首。当父母交合之时，精血结合包藏。父之真气寄藏于母亲的纯阴之宫。三百日后，胎儿出生；五千日后，人气充沛。这个化生过程，是先有水，也就是先生肾。肾水之中，伏藏着受胎之初父母之真气，父母之真气也就陷藏在人的内肾，这就是铅。肾中正气，气中真一之水，这就是真虎，或者叫铅中银。肾气传肝，肝气传心。心气太极而生津液，液中有正阳之气。心液，就是朱砂；汞，就是心液中的正阳之气。吕又问：什么是水火？钟再答：身中之水，有四海、五湖、九江、三岛、华池、瑶池、凤池、天池、玉池等，都叫做水。四海是心、肾、脑、脾胃。心是血海，肾为气海，脑为髓海，脾胃乃水谷之海。五湖是五脏，九江指小肠，其他三岛、华池等，都是身体某一部位的代称。这些部位，都可产生神水津液，有玉液，有金液，只要善于修炼，都可以炼成还丹。火有三种：君火、臣火和民火。心为君火，肾为臣火，民火在膀胱之内。修炼金丹，就是这心肾水火的交媾。钟离权还指出，人的心肾，相去八寸四分。
心生液，不是自己产生，而是肺液降于心液；肾生气，也不是自生，而是膀胱之气上升，促进肾气产生。恍恍惚惚，视之不见，取之不得。金丹大药，就是由这样的东西炼成的。吕继续问：什么是龙虎？钟继续回答：龙是阳物，飞升在天，在物为木，在人为肝。虎是阴物，奔走于地，在物为金，在人为肺。肝属阳，但处于阴位。肾气足时，可促进肝气产生，从而断绝肾的余阴，使气成为纯阳之气上升。肺属阴，却处于阳位，心液可促进肺液产生，从而断绝心的余阳，使液成为纯阴之液下降。气升液降，本不相交。但若用一定的方法使它们交媾，使肾气不走失，于气中收取真一之水；心液不耗散，于液中采取正阳之气，使液中之气见气自聚，气中之水见液即合，子母相逢，互相爱恋，每天可得到黍米大的一粒金丹。一百天坚持不断，药力就全备；二百天，圣胎坚实；三百天，胎仙形成。形如弹丸，色如红橘，这就叫丹药。永远留在下丹田内，就可留形住世，长生不死，做个陆地神仙。至于要修成天仙，就需有更加复杂的过程。我们看神怪小说，讲狐仙体内往往有一粒金丹。其中最美、最动人的，就是《聊斋志异》中的《娇娜》一篇。这些神话，都是内丹术出现之后的产物。钟离权说，丹经万卷，不出阴阳二字。阴阳的精髓，无非龙虎。道士之中，认识龙与虎的，万中不过一二。这一二之中，有的还是只知龙虎之理，而不知交合之时、采取之法等具体操作。所以修炼者千千万万，成功的几乎一个也没有。那么，什么是丹药呢？这是吕洞宾的又一个问题。钟离权回答说，药是治病的，病有三种：一是时令之病，如感冒风寒，劳累过度；二是年龄之病，如衰老；三是人身共有之病，即死亡。时令之病可求名医，老病、死亡又找谁来治呢？时令之病，可用草木药治疗；这后两种病，只能用两种药，即外丹和内丹。在这里，钟离权正式把体内修炼叫做内丹，并且把它和外丹，即现实地用矿物药所炼的金丹对立起来。钟离权继续说，过去教导过黄帝的那个广成子，曾用炼内丹的方法为根据，去冶炼外丹。心火红，所以他拿来丹砂；肾水黑，所以他采来黑铅。他炼成的丹，可除百病，可延年寿，甚至可以像壮士一样，飞升千里万里，但到不了蓬莱，更上不了天。那么，古往今来，为什么外丹总是失败呢？钟离权认为，其原因有三：一是不辨药材真假，二是掌握不好火候，三是德行不备。钟离权说，用于炼丹的药材，都是天地间秀气所生。但战国以后，凶气凝空，尸横遍野，哪里还有秀气？没秀气怎有好药，没好药怎能炼出好丹！以往的炼丹术士不能成功，原因在此。这样，以往的失败也就得到了貌似合理的解释。依钟离权所说，不是先有外丹，后来人们才借用外丹的术语去炼内丹，而是先有内丹，人们借用内丹的方法去炼外丹。钟离权这个人物，本身就是由人们塑造的神仙；他有关内丹、外丹关系的说法，也不过是个神话而已。外丹的作用，即使成功，也到不了蓬莱。那么内丹呢？钟离权说，只要懂得交合的时节、采药的方法，那就指日可成。药材出于心肾，是人人都有的；炼丹的过程，效法夫妇的交合；炼丹的火候，依照日月往来。炼成以后，阳神就会出身外成仙，像金蝉脱壳一般。既然药材就在心肾，为什么以往的丹书都说什么铅汞金银，讲什么黄白之术呢？钟离权说，那是由于人心都喜欢金银，神仙才说用铅汞可以炼就，本意只是要人们借此悟得大理。
不想世人不悟，不仅欺骗别人，而且欺骗自己，甚至贪财好利，借黄白术以致富。这是以好道为名，行好利之实。因此，以往的炼丹家全都错了。而他们的全部错误，也都在《钟吕传道集》中得到了合理的解释。这是一套全面的内丹理论，《钟吕传道集》的出现，标志着内丹术的诞生。内丹术诞生以后，人们也就用内丹的观念来注释《周易参同契》。过去，乾坤、坎离、龙虎等，都是炼丹时鼎器或药物的比喻；依内丹说，则鼎器、药物、铅汞等倒是体内之气及其运行状况的比喻。比如宋代出现的映字号无名氏注《周易参同契》，它注乾坤坎离说：在人则乾为首，而备耳目鼻口舌之显于外者也；坤为腹，而备心肝脾肺肾在乎内者也。……在人则肾属坎而居乎下，心属离而居乎上。……人之坎男离女交媾，则众石实自此而基也。这样，《参同契》所说的坎离就不是现实的水火，而是心肾之气。那么，丹炉也就不是什么现实的丹炉，而是指的人体。所谓乾坤不是丹鼎上釜、下釜的象征，而是人体首、腹的象征。乾坤坎离诸卦象，龙虎男女诸生物，河车黄芽诸物事，都不再是炼丹药物和炼丹过程的比喻，而炼丹药物和炼丹过程倒成了体内生理过程的比喻。炼丹被虚化了，被异化了。丹鼎炉灶从现实的丹房搬到了体内，外丹也就成了内丹。依映字号无名氏注所说，则“离为心而居上，其中有玉液，可为还丹”；“坎为肾而居下，其中有金液，可为还丹”。炼丹过程，完全成了一种在体内进行的生理过程。以此为基础，《参同契》所说的“垣阙”，被说成是肾部之宫；“曲阁”，被认为是排泄、包括泄精的孔道。这在体内进行的炼丹过程，也须按日月运行的法则掌握火候。比如一月之中，上弦日可“飞金精”，下弦日可以“采药”等。这样炼出的丹，才是真正的内丹。然而，这样的内丹术不久也破产了。内丹虚化外丹的鼎器、药物和炼制过程，后来的内丹术使这种体内的修炼过程也成为一个虚名。此后的内丹术，还用内丹的名，但是他们说，道，就是人的心；金丹，也是人的心。所谓炼丹，就是修炼人的心。而只要识心见性，就可以得道成仙。这样，从注释《道德经》等道经中得出的以修心为根本的结论，也成了炼丹术的结论和最后归宿。不过，这都是后话了。
