反应最激烈的或许是新任四川总督丁宝桢，他闻知验尸结果后大怒，在去四川上任之前大闹刑部，“扬言于朝”，称“葛品连死已逾三年，毒消骨白，此不足定虚实也”，认为刑部的验尸结论不足为凭，案件仍应维持原判。并威胁刑部尚书桑春荣：如果这样的铁案都可以翻过来，那将来就没有人敢做地方官了。
——值得一提的是：丁氏曾因擅作主张处死慈禧宠爱的太监安德海而以刚正之名享誉朝野。
朝廷最终宣布杨乃武与葛毕氏无罪。但这个判决并没有获得朝廷内部重臣的认可，左宗棠即是其一，他迅速找到机会，将在此案中被朝廷免职永不叙用的前浙江巡抚杨昌浚再度保奏出山，以示□□。杨昌浚此后历任要职，直至陕甘总督、兵部尚书、太子太保。
一桩明明白白的冤案，为什么会出现诸多朝廷重臣反对□□的局面？
【朝廷的用意：打压地方督抚，重塑中央权威】
杨乃武一案进京上访后得以翻案成功，是多种因素综合作用的结果。商人胡雪岩的资助，为上访提供了经济后盾；杨乃武的举人身份带给了他一张科举时代的官场关系网——由“同年”的帮助，到浙江籍京官的联名上书，最后到帝师翁同龢出面，案情直抵宫闱，这一申冤脉络得以形成，全赖杨乃武的举人身份；此外，《申报》对案情做长期持续的跟踪报道，在民众中造就舆论压力，也是重要因素。
但是，促使朝廷连续下发十三道谕旨，一再将此案发回重审，直至开棺验尸的关键动力，并不是草民冤情的真相，而是政治上的考量：朝廷希望借此收回死刑裁判权，敲打地方督抚，重塑中央政府的权威。
刑部重审结案前夕，御史王昕所提交的一份奏折最能体现朝廷的这一用心。
王在奏折中严厉指责浙江官员“徇情枉法，罔上行私，颠倒是非”，斥责巡抚杨昌浚“藐法欺君，肆无忌惮”；进而推及所有地方大员，担忧“大臣倘有朋比之势，朝廷不无孤立之忧”；建议朝廷严惩杨昌浚等官员，以此扭转疆臣藐法欺君之局面，“以伸□□于天下，以垂炯戒于将来。庶大小臣工知所恐惧，而朝廷之纪纲为之一振”。
朝廷很欣赏王昕的这道奏折，下发谕旨批示说“各省似此案件甚多”，命刑部“彻底根究”。
王的奏折是秉承帝师翁同龢之意而写。作为扭转杨乃武一案的关键人物，翁同龢此前曾对恭亲王如此说道：“冲龄之至，太后垂帘，是所谓‘孤儿寡母’的局面，弱干强枝，尾大不掉，往往由此而起。征诸往史，斑斑可考。王爷身当重任，岂可不为朝廷立威?”
太平天国之后，地方督抚坐大，死刑裁判权也由中央下落到地方。朝廷既然希望“立威”，则案情的真相并不重要，重要的是得出符合朝廷需要的“案情真相”，换言之，即使此案地方官员并未错判，倘若朝廷一意坚持，最后的真相仍然只能是朝廷需要的那个“真相”。由此，地方督抚如左宗棠们的不满，也就不难理解了。
