从5月4日开始，北京谣诼满天，频频有人向蔡元培报告，政府方面“有焚烧大学、暗杀校长之计画”。据说曹汝霖、章宗祥出三百万买蔡元培的人头。5月8日，北京忽然传出一种惊人的消息，说军队正从廊房开入北京城，准备武力镇压学生。
《青岛潮》记载了这种谣言：“8日，更盛传捣毁大学，有某上将已调廊房军队入都之说。”龚振黄编《青岛潮》。《五四爱国运动》（上），中国社会科学出版社，1979年版。这并非惟一的记载，正在中国访问的杜威也有耳闻，他写道：“（在蔡氏辞职之前），各省纷纷谣传中国军阀为了打倒反对势力而准备好要走屠杀的极端。谣传甚至要来一次政变，以求永久稳固军阀和亲日派政府的把持。”杜威《中国的学生革命》。引自周策纵《五四运动史》。岳麓书社，1999年版。甚至有人说，军队已在景山上架设大炮，对准了北京大学的校园。一时间全城风声鹤唳。
另一种传言指政府已决定派马其昶接替蔡元培为北大校长，并提出查办教育当事和告诫学生两项命令，傅增湘拒绝在命令上副署，三天之内，数上辞呈。但告诫学生一令，终于由钱能训、朱琛（司法总长）、傅增湘副署发表，内称：
学校之设，所以培养人材，为国家异日之用，在校各生，方在青年，质性未定，自当专心学业，岂宜干涉政治，扰及公安。所有当场逮捕滋事学生应即由该厅送交法庭依法办理。至京师为首善之区，各校学风，亟应力求整饬，著该部查明此次滋事确情，呈候核办，并随时认真督察，切实牖导，务使各率训诫，勉为成材，毋负国家作育英髦之意。《大总统严禁学生干政并将被捕学生送交法庭令》。《五四爱国运动档案资料》，中国社会科学出版社，1980年版。
一度缓和的形势，陡然急转直下。
蔡元培感到身心疲惫，他既是一位崇尚个人自由的安那其主义者，也是一位学者，他虽然很同情学生的爱国热情，但一向认为大学是研究学问的地方，不是搞政治的地方，现在忽然被学生当成搞政治活动的靠山，被各学校校长奉为和政府打交道的领头人，学生们出了事向他求援，他不能不管；各校校长们要联合行动，他也不能不参加；而政府也把他视为学运风潮的幕后操纵者。他身不由己地被推到了风口浪尖上，今天到教育部请愿，明天到警察厅求情，这完全违背了蔡氏的性格与做人原则。
5月8日午后，又有人向蔡元培通风报信，说政府方面认为，只有蔡氏离开，风潮才能平息。如果蔡氏不去，法庭就要严办被拘学生。蔡氏倒不怕有人要买他的脑袋，但是，“我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，”蔡氏后来写道，“我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去，”蔡元培《我在五四运动时的回忆》。《中国学生》第3卷第9期，1936年10月23日。同时，蔡氏也预见到学生经过这次风潮的洗礼，初尝权力的滋味，将来更不会安于学习，他的办学宗旨，将更难以贯彻。于是，他向政府递交了辞呈。5月9日凌晨，留下了一张字条，悄然离去，甚至连他最亲近的人，亦不知其何往。字条云：
我倦矣！“杀君马者道旁儿”。“民亦劳止，汔可小休”。我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去；其他向有关系之各学校，各集会，自5月9日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。《北京大学日刊》第374号，1919年5月9日。
“我倦矣！”这三个字，好像铁锤撞击着知识分子的心头。多少失望、愤怒、悲哀、深重如山的忧劳和痛心疾首的抗议，尽在这三字之中。天亮以后，人们发现校长不见了，顿时群情惶惑，六神无主，许多人都认为，他一定是被政府逼迫出走的。字条中那些含义隐晦的字句，引起了诸多猜测。不少学生拿去向国文教师请教，那些老夫子平时门庭冷落，一时间门限为穿，也不禁飘飘然起来。
“杀君马者道旁儿”一句出自《风俗通》，意思是一匹好马跑得很快，但路边的看客不停地鼓掌，马主就不停地加速，结果把马累死了。于是有人揣测，“君”是不是指政府？“马”是不是指曹、陆、章诸人？“道旁儿”是不是指学生？
北大文科教授程演生在《北京大学日刊》发表了一封答复学生的信，解释这些典故的出处和含义。他说蔡氏以“马”自况，本心只是担心自己“溺身于害”，并无责怪学生的意思。至于“民亦劳止，汔可小休”则取自《毛诗·大雅·民劳》。蔡氏用此语的意思，民者，似为自指，他名为孑民。意为我已经很疲劳了，要好好休息一下。蔡元培后来对程演生的解读，做了个按语，说前者“但取积劳致死一义，别无他意”，后者亦“但取劳则可休一义，别无他意”。《北京大学日刊》第375号，1919年5月10日。
实际上，蔡氏所说的“道旁儿”，并非单指学生，而是指整个社会舆情的氛围，包括政府、社会、学生与其他学校的校长们，有意无意，合力把他置于舞台中心，令他“人在江湖，身不由己”，最后只能像一匹肥马，“驰驱不已，至于死”。这是蔡氏所不能忍耐的，“敛辔且归去，吾畏路旁儿”（张士简诗），于是，蔡氏毅然选择了夤夜出走。但他又担心字条会被学生们解读出“他意”来，造成不良影响，于是5月10日从天津乘津浦车返乡途中，又写了一封公开信给学生，解释说：
仆深信诸君本月4日之举，纯出于爱国之热诚，仆亦国民之一，岂有不满于诸君之理。惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于5日即提出辞呈者，以有少数学生被拘警署，不得不立于校长之地位以为之尽力也。今幸承教育总长、警察总监之主持，及他校校长之援助，被拘诸生，均经保释。仆所能尽之责，止于此矣。如不辞职，更待何时？至一面提出辞呈，一面出京，且不以行踪告人，所以避挽留之虚套，而促继任者之早于发表，无他意也。北京大学之教授会，已有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于校务。惟恐诸君或不见谅，以仆之去职，为有不满于诸君之意，故特在途中匆促书此，以求谅于诸君。《北京大学日刊号外》1915年5月11日。
但这封信并没有达到蔡氏的预期目的，反而令人们愈加相信，蔡氏是被政府逼走的，整个北京学界愤慨激怒的情绪，就像干柴遇火一样，瞬间点燃。各校约定，5月11日全体一律“停课待罪”（后来又决定改期）。当晚10时，由北京28所学校派出的学生代表谒见傅增湘，商定三项办法：一、请总统下令挽留；二、派司长到天津寻找蔡氏；三、通电上海，请蔡氏即日回任。各校也派代表到天津挽留蔡氏。“各校全体学生进退，以蔡君一人视之”。这恰恰是蔡氏要躲避的“道旁儿”，他怎么可能因此回心转意呢？
5月10日，保释外出的学生接到检察厅传票，出席第一次预审。学生们声称，他们是尊重总统命令，顾全蔡校长信誉而来。当检厅长问谁是5月4日事件的主脑时，他们异口同声回答：各人具有良心，谁能主使？预审草草结束。学生们回校后，向检察厅正式递交了一份声明，表示今后再不会到检察厅应讯。
声明指出：“曹章等卖国，罪不容诛。凡有血气，罔不切齿。5月4日之事，乃为数千学生，万余商民之爱国天良所激发。论原因不得谓之犯罪，则结果安有所谓嫌疑。且使我国而果有法律之可言，则凡居检察之职者，应当官而行，不畏强御，检察曹章等卖国各款，按照刑律108条、109条之罪，代表国家提起公诉，始足以服人心。乃曹章等卖国之罪，畏不检举，而偏出传票传讯学生？”声明质问：如此执法不公，“所谓‘法律’二字者，宁复有丝毫价值之可言！”
声明最后宣称：“如钧厅认为有再讯之必要，嗣后不论其为传票为拘票，请合传16校学生。德珩等亦当尾同到厅，静候讯问，决不能单独再受非法之提讯也。”龚振黄编《青岛潮》。《五四爱国运动》（上），中国社会科学出版社，1979年版。学生要求检察厅如此这般，否则就抗传不到。学生们坚定地认为，他们所承担的伦理义务，远高于法律责任。不独学生如此，法官亦同样认为自己的伦理义务，远高于法律责任。两造都抱这种理念，法律也就形同虚设了。
在学生联合会的指挥下，北京中等以上各校学生纷纷提出自行检举呈文，“依法自行投案，静候处分”，以大规模的自首行动，凸显司法的不公。这当然不是真正服从法律，而是要营造出反讽效果，带有鲜明的示威性质，一旦付诸实行，势必瘫痪司法系统。政府从来没有应付这种场面的经验，一时手忙脚乱，结果，所谓交法庭“依法办理”，亦不了了之。学生与政府之间，火药味已愈来愈浓了。
5月10日，北大教授会派出马叙伦、马寅初、李大钊、康宝忠、徐宝璜、王星拱、沈士远等教授为代表，到教育部与傅增湘见面，请其设法挽留蔡氏。傅增湘表示，他也是非常诚恳地要挽留蔡校长的。大家询问总统、总理的意见如何，傅氏沉默了一会回答：“总统、总理的意见，我未深知，所以我亦无从代为宣布。”
下午，各校教职员在北大开会，大家对政府再三挽留曹汝霖、陆宗舆，而对蔡元培却如此冷漠，深感愤怒和伤心，咸认为蔡氏能否挽回，决不仅是一校长的去留问题，而与教育及外交前途，均有关系。决定联名上书政府，务请挽留。如果不能挽回蔡校长，他们将一致总辞职。
从蔡元培的性格与处事方式而论，他的辞职，当出于真诚。但置身于大时代的漩涡中心，往往被一股无形力量牵引着往前走，已无个人的自由意志可言。这股力量，恒来自蔡氏所说的“道旁儿”。
道旁儿本身，也同样受着一种集体无意识的力量牵引。匡日休对此有切身感受，他慨叹“这时候群众的各个分子都没有个性的存在，只是大家同样唱着，同样走着”匡互生《五四运动纪实》。《五四爱国运动》（上），中国社会科学出版社，1979年版。——同样喊着口号，同样挽留着蔡元培。当其时也，几乎所有人都认定挽留蔡氏是天经地义的，没有人会顾及蔡氏个人的真实意愿与感受。
5月11日，焦头烂额的傅增湘，索性也步蔡元培后尘，留下辞呈，一走了之。教育部派人到西山和天津，但都不见踪影。坊间哄传政府对蔡、傅二人均无意挽留，拟以胡仁源接替北大校长，以田应璜接替教育总长。学生们更加激愤，一致发起反对运动。下午，北京专门以上学校教职员联合会正式成立，由康宝忠任会长，马叙伦任秘书，派出九名代表与徐世昌、钱能训会面，要求政府就以下问题明确表态：一、对于北京教育界的切实态度；二、善后办法；三、对于挽留蔡氏的态度。
