边疆还是时战时和。最让汉人头痛的，仍然是匈奴。匈奴依然经常入塞骚扰，一赶就跑，不赶又来。48年十月匈奴与汉为敌的王死了，分裂为北匈奴和南匈奴，南匈奴王入汉称臣。当时北匈奴连年旱蝗，赤地千里，人畜饥疫，死耗过半，这给东汉提供了一个绝好机会。为此，两位雄心勃勃的老臣——朗陵侯臧宫、杨虚侯马武要求再次上阵，剿灭北匈奴，彻底安定北边。请战书写道：
匈奴贪利，无有礼信，穷则稽首，安则侵盗。虏今人畜疫死，旱蝗赤地，疲困乏力，不当中国一郡，万里死命，悬在陛下。福不再来，时或易失，岂宜固守文德而堕武事乎！今命将临塞，厚悬购赏，喻告高句骊、乌桓、鲜卑攻其左，发河西四郡、天水、陇西羌、胡击其右，如此，北虏之灭，不过数年。
然而，刘秀坚决不同意。对此，《剑桥中国史》评述：
在此时刻，光武帝犯了他在位时期最大的错误，这个错误也属于中国历史中最坏的一个。他本应与南匈奴联合，攻击北匈奴的联合体。公元51年中国的将领们极力主张这场征战，而征战肯定会取得胜利。南单于就可以作为匈奴唯一的统治者返回弋壁之北的土地，而中国人就可以收复西北边陲的几个郡。之所以丧失这个机会，并不是因为它有军事风险，而是因为光武帝没有认识到它的有利条件……中国人为此付出了很高的代价。
于是，北匈奴也来贡裘马求和亲，刘秀则赐以缯帛和弓矢，似乎永结和平了。
匈奴不仅让汉人不堪其烦，西域那些邻居也深受其扰。公元前60年刘询曾经设“西域都护”，作为驻守西域地区最高长官，控制西域各国。王莽时期，西域分裂为55个小国，其中北部各国重新被匈奴控制，刘秀也就不再设都护。公元38年那些小国请求汉在那里设都护，刘秀考虑国内事务忙不过来，予以拒绝。45年冬莎车大有兼并西域之势，那些小国深为不安，车师、鄯善、焉耆等18国便联合起来，把自己公子送入洛阳做人质，请求汉室在那里设都护，刘秀这才勉强同意。
东北部总体平安。日本第一代天皇于公元前660年建国，被称为“倭”或“倭国”。大概由于岛国原因，与中原来往不便，两者关系很难追溯更早。公元57年正月也即刘秀去世前一个月，他们谴使者漂洋过海到洛阳，自称大夫，奉贡朝贺。刘秀大喜，赐赠金印一枚，上刻“汉委奴国王印”五个字，此为中日两国政府第一次往来。1784年日本九州博多湾两位佃农在挖沟时偶然发现这金印。1979年他们家族后人将此捐献给日本福冈市博物馆。多数学者认为“委”和“倭”相通，“委奴国”即“倭奴国”。专家学者对这枚金印有些争论，但传说玄乎其玄。据说另有一颗玉玺被借到福冈参展，摆近的时候，两印之间突然出现北极和南极常见的那种极光。
西南喜忧参半。喜的是，29年十二月，交趾（今广东、广西大部和越南北部、中部）地方长官邓让率七郡太守遣使者奉贡。忧的是武陵蛮闹事。史历上的“武陵蛮”指今土家族，主要分布于湘鄂川黔毗连的武陵山地区，西汉和新莽末年，许多汉人为躲避战乱流入武陵山区，与蛮族人错居杂处。东汉建立后，当地郡县为控制这些流亡者，与蛮族发生冲突。47年正月南郡（今湖北荆州）的蛮族起事，刘秀派武威将军刘尚去镇压，将他们迁于江夏（今湖北麻城）。同年十二月武陵蛮又暴动，攻掠郡县。刘秀仍派刘尚率万余军队去镇压，在沅水（今湖南境内）激战，竟然全军覆没。第二年再出兵，又连吃败仗。于是，伏波将军马援主动请缨。“伏波将军”是古代对将军个人的一种封号，意为降伏波涛，历史上有多位，最著名就这位马援。刘秀怜其年老，不同意。马援激动起来，像战国时老将廉颇那样，当场披甲上马，一展雄姿。刘秀一高兴便同意了，令他率兵四万前往武陵。没想到北方将士到南方水土不服，又不熟悉地形，结果死伤大半，马援也因疫疾而亡。最后，历时三年才将武陵蛮平定。
三、“柔道”政治
刘秀当皇帝后，忙里偷闲将老家的老太太们请来喝杯酒。老太太们一高兴，话没遮拦，居然说起刘秀小时候的丑话。一位大发感慨说：“文叔（刘秀的字）小时小姑娘样的，又老实又柔顺，谁能想到这么老实巴脚的人竟然做了皇上！”刘秀笑道：“柔顺点好啊！我治理天下，也用柔道呢！”
刘秀所说的“柔道”不是体育拳术，而是一种屈伸得宜，以柔克刚的韬略思想，与他老祖宗国策“无为而治”如出一辙。刘秀不是开玩笑，而是实打实去践行。即使你死我活的战争，也不忘“天地之性人为贵”。26年十一月大将军冯异出征赤眉军的时候，刘秀特地敕诏说：“征伐非必定掠地屠城，而在于平定安置。你是读书人，要加以注重，不要给郡县百姓添加苦难！”破铜马军后，刘秀非但没杀投降的一兵一卒，反倒封他们的首领为列侯。降兵不放心，刘秀就命他们各自回本营统领军队，而自己轻车简从巡行各部阵地。从此，降军心悦诚服，所以关西一带还称刘秀为“铜马帝”。36年刘秀下诏明示：“边吏力不足战，则守。追虏料敌，不拘以逗留法。”他反对那种冒死硬拼的战法，绝不鼓励边疆官兵当无谓的烈士。
48年刘秀之所以拒绝趁人之危灭北匈奴，考虑的正是：
《黄石公记》曰：“柔能制刚，弱能制强。舍近谋远者，劳而无功；舍远谋近者，逸而有终。故曰：务广地者荒，务广德者强，有其有者安，贪人有者残。残灭之政，虽成必败。”今国无善政，灾变不息，百姓惊惶，人不自保，而复欲远事边外乎！孔子曰：“吾恐季孙之忧不在颛臾。”且北狄尚强，而屯田警备，传闻之事，恒多失实。诚能举下下之半以灭大寇，岂非至愿！苟非其时，不如息民。
《黄石公记》是中国古代一部著名兵书。与其他兵书不同在于，它糅合诸子各家思想，专论战略。
战争还没结束，刘秀就迫不急待精兵简政，让大批战士解甲归田，恢复生产。否则，战争也许不用拖那么久。全国大约1000个县，30年六月一口气裁掉400多个，县级以下官吏减少90%。37年二月还将诸王降为公、侯。刘秀得天下跟刘邦一样，靠手下一批得力干将拼死拼活卖命，一样不能坐视开国功臣功高盖主，但他没像刘邦那样“狡兔死，走狗烹”。人们所熟知赵匡胤“杯酒释兵权”之策，实际上是刘秀发明的。37年四月平完最后对手公孙述的大将回京，刘秀举行盛大庆功宴，封功臣3605人，表彰他们的功绩，赏给大量封地、农民和钱帛，让他们回自己封地去享受荣华富贵，而不再参与朝政。事后，还经常派官员上门慰问。同时，注重举贤良，补充新鲜血液；加强干部队伍考核，要求他们勤政为民；给百官增俸，让他们高薪养廉，保持朝政的稳定。
刘秀注重息干弋，修道德；休兵事，兴儒学。刘秀继承独尊儒术的传统，29年十月建太学，置博士，传授诸经。巡幸鲁地时，遣大司空祭祀孔子。38年四月又封孔子第十七代孙孔志为褒成侯。对于王莽时期隐居不仕的官僚、名士加以礼聘，表扬他们忠于汉室、不仕二姓的高风亮节，培养重名节的社会风气。
不过，刘秀对儒家今文学派制造的谶纬迷信也推崇备至。早在东汉建立之初，刘秀就仿照王莽、公孙述等人利用谶书作为承受天命的依据，指使老同学强华伪造“赤伏符”——“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙在野，四七之际火为主”——表示他继承西汉的火德，是“上当天地之心，下为元元所归”的真命天子。52年封禅泰山、梁父山（即映佛山）。56年起明堂、灵台、辟雍，宣布图谶即预言书于天下，把谶纬迷信尊为“内学”。
刑律方面总体从轻。52年十月、55年九月两次下诏，将死罪改为下蚕室。下蚕室即宫刑。蚕室要求具备既保温又防热的性能，以便补湿排湿，通风透光，彻底消毒。受宫刑后创口极易感染中风，必须留在像蚕室一样的密室中上百日，所以人们常用下蚕室代指宫刑。53年二月派使者到各地查冤狱，并在此基础上诏令天下所有囚徒各减本罪一等。
但刘秀对官员从严。太仓（今属江苏）亭长奚涉，招降山贼数百，遣归农耕，自食其力，辖内安定。但奚涉此举未上报，属自作主张，有违汉律，被郡守逮捕下狱，上书洛阳。刘秀非但不降罪，反而将他提拔为太仓县令。没想到奚涉高升后忘乎所以，不过三年就占田霸地千余倾，为躲赋税瞒报近一半，并高租于民，重苛盘剥，弄得怨声载道。在全国性检核田亩并考察干部的时候，奚涉怕了，但他想到当朝大司徒戴涉的哥哥戴进，在本县有良田千亩，房屋千余间，牟取暴利比奚涉有过之而不及。于是，奚涉与戴进结盟，要求他找哥哥说情。戴涉为戴进、奚涉违法垦田、兼并土地之事造具假册，瞒天过海。44年四月遭人举报。刘秀震怒，下令戴涉自缢，判奚涉、戴进及当时负责核查的官吏十余人斩刑，受牵连而遭下狱、罢官、没收财产的多达几十人。随后又诏告天下，以此为戒，大力整顿吏治。此案让朝野大为震动，大快人心，但也有人认为过重，罪不至死。又如52年六月因诸王宾客荡乱法纪，刘秀诏令郡县大搜捕，坐死达数千人，显然也有为过之嫌。
四、直面历史遗留问题
每一个人创造历史，都是在直接碰到的、既定的、从过去承继的条件下创造。这条件有正面的，也必定有负面的。对负面的历史遗留问题是否装驼鸟，视而不见，击鼓传花，坐令小事化大，大事化炸，是考验其品德、能力及历史地位的关键。刘秀面临的历史遗留问题主要有二：一是奴婢问题，二是土地兼并问题。
1.奴婢问题
奴婢怎么会成为一大社会问题？在我们现代来看，难免感到不可思议。可你稍微想想就不难理解：因为当时奴婢没有独立的身份而依附于主人。那些权贵之人，贪婪无度，蓄养奴婢越来越多，造成“世禄之邑，几无王民”的局面，直接影响国家财政、军队、徭役的来源。因此，封建王朝在战乱或灾荒之后，经常颁发放免或限制奴婢的法令。但从总体看，奴婢问题是整个封建社会一大痼疾。
西汉末年，大司马师丹等大臣提出限制豪强大族兼并土地、蓄养奴婢的建议，要求限定诸侯王奴婢200人，列侯、公主100人，关内侯、吏民30人，期限3年，违者没入官。这规定产生了一定效果，但因外戚和董贤等人强烈反对，刘欣下诏“且须后”，将这改革搁置起来，成为一纸空文。后来王莽对此也做了努力，但也失败了，使得奴婢问题继续恶化。
刘秀称帝后，尽管战争如火如荼，他仍关注到奴婢问题。35年二月诏令说：“天地之性人为贵。其杀奴婢，不得减罪。”请注意：刘秀看奴婢问题的角度与众不同，出发点是人性。天地之间万物生灵，得天地之气成形，禀天地之道成性，其中以人最为尊贵。“天地之性人为贵”这话不是刘秀发明的，出自《孝经》。《孝经》据传为孔子所作，一般认为成书于秦汉之际，但秦始皇、刘彻们绝不会认同这样的话，刘邦、刘询们也忽略了，只有刘秀拿出来加以强调。有了这话，才能理解刘秀为什么没趁人之危灭匈奴、追击赤眉军时拒绝决黄河大堤、女子犯罪可以让她回家出钱雇人入山伐木抵罪等一系列仁政。他还有一句话当作为名言流传千古：“每发一兵，头须为白。”刘秀也是造反起家的，一将成名万骨枯，但他本质上并不好战，与其他帝王不同。
现在，刘秀要求尊重奴婢的“人权”！他当政期间，先后十来次专门下诏，一再强调恢复他们的平民身份。如26年五月诏“民有嫁妻卖子欲归父母者，恣听之。敢拘执，论如律”；30年十一月诏“王莽时吏人没入为奴婢不应旧法者，皆免为庶人”；35年二月诏杀奴婢者不得减罪，同年十月废除“奴婢射伤人要处死示众”的法律；次年三月诏陇、蜀民被掠为奴婢者，一律免为庶人；38年十二月诏益州、凉州被掠为奴婢者，一切免为庶人，卖者无还值。
