在第二次异形大战结束后,世界格局发生了翻天覆地的变化:在东方,新兴的中华帝国很快用强大的军事与经济力量吞并了扶桑皇国;在西方,帝制卡尔斯兰与不列颠尼亚联邦也被加利亚共和国合并;东欧,Orussia内部新兴政权苏维埃联盟也颠覆了这个国家,并用武力强行攻占了索穆斯,与加利亚共和国政权直接对立。在太平洋的另一尽头,利比里昂合纵国经过整治改革后,改名为美利坚合纵国。就在这证券发生翻天覆地变化后的一段时间,加利亚共和国在地中海附近的岛屿上找到了第二次异形大战时期被抛下的巨舰大和号,和501机械化航空兵坂本美绪少校的飞行腿,还有她的烈风丸。于是,在魔女几乎已经从世界上消失的时代,魔力能源却开始重新被研究机构提起,而在中华帝国的时空扭曲器的超负荷工作下,产生了空间传送门,在意外中,以魔力作为信标的磁场将另一时空的11为501机械化少女带到了60多年后的世界,而等待她们的,则是一场噩梦。