实际上，中观学派视空、空性为离开人们思维和语言的直觉世界的真实本质，这就是排除思维、拒绝语言的人为区别，用以凸现世界本相、本性、本质的本体之学。中观学派所讲的空，空性是标示世界本质的哲学范畴，是有其特定内涵和丰富意蕴的，并不是通常讲的「无」。中观学派说的空，空性不是无本体，非本体；而是即本质，即本体。空，空性即是中观学派本体之学的核心思想。
和说一切有部的本体观念不同，中观学派反对通过语言把本体实体化、本原化，反对视本体为实有现象的本原，把本体和现象分离和对立起来。认为说一切有部的本体说是不符合宇宙万物的真实本性的。中观学派把说一切有部的实有本体视为是空性的，在此基础上又把说一切有部的本体与现象的关系加以逆转，认为现象不是本体呈现的影子，只要除掉虚构实体化本体的障蔽，现象即是显露其本相的世界。中观学派否定本体与现象两重世界说，认为两重世界是用语言加以虚构的结果，强调只有一个世界，这就是离开思维和语言虚构的真实世界，也即空的世界。空是世界的真实，空就是世界的本体。中观学派在以空消解了实有的本体之后，又逻辑地确立了空的本体意义。
从中观学派本体理论的思维逻辑来看，它否定语言的作用，但是为了宣传佛法理论，教化众生，中观学派也需要利用语言，在肯定语言的日常作用的意义上，此派也逻辑地蕴含了语言的世界与真实的世界相区别的两重世界说。
三、本体心识说
中观学派的本体学说，从佛教修持的角度来看，也有导致众生主体思维活动和心性修养失落的危险，有鉴于此，有的佛教学者又在万物性空的基础上，转而从不空的角度来探索主体与本体的关系，把本体纳入主体之中，甚至归结为主体。在这一理论转型中，出现了两种思维理路、两种派系：一是着重探究心的本性，为如来藏系；一是着重阐发心识活动，为唯识系（瑜伽行派）。从心的本性去考察，如来藏系提出了作为众生成佛的质地与根据的如来藏思想和佛性观念。此系还视佛性为空性，认为佛性不仅是众生成佛的根源，还是宇宙万物的本性，因而也具有宇宙万物的本体意义。从心识活动考察，唯识系等一般地是把世界还原为表象，把存在归结为认识，进而把心识作为包括众生在内的宇宙万物的根源、本性。众生必须通过把心识转换为智慧，才能成就佛果。此系学说直接论及心识与存在的关系，突出了心识为万物的本原思想。我们着重论述此系思想。在唯识系众多的派系中，我们将以无着世亲所代表的唯识系的主流思想作为论述的重点。
大乘瑜伽行派（有宗）的唯识本体说，是一个多层次的复杂学说，是唯识学认识论体系的核心内容，其间涉及心识、阿赖耶识和种子诸说，厘清这些概念的思想脉络及其相互关系，对揭示唯识思想的实质，把握该派独特的本体学说，看来是很有必要的。
唯识学思想体系的基本命题是「万法唯识」，「一切唯识」，「唯识所变」，「唯识无境」。「唯」，仅，不离，「识」，心识。这些意义相近或相同的命题是说，心识是认识的前提，心识所分别的一切事物（「万法」）都是心识的变现，都不离心识。除了识的变现，此外没有任何实在性。也就是说，世界的一切，都是不实在的，都只是由心识映现出来的表象而已。《唯识三十论颂》云：「是诸识转变，分别所分别；由此彼皆无，故一切唯识。」〔注释：《大正藏》第31卷，61页上。〕「分别」，指能够分别，即主观的心识，「所分别」，指被分别，即客观的对象。这是说，由主观的心识和客观的对象两个方面形成的现象世界，都是唯识所变，都离不开识的变现，也就是万法唯识，一切唯识。《成唯识论》卷7云：「一切有为无为，若实若假，皆不离识。唯言为遮离识实物。」〔注释：《大正藏》第31卷，38页下。〕说世界上的一切现象，无论是有为的还是无为的，也就是说若实的或若假的，都不离识的变现，都不是离开识的实在之物。瑜伽行派所讲的唯识，是针对着境而说的，是着意以境与识相对比，强调一切客观的外境，外界的对象，都无实在性，无非是主观的心识的虚妄变现而已，这谓之唯识无境。就识境对比的相对意义而言，境无实在性，识有实在性。然就究极意义而言，识也是非实在的，因为由识生起的种种现象也都是虚妄的，都与烦恼相连，所以识也应舍掉。瑜伽行派认为，众生成佛的根本途径就在于转识成智，即舍弃心识转为智慧。
从哲学的角度考察，上述唯识的「识」无疑是存有论或本体意义的抽象本体，这一心识本体又是如何变现世界现象的呢？根据瑜伽行派的有关论述，大体上可以归纳出两种密切相关的思路，两种相辅相成的论证：识分化说和种子生现行说。
先说识分化说。识，作为本体，变化出现象，以显示、展开自身，这也就是识自身的分化。又，识是识别、了别作用，有认识论意义，但作为心理感受能力的情识而言，是与主观虚妄执着俱起的作用，主要是心理学意义，且是负面价值的意义。瑜伽行派把识分为八类，即：眼、耳、鼻、舌、身、意、末那、阿赖耶。前五种识是对具体对象的感性认识，第六种识是认识抽象概念。第七末那识是一种我执作用，它意识到自我，执取第八识见分为我，故称为我识，即自我意识。第八阿赖耶识，是八识中最主要的，它是生起前七识的基础，故称根本识；也是一切现行识种子的贮藏之处，又称藏识。它隐藏在心的最底层，是被覆蔽着的，潜在的意识，是为下意识。对于识变现为现象，《成唯识论》卷1说：「变谓识体转似二分，相见俱依自证起故。依斯二分，施设我法。」〔注释：《大正藏》第31卷，1页上、中。〕「二分」，即相分和见分。「相分」，客观的认识对象，「见分」，主观的认识主体。「自证」，自证分，是认识主体了别对象的自觉的功能。「我法」，自我与诸法，即主体和客体。这是说，八识的识体即自证分，变现为相分和见分，虚假地安置设立主体的自我和客体的对象，现象世界便由此生成。瑜伽行派强调，八识识体即自证分，变现为相分和见分，虚假地安置设立主体的自我和客体的对象，现象世界便由此生成。瑜伽行派强调，心识为了显现其自身，便变现为相见二分，并以见分的主体身份，去了别并执取作为客体的相分，将所执取相分的相似形状视为实有自性，其实这是心识的虚妄的变现作用。
由上可知，识体是指识的体，自体，即自证分，也作自体分。它能对见分认识相分作自觉的证知。《成唯识论》卷2云：「相分是所缘，见分名行相，相见所依自体名事，即自证分。」〔注释：同上书，10页中。〕作为相分与见分的「所依」，识体是较相分与见分更深一层，它是客观对象与主观心识两个方面，即现象世界生起的依据，根源。由此可见，识作为世界一切现象的形而上本体，是指识的自体，即自证分而言。含藏在识的深层的识自体是瑜伽行派本体观念重要意义之所在。
再论种子生现行说。瑜伽行派在阐述八识分别变现现象世界的同时，还特别强调第八识及贮藏在该识中的种子的独特作用。如上所述，阿赖耶识是七识的根本，是宇宙万物的依据。所谓万物唯识所变，实质上是唯阿赖耶识所变，具体说，前五识是依仗阿赖耶识相分中的器界（山河大地）为本质而变现其相分，如色、声、香、味等。第六识有时单独追忆、思虑过去或未来的影相而变现其相分，有时则或依仗阿赖耶识的相分中的器界而变现相分，呈现物质世界现象，或依仗阿赖耶识见分而变现其相分，呈现自我。第七识依仗阿赖耶识的见分或种子为「我」，生起自我意识，并形成种种烦恼。至于阿赖耶识自身，则是变现器界并以其为对象而攀缘之。可见，除第六识变现过去或未来的事相外，七识都要依赖耶识的见分或相分，才能生起各自的相分，即生成世界现象。也就是说，阿赖耶识之所以是七识的根基，其原因在于它摄持着七识的种子，也即含藏着万物的种子。瑜伽行派认为，众生心识活动的影响力是永远不会消失的，它会作为种子贮藏在阿赖耶识中，并能引发尔后的心识活动，即生成现象，种子实是世界万物生成的根源。可以这样说，所谓唯识所变，实质是唯阿赖耶识所变，进一步说，所谓阿赖耶所变，其核心是阿赖耶识中的种子所变。
《成唯识论》卷2说：「何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别，此与本识及所生果不一不异。」〔注释：《大正藏》第31卷，8页上。〕「本识」，根本识，即阿赖耶识。「功能」具有能力。这是给种子作界定。认为种子是阿赖耶识能亲生自果的一种能力、原因，它与阿赖耶识本身以及所生自果既同又异。种子即功能，它是一种能力、力量。势用，作用，也称作习气、余习。所以称为种子，是借用植物种子的意思，它不是实体，而是纯粹的精神作用、精神力量。
瑜伽行派又提出种子六义说〔注释：详见《成唯识论》卷2，《大正藏》第31卷，9页中。〕认为种子有六个特性：（1）剎那灭，即不断地生灭变化；（2）果俱有，作为因的种子同时含有相应的果；（3）恒随转，种子随着识起而不断转动；（4）性决定，善种生善果，恶种生恶果，种子的体性决定了果的体性；（5）待众缘，作为主要条件的种子必须有包括「所缘缘」（能使主观的心作用生起的客观对象）在内的其它辅助性的外缘才能生起万物；（6）引自果，不同的种子只能生出不同的果，不能交互而生。这些有关种子的规定性，意在从不同方面说明种子生果的条件、内容、性质与规律，由此也会面地揭示了种子的意义和内涵。
从种子变现出不同现象的角度，瑜伽行派还把种子分为两大类：一是能生佛教智慧、觉悟的无污染、无烦恼的种子，称为「无漏种子」；二是能生众生界各种现象的污染、烦恼的种子，称为「有漏种子」。进一步又把有漏种子分成两类：一是能产生与种子同类现象的种子，称「名言种子」。名言，名字、名称、语言、概念，名言种子是由语言、概念作用在阿赖耶识中所熏成的种子。另一类是以善恶业而生果报的功能，它能协助无善恶之分的名言种子，招生未来果报，称「业种子」〔注释：名言种子，又称名言习气、名言熏习、等流种子、等流习气；业种子，又称异熟种子、有支习气，异熟习气。〕瑜伽行派认为，众生世界的诸现象是名言种子和业种子相结合而产生的，也即语言、概念和善恶行为的功能作用所生起的现象。其中名言种子是生起与种子同类现象的直接原因（「亲因缘」种子），名言种子又分为互相对说的两种：一为表义名言种子。「表义名言」是指名言、词名、文字等表现事物意义的名言。第六识攀缘表义名言，随语言声音、文字而变现出各种相应事物的相状，由此而熏成的种子为表义名言种子。二为显境名言种子，这是指攀缘前七识见分为境而熏成的种子。瑜伽行派又从受用的角度把名言种子分为共相和自相（不共相）两种。如为共同享用的山河大地等是共相，生起共相境界的种子为共相名言种子。仅供自身受用的个人身体是自相，生起自相境界的种子为自相名言种子。这两种种子是分别在相应的业种子的协助下招感共相或自相的。由此看来，瑜伽行派的种子说十分重视名言种子在形成世界种种现象中的重要意义，这是极富独特理论色彩的现象本原说。
瑜伽行派把种种变现现象的论说概括为「种子生现行」（「种生现」）的命题。《成唯识论》卷2云：「能熏生种，种起现行。」〔注释：《大正藏》第31卷，10页上。〕「能熏」，能熏习阿赖耶识而形成种子的能力，也即七识的现行。「种」，种子。这是说，七识有熏生形成种子的作用，而种子作为原因又有生起现象世界的能力，种子由潜存状态转为现实状态，为现行，由种子现行而成现象世界，为「现行法」。由此也可以说，种子是现象世界（现行法）的潜在态，现象世界是种子的显现态。种子与现象世界是众生自身的阿赖耶识的两种不同形态。如前所述，识自身（自体分，自证分）转为见分与相分，此二分各有其潜在态和显现态，就是种子生现行的情景，也就是精神本体变现为现象世界的情景。
这里还应当强调指出的是，瑜伽行派认为心识也是有情众生的本体。按照瑜伽行派的理论，有情众生的阿赖耶识及其种子的不断活动，牵引众生不断轮回转生。众生死后，阿赖耶识内含藏的精神性的种子并不消失，且断续流转。可见，种子实是众生轮回的主体，也可说是不灭的灵魂。至于阿赖耶识中含藏的无漏种子，则是有情众生的终极价值的主体，是有情众生发心修持乃至成就佛果的根本。瑜伽行派这一层面的本体论涵义具有更鲜明的宗教意义。
从上述可知，心识→阿赖耶识→种子，既是世界现象的本体，也是主体众生的本体，也就是宇宙万物的本体。由此看来，瑜伽行派的本体有这样一些特质：一是精神性，本体是一种精神力量、功能、作用，而不是实体；二是多层次性，心识，阿赖耶识，种子，有种种层次差别，又同为本体；三是多样性，不同众生的阿赖耶识是不同的，种子不仅有不同的类别，而且还不断由现行熏生出新的种子；四是变化性，种子在不断生灭，不是永恒不变的；五是虚妄性，心识本体的变现活动是盲目的、染污的，应当转化为智慧。瑜伽行派对本体的这种种规定，在佛教内部曾引起了一些争论，如阿赖耶识是清净的真识还是染污的妄识？无漏种子与有漏种子的关系如何？可是始终没有取得一致的说法。
在揭示瑜伽行派本体观念的物质后，我们再来总结其本体论学说的思维进路：一是不从客观世界去寻找外在性的统一本体，而是转向人的自身，从主体精神活动中寻找内在性的各自的本体，以人的心识为本体，心识即本体，把主体与心识统一起来，从而极大地高扬了主体性。二是将心识本体活动展现为了别作用与变现现象两方面，而这两方面又是相即不离的，这就是说，主观的了别与客观的变现、认识与现象、心与物是统一在心识里头的，从而形而上地置心识于心物主客之先，并消融了心物主客的对立。三是认为识本体变现为现象（见分与相分）并体现在现象里；现象的影响力并不消失，也积淀在阿赖耶识中，形成为潜在的新种子，也就是即将变现为现象的新本体。现象是本体的现象，本体是现象的本体，本体与现象互相渗透，打成一片。可见，在心识说的基础上，突出本体与主体的统一，主体与客体的统一，主体与现象的统一，这是瑜伽行派本体论学说的基本特色。
